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OPENSEQ.org
grasx10
Genes: A B A+B
Length: 307 346 633
Sequences: 101 12508 57
Seq/Len: 0.33 36.15 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.47
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.03
5 0.01 0.01 0.03
10 0.01 0.03 0.03
20 0.01 0.05 0.03
100 0.01 0.11 0.05
∞ 0.06 0.20 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
53_F 56_I 1.79 0.29 0.00
303_M 19_F 1.70 0.26 0.00
144_V 324_V 1.60 0.22 0.00
89_L 192_V 1.36 0.15 0.00
92_I 277_I 1.36 0.15 0.00
259_D 173_R 1.35 0.15 0.00
181_M 274_M 1.34 0.15 0.00
106_V 95_T 1.33 0.14 0.00
70_F 198_L 1.33 0.14 0.00
5_V 296_M 1.28 0.13 0.00
106_V 278_F 1.28 0.13 0.00
221_I 262_I 1.27 0.13 0.00
274_A 47_V 1.26 0.13 0.00
63_N 184_D 1.25 0.13 0.00
228_S 20_W 1.23 0.12 0.00
92_I 141_L 1.20 0.12 0.00
302_N 8_V 1.20 0.12 0.00
225_I 63_F 1.20 0.12 0.00
144_V 247_V 1.20 0.12 0.00
53_F 51_L 1.19 0.11 0.00
297_L 19_F 1.17 0.11 0.00
209_L 280_R 1.15 0.11 0.00
17_Y 282_F 1.15 0.11 0.00
104_N 97_D 1.14 0.10 0.00
90_T 117_L 1.14 0.10 0.00
295_S 33_L 1.13 0.10 0.00
186_G 328_F 1.13 0.10 0.00
70_F 9_Y 1.12 0.10 0.00
146_V 262_I 1.12 0.10 0.00
126_G 59_I 1.12 0.10 0.00
228_S 23_F 1.11 0.10 0.00
274_A 12_K 1.11 0.10 0.00
26_A 326_L 1.11 0.10 0.00
48_I 234_I 1.11 0.10 0.00
260_Y 220_V 1.10 0.10 0.00
294_Q 296_M 1.10 0.10 0.00
87_R 326_L 1.09 0.10 0.00
94_A 319_G 1.09 0.10 0.00
245_R 277_I 1.09 0.10 0.00
19_S 54_T 1.09 0.10 0.00
106_V 294_S 1.09 0.10 0.00
106_V 61_T 1.08 0.10 0.00
94_A 309_G 1.08 0.09 0.00
19_S 34_I 1.08 0.09 0.00
294_Q 32_S 1.08 0.09 0.00
268_I 112_D 1.07 0.09 0.00
106_V 76_K 1.06 0.09 0.00
210_A 124_I 1.05 0.09 0.00
41_D 282_F 1.05 0.09 0.00
294_Q 27_L 1.05 0.09 0.00
156_V 31_I 1.05 0.09 0.00
124_R 208_I 1.05 0.09 0.00
34_Y 227_C 1.04 0.09 0.00
15_G 134_P 1.04 0.09 0.00
70_F 170_Y 1.04 0.09 0.00
32_S 328_F 1.04 0.09 0.00
70_F 306_D 1.04 0.09 0.00
125_L 278_F 1.04 0.09 0.00
111_Y 101_R 1.04 0.09 0.00
73_D 135_V 1.03 0.09 0.00
177_F 12_K 1.03 0.09 0.00
280_M 25_N 1.03 0.09 0.00
209_L 176_S 1.03 0.09 0.00
302_N 7_V 1.03 0.09 0.00
105_Q 51_L 1.03 0.09 0.00
130_T 254_I 1.03 0.09 0.00
53_F 149_E 1.03 0.09 0.00
303_M 40_I 1.02 0.09 0.00
61_A 200_R 1.02 0.09 0.00
84_S 171_I 1.02 0.09 0.00
228_S 79_E 1.02 0.09 0.00
30_T 171_I 1.02 0.09 0.00
189_V 194_D 1.02 0.08 0.00
286_V 32_S 1.01 0.08 0.00
227_L 312_L 1.01 0.08 0.00
18_L 13_S 1.01 0.08 0.00
64_Q 58_L 1.01 0.08 0.00
70_F 34_I 1.00 0.08 0.00
118_D 196_I 1.00 0.08 0.00
114_G 133_T 1.00 0.08 0.00
297_L 25_N 1.00 0.08 0.00
122_I 22_L 0.99 0.08 0.00
69_V 53_L 0.99 0.08 0.00
127_A 91_F 0.99 0.08 0.00
271_F 34_I 0.99 0.08 0.00
210_A 296_M 0.99 0.08 0.00
14_I 273_D 0.99 0.08 0.00
45_M 179_K 0.99 0.08 0.00
249_E 279_E 0.99 0.08 0.00
212_F 245_Y 0.99 0.08 0.00
212_F 238_A 0.98 0.08 0.00
272_I 22_L 0.98 0.08 0.00
278_K 23_F 0.98 0.08 0.00
302_N 238_A 0.98 0.08 0.00
92_I 159_S 0.98 0.08 0.00
4_K 191_M 0.98 0.08 0.00
96_N 132_K 0.97 0.08 0.00
111_Y 58_L 0.97 0.08 0.00
126_G 124_I 0.97 0.08 0.00
176_H 269_I 0.97 0.08 0.00
35_P 121_E 0.97 0.08 0.00
158_S 8_V 0.97 0.08 0.00
159_T 262_I 0.97 0.08 0.00
137_L 28_M 0.97 0.08 0.00
5_V 260_L 0.96 0.08 0.00
293_F 37_D 0.96 0.08 0.00
229_G 129_H 0.96 0.08 0.00
229_G 237_N 0.96 0.08 0.00
229_G 297_G 0.96 0.08 0.00
244_F 129_H 0.96 0.08 0.00
244_F 237_N 0.96 0.08 0.00
244_F 297_G 0.96 0.08 0.00
266_W 129_H 0.96 0.08 0.00
266_W 237_N 0.96 0.08 0.00
266_W 297_G 0.96 0.08 0.00
41_D 309_G 0.96 0.08 0.00
92_I 49_L 0.96 0.08 0.00
136_N 19_F 0.96 0.07 0.00
297_L 40_I 0.95 0.07 0.00
28_L 231_I 0.95 0.07 0.00
34_Y 299_Y 0.95 0.07 0.00
69_V 247_V 0.95 0.07 0.00
162_V 271_K 0.95 0.07 0.00
212_F 23_F 0.94 0.07 0.00
258_Y 128_V 0.94 0.07 0.00
302_N 324_V 0.94 0.07 0.00
178_I 118_N 0.94 0.07 0.00
297_L 245_Y 0.94 0.07 0.00
210_A 109_K 0.94 0.07 0.00
265_F 302_D 0.94 0.07 0.00
83_Q 21_I 0.94 0.07 0.00
210_A 32_S 0.94 0.07 0.00
281_I 33_L 0.93 0.07 0.00
99_R 151_K 0.93 0.07 0.00
53_F 271_K 0.93 0.07 0.00
140_K 323_T 0.93 0.07 0.00
237_V 7_V 0.93 0.07 0.00
224_L 64_K 0.92 0.07 0.00
177_F 187_S 0.92 0.07 0.00
216_E 56_I 0.92 0.07 0.00
30_T 47_V 0.92 0.07 0.00
250_S 195_E 0.92 0.07 0.00
294_Q 194_D 0.92 0.07 0.00
302_N 34_I 0.92 0.07 0.00
44_E 213_D 0.92 0.07 0.00
294_Q 11_L 0.92 0.07 0.00
22_I 14_R 0.92 0.07 0.00
279_M 40_I 0.92 0.07 0.00
212_F 114_Q 0.91 0.07 0.00
280_M 13_S 0.91 0.07 0.00
139_F 40_I 0.91 0.07 0.00
217_T 271_K 0.91 0.07 0.00
274_A 280_R 0.91 0.07 0.00
286_V 33_L 0.91 0.07 0.00
272_I 261_I 0.91 0.07 0.00
110_I 187_S 0.91 0.07 0.00
302_N 16_N 0.91 0.07 0.00
286_V 40_I 0.91 0.07 0.00
295_S 16_N 0.90 0.07 0.00
105_Q 63_F 0.90 0.07 0.00
276_M 12_K 0.90 0.07 0.00
200_I 313_Q 0.90 0.07 0.00
259_D 205_V 0.90 0.07 0.00
292_D 33_L 0.90 0.07 0.00
198_F 56_I 0.89 0.07 0.00
5_V 326_L 0.89 0.07 0.00
259_D 192_V 0.89 0.07 0.00
190_K 274_M 0.89 0.07 0.00
212_F 324_V 0.89 0.07 0.00
104_N 93_R 0.89 0.07 0.00
91_L 208_I 0.89 0.07 0.00
4_K 120_H 0.88 0.07 0.00
94_A 44_F 0.88 0.07 0.00
31_I 321_G 0.88 0.07 0.00
8_A 131_I 0.88 0.07 0.00
228_S 21_I 0.88 0.07 0.00
64_Q 16_N 0.88 0.07 0.00
106_V 215_K 0.88 0.07 0.00
107_K 199_T 0.88 0.07 0.00
104_N 59_I 0.88 0.07 0.00
272_I 15_K 0.88 0.07 0.00
18_L 254_I 0.88 0.07 0.00
297_L 22_L 0.88 0.07 0.00
106_V 194_D 0.88 0.07 0.00
215_E 132_K 0.88 0.07 0.00
149_Q 154_L 0.87 0.07 0.00
99_R 273_D 0.87 0.07 0.00
274_A 43_L 0.87 0.07 0.00
298_K 33_L 0.87 0.06 0.00
189_V 195_E 0.87 0.06 0.00
105_Q 250_S 0.87 0.06 0.00
279_M 95_T 0.87 0.06 0.00
264_L 274_M 0.87 0.06 0.00
279_M 33_L 0.87 0.06 0.00
231_L 264_D 0.87 0.06 0.00
85_S 303_S 0.86 0.06 0.00
179_A 263_K 0.86 0.06 0.00
197_Q 69_Y 0.86 0.06 0.00
83_Q 287_N 0.86 0.06 0.00
104_N 58_L 0.86 0.06 0.00
163_V 220_V 0.86 0.06 0.00
231_L 52_S 0.86 0.06 0.00
70_F 333_E 0.86 0.06 0.00
15_G 298_L 0.86 0.06 0.00
66_D 160_R 0.86 0.06 0.00
247_I 40_I 0.86 0.06 0.00
104_N 306_D 0.86 0.06 0.00
276_M 15_K 0.86 0.06 0.00
145_N 224_I 0.86 0.06 0.00
18_L 188_L 0.86 0.06 0.00
74_P 135_V 0.85 0.06 0.00
127_A 152_Q 0.85 0.06 0.00
259_D 82_K 0.85 0.06 0.00
228_S 27_L 0.85 0.06 0.00
158_S 16_N 0.85 0.06 0.00
8_A 321_G 0.85 0.06 0.00
268_I 328_F 0.85 0.06 0.00
15_G 295_G 0.85 0.06 0.00
31_I 7_V 0.85 0.06 0.00
144_V 319_G 0.85 0.06 0.00
278_K 27_L 0.85 0.06 0.00
83_Q 23_F 0.85 0.06 0.00
5_V 126_E 0.85 0.06 0.00
225_I 56_I 0.85 0.06 0.00
64_Q 73_E 0.85 0.06 0.00
292_D 230_I 0.85 0.06 0.00
259_D 188_L 0.85 0.06 0.00
69_V 132_K 0.84 0.06 0.00
302_N 68_L 0.84 0.06 0.00
231_L 67_K 0.84 0.06 0.00
302_N 144_Q 0.84 0.06 0.00
31_I 33_L 0.84 0.06 0.00
5_V 143_D 0.84 0.06 0.00
89_L 287_N 0.84 0.06 0.00
51_D 188_L 0.84 0.06 0.00
276_M 104_L 0.84 0.06 0.00
96_N 295_G 0.84 0.06 0.00
126_G 115_L 0.84 0.06 0.00
144_V 112_D 0.84 0.06 0.00
47_W 329_P 0.84 0.06 0.00
294_Q 118_N 0.84 0.06 0.00
69_V 88_E 0.83 0.06 0.00
145_N 238_A 0.83 0.06 0.00
291_K 13_S 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10137 0.09 grasx10 Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10135 0.09 Grasx9 Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-06, 4) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
10134 0 Grasx8 Δgene:(1, 1) A:(1E-60, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
10133 0 Grasx7 Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 4) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
10131 1.18 Grasx6 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 2) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10130 1.2 Grasx5 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 4) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10129 0.68 Grasx4 Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10128 0.16 Grasx3 Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10127 0.09 grasx2 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
10126 0.72 grasx1 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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