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OPENSEQ.org
acde
Genes: A B A+B
Length: 178 529 670
Sequences: 334 451 292
Seq/Len: 1.88 0.85 0.44
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.35
10 0.00 0.00 0.41
20 0.00 0.01 0.41
100 0.01 0.02 0.41
∞ 0.07 0.08 0.42
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
69_S 313_L 1.95 0.81 0.08
146_W 48_W 1.82 0.74 0.06
45_Q 484_T 1.54 0.55 0.03
69_S 445_W 1.44 0.48 0.02
146_W 416_P 1.41 0.46 0.02
131_G 255_V 1.40 0.45 0.02
62_S 46_M 1.39 0.44 0.02
60_N 82_W 1.37 0.43 0.02
71_V 404_V 1.37 0.43 0.02
142_K 507_E 1.37 0.43 0.02
68_L 369_A 1.37 0.42 0.02
69_S 405_N 1.34 0.41 0.01
62_S 271_A 1.33 0.40 0.01
130_T 439_A 1.33 0.40 0.01
49_L 108_A 1.31 0.39 0.01
147_R 399_Q 1.31 0.38 0.01
51_L 283_V 1.30 0.38 0.01
67_P 298_K 1.29 0.37 0.01
69_S 321_A 1.29 0.37 0.01
68_L 313_L 1.29 0.37 0.01
111_L 414_T 1.26 0.35 0.01
70_V 450_L 1.26 0.35 0.01
68_L 405_N 1.25 0.35 0.01
76_Q 369_A 1.25 0.34 0.01
108_D 22_F 1.25 0.34 0.01
132_V 297_F 1.24 0.34 0.01
111_L 311_K 1.24 0.34 0.01
69_S 369_A 1.23 0.33 0.01
137_L 8_V 1.23 0.33 0.01
136_F 483_R 1.22 0.32 0.01
16_L 442_P 1.20 0.31 0.01
51_L 265_Q 1.20 0.31 0.01
19_L 396_T 1.19 0.30 0.01
136_F 196_T 1.18 0.30 0.01
101_G 84_N 1.18 0.30 0.01
69_S 388_G 1.17 0.29 0.01
146_W 356_L 1.17 0.29 0.01
146_W 399_Q 1.17 0.29 0.01
29_R 62_S 1.16 0.29 0.01
104_I 260_M 1.15 0.28 0.01
136_F 239_L 1.14 0.27 0.01
23_G 202_L 1.14 0.27 0.01
95_D 396_T 1.14 0.27 0.01
139_P 27_W 1.14 0.27 0.01
136_F 405_N 1.13 0.27 0.01
76_Q 31_V 1.13 0.27 0.01
100_A 472_A 1.13 0.27 0.01
144_N 405_N 1.13 0.27 0.01
70_V 297_F 1.13 0.27 0.01
78_K 259_P 1.13 0.27 0.01
73_R 349_L 1.12 0.26 0.01
78_K 458_A 1.11 0.26 0.01
22_S 181_N 1.11 0.26 0.01
25_G 19_P 1.11 0.26 0.01
88_Y 407_M 1.10 0.25 0.01
65_G 449_R 1.10 0.25 0.01
109_V 4_G 1.09 0.25 0.01
132_V 389_V 1.09 0.25 0.01
146_W 31_V 1.09 0.24 0.01
125_D 115_L 1.09 0.24 0.01
75_Y 78_F 1.08 0.24 0.01
55_A 382_R 1.08 0.24 0.01
132_V 19_P 1.07 0.24 0.01
123_L 396_T 1.07 0.24 0.01
74_I 22_F 1.07 0.24 0.01
57_E 300_V 1.07 0.23 0.01
142_K 508_L 1.07 0.23 0.01
52_D 401_L 1.06 0.23 0.01
143_K 96_T 1.06 0.23 0.01
13_I 70_L 1.06 0.23 0.01
72_V 322_R 1.06 0.23 0.01
92_F 404_V 1.06 0.23 0.01
79_D 88_S 1.06 0.23 0.01
121_M 397_D 1.06 0.23 0.01
69_S 172_V 1.05 0.23 0.01
69_S 444_S 1.05 0.23 0.01
142_K 3_T 1.05 0.23 0.01
149_V 399_Q 1.05 0.23 0.01
143_K 280_R 1.05 0.23 0.01
23_G 301_S 1.05 0.22 0.01
136_F 33_P 1.05 0.22 0.01
20_S 468_L 1.04 0.22 0.01
103_I 276_N 1.04 0.22 0.01
99_L 296_P 1.04 0.22 0.01
41_L 365_I 1.04 0.22 0.01
14_I 29_E 1.04 0.22 0.01
53_I 176_M 1.04 0.22 0.01
58_A 300_V 1.04 0.22 0.01
118_A 401_L 1.04 0.22 0.01
130_T 300_V 1.03 0.22 0.01
109_V 68_Q 1.03 0.21 0.01
67_P 131_P 1.03 0.21 0.01
67_P 302_S 1.02 0.21 0.01
87_D 445_W 1.02 0.21 0.01
74_I 250_G 1.02 0.21 0.01
17_F 95_Q 1.02 0.21 0.01
48_T 353_P 1.02 0.21 0.01
98_I 463_A 1.02 0.21 0.01
130_T 89_L 1.02 0.21 0.01
91_L 193_T 1.01 0.21 0.01
59_I 259_P 1.01 0.21 0.01
74_I 457_K 1.01 0.20 0.01
22_S 303_D 1.01 0.20 0.01
47_K 311_K 1.01 0.20 0.01
97_E 449_R 1.01 0.20 0.01
132_V 450_L 1.01 0.20 0.01
89_Q 407_M 1.01 0.20 0.01
142_K 57_A 1.01 0.20 0.01
102_D 20_G 1.01 0.20 0.01
139_P 340_V 1.00 0.20 0.01
139_P 279_W 1.00 0.20 0.01
67_P 11_L 1.00 0.20 0.01
113_P 379_F 1.00 0.20 0.01
38_T 407_M 1.00 0.20 0.01
123_L 466_W 1.00 0.20 0.01
69_S 470_W 0.99 0.20 0.01
29_R 45_E 0.99 0.19 0.01
102_D 297_F 0.99 0.19 0.01
103_I 108_A 0.99 0.19 0.01
58_A 125_Q 0.99 0.19 0.01
74_I 456_R 0.99 0.19 0.01
102_D 400_K 0.99 0.19 0.01
136_F 241_A 0.98 0.19 0.00
28_Q 355_F 0.98 0.19 0.00
49_L 28_E 0.98 0.19 0.00
126_A 255_V 0.98 0.19 0.00
129_F 417_A 0.98 0.19 0.00
41_L 217_L 0.98 0.19 0.00
132_V 365_I 0.97 0.19 0.00
147_R 312_Y 0.97 0.19 0.00
106_Q 171_P 0.97 0.19 0.00
136_F 245_G 0.97 0.19 0.00
83_F 283_V 0.97 0.19 0.00
60_N 415_W 0.97 0.18 0.00
85_S 275_L 0.97 0.18 0.00
94_G 13_F 0.97 0.18 0.00
104_I 255_V 0.97 0.18 0.00
69_S 308_L 0.97 0.18 0.00
59_I 101_T 0.97 0.18 0.00
133_A 429_V 0.96 0.18 0.00
127_A 312_Y 0.96 0.18 0.00
82_S 8_V 0.96 0.18 0.00
68_L 191_Y 0.96 0.18 0.00
129_F 354_A 0.96 0.18 0.00
38_T 508_L 0.96 0.18 0.00
147_R 86_L 0.96 0.18 0.00
27_T 294_R 0.95 0.18 0.00
52_D 489_G 0.95 0.18 0.00
147_R 108_A 0.95 0.18 0.00
96_N 338_R 0.95 0.18 0.00
131_G 44_E 0.95 0.18 0.00
15_A 53_G 0.95 0.18 0.00
76_Q 410_W 0.95 0.18 0.00
130_T 372_T 0.95 0.17 0.00
150_L 50_L 0.95 0.17 0.00
106_Q 456_R 0.95 0.17 0.00
137_L 3_T 0.94 0.17 0.00
131_G 504_T 0.94 0.17 0.00
75_Y 115_L 0.94 0.17 0.00
119_V 367_D 0.94 0.17 0.00
116_S 22_F 0.94 0.17 0.00
165_V 351_F 0.93 0.17 0.00
131_G 297_F 0.93 0.17 0.00
40_S 324_L 0.93 0.17 0.00
25_G 96_T 0.93 0.17 0.00
55_A 284_V 0.93 0.17 0.00
127_A 448_I 0.93 0.17 0.00
74_I 321_A 0.93 0.17 0.00
75_Y 390_M 0.93 0.17 0.00
20_S 91_L 0.93 0.17 0.00
111_L 263_A 0.93 0.17 0.00
57_E 143_A 0.93 0.17 0.00
23_G 276_N 0.93 0.17 0.00
28_Q 171_P 0.93 0.17 0.00
25_G 274_S 0.92 0.17 0.00
111_L 104_L 0.92 0.17 0.00
140_D 381_L 0.92 0.17 0.00
59_I 206_A 0.92 0.17 0.00
23_G 242_A 0.92 0.16 0.00
57_E 385_T 0.92 0.16 0.00
127_A 171_P 0.92 0.16 0.00
115_G 368_V 0.92 0.16 0.00
113_P 415_W 0.92 0.16 0.00
48_T 174_A 0.92 0.16 0.00
53_I 394_L 0.92 0.16 0.00
88_Y 405_N 0.92 0.16 0.00
49_L 104_L 0.91 0.16 0.00
142_K 56_K 0.91 0.16 0.00
14_I 498_N 0.91 0.16 0.00
59_I 182_S 0.91 0.16 0.00
137_L 298_K 0.91 0.16 0.00
60_N 296_P 0.91 0.16 0.00
49_L 491_L 0.91 0.16 0.00
103_I 14_T 0.91 0.16 0.00
20_S 147_L 0.91 0.16 0.00
60_N 318_G 0.90 0.16 0.00
123_L 391_Q 0.90 0.16 0.00
74_I 177_D 0.90 0.16 0.00
74_I 12_F 0.90 0.16 0.00
156_E 306_L 0.90 0.16 0.00
74_I 472_A 0.90 0.16 0.00
149_V 498_N 0.90 0.16 0.00
62_S 48_W 0.90 0.15 0.00
51_L 280_R 0.90 0.15 0.00
72_V 291_F 0.90 0.15 0.00
103_I 424_A 0.90 0.15 0.00
126_A 373_G 0.90 0.15 0.00
163_I 16_E 0.90 0.15 0.00
122_P 291_F 0.90 0.15 0.00
146_W 229_D 0.90 0.15 0.00
107_K 271_A 0.90 0.15 0.00
111_L 166_A 0.90 0.15 0.00
111_L 442_P 0.89 0.15 0.00
114_G 273_E 0.89 0.15 0.00
74_I 417_A 0.89 0.15 0.00
84_D 267_V 0.89 0.15 0.00
68_L 470_W 0.89 0.15 0.00
93_T 373_G 0.89 0.15 0.00
86_A 465_G 0.89 0.15 0.00
154_E 478_L 0.89 0.15 0.00
139_P 451_L 0.89 0.15 0.00
109_V 209_S 0.89 0.15 0.00
139_P 405_N 0.89 0.15 0.00
78_K 172_V 0.89 0.15 0.00
147_R 88_S 0.89 0.15 0.00
115_G 394_L 0.89 0.15 0.00
165_V 263_A 0.89 0.15 0.00
37_A 127_C 0.88 0.15 0.00
125_D 240_T 0.88 0.15 0.00
55_A 51_T 0.88 0.15 0.00
115_G 27_W 0.88 0.15 0.00
135_M 405_N 0.88 0.15 0.00
170_L 195_V 0.88 0.15 0.00
142_K 249_Y 0.88 0.15 0.00
177_D 57_A 0.88 0.15 0.00
20_S 340_V 0.88 0.15 0.00
15_A 188_L 0.88 0.15 0.00
70_V 279_W 0.88 0.15 0.00
142_K 215_M 0.88 0.15 0.00
165_V 172_V 0.88 0.15 0.00
59_I 382_R 0.88 0.15 0.00
145_T 482_L 0.88 0.15 0.00
73_R 496_L 0.88 0.15 0.00
135_M 385_T 0.88 0.15 0.00
152_R 19_P 0.88 0.15 0.00
114_G 311_K 0.88 0.15 0.00
161_R 450_L 0.88 0.15 0.00
129_F 418_D 0.87 0.15 0.00
100_A 300_V 0.87 0.15 0.00
172_L 189_Q 0.87 0.14 0.00
108_D 48_W 0.87 0.14 0.00
24_C 415_W 0.87 0.14 0.00
73_R 332_L 0.87 0.14 0.00
142_K 174_A 0.87 0.14 0.00
67_P 447_L 0.87 0.14 0.00
151_G 315_T 0.87 0.14 0.00
82_S 290_A 0.87 0.14 0.00
95_D 382_R 0.87 0.14 0.00
88_Y 497_R 0.87 0.14 0.00
70_V 70_L 0.87 0.14 0.00
72_V 245_G 0.87 0.14 0.00
132_V 197_Q 0.87 0.14 0.00
89_Q 324_L 0.86 0.14 0.00
53_I 383_P 0.86 0.14 0.00
126_A 172_V 0.86 0.14 0.00
118_A 413_F 0.86 0.14 0.00
132_V 484_T 0.86 0.14 0.00
67_P 234_R 0.86 0.14 0.00
57_E 440_D 0.86 0.14 0.00
129_F 430_S 0.86 0.14 0.00
121_M 21_M 0.86 0.14 0.00
71_V 275_L 0.86 0.14 0.00
106_Q 391_Q 0.86 0.14 0.00
16_L 467_S 0.86 0.14 0.00
75_Y 328_L 0.86 0.14 0.00
104_I 257_V 0.86 0.14 0.00
132_V 291_F 0.86 0.14 0.00
53_I 391_Q 0.86 0.14 0.00
53_I 382_R 0.86 0.14 0.00
134_A 68_Q 0.86 0.14 0.00
74_I 420_E 0.85 0.14 0.00
79_D 165_L 0.85 0.14 0.00
114_G 452_E 0.85 0.14 0.00
67_P 71_T 0.85 0.14 0.00
62_S 60_P 0.85 0.14 0.00
100_A 181_N 0.85 0.14 0.00
53_I 78_F 0.85 0.14 0.00
62_S 256_F 0.85 0.14 0.00
56_R 6_T 0.85 0.14 0.00
91_L 490_P 0.85 0.14 0.00
56_R 122_L 0.85 0.14 0.00
108_D 435_T 0.85 0.14 0.00
119_V 27_W 0.85 0.14 0.00
128_K 300_V 0.85 0.14 0.00
111_L 91_L 0.85 0.14 0.00
108_D 480_Y 0.85 0.14 0.00
142_K 317_T 0.85 0.14 0.00
130_T 440_D 0.85 0.14 0.00
162_L 389_V 0.85 0.14 0.00
134_A 398_N 0.85 0.14 0.00
65_G 92_R 0.84 0.14 0.00
163_I 289_N 0.84 0.14 0.00
79_D 24_R 0.84 0.14 0.00
41_L 38_V 0.84 0.13 0.00
70_V 191_Y 0.84 0.13 0.00
129_F 394_L 0.84 0.13 0.00
157_P 43_R 0.84 0.13 0.00
115_G 392_T 0.84 0.13 0.00
75_Y 410_W 0.84 0.13 0.00
136_F 410_W 0.84 0.13 0.00
170_L 11_L 0.84 0.13 0.00
113_P 296_P 0.84 0.13 0.00
74_I 454_A 0.84 0.13 0.00
160_P 276_N 0.84 0.13 0.00
22_S 431_T 0.84 0.13 0.00
87_D 399_Q 0.84 0.13 0.00
15_A 189_Q 0.84 0.13 0.00
66_I 324_L 0.84 0.13 0.00
73_R 104_L 0.84 0.13 0.00
123_L 32_L 0.84 0.13 0.00
124_D 316_D 0.84 0.13 0.00
74_I 416_P 0.84 0.13 0.00
98_I 185_M 0.84 0.13 0.00
35_V 407_M 0.84 0.13 0.00
142_K 315_T 0.83 0.13 0.00
92_F 454_A 0.83 0.13 0.00
18_S 145_N 0.83 0.13 0.00
19_L 456_R 0.83 0.13 0.00
17_F 177_D 0.83 0.13 0.00
55_A 12_F 0.83 0.13 0.00
111_L 13_F 0.83 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
1079 0.51 acde Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.39 Done - Shared
1078 0.44 acde Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2013_03) 0.08 Done - Shared
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