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OPENSEQ.org
A-O
Genes: A B A+B
Length: 199 303 473
Sequences: 135 993 104
Seq/Len: 0.68 3.28 0.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.03
20 0.00 0.00 0.21
100 0.00 0.02 0.21
∞ 0.00 0.06 0.23
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
21_I 156_I 1.86 0.56 0.00
90_G 156_I 1.62 0.41 0.00
86_A 59_W 1.61 0.41 0.00
160_L 290_V 1.56 0.37 0.00
86_A 248_L 1.53 0.36 0.00
32_R 282_V 1.49 0.34 0.00
114_F 172_G 1.48 0.33 0.00
180_L 41_V 1.47 0.33 0.00
139_G 259_L 1.45 0.31 0.00
185_Q 192_G 1.45 0.31 0.00
30_P 51_S 1.44 0.31 0.00
50_N 280_E 1.41 0.29 0.00
143_L 54_I 1.40 0.29 0.00
90_G 291_E 1.35 0.26 0.00
107_L 83_W 1.34 0.26 0.00
185_Q 50_W 1.34 0.26 0.00
93_K 41_V 1.34 0.26 0.00
93_K 52_A 1.32 0.25 0.00
190_Y 289_G 1.32 0.25 0.00
160_L 172_G 1.31 0.25 0.00
82_L 135_P 1.30 0.24 0.00
46_R 273_G 1.29 0.23 0.00
30_P 191_L 1.28 0.23 0.00
54_L 267_V 1.28 0.23 0.00
27_Y 67_L 1.28 0.23 0.00
29_H 177_I 1.27 0.23 0.00
29_H 288_L 1.26 0.22 0.00
86_A 277_G 1.25 0.22 0.00
89_L 284_M 1.24 0.21 0.00
155_A 257_L 1.23 0.21 0.00
54_L 146_K 1.22 0.20 0.00
187_A 290_V 1.21 0.20 0.00
145_A 122_I 1.21 0.20 0.00
94_L 17_Q 1.20 0.20 0.00
27_Y 259_L 1.19 0.20 0.00
79_W 280_E 1.19 0.19 0.00
186_Y 169_I 1.18 0.19 0.00
79_W 157_G 1.18 0.19 0.00
187_A 172_G 1.16 0.18 0.00
33_L 14_L 1.16 0.18 0.00
79_W 279_G 1.15 0.18 0.00
108_P 130_W 1.15 0.18 0.00
163_P 19_A 1.15 0.18 0.00
54_L 186_C 1.15 0.18 0.00
188_Q 277_G 1.14 0.17 0.00
161_L 74_A 1.14 0.17 0.00
150_L 120_L 1.13 0.17 0.00
88_L 172_G 1.13 0.17 0.00
162_F 148_L 1.13 0.17 0.00
163_P 15_L 1.13 0.17 0.00
135_L 247_E 1.13 0.17 0.00
22_F 290_V 1.13 0.17 0.00
88_L 290_V 1.13 0.17 0.00
156_Q 243_V 1.12 0.17 0.00
22_F 276_L 1.12 0.17 0.00
54_L 153_R 1.12 0.17 0.00
29_H 291_E 1.11 0.17 0.00
20_I 247_E 1.11 0.17 0.00
51_E 68_A 1.11 0.16 0.00
64_K 284_M 1.11 0.16 0.00
79_W 173_D 1.11 0.16 0.00
85_V 82_P 1.10 0.16 0.00
86_A 204_E 1.10 0.16 0.00
115_L 84_L 1.10 0.16 0.00
24_P 290_V 1.10 0.16 0.00
21_I 277_G 1.10 0.16 0.00
161_L 251_M 1.09 0.16 0.00
17_W 203_V 1.09 0.16 0.00
134_F 194_F 1.09 0.16 0.00
24_P 280_E 1.09 0.16 0.00
27_Y 156_I 1.09 0.16 0.00
24_P 157_G 1.09 0.16 0.00
139_G 281_L 1.08 0.16 0.00
151_P 34_P 1.08 0.15 0.00
33_L 245_L 1.07 0.15 0.00
184_L 194_F 1.07 0.15 0.00
53_I 237_V 1.07 0.15 0.00
107_L 172_G 1.06 0.15 0.00
156_Q 231_P 1.06 0.15 0.00
24_P 248_L 1.05 0.15 0.00
40_I 84_L 1.05 0.15 0.00
29_H 6_R 1.05 0.15 0.00
79_W 281_L 1.05 0.15 0.00
24_P 279_G 1.05 0.15 0.00
78_Q 165_L 1.05 0.15 0.00
160_L 282_V 1.05 0.14 0.00
54_L 21_E 1.04 0.14 0.00
71_L 85_A 1.04 0.14 0.00
83_P 247_E 1.03 0.14 0.00
187_A 60_L 1.03 0.14 0.00
24_P 291_E 1.02 0.14 0.00
97_D 161_T 1.02 0.14 0.00
37_P 103_L 1.02 0.14 0.00
86_A 159_S 1.02 0.14 0.00
180_L 26_G 1.01 0.14 0.00
44_A 155_V 1.01 0.13 0.00
101_Q 144_R 1.01 0.13 0.00
93_K 184_V 1.01 0.13 0.00
151_P 26_G 1.01 0.13 0.00
24_P 173_D 1.01 0.13 0.00
21_I 162_Q 1.01 0.13 0.00
178_S 25_H 1.00 0.13 0.00
29_H 236_F 1.00 0.13 0.00
138_V 233_K 1.00 0.13 0.00
129_A 242_N 1.00 0.13 0.00
79_W 238_L 0.99 0.13 0.00
59_L 281_L 0.99 0.13 0.00
90_G 259_L 0.99 0.13 0.00
173_D 169_I 0.99 0.13 0.00
25_L 192_G 0.99 0.13 0.00
88_L 231_P 0.99 0.13 0.00
143_L 130_W 0.99 0.13 0.00
98_L 175_L 0.98 0.13 0.00
107_L 52_A 0.98 0.13 0.00
98_L 295_W 0.98 0.12 0.00
25_L 196_R 0.98 0.12 0.00
162_F 280_E 0.98 0.12 0.00
60_K 221_A 0.98 0.12 0.00
182_L 203_V 0.98 0.12 0.00
54_L 185_Y 0.98 0.12 0.00
94_L 148_L 0.98 0.12 0.00
37_P 192_G 0.98 0.12 0.00
190_Y 80_V 0.98 0.12 0.00
53_I 177_I 0.98 0.12 0.00
162_F 157_G 0.98 0.12 0.00
31_Q 266_N 0.98 0.12 0.00
129_A 216_N 0.97 0.12 0.00
35_I 58_D 0.97 0.12 0.00
158_F 266_N 0.97 0.12 0.00
186_Y 270_M 0.97 0.12 0.00
93_K 156_I 0.97 0.12 0.00
98_L 60_L 0.97 0.12 0.00
19_R 20_T 0.97 0.12 0.00
98_L 159_S 0.97 0.12 0.00
29_H 53_W 0.97 0.12 0.00
151_P 235_E 0.97 0.12 0.00
29_H 96_P 0.97 0.12 0.00
177_M 52_A 0.97 0.12 0.00
29_H 157_G 0.96 0.12 0.00
135_L 289_G 0.96 0.12 0.00
79_W 288_L 0.96 0.12 0.00
78_Q 104_C 0.96 0.12 0.00
187_A 280_E 0.96 0.12 0.00
22_F 184_V 0.96 0.12 0.00
124_S 7_Q 0.96 0.12 0.00
184_L 120_L 0.96 0.12 0.00
152_E 213_E 0.95 0.12 0.00
172_Q 62_H 0.95 0.12 0.00
92_H 70_A 0.95 0.12 0.00
158_F 284_M 0.95 0.12 0.00
24_P 281_L 0.95 0.12 0.00
157_R 231_P 0.95 0.12 0.00
47_A 204_E 0.95 0.12 0.00
157_R 254_Q 0.95 0.12 0.00
86_A 294_E 0.95 0.12 0.00
60_K 274_V 0.95 0.12 0.00
54_L 176_L 0.95 0.12 0.00
67_I 88_E 0.94 0.12 0.00
151_P 288_L 0.94 0.12 0.00
77_R 86_A 0.94 0.12 0.00
17_W 226_G 0.94 0.12 0.00
98_L 166_L 0.94 0.12 0.00
163_P 33_Y 0.94 0.12 0.00
90_G 157_G 0.94 0.12 0.00
94_L 60_L 0.94 0.12 0.00
69_N 289_G 0.94 0.12 0.00
137_S 226_G 0.94 0.11 0.00
20_I 22_C 0.94 0.11 0.00
45_A 93_L 0.94 0.11 0.00
187_A 180_S 0.94 0.11 0.00
172_Q 92_E 0.94 0.11 0.00
124_S 133_H 0.93 0.11 0.00
123_L 110_P 0.93 0.11 0.00
162_F 279_G 0.93 0.11 0.00
21_I 196_R 0.93 0.11 0.00
95_R 231_P 0.93 0.11 0.00
160_L 231_P 0.93 0.11 0.00
76_L 221_A 0.93 0.11 0.00
29_H 159_S 0.93 0.11 0.00
45_A 239_Y 0.93 0.11 0.00
79_W 236_F 0.93 0.11 0.00
158_F 246_A 0.93 0.11 0.00
131_N 155_V 0.93 0.11 0.00
117_M 243_V 0.93 0.11 0.00
51_E 212_E 0.93 0.11 0.00
141_A 170_G 0.93 0.11 0.00
55_A 189_K 0.93 0.11 0.00
157_R 280_E 0.92 0.11 0.00
105_L 60_L 0.92 0.11 0.00
49_A 161_T 0.92 0.11 0.00
162_F 54_I 0.92 0.11 0.00
157_R 157_G 0.92 0.11 0.00
138_V 226_G 0.92 0.11 0.00
108_P 258_S 0.92 0.11 0.00
93_K 271_A 0.92 0.11 0.00
47_A 64_S 0.92 0.11 0.00
138_V 222_E 0.91 0.11 0.00
82_L 145_P 0.91 0.11 0.00
33_L 287_T 0.91 0.11 0.00
150_L 231_P 0.91 0.11 0.00
27_Y 288_L 0.91 0.11 0.00
90_G 246_A 0.91 0.11 0.00
86_A 175_L 0.91 0.11 0.00
180_L 5_V 0.91 0.11 0.00
59_L 238_L 0.90 0.11 0.00
161_L 71_A 0.90 0.10 0.00
99_A 174_V 0.90 0.10 0.00
93_K 224_L 0.90 0.10 0.00
90_G 232_V 0.90 0.10 0.00
25_L 80_V 0.90 0.10 0.00
86_A 247_E 0.90 0.10 0.00
108_P 131_F 0.90 0.10 0.00
30_P 42_R 0.90 0.10 0.00
144_N 158_S 0.90 0.10 0.00
100_R 252_G 0.90 0.10 0.00
96_A 133_H 0.89 0.10 0.00
185_Q 130_W 0.89 0.10 0.00
146_L 103_L 0.89 0.10 0.00
162_F 173_D 0.89 0.10 0.00
190_Y 230_L 0.89 0.10 0.00
47_A 82_P 0.89 0.10 0.00
24_P 238_L 0.89 0.10 0.00
182_L 283_Q 0.89 0.10 0.00
188_Q 56_P 0.89 0.10 0.00
187_A 157_G 0.89 0.10 0.00
139_G 280_E 0.89 0.10 0.00
92_H 286_D 0.89 0.10 0.00
135_L 276_L 0.89 0.10 0.00
154_L 70_A 0.89 0.10 0.00
135_L 59_W 0.89 0.10 0.00
173_D 147_M 0.89 0.10 0.00
180_L 230_L 0.89 0.10 0.00
105_L 265_L 0.89 0.10 0.00
112_Q 22_C 0.89 0.10 0.00
135_L 153_R 0.88 0.10 0.00
114_F 296_L 0.88 0.10 0.00
66_C 202_I 0.88 0.10 0.00
163_P 42_R 0.88 0.10 0.00
131_N 112_S 0.88 0.10 0.00
48_A 156_I 0.88 0.10 0.00
139_G 157_G 0.88 0.10 0.00
176_E 239_Y 0.88 0.10 0.00
176_E 278_N 0.88 0.10 0.00
161_L 161_T 0.88 0.10 0.00
114_F 290_V 0.88 0.10 0.00
160_L 257_L 0.88 0.10 0.00
79_W 277_G 0.88 0.10 0.00
166_I 190_K 0.88 0.10 0.00
110_W 295_W 0.88 0.10 0.00
29_H 173_D 0.87 0.10 0.00
29_H 247_E 0.87 0.10 0.00
19_R 161_T 0.87 0.10 0.00
91_C 98_L 0.87 0.10 0.00
183_A 149_R 0.87 0.10 0.00
180_L 283_Q 0.87 0.10 0.00
186_Y 233_K 0.87 0.10 0.00
22_F 79_L 0.87 0.10 0.00
98_L 59_W 0.87 0.10 0.00
157_R 279_G 0.87 0.10 0.00
162_F 291_E 0.87 0.10 0.00
51_E 227_L 0.87 0.10 0.00
186_Y 52_A 0.87 0.10 0.00
169_A 123_M 0.87 0.10 0.00
69_N 7_Q 0.86 0.10 0.00
142_Q 76_A 0.86 0.10 0.00
173_D 93_L 0.86 0.10 0.00
183_A 246_A 0.86 0.10 0.00
55_A 47_E 0.86 0.10 0.00
99_A 273_G 0.86 0.10 0.00
44_A 244_T 0.86 0.10 0.00
22_F 71_A 0.86 0.10 0.00
24_P 288_L 0.85 0.10 0.00
71_L 289_G 0.85 0.10 0.00
145_A 257_L 0.85 0.10 0.00
129_A 61_E 0.85 0.09 0.00
181_L 64_S 0.85 0.09 0.00
161_L 269_I 0.85 0.09 0.00
46_R 289_G 0.85 0.09 0.00
108_P 257_L 0.85 0.09 0.00
81_R 55_K 0.85 0.09 0.00
139_G 230_L 0.85 0.09 0.00
154_L 263_A 0.85 0.09 0.00
49_A 96_P 0.85 0.09 0.00
46_R 294_E 0.85 0.09 0.00
30_P 273_G 0.85 0.09 0.00
99_A 289_G 0.85 0.09 0.00
135_L 234_L 0.85 0.09 0.00
46_R 90_P 0.84 0.09 0.00
183_A 296_L 0.84 0.09 0.00
118_H 289_G 0.84 0.09 0.00
56_A 295_W 0.84 0.09 0.00
67_I 286_D 0.84 0.09 0.00
117_M 28_E 0.84 0.09 0.00
90_G 173_D 0.84 0.09 0.00
143_L 91_F 0.84 0.09 0.00
138_V 43_L 0.84 0.09 0.00
98_L 238_L 0.84 0.09 0.00
122_S 62_H 0.84 0.09 0.00
60_K 163_R 0.84 0.09 0.00
170_L 58_D 0.84 0.09 0.00
182_L 76_A 0.84 0.09 0.00
143_L 174_V 0.84 0.09 0.00
157_R 173_D 0.84 0.09 0.00
139_G 279_G 0.84 0.09 0.00
34_Q 191_L 0.83 0.09 0.00
186_Y 280_E 0.83 0.09 0.00
151_P 231_P 0.83 0.09 0.00
182_L 22_C 0.83 0.09 0.00
29_H 269_I 0.83 0.09 0.00
59_L 237_V 0.83 0.09 0.00
60_K 169_I 0.83 0.09 0.00
22_F 269_I 0.83 0.09 0.00
116_A 251_M 0.83 0.09 0.00
98_L 125_D 0.83 0.09 0.00
18_Q 267_V 0.83 0.09 0.00
86_A 170_G 0.83 0.09 0.00
81_R 226_G 0.83 0.09 0.00
135_L 63_V 0.83 0.09 0.00
50_N 175_L 0.83 0.09 0.00
146_L 199_G 0.83 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10388 0.22 A-O Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done
7477 0.1 A-O Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
7476 0.08 A-O Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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