May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
roda-pbp
Genes: A B A+B
Length: 370 633 962
Sequences: 4924 4790 2165
Seq/Len: 13.31 7.57 2.25
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.06 1.10
2 0.01 0.06 1.15
5 0.01 0.06 2.06
10 0.02 0.07 2.12
20 0.02 0.08 2.16
100 0.05 0.10 2.39
∞ 0.18 0.20 2.81
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
278_L 36_I 2.72 1.00 1.00
277_I 39_L 2.18 1.00 0.99
319_F 31_L 1.85 0.98 0.96
274_L 40_Y 1.72 0.97 0.93
240_L 44_I 1.63 0.96 0.91
239_G 47_F 1.53 0.94 0.87
274_L 44_I 1.42 0.90 0.81
285_I 32_T 1.41 0.89 0.81
322_I 35_L 1.15 0.71 0.57
230_Q 57_N 1.08 0.64 0.49
66_I 513_E 1.04 0.61 0.46
328_I 35_L 1.02 0.58 0.42
323_G 35_L 1.00 0.56 0.40
326_S 39_L 0.98 0.54 0.38
327_G 427_G 0.97 0.52 0.37
255_F 254_L 0.96 0.52 0.36
289_M 254_L 0.95 0.51 0.35
265_F 39_L 0.94 0.49 0.34
256_L 370_W 0.94 0.49 0.34
281_L 35_L 0.94 0.49 0.33
171_L 36_I 0.93 0.47 0.32
344_S 342_S 0.92 0.47 0.31
253_L 42_L 0.91 0.46 0.30
274_L 36_I 0.89 0.43 0.28
122_L 603_L 0.89 0.43 0.28
279_I 36_I 0.88 0.42 0.27
281_L 36_I 0.88 0.42 0.27
161_G 427_G 0.86 0.40 0.25
319_F 35_L 0.85 0.39 0.24
313_I 294_P 0.85 0.39 0.24
315_F 28_I 0.84 0.38 0.23
164_I 445_Q 0.83 0.37 0.23
184_I 480_V 0.83 0.37 0.22
71_Y 582_N 0.83 0.36 0.22
16_L 452_G 0.82 0.36 0.21
30_Y 134_V 0.81 0.35 0.21
331_V 258_L 0.81 0.35 0.20
344_S 404_L 0.81 0.34 0.20
275_V 274_V 0.81 0.34 0.20
307_A 38_N 0.81 0.34 0.20
237_S 455_Q 0.80 0.33 0.19
266_A 321_A 0.80 0.33 0.19
345_A 282_G 0.79 0.32 0.18
304_R 138_L 0.79 0.32 0.18
178_G 519_M 0.79 0.32 0.18
329_L 396_A 0.78 0.32 0.18
268_L 253_T 0.77 0.31 0.17
231_S 215_E 0.77 0.30 0.17
171_L 44_I 0.77 0.30 0.17
282_A 322_T 0.77 0.30 0.17
230_Q 427_G 0.76 0.30 0.16
74_W 283_V 0.76 0.29 0.16
115_I 517_D 0.76 0.29 0.16
128_I 60_K 0.76 0.29 0.16
83_I 268_G 0.75 0.29 0.16
223_G 96_D 0.75 0.29 0.15
50_I 264_T 0.75 0.28 0.15
154_V 42_L 0.75 0.28 0.15
55_M 221_Q 0.75 0.28 0.15
83_I 433_E 0.75 0.28 0.15
159_D 464_Q 0.74 0.28 0.15
235_I 42_L 0.74 0.28 0.15
103_L 409_G 0.74 0.28 0.15
345_A 591_L 0.74 0.28 0.15
154_V 479_K 0.74 0.28 0.15
305_V 163_R 0.74 0.27 0.15
295_A 17_F 0.74 0.27 0.14
25_L 75_N 0.73 0.26 0.14
51_G 29_L 0.72 0.26 0.14
87_V 17_F 0.72 0.26 0.14
103_L 245_Q 0.72 0.26 0.14
236_G 50_Y 0.72 0.26 0.13
185_G 75_N 0.72 0.26 0.13
329_L 452_G 0.72 0.26 0.13
186_V 123_R 0.72 0.26 0.13
259_R 397_Y 0.72 0.26 0.13
182_R 138_L 0.71 0.25 0.13
115_I 482_H 0.71 0.25 0.12
261_T 297_F 0.70 0.24 0.12
322_I 39_L 0.70 0.24 0.12
282_A 283_V 0.70 0.24 0.12
266_A 277_D 0.70 0.24 0.12
266_A 130_T 0.70 0.24 0.12
320_V 248_H 0.69 0.24 0.12
335_P 549_Q 0.69 0.24 0.12
215_L 509_S 0.69 0.24 0.12
156_A 545_S 0.69 0.23 0.12
166_V 419_I 0.69 0.23 0.12
216_D 156_V 0.69 0.23 0.12
174_L 277_D 0.69 0.23 0.11
241_R 250_I 0.69 0.23 0.11
272_L 264_T 0.69 0.23 0.11
149_M 587_V 0.69 0.23 0.11
285_I 322_T 0.68 0.23 0.11
325_V 375_H 0.68 0.23 0.11
339_V 402_D 0.68 0.23 0.11
72_E 450_P 0.68 0.22 0.11
233_I 57_N 0.68 0.22 0.11
68_P 335_Y 0.68 0.22 0.11
359_I 517_D 0.68 0.22 0.11
290_R 214_Y 0.68 0.22 0.11
47_E 276_T 0.68 0.22 0.11
31_S 381_T 0.68 0.22 0.11
355_I 189_R 0.68 0.22 0.11
119_A 545_S 0.68 0.22 0.11
231_S 510_G 0.68 0.22 0.11
157_Q 294_P 0.67 0.22 0.10
50_I 44_I 0.67 0.22 0.10
57_L 590_I 0.67 0.22 0.10
79_Y 329_A 0.67 0.21 0.10
228_I 469_L 0.67 0.21 0.10
245_W 369_D 0.67 0.21 0.10
206_Y 297_F 0.67 0.21 0.10
82_C 523_A 0.66 0.21 0.10
115_I 598_P 0.66 0.21 0.10
266_A 151_Y 0.66 0.21 0.10
230_Q 461_T 0.66 0.21 0.10
74_W 591_L 0.66 0.21 0.10
284_Y 47_F 0.66 0.21 0.10
106_G 38_N 0.66 0.21 0.10
328_I 34_V 0.66 0.21 0.10
233_I 50_Y 0.66 0.21 0.10
84_I 433_E 0.66 0.21 0.10
48_R 582_N 0.66 0.21 0.10
31_S 525_R 0.66 0.21 0.10
255_F 274_V 0.65 0.20 0.09
230_Q 453_I 0.65 0.20 0.09
155_A 266_L 0.65 0.20 0.09
83_I 77_I 0.65 0.20 0.09
166_V 80_A 0.65 0.20 0.09
290_R 420_D 0.65 0.20 0.09
110_F 504_V 0.65 0.20 0.09
344_S 181_K 0.65 0.20 0.09
165_L 88_I 0.65 0.20 0.09
74_W 319_N 0.65 0.20 0.09
318_V 32_T 0.65 0.20 0.09
339_V 507_I 0.65 0.20 0.09
127_F 210_I 0.65 0.20 0.09
99_A 56_E 0.65 0.20 0.09
267_V 250_I 0.64 0.20 0.09
302_F 287_V 0.64 0.20 0.09
227_H 458_W 0.64 0.20 0.09
335_P 455_Q 0.64 0.20 0.09
347_I 415_H 0.64 0.20 0.09
33_L 34_V 0.64 0.20 0.09
298_A 585_V 0.64 0.20 0.09
66_I 146_F 0.64 0.19 0.09
288_I 27_G 0.64 0.19 0.09
30_Y 460_A 0.64 0.19 0.09
335_P 453_I 0.64 0.19 0.09
25_L 380_V 0.64 0.19 0.09
113_S 575_T 0.64 0.19 0.09
145_V 277_D 0.64 0.19 0.09
57_L 183_N 0.64 0.19 0.09
294_I 601_G 0.64 0.19 0.09
185_G 56_E 0.64 0.19 0.09
155_A 591_L 0.64 0.19 0.09
332_V 550_V 0.64 0.19 0.09
277_I 340_A 0.63 0.19 0.09
83_I 188_E 0.63 0.19 0.09
81_I 108_V 0.63 0.19 0.08
355_I 249_D 0.63 0.19 0.08
154_V 214_Y 0.63 0.19 0.08
48_R 530_A 0.63 0.19 0.08
174_L 79_L 0.63 0.19 0.08
288_I 145_R 0.63 0.19 0.08
195_I 280_T 0.63 0.19 0.08
304_R 17_F 0.63 0.19 0.08
31_S 109_V 0.63 0.18 0.08
110_F 75_N 0.63 0.18 0.08
149_M 581_N 0.63 0.18 0.08
236_G 54_S 0.62 0.18 0.08
207_Q 383_S 0.62 0.18 0.08
346_L 35_L 0.62 0.18 0.08
224_A 189_R 0.62 0.18 0.08
150_P 111_L 0.62 0.18 0.08
25_L 30_L 0.62 0.18 0.08
160_L 20_R 0.62 0.18 0.08
245_W 315_T 0.62 0.18 0.08
146_L 246_A 0.62 0.18 0.08
261_T 66_P 0.62 0.18 0.08
144_L 170_S 0.62 0.18 0.08
182_R 217_V 0.62 0.18 0.08
118_I 266_L 0.62 0.18 0.08
87_V 20_R 0.62 0.18 0.08
178_G 43_Q 0.62 0.18 0.08
122_L 508_H 0.62 0.18 0.08
161_G 297_F 0.62 0.18 0.08
283_L 42_L 0.62 0.18 0.08
335_P 228_E 0.62 0.18 0.08
84_I 487_T 0.62 0.18 0.08
103_L 108_V 0.62 0.18 0.08
310_L 603_L 0.62 0.18 0.08
344_S 176_I 0.62 0.18 0.08
83_I 97_N 0.62 0.18 0.08
29_V 185_K 0.62 0.18 0.08
282_A 46_R 0.62 0.18 0.08
26_A 471_I 0.62 0.18 0.08
255_F 446_G 0.61 0.18 0.07
113_S 325_V 0.61 0.18 0.07
223_G 453_I 0.61 0.17 0.07
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1626 seconds.