May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
P1296
Genes: A B A+B
Length: 672 313 857
Sequences: 547 1039 301
Seq/Len: 0.81 3.32 0.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.28
2 0.03 0.06 0.29
5 0.03 0.08 0.29
10 0.04 0.09 0.29
20 0.04 0.10 0.31
100 0.06 0.14 0.34
∞ 0.15 0.19 0.37
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
102_L 243_F 1.48 0.45 0.00
259_V 293_Y 1.44 0.42 0.00
234_V 295_F 1.40 0.39 0.00
355_A 17_A 1.39 0.38 0.00
234_V 241_N 1.37 0.37 0.00
612_K 203_A 1.35 0.36 0.00
355_A 91_R 1.32 0.34 0.00
102_L 293_Y 1.29 0.32 0.00
464_G 126_A 1.28 0.31 0.00
169_F 127_G 1.24 0.29 0.00
42_T 65_P 1.23 0.28 0.00
261_I 241_N 1.22 0.28 0.00
487_Q 233_V 1.22 0.28 0.00
203_N 39_Y 1.19 0.26 0.00
286_R 210_I 1.18 0.26 0.00
71_G 30_L 1.18 0.26 0.00
187_S 121_S 1.16 0.24 0.00
203_N 127_G 1.15 0.24 0.00
224_G 254_A 1.14 0.24 0.00
399_E 107_G 1.14 0.23 0.00
387_V 241_N 1.14 0.23 0.00
335_I 239_Y 1.13 0.23 0.00
49_N 77_A 1.13 0.23 0.00
455_I 162_A 1.13 0.23 0.00
219_P 88_M 1.12 0.23 0.00
223_S 79_I 1.11 0.22 0.00
508_L 142_T 1.10 0.22 0.00
598_Y 127_G 1.09 0.21 0.00
315_I 210_I 1.09 0.21 0.00
542_D 122_V 1.09 0.21 0.00
208_I 219_S 1.09 0.21 0.00
594_S 27_D 1.08 0.21 0.00
195_S 309_S 1.08 0.21 0.00
157_R 175_F 1.08 0.20 0.00
315_I 76_D 1.06 0.20 0.00
457_G 233_V 1.06 0.20 0.00
434_F 294_S 1.06 0.20 0.00
334_D 170_E 1.06 0.20 0.00
396_L 88_M 1.06 0.20 0.00
563_D 164_I 1.06 0.20 0.00
604_I 93_V 1.05 0.20 0.00
274_N 201_L 1.05 0.19 0.00
149_E 90_V 1.04 0.19 0.00
33_E 191_Y 1.04 0.19 0.00
609_L 268_A 1.04 0.19 0.00
460_V 212_S 1.04 0.19 0.00
155_R 22_V 1.03 0.18 0.00
320_V 221_F 1.03 0.18 0.00
665_R 256_G 1.03 0.18 0.00
30_K 202_L 1.02 0.18 0.00
80_Q 254_A 1.02 0.18 0.00
187_S 57_H 1.02 0.18 0.00
617_S 16_V 1.02 0.18 0.00
169_F 54_T 1.02 0.18 0.00
335_I 263_L 1.01 0.18 0.00
620_K 266_F 1.01 0.18 0.00
593_K 293_Y 1.01 0.17 0.00
180_L 216_W 1.00 0.17 0.00
383_M 15_T 1.00 0.17 0.00
208_I 154_S 1.00 0.17 0.00
364_G 273_E 1.00 0.17 0.00
445_G 137_K 1.00 0.17 0.00
417_V 160_I 1.00 0.17 0.00
109_Q 30_L 1.00 0.17 0.00
604_I 210_I 1.00 0.17 0.00
303_V 209_S 0.99 0.17 0.00
102_L 103_N 0.99 0.17 0.00
484_M 113_Q 0.98 0.17 0.00
504_Q 278_V 0.98 0.17 0.00
180_L 220_I 0.98 0.16 0.00
599_L 274_W 0.98 0.16 0.00
269_E 264_G 0.98 0.16 0.00
75_R 125_Q 0.98 0.16 0.00
220_D 65_P 0.97 0.16 0.00
203_N 106_M 0.97 0.16 0.00
261_I 278_V 0.97 0.16 0.00
459_T 197_R 0.97 0.16 0.00
170_G 270_Y 0.97 0.16 0.00
364_G 260_G 0.97 0.16 0.00
264_A 159_D 0.97 0.16 0.00
594_S 50_E 0.97 0.16 0.00
662_T 207_I 0.97 0.16 0.00
401_K 259_L 0.96 0.16 0.00
97_D 40_Y 0.96 0.16 0.00
43_K 286_S 0.95 0.15 0.00
288_A 210_I 0.95 0.15 0.00
368_F 22_V 0.95 0.15 0.00
69_R 139_E 0.95 0.15 0.00
141_C 40_Y 0.95 0.15 0.00
317_R 258_S 0.95 0.15 0.00
580_P 132_A 0.95 0.15 0.00
156_I 105_L 0.95 0.15 0.00
418_F 162_A 0.95 0.15 0.00
462_I 268_A 0.94 0.15 0.00
590_R 156_K 0.94 0.15 0.00
561_L 165_Y 0.94 0.15 0.00
566_D 143_E 0.94 0.15 0.00
288_A 309_S 0.94 0.15 0.00
445_G 285_G 0.94 0.15 0.00
609_L 109_Y 0.94 0.15 0.00
198_T 73_V 0.94 0.15 0.00
572_G 279_L 0.94 0.15 0.00
183_T 112_K 0.94 0.15 0.00
219_P 276_T 0.94 0.15 0.00
205_I 62_E 0.93 0.15 0.00
122_R 245_A 0.93 0.15 0.00
107_T 124_L 0.93 0.15 0.00
45_A 159_D 0.93 0.14 0.00
386_P 90_V 0.93 0.14 0.00
204_D 309_S 0.93 0.14 0.00
424_D 241_N 0.93 0.14 0.00
234_V 256_G 0.93 0.14 0.00
597_D 184_A 0.92 0.14 0.00
652_Q 140_L 0.92 0.14 0.00
542_D 126_A 0.92 0.14 0.00
349_D 306_K 0.92 0.14 0.00
244_I 73_V 0.92 0.14 0.00
131_S 121_S 0.92 0.14 0.00
567_I 247_L 0.92 0.14 0.00
590_R 107_G 0.92 0.14 0.00
541_F 243_F 0.92 0.14 0.00
124_Y 243_F 0.92 0.14 0.00
335_I 220_I 0.92 0.14 0.00
447_V 107_G 0.91 0.14 0.00
600_T 22_V 0.91 0.14 0.00
542_D 29_L 0.91 0.14 0.00
262_Y 195_L 0.91 0.14 0.00
239_P 264_G 0.91 0.14 0.00
582_A 289_L 0.91 0.14 0.00
117_A 100_F 0.91 0.14 0.00
261_I 308_K 0.91 0.14 0.00
67_A 173_V 0.91 0.14 0.00
511_D 309_S 0.91 0.14 0.00
380_V 198_H 0.91 0.14 0.00
71_G 92_V 0.91 0.14 0.00
539_Y 125_Q 0.91 0.14 0.00
655_C 170_E 0.91 0.14 0.00
547_R 79_I 0.90 0.14 0.00
471_Q 216_W 0.90 0.14 0.00
32_A 32_Q 0.90 0.14 0.00
185_S 77_A 0.90 0.14 0.00
198_T 71_F 0.90 0.14 0.00
52_Y 170_E 0.90 0.13 0.00
174_A 277_S 0.90 0.13 0.00
168_D 209_S 0.90 0.13 0.00
315_I 255_V 0.89 0.13 0.00
594_S 53_I 0.89 0.13 0.00
515_Q 268_A 0.89 0.13 0.00
36_H 27_D 0.89 0.13 0.00
604_I 77_A 0.89 0.13 0.00
668_E 243_F 0.89 0.13 0.00
503_N 72_V 0.89 0.13 0.00
312_G 293_Y 0.89 0.13 0.00
227_N 239_Y 0.88 0.13 0.00
295_A 73_V 0.88 0.13 0.00
50_T 294_S 0.88 0.13 0.00
219_P 121_S 0.88 0.13 0.00
470_G 184_A 0.88 0.13 0.00
149_E 92_V 0.88 0.13 0.00
460_V 94_T 0.88 0.13 0.00
294_S 97_R 0.88 0.13 0.00
71_G 297_L 0.88 0.13 0.00
482_Y 24_A 0.87 0.13 0.00
90_A 312_F 0.87 0.13 0.00
557_L 200_Y 0.87 0.13 0.00
367_I 201_L 0.87 0.13 0.00
427_G 260_G 0.87 0.13 0.00
612_K 255_V 0.87 0.13 0.00
461_R 105_L 0.87 0.13 0.00
602_R 203_A 0.87 0.13 0.00
443_I 154_S 0.87 0.12 0.00
168_D 45_A 0.87 0.12 0.00
114_Y 122_V 0.87 0.12 0.00
261_I 92_V 0.87 0.12 0.00
534_L 289_L 0.87 0.12 0.00
265_A 208_R 0.86 0.12 0.00
190_D 88_M 0.86 0.12 0.00
288_A 268_A 0.86 0.12 0.00
180_L 90_V 0.86 0.12 0.00
329_E 257_V 0.86 0.12 0.00
231_D 127_G 0.86 0.12 0.00
443_I 115_L 0.86 0.12 0.00
261_I 128_L 0.86 0.12 0.00
389_S 271_A 0.86 0.12 0.00
261_I 264_G 0.86 0.12 0.00
31_D 247_L 0.85 0.12 0.00
380_V 203_A 0.85 0.12 0.00
494_M 85_E 0.85 0.12 0.00
534_L 266_F 0.85 0.12 0.00
314_D 60_Q 0.85 0.12 0.00
115_K 210_I 0.85 0.12 0.00
424_D 85_E 0.85 0.12 0.00
617_S 266_F 0.85 0.12 0.00
195_S 230_R 0.85 0.12 0.00
443_I 177_S 0.85 0.12 0.00
170_G 287_H 0.85 0.12 0.00
579_G 241_N 0.85 0.12 0.00
82_K 131_T 0.85 0.12 0.00
117_A 266_F 0.85 0.12 0.00
154_Y 102_I 0.85 0.12 0.00
395_G 238_S 0.85 0.12 0.00
383_M 160_I 0.85 0.12 0.00
548_P 241_N 0.84 0.12 0.00
180_L 97_R 0.84 0.12 0.00
357_D 164_I 0.84 0.12 0.00
275_G 59_R 0.84 0.12 0.00
282_R 50_E 0.84 0.12 0.00
140_G 286_S 0.84 0.12 0.00
230_W 99_L 0.84 0.12 0.00
303_V 264_G 0.84 0.12 0.00
248_L 158_F 0.84 0.12 0.00
420_S 218_P 0.84 0.12 0.00
306_I 202_L 0.84 0.12 0.00
265_A 221_F 0.84 0.12 0.00
566_D 53_I 0.83 0.12 0.00
585_L 20_E 0.83 0.12 0.00
226_I 126_A 0.83 0.12 0.00
107_T 235_M 0.83 0.12 0.00
589_D 279_L 0.83 0.12 0.00
130_K 164_I 0.83 0.11 0.00
359_H 96_T 0.83 0.11 0.00
548_P 234_T 0.83 0.11 0.00
234_V 192_I 0.83 0.11 0.00
33_E 146_P 0.83 0.11 0.00
470_G 146_P 0.83 0.11 0.00
353_F 289_L 0.82 0.11 0.00
180_L 131_T 0.82 0.11 0.00
667_I 241_N 0.82 0.11 0.00
541_F 180_L 0.82 0.11 0.00
450_R 77_A 0.82 0.11 0.00
357_D 262_Q 0.82 0.11 0.00
602_R 160_I 0.82 0.11 0.00
123_G 72_V 0.82 0.11 0.00
177_A 71_F 0.82 0.11 0.00
258_T 227_H 0.82 0.11 0.00
460_V 105_L 0.82 0.11 0.00
652_Q 268_A 0.82 0.11 0.00
443_I 146_P 0.82 0.11 0.00
71_G 208_R 0.82 0.11 0.00
118_E 268_A 0.82 0.11 0.00
569_I 127_G 0.82 0.11 0.00
299_Y 72_V 0.82 0.11 0.00
344_P 60_Q 0.82 0.11 0.00
621_T 262_Q 0.81 0.11 0.00
362_L 158_F 0.81 0.11 0.00
541_F 221_F 0.81 0.11 0.00
29_L 186_P 0.81 0.11 0.00
103_R 216_W 0.81 0.11 0.00
571_L 197_R 0.81 0.11 0.00
521_V 45_A 0.81 0.11 0.00
205_I 279_L 0.81 0.11 0.00
306_I 309_S 0.81 0.11 0.00
541_F 73_V 0.81 0.11 0.00
666_V 306_K 0.81 0.11 0.00
597_D 15_T 0.81 0.11 0.00
38_R 306_K 0.81 0.11 0.00
602_R 146_P 0.81 0.11 0.00
458_A 88_M 0.81 0.11 0.00
441_T 285_G 0.81 0.11 0.00
577_R 235_M 0.81 0.11 0.00
622_V 126_A 0.81 0.11 0.00
617_S 169_K 0.80 0.11 0.00
84_L 281_K 0.80 0.11 0.00
35_A 203_A 0.80 0.11 0.00
496_A 268_A 0.80 0.11 0.00
299_Y 129_V 0.80 0.11 0.00
564_N 175_F 0.80 0.11 0.00
658_L 154_S 0.80 0.11 0.00
105_A 100_F 0.80 0.11 0.00
170_G 108_Q 0.80 0.11 0.00
445_G 312_F 0.80 0.11 0.00
598_Y 230_R 0.80 0.11 0.00
417_V 220_I 0.80 0.11 0.00
593_K 154_S 0.80 0.10 0.00
395_G 136_T 0.80 0.10 0.00
233_G 183_P 0.80 0.10 0.00
317_R 193_L 0.80 0.10 0.00
164_S 291_V 0.80 0.10 0.00
350_S 291_V 0.80 0.10 0.00
242_S 142_T 0.80 0.10 0.00
195_S 28_L 0.79 0.10 0.00
422_R 218_P 0.79 0.10 0.00
666_V 54_T 0.79 0.10 0.00
494_M 263_L 0.79 0.10 0.00
306_I 85_E 0.79 0.10 0.00
41_Y 257_V 0.79 0.10 0.00
90_A 256_G 0.79 0.10 0.00
241_G 116_F 0.79 0.10 0.00
177_A 265_K 0.79 0.10 0.00
139_E 254_A 0.79 0.10 0.00
482_Y 174_G 0.79 0.10 0.00
154_Y 85_E 0.79 0.10 0.00
272_W 138_V 0.79 0.10 0.00
324_S 57_H 0.79 0.10 0.00
259_V 290_L 0.79 0.10 0.00
600_T 131_T 0.79 0.10 0.00
497_G 252_T 0.79 0.10 0.00
45_A 138_V 0.79 0.10 0.00
94_G 214_F 0.78 0.10 0.00
657_Q 78_P 0.78 0.10 0.00
220_D 55_A 0.78 0.10 0.00
68_F 234_T 0.78 0.10 0.00
443_I 162_A 0.78 0.10 0.00
472_G 248_M 0.78 0.10 0.00
190_D 57_H 0.78 0.10 0.00
313_K 74_L 0.78 0.10 0.00
353_F 257_V 0.78 0.10 0.00
86_G 62_E 0.78 0.10 0.00
658_L 203_A 0.78 0.10 0.00
287_M 203_A 0.78 0.10 0.00
377_R 294_S 0.78 0.10 0.00
307_G 181_T 0.78 0.10 0.00
179_A 216_W 0.78 0.10 0.00
273_S 53_I 0.78 0.10 0.00
339_G 112_K 0.78 0.10 0.00
457_G 30_L 0.78 0.10 0.00
445_G 174_G 0.78 0.10 0.00
345_F 245_A 0.78 0.10 0.00
182_F 175_F 0.78 0.10 0.00
41_Y 59_R 0.78 0.10 0.00
124_Y 164_I 0.78 0.10 0.00
394_F 44_Y 0.78 0.10 0.00
599_L 69_K 0.78 0.10 0.00
196_S 298_S 0.78 0.10 0.00
97_D 79_I 0.78 0.10 0.00
172_A 238_S 0.78 0.10 0.00
78_G 253_Q 0.78 0.10 0.00
263_S 282_A 0.78 0.10 0.00
146_Q 124_L 0.78 0.10 0.00
544_A 201_L 0.78 0.10 0.00
460_V 148_I 0.78 0.10 0.00
667_I 18_G 0.77 0.10 0.00
334_D 266_F 0.77 0.10 0.00
234_V 260_G 0.77 0.10 0.00
272_W 284_W 0.77 0.10 0.00
102_L 110_A 0.77 0.10 0.00
76_A 260_G 0.77 0.10 0.00
357_D 47_M 0.77 0.10 0.00
28_K 119_D 0.77 0.10 0.00
114_Y 53_I 0.77 0.10 0.00
488_G 110_A 0.77 0.10 0.00
334_D 240_N 0.77 0.10 0.00
523_F 189_E 0.77 0.10 0.00
180_L 43_A 0.77 0.10 0.00
319_K 124_L 0.77 0.10 0.00
184_S 95_E 0.77 0.10 0.00
582_A 210_I 0.77 0.10 0.00
653_S 152_K 0.77 0.10 0.00
121_F 304_D 0.77 0.10 0.00
271_G 170_E 0.77 0.10 0.00
37_D 220_I 0.77 0.10 0.00
172_A 247_L 0.77 0.10 0.00
487_Q 259_L 0.77 0.10 0.00
266_R 107_G 0.76 0.10 0.00
460_V 121_S 0.76 0.10 0.00
368_F 73_V 0.76 0.10 0.00
286_R 160_I 0.76 0.10 0.00
585_L 295_F 0.76 0.10 0.00
649_E 217_H 0.76 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.301 seconds.