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OPENSEQ.org
hadgtg
Genes: A B A+B
Length: 384 430 804
Sequences: 7422 2395 58
Seq/Len: 19.33 5.57 0.07
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.37
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.02 0.01
2 0.08 0.02 0.01
5 0.08 0.02 0.03
10 0.09 0.02 0.05
20 0.09 0.02 0.07
100 0.11 0.03 0.33
∞ 0.18 0.04 1.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
174_A 32_L 1.56 0.18 0.00
379_G 182_E 1.51 0.17 0.00
16_V 176_I 1.50 0.16 0.00
346_M 164_V 1.45 0.15 0.00
176_A 137_V 1.45 0.15 0.00
119_V 28_K 1.42 0.14 0.00
370_A 241_I 1.41 0.14 0.00
202_I 153_F 1.40 0.14 0.00
280_D 29_E 1.39 0.14 0.00
202_I 343_T 1.37 0.13 0.00
202_I 415_S 1.35 0.13 0.00
181_L 215_E 1.32 0.12 0.00
159_R 76_L 1.31 0.12 0.00
343_Q 233_L 1.30 0.12 0.00
278_Q 79_S 1.29 0.12 0.00
190_I 324_L 1.28 0.12 0.00
337_V 209_E 1.28 0.12 0.00
73_I 151_G 1.27 0.11 0.00
234_S 138_T 1.25 0.11 0.00
320_L 242_T 1.25 0.11 0.00
48_T 227_I 1.25 0.11 0.00
202_I 241_I 1.23 0.11 0.00
191_A 415_S 1.23 0.11 0.00
42_Y 88_D 1.23 0.10 0.00
42_Y 183_G 1.22 0.10 0.00
220_A 195_S 1.21 0.10 0.00
323_A 402_F 1.20 0.10 0.00
259_M 65_V 1.19 0.10 0.00
125_K 353_T 1.18 0.10 0.00
64_N 331_P 1.18 0.10 0.00
370_A 334_V 1.17 0.10 0.00
328_G 193_V 1.17 0.10 0.00
79_D 66_R 1.16 0.10 0.00
64_N 78_I 1.16 0.09 0.00
184_G 259_D 1.14 0.09 0.00
220_A 202_D 1.13 0.09 0.00
157_A 407_T 1.12 0.09 0.00
159_R 405_T 1.11 0.09 0.00
357_F 24_L 1.11 0.09 0.00
17_A 245_E 1.11 0.09 0.00
337_V 405_T 1.10 0.09 0.00
217_E 97_I 1.10 0.09 0.00
135_V 227_I 1.09 0.08 0.00
83_Q 418_D 1.09 0.08 0.00
351_K 66_R 1.09 0.08 0.00
204_I 17_L 1.09 0.08 0.00
16_V 78_I 1.08 0.08 0.00
59_V 348_L 1.08 0.08 0.00
79_D 418_D 1.07 0.08 0.00
149_A 274_Y 1.06 0.08 0.00
119_V 379_G 1.06 0.08 0.00
327_A 379_G 1.06 0.08 0.00
149_A 369_E 1.06 0.08 0.00
335_D 405_T 1.06 0.08 0.00
220_A 28_K 1.06 0.08 0.00
190_I 297_L 1.05 0.08 0.00
234_S 405_T 1.05 0.08 0.00
164_E 232_A 1.04 0.08 0.00
357_F 26_S 1.04 0.08 0.00
268_K 254_A 1.04 0.08 0.00
49_L 107_E 1.04 0.08 0.00
66_L 19_L 1.04 0.08 0.00
27_L 65_V 1.04 0.08 0.00
181_L 268_V 1.03 0.08 0.00
346_M 63_L 1.03 0.08 0.00
220_A 104_S 1.02 0.07 0.00
59_V 225_E 1.02 0.07 0.00
114_Q 162_Y 1.01 0.07 0.00
333_D 417_E 1.01 0.07 0.00
41_A 36_I 1.01 0.07 0.00
357_F 29_E 1.01 0.07 0.00
48_T 141_T 1.00 0.07 0.00
149_A 144_A 1.00 0.07 0.00
166_K 89_E 1.00 0.07 0.00
279_T 177_T 1.00 0.07 0.00
191_A 349_R 0.99 0.07 0.00
243_E 182_E 0.99 0.07 0.00
333_D 158_G 0.99 0.07 0.00
346_M 79_S 0.99 0.07 0.00
47_E 193_V 0.99 0.07 0.00
220_A 241_I 0.99 0.07 0.00
140_I 17_L 0.99 0.07 0.00
73_I 47_R 0.98 0.07 0.00
202_I 132_I 0.98 0.07 0.00
348_M 289_W 0.98 0.07 0.00
120_L 245_E 0.98 0.07 0.00
174_A 399_L 0.98 0.07 0.00
135_V 356_V 0.97 0.07 0.00
91_F 263_W 0.97 0.07 0.00
52_Q 187_F 0.97 0.07 0.00
304_K 279_Y 0.97 0.07 0.00
379_G 399_L 0.97 0.07 0.00
373_I 53_N 0.97 0.07 0.00
43_T 67_V 0.96 0.07 0.00
294_K 177_T 0.96 0.07 0.00
377_V 242_T 0.96 0.07 0.00
202_I 237_N 0.96 0.07 0.00
59_V 142_R 0.96 0.07 0.00
181_L 187_F 0.96 0.07 0.00
306_E 276_S 0.96 0.07 0.00
337_V 79_S 0.95 0.07 0.00
168_I 371_Y 0.95 0.07 0.00
383_T 199_K 0.95 0.07 0.00
335_D 75_T 0.95 0.07 0.00
160_I 208_V 0.95 0.07 0.00
301_T 206_L 0.95 0.07 0.00
43_T 354_K 0.95 0.07 0.00
307_S 29_E 0.95 0.07 0.00
75_R 430_I 0.94 0.07 0.00
116_S 39_A 0.94 0.07 0.00
324_L 257_F 0.94 0.07 0.00
41_A 176_I 0.93 0.06 0.00
220_A 370_K 0.93 0.06 0.00
73_I 231_Q 0.93 0.06 0.00
149_A 403_A 0.93 0.06 0.00
79_D 241_I 0.93 0.06 0.00
123_M 5_E 0.92 0.06 0.00
15_C 176_I 0.92 0.06 0.00
328_G 261_L 0.92 0.06 0.00
47_E 26_S 0.92 0.06 0.00
202_I 4_Q 0.92 0.06 0.00
193_Y 357_L 0.92 0.06 0.00
64_N 62_E 0.92 0.06 0.00
158_G 199_K 0.92 0.06 0.00
182_D 143_A 0.92 0.06 0.00
304_K 244_E 0.92 0.06 0.00
349_V 416_L 0.91 0.06 0.00
193_Y 370_K 0.91 0.06 0.00
278_Q 72_D 0.91 0.06 0.00
203_S 379_G 0.91 0.06 0.00
125_K 107_E 0.91 0.06 0.00
158_G 188_L 0.91 0.06 0.00
204_I 141_T 0.91 0.06 0.00
309_V 187_F 0.91 0.06 0.00
5_I 418_D 0.91 0.06 0.00
156_D 427_Q 0.91 0.06 0.00
74_G 186_E 0.91 0.06 0.00
316_S 346_R 0.91 0.06 0.00
90_P 418_D 0.90 0.06 0.00
193_Y 230_A 0.90 0.06 0.00
220_A 369_E 0.90 0.06 0.00
60_T 67_V 0.90 0.06 0.00
207_I 379_G 0.90 0.06 0.00
323_A 294_K 0.90 0.06 0.00
123_M 180_L 0.90 0.06 0.00
288_A 259_D 0.89 0.06 0.00
178_A 200_Y 0.89 0.06 0.00
320_L 415_S 0.89 0.06 0.00
104_E 409_S 0.89 0.06 0.00
8_D 120_I 0.89 0.06 0.00
8_D 340_Q 0.89 0.06 0.00
10_G 120_I 0.89 0.06 0.00
10_G 340_Q 0.89 0.06 0.00
51_G 120_I 0.89 0.06 0.00
51_G 340_Q 0.89 0.06 0.00
134_P 67_V 0.89 0.06 0.00
299_K 107_E 0.89 0.06 0.00
25_R 365_K 0.88 0.06 0.00
220_A 62_E 0.88 0.06 0.00
168_I 358_Q 0.88 0.06 0.00
338_I 177_T 0.88 0.06 0.00
276_A 130_A 0.88 0.06 0.00
1_S 155_E 0.88 0.06 0.00
84_R 176_I 0.88 0.06 0.00
360_E 187_F 0.88 0.06 0.00
220_A 411_A 0.88 0.06 0.00
151_R 51_L 0.88 0.06 0.00
240_L 86_T 0.88 0.06 0.00
217_E 130_A 0.87 0.06 0.00
73_I 57_Y 0.87 0.06 0.00
256_P 162_Y 0.87 0.06 0.00
257_L 388_E 0.87 0.06 0.00
52_Q 232_A 0.87 0.06 0.00
115_I 94_L 0.87 0.06 0.00
119_V 202_D 0.87 0.06 0.00
50_V 238_K 0.87 0.06 0.00
164_E 379_G 0.87 0.06 0.00
4_I 274_Y 0.87 0.06 0.00
17_A 50_A 0.87 0.06 0.00
323_A 399_L 0.87 0.06 0.00
75_R 197_I 0.87 0.06 0.00
114_Q 295_H 0.87 0.06 0.00
31_E 348_L 0.87 0.06 0.00
126_T 289_W 0.87 0.06 0.00
39_I 251_K 0.87 0.06 0.00
181_L 382_L 0.86 0.06 0.00
289_D 284_A 0.86 0.06 0.00
193_Y 195_S 0.86 0.06 0.00
333_D 358_Q 0.86 0.06 0.00
383_T 194_R 0.86 0.06 0.00
155_K 187_F 0.86 0.06 0.00
346_M 308_D 0.86 0.06 0.00
240_L 394_E 0.86 0.06 0.00
169_I 208_V 0.86 0.06 0.00
44_Q 297_L 0.86 0.06 0.00
114_Q 314_M 0.86 0.06 0.00
41_A 373_T 0.86 0.06 0.00
357_F 289_W 0.86 0.06 0.00
164_E 405_T 0.86 0.06 0.00
63_Q 143_A 0.86 0.06 0.00
59_V 227_I 0.85 0.06 0.00
61_N 345_T 0.85 0.06 0.00
152_Q 197_I 0.85 0.06 0.00
152_Q 154_W 0.85 0.06 0.00
346_M 77_T 0.85 0.06 0.00
300_V 405_T 0.85 0.06 0.00
289_D 342_S 0.85 0.06 0.00
370_A 237_N 0.85 0.06 0.00
33_D 371_Y 0.85 0.06 0.00
207_I 203_H 0.85 0.06 0.00
50_V 317_Y 0.85 0.06 0.00
373_I 179_H 0.85 0.06 0.00
152_Q 360_L 0.85 0.06 0.00
189_T 47_R 0.85 0.06 0.00
174_A 156_S 0.85 0.06 0.00
89_M 414_V 0.85 0.06 0.00
4_I 322_R 0.85 0.06 0.00
329_L 418_D 0.85 0.06 0.00
125_K 382_L 0.85 0.06 0.00
130_Y 329_D 0.85 0.06 0.00
258_A 76_L 0.85 0.06 0.00
324_L 366_D 0.84 0.06 0.00
370_A 232_A 0.84 0.06 0.00
322_V 48_F 0.84 0.06 0.00
182_D 75_T 0.84 0.06 0.00
67_F 242_T 0.84 0.06 0.00
166_K 350_N 0.84 0.06 0.00
41_A 259_D 0.84 0.06 0.00
307_S 196_I 0.84 0.06 0.00
61_N 188_L 0.84 0.06 0.00
69_I 233_L 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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