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OPENSEQ.org
acde
Genes: A B A+B
Length: 178 529 679
Sequences: 419 498 347
Seq/Len: 2.35 0.94 0.51
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.03
5 0.00 0.00 0.39
10 0.00 0.00 0.48
20 0.00 0.00 0.49
100 0.01 0.01 0.50
∞ 0.04 0.05 0.50
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
146_W 48_W 2.09 0.89 0.39
62_S 271_A 1.67 0.69 0.15
69_S 313_L 1.65 0.68 0.14
73_R 349_L 1.65 0.67 0.14
146_W 416_P 1.61 0.65 0.13
71_V 404_V 1.55 0.61 0.11
69_S 445_W 1.53 0.59 0.10
88_Y 407_M 1.52 0.58 0.10
68_L 405_N 1.51 0.57 0.09
111_L 311_K 1.50 0.57 0.09
129_F 342_D 1.49 0.56 0.09
131_G 255_V 1.43 0.51 0.07
147_R 86_L 1.41 0.50 0.07
172_L 202_L 1.35 0.46 0.06
68_L 313_L 1.35 0.46 0.06
95_D 396_T 1.33 0.44 0.05
83_F 113_S 1.33 0.44 0.05
111_L 166_A 1.29 0.41 0.05
109_V 136_T 1.28 0.40 0.04
22_S 86_L 1.28 0.40 0.04
123_L 391_Q 1.26 0.39 0.04
69_S 321_A 1.25 0.38 0.04
139_P 279_W 1.24 0.37 0.04
47_K 311_K 1.24 0.37 0.04
143_K 513_A 1.23 0.36 0.04
62_S 15_D 1.22 0.36 0.04
68_L 369_A 1.22 0.35 0.04
103_I 276_N 1.21 0.35 0.04
130_T 439_A 1.21 0.35 0.04
69_S 405_N 1.21 0.35 0.04
123_L 396_T 1.20 0.34 0.03
146_W 31_V 1.19 0.34 0.03
70_V 108_A 1.19 0.33 0.03
71_V 468_L 1.17 0.32 0.03
159_T 397_D 1.17 0.32 0.03
102_D 20_G 1.15 0.31 0.03
146_W 399_Q 1.15 0.31 0.03
30_V 300_V 1.15 0.30 0.03
68_L 470_W 1.14 0.30 0.03
59_I 206_A 1.14 0.30 0.03
45_Q 484_T 1.14 0.30 0.03
71_V 379_F 1.14 0.30 0.03
86_A 465_G 1.13 0.30 0.03
77_L 403_Y 1.13 0.29 0.03
139_P 27_W 1.13 0.29 0.03
132_V 299_N 1.13 0.29 0.03
129_F 394_L 1.12 0.29 0.03
124_D 306_L 1.12 0.29 0.03
76_Q 410_W 1.10 0.28 0.02
58_A 300_V 1.10 0.28 0.02
141_Q 96_T 1.09 0.27 0.02
112_Q 108_A 1.09 0.27 0.02
146_W 356_L 1.08 0.26 0.02
75_Y 351_F 1.08 0.26 0.02
62_S 48_W 1.08 0.26 0.02
115_G 392_T 1.08 0.26 0.02
133_A 429_V 1.07 0.26 0.02
136_F 340_V 1.07 0.26 0.02
143_K 10_R 1.07 0.26 0.02
98_I 398_N 1.07 0.26 0.02
165_V 119_M 1.07 0.26 0.02
136_F 366_A 1.07 0.26 0.02
87_D 445_W 1.06 0.25 0.02
69_S 369_A 1.06 0.25 0.02
92_F 397_D 1.06 0.25 0.02
143_K 185_M 1.06 0.25 0.02
15_A 136_T 1.06 0.25 0.02
22_S 95_Q 1.06 0.25 0.02
19_L 299_N 1.05 0.25 0.02
95_D 382_R 1.05 0.25 0.02
135_M 405_N 1.05 0.25 0.02
136_F 405_N 1.05 0.24 0.02
108_D 404_V 1.04 0.24 0.02
79_D 248_W 1.04 0.24 0.02
118_A 401_L 1.04 0.24 0.02
28_Q 355_F 1.03 0.24 0.02
20_S 468_L 1.03 0.24 0.02
28_Q 70_L 1.03 0.23 0.02
51_L 154_V 1.03 0.23 0.02
134_A 227_S 1.03 0.23 0.02
74_I 55_Q 1.03 0.23 0.02
22_S 303_D 1.03 0.23 0.02
62_S 413_F 1.02 0.23 0.02
143_K 511_T 1.02 0.23 0.02
139_P 405_N 1.02 0.23 0.02
72_V 202_L 1.02 0.23 0.02
165_V 291_F 1.01 0.23 0.02
93_T 409_V 1.01 0.23 0.02
130_T 22_F 1.01 0.22 0.02
149_V 49_V 1.01 0.22 0.02
136_F 21_M 1.01 0.22 0.02
147_R 162_H 1.01 0.22 0.02
131_G 421_A 1.00 0.22 0.02
94_G 342_D 1.00 0.22 0.02
23_G 498_N 1.00 0.22 0.02
108_D 48_W 1.00 0.22 0.02
136_F 33_P 1.00 0.22 0.02
67_P 372_T 1.00 0.22 0.02
78_K 259_P 1.00 0.22 0.01
17_F 136_T 1.00 0.22 0.01
48_T 112_Q 1.00 0.22 0.01
146_W 20_G 0.99 0.21 0.01
154_E 478_L 0.99 0.21 0.01
161_R 39_I 0.99 0.21 0.01
74_I 384_G 0.99 0.21 0.01
88_Y 189_Q 0.99 0.21 0.01
147_R 475_G 0.98 0.21 0.01
149_V 377_L 0.98 0.21 0.01
74_I 363_S 0.98 0.21 0.01
103_I 497_R 0.98 0.21 0.01
75_Y 115_L 0.98 0.21 0.01
130_T 300_V 0.98 0.21 0.01
144_N 405_N 0.98 0.21 0.01
59_I 58_P 0.97 0.21 0.01
74_I 39_I 0.97 0.21 0.01
23_G 437_Q 0.97 0.20 0.01
25_G 47_D 0.97 0.20 0.01
137_L 496_L 0.97 0.20 0.01
111_L 275_L 0.97 0.20 0.01
132_V 18_V 0.97 0.20 0.01
52_D 401_L 0.96 0.20 0.01
131_G 249_Y 0.96 0.20 0.01
103_I 283_V 0.96 0.20 0.01
74_I 140_V 0.96 0.20 0.01
137_L 172_V 0.96 0.20 0.01
55_A 79_G 0.96 0.20 0.01
139_P 31_V 0.96 0.20 0.01
96_N 73_R 0.96 0.20 0.01
137_L 447_L 0.96 0.20 0.01
146_W 49_V 0.96 0.20 0.01
87_D 386_A 0.96 0.20 0.01
51_L 265_Q 0.96 0.20 0.01
100_A 300_V 0.96 0.20 0.01
18_S 180_N 0.96 0.20 0.01
170_L 147_L 0.95 0.20 0.01
19_L 154_V 0.95 0.20 0.01
59_I 259_P 0.95 0.20 0.01
104_I 143_A 0.95 0.19 0.01
134_A 68_Q 0.95 0.19 0.01
99_L 296_P 0.95 0.19 0.01
136_F 189_Q 0.95 0.19 0.01
23_G 211_P 0.95 0.19 0.01
46_I 165_L 0.95 0.19 0.01
82_S 290_A 0.95 0.19 0.01
69_S 386_A 0.95 0.19 0.01
70_V 369_A 0.94 0.19 0.01
139_P 340_V 0.94 0.19 0.01
60_N 296_P 0.94 0.19 0.01
73_R 44_E 0.94 0.19 0.01
78_K 178_N 0.94 0.19 0.01
137_L 20_G 0.94 0.19 0.01
150_L 354_A 0.94 0.19 0.01
146_W 426_L 0.94 0.19 0.01
146_W 397_D 0.94 0.19 0.01
60_N 82_W 0.94 0.19 0.01
45_Q 305_S 0.94 0.19 0.01
92_F 404_V 0.94 0.19 0.01
153_D 315_T 0.94 0.19 0.01
55_A 85_F 0.94 0.19 0.01
96_N 394_L 0.94 0.19 0.01
128_K 300_V 0.94 0.19 0.01
163_I 253_Q 0.94 0.19 0.01
132_V 297_F 0.93 0.19 0.01
74_I 456_R 0.93 0.19 0.01
53_I 197_Q 0.93 0.19 0.01
131_G 346_T 0.93 0.18 0.01
16_L 141_K 0.93 0.18 0.01
67_P 434_G 0.93 0.18 0.01
143_K 508_L 0.93 0.18 0.01
70_V 179_Q 0.93 0.18 0.01
97_E 206_A 0.93 0.18 0.01
69_S 444_S 0.92 0.18 0.01
109_V 304_A 0.92 0.18 0.01
30_V 275_L 0.92 0.18 0.01
123_L 466_W 0.92 0.18 0.01
134_A 294_R 0.92 0.18 0.01
128_K 14_T 0.92 0.18 0.01
100_A 25_Q 0.92 0.18 0.01
147_R 312_Y 0.92 0.18 0.01
136_F 239_L 0.92 0.18 0.01
70_V 277_A 0.92 0.18 0.01
144_N 446_G 0.91 0.18 0.01
92_F 498_N 0.91 0.17 0.01
76_Q 31_V 0.91 0.17 0.01
51_L 283_V 0.91 0.17 0.01
67_P 302_S 0.91 0.17 0.01
128_K 428_W 0.91 0.17 0.01
61_T 197_Q 0.91 0.17 0.01
104_I 451_L 0.91 0.17 0.01
154_E 168_T 0.91 0.17 0.01
132_V 19_P 0.91 0.17 0.01
134_A 259_P 0.91 0.17 0.01
67_P 154_V 0.91 0.17 0.01
132_V 303_D 0.91 0.17 0.01
92_F 462_V 0.91 0.17 0.01
65_G 449_R 0.91 0.17 0.01
60_N 74_Y 0.90 0.17 0.01
75_Y 47_D 0.90 0.17 0.01
100_A 303_D 0.90 0.17 0.01
67_P 500_V 0.90 0.17 0.01
59_I 101_T 0.90 0.17 0.01
98_I 136_T 0.90 0.17 0.01
38_T 407_M 0.90 0.17 0.01
70_V 260_M 0.90 0.17 0.01
85_S 386_A 0.90 0.17 0.01
55_A 145_N 0.90 0.17 0.01
72_V 167_T 0.90 0.17 0.01
136_F 279_W 0.90 0.17 0.01
22_S 136_T 0.90 0.17 0.01
35_V 407_M 0.89 0.17 0.01
59_I 266_Q 0.89 0.17 0.01
31_A 407_M 0.89 0.17 0.01
149_V 89_L 0.89 0.17 0.01
134_A 260_M 0.89 0.17 0.01
135_M 244_L 0.89 0.17 0.01
69_S 470_W 0.89 0.17 0.01
38_T 508_L 0.89 0.17 0.01
18_S 136_T 0.89 0.16 0.01
75_Y 114_P 0.89 0.16 0.01
74_I 472_A 0.89 0.16 0.01
29_R 208_S 0.89 0.16 0.01
131_G 369_A 0.88 0.16 0.01
64_A 92_R 0.88 0.16 0.01
145_T 446_G 0.88 0.16 0.01
110_W 304_A 0.88 0.16 0.01
91_L 490_P 0.88 0.16 0.01
175_V 498_N 0.88 0.16 0.01
103_I 424_A 0.88 0.16 0.01
130_T 485_E 0.88 0.16 0.01
91_L 356_L 0.88 0.16 0.01
75_Y 392_T 0.88 0.16 0.01
103_I 39_I 0.88 0.16 0.01
88_Y 319_R 0.88 0.16 0.01
146_W 398_N 0.88 0.16 0.01
37_A 56_K 0.88 0.16 0.01
93_T 411_K 0.88 0.16 0.01
17_F 36_D 0.88 0.16 0.01
143_K 507_E 0.88 0.16 0.01
23_G 497_R 0.88 0.16 0.01
38_T 195_V 0.88 0.16 0.01
149_V 143_A 0.88 0.16 0.01
109_V 68_Q 0.87 0.16 0.01
25_G 112_Q 0.87 0.16 0.01
110_W 390_M 0.87 0.16 0.01
134_A 78_F 0.87 0.16 0.01
111_L 201_R 0.87 0.16 0.01
115_G 368_V 0.87 0.16 0.01
76_Q 369_A 0.87 0.16 0.01
160_P 222_V 0.87 0.16 0.01
59_I 260_M 0.87 0.16 0.01
146_W 50_L 0.87 0.16 0.01
127_A 381_L 0.87 0.16 0.01
163_I 94_A 0.87 0.16 0.01
25_G 129_G 0.87 0.16 0.01
111_L 91_L 0.87 0.16 0.01
166_S 66_L 0.87 0.16 0.01
136_F 47_D 0.87 0.16 0.01
170_L 154_V 0.86 0.15 0.01
165_V 455_R 0.86 0.15 0.01
89_Q 398_N 0.86 0.15 0.01
69_S 179_Q 0.86 0.15 0.01
104_I 257_V 0.86 0.15 0.01
38_T 5_D 0.86 0.15 0.01
147_R 331_V 0.86 0.15 0.01
73_R 380_E 0.86 0.15 0.01
134_A 134_A 0.86 0.15 0.01
166_S 397_D 0.86 0.15 0.01
118_A 22_F 0.86 0.15 0.01
133_A 475_G 0.86 0.15 0.01
76_Q 279_W 0.86 0.15 0.01
60_N 443_G 0.86 0.15 0.01
23_G 143_A 0.86 0.15 0.01
139_P 410_W 0.86 0.15 0.01
132_V 260_M 0.86 0.15 0.01
84_D 202_L 0.86 0.15 0.01
35_V 504_T 0.86 0.15 0.01
46_I 60_P 0.86 0.15 0.01
54_R 277_A 0.85 0.15 0.01
152_R 34_S 0.85 0.15 0.01
167_G 224_Q 0.85 0.15 0.01
90_A 327_N 0.85 0.15 0.01
174_P 424_A 0.85 0.15 0.01
58_A 353_P 0.85 0.15 0.01
134_A 156_V 0.85 0.15 0.01
130_T 298_K 0.85 0.15 0.01
131_G 297_F 0.85 0.15 0.01
21_L 442_P 0.85 0.15 0.01
90_A 401_L 0.85 0.15 0.01
83_F 407_M 0.85 0.15 0.01
56_R 238_S 0.85 0.15 0.01
133_A 30_A 0.85 0.15 0.01
63_A 196_T 0.85 0.15 0.01
40_S 511_T 0.85 0.15 0.01
60_N 403_Y 0.85 0.15 0.01
113_P 296_P 0.85 0.15 0.01
114_G 372_T 0.85 0.15 0.01
131_G 229_D 0.84 0.15 0.01
48_T 174_A 0.84 0.15 0.01
12_L 184_D 0.84 0.15 0.01
170_L 353_P 0.84 0.15 0.01
139_P 287_W 0.84 0.15 0.01
84_D 118_L 0.84 0.15 0.01
163_I 25_Q 0.84 0.15 0.01
113_P 82_W 0.84 0.15 0.01
13_I 256_F 0.84 0.15 0.01
98_I 95_Q 0.84 0.15 0.01
103_I 232_D 0.84 0.15 0.01
56_R 426_L 0.84 0.15 0.01
22_S 500_V 0.84 0.15 0.01
87_D 478_L 0.84 0.15 0.01
21_L 280_R 0.84 0.14 0.01
147_R 503_E 0.84 0.14 0.01
60_N 415_W 0.84 0.14 0.01
136_F 347_R 0.84 0.14 0.01
67_P 441_L 0.84 0.14 0.01
135_M 391_Q 0.84 0.14 0.01
143_K 512_S 0.84 0.14 0.01
110_W 346_T 0.84 0.14 0.01
147_R 298_K 0.84 0.14 0.01
136_F 410_W 0.84 0.14 0.01
100_A 56_K 0.84 0.14 0.01
69_S 388_G 0.83 0.14 0.01
130_T 352_N 0.83 0.14 0.01
156_E 113_S 0.83 0.14 0.01
133_A 227_S 0.83 0.14 0.01
84_D 60_P 0.83 0.14 0.01
80_N 205_I 0.83 0.14 0.01
20_S 29_E 0.83 0.14 0.01
67_P 68_Q 0.83 0.14 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
1079 0.51 acde Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.39 Done - Shared
1078 0.44 acde Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.08 Done - Shared
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