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OPENSEQ.org
Grasx9
Genes: A B A+B
Length: 307 346 635
Sequences: 94 8891 54
Seq/Len: 0.31 25.7 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.55
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.03
5 0.01 0.01 0.03
10 0.01 0.02 0.03
20 0.01 0.04 0.03
100 0.01 0.09 0.04
∞ 0.05 0.18 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
268_I 277_I 2.07 0.42 0.01
144_V 324_V 1.87 0.33 0.00
249_E 279_E 1.74 0.27 0.00
92_I 277_I 1.55 0.21 0.00
89_L 192_V 1.51 0.19 0.00
70_F 198_L 1.49 0.19 0.00
167_G 277_I 1.46 0.18 0.00
303_M 19_F 1.43 0.17 0.00
23_E 304_V 1.41 0.16 0.00
181_M 274_M 1.39 0.16 0.00
259_D 173_R 1.38 0.16 0.00
260_Y 203_S 1.34 0.15 0.00
11_T 296_M 1.33 0.14 0.00
228_S 20_W 1.32 0.14 0.00
47_W 329_P 1.30 0.14 0.00
221_I 262_I 1.30 0.14 0.00
98_G 164_M 1.28 0.13 0.00
111_Y 188_L 1.27 0.13 0.00
286_V 32_S 1.26 0.13 0.00
302_N 8_V 1.25 0.12 0.00
53_F 56_I 1.24 0.12 0.00
210_A 124_I 1.23 0.12 0.00
228_S 23_F 1.21 0.12 0.00
297_L 15_K 1.20 0.12 0.00
70_F 9_Y 1.19 0.11 0.00
70_F 34_I 1.19 0.11 0.00
96_N 132_K 1.19 0.11 0.00
274_A 12_K 1.19 0.11 0.00
94_A 309_G 1.18 0.11 0.00
94_A 319_G 1.16 0.11 0.00
63_N 191_M 1.16 0.11 0.00
5_V 323_T 1.15 0.11 0.00
260_Y 279_E 1.15 0.11 0.00
295_S 33_L 1.14 0.10 0.00
106_V 247_V 1.13 0.10 0.00
26_A 326_L 1.13 0.10 0.00
231_L 67_K 1.12 0.10 0.00
228_S 79_E 1.11 0.10 0.00
245_R 322_T 1.11 0.10 0.00
247_I 19_F 1.11 0.10 0.00
224_L 64_K 1.10 0.10 0.00
212_F 114_Q 1.10 0.10 0.00
280_M 243_E 1.09 0.10 0.00
7_L 130_D 1.09 0.10 0.00
162_V 271_K 1.09 0.10 0.00
144_V 121_E 1.08 0.10 0.00
106_V 194_D 1.08 0.09 0.00
294_Q 296_M 1.08 0.09 0.00
260_Y 223_D 1.08 0.09 0.00
206_V 55_L 1.08 0.09 0.00
294_Q 27_L 1.07 0.09 0.00
130_T 315_T 1.07 0.09 0.00
106_V 48_S 1.06 0.09 0.00
255_I 207_G 1.06 0.09 0.00
11_T 56_I 1.06 0.09 0.00
212_F 238_A 1.05 0.09 0.00
302_N 7_V 1.05 0.09 0.00
156_V 31_I 1.04 0.09 0.00
106_V 294_S 1.04 0.09 0.00
177_F 12_K 1.04 0.09 0.00
8_A 321_G 1.04 0.09 0.00
5_V 136_T 1.03 0.09 0.00
303_M 40_I 1.03 0.09 0.00
45_M 280_R 1.03 0.09 0.00
68_A 133_T 1.03 0.09 0.00
162_V 261_I 1.02 0.09 0.00
70_F 306_D 1.02 0.08 0.00
126_G 59_I 1.02 0.08 0.00
158_S 8_V 1.02 0.08 0.00
64_Q 325_K 1.01 0.08 0.00
92_I 260_L 1.01 0.08 0.00
189_V 67_K 1.01 0.08 0.00
103_I 191_M 1.00 0.08 0.00
122_I 22_L 1.00 0.08 0.00
293_F 37_D 1.00 0.08 0.00
272_I 22_L 0.99 0.08 0.00
45_M 179_K 0.99 0.08 0.00
174_V 233_Q 0.99 0.08 0.00
61_A 82_K 0.99 0.08 0.00
254_Y 185_Y 0.99 0.08 0.00
48_I 130_D 0.99 0.08 0.00
4_K 120_H 0.98 0.08 0.00
271_F 34_I 0.98 0.08 0.00
255_I 261_I 0.98 0.08 0.00
4_K 184_D 0.98 0.08 0.00
64_Q 73_E 0.97 0.08 0.00
217_T 271_K 0.97 0.08 0.00
202_I 149_E 0.97 0.08 0.00
303_M 15_K 0.97 0.08 0.00
210_A 296_M 0.96 0.08 0.00
189_V 194_D 0.96 0.08 0.00
276_M 12_K 0.96 0.08 0.00
137_L 271_K 0.96 0.08 0.00
111_Y 316_S 0.96 0.07 0.00
261_I 127_F 0.96 0.07 0.00
118_D 225_K 0.96 0.07 0.00
302_N 238_A 0.96 0.07 0.00
297_L 40_I 0.96 0.07 0.00
70_F 54_T 0.95 0.07 0.00
255_I 211_D 0.95 0.07 0.00
146_V 282_F 0.95 0.07 0.00
178_I 118_N 0.95 0.07 0.00
245_R 316_S 0.95 0.07 0.00
118_D 196_I 0.95 0.07 0.00
125_L 223_D 0.95 0.07 0.00
228_S 77_E 0.95 0.07 0.00
302_N 16_N 0.95 0.07 0.00
86_A 316_S 0.94 0.07 0.00
108_K 231_I 0.94 0.07 0.00
128_Y 140_L 0.94 0.07 0.00
31_I 7_V 0.94 0.07 0.00
237_V 7_V 0.94 0.07 0.00
160_M 95_T 0.94 0.07 0.00
99_R 125_T 0.94 0.07 0.00
302_N 34_I 0.94 0.07 0.00
83_Q 21_I 0.94 0.07 0.00
212_F 23_F 0.94 0.07 0.00
14_I 273_D 0.94 0.07 0.00
274_A 47_V 0.94 0.07 0.00
302_N 324_V 0.94 0.07 0.00
295_S 16_N 0.94 0.07 0.00
9_G 129_H 0.94 0.07 0.00
9_G 237_N 0.94 0.07 0.00
9_G 297_G 0.94 0.07 0.00
12_G 129_H 0.94 0.07 0.00
12_G 237_N 0.94 0.07 0.00
12_G 297_G 0.94 0.07 0.00
100_A 129_H 0.94 0.07 0.00
100_A 237_N 0.94 0.07 0.00
100_A 297_G 0.94 0.07 0.00
229_G 129_H 0.94 0.07 0.00
229_G 237_N 0.94 0.07 0.00
229_G 297_G 0.94 0.07 0.00
244_F 129_H 0.94 0.07 0.00
244_F 237_N 0.94 0.07 0.00
244_F 297_G 0.94 0.07 0.00
262_P 129_H 0.94 0.07 0.00
262_P 237_N 0.94 0.07 0.00
262_P 297_G 0.94 0.07 0.00
266_W 129_H 0.94 0.07 0.00
266_W 237_N 0.94 0.07 0.00
266_W 297_G 0.94 0.07 0.00
11_T 306_D 0.94 0.07 0.00
19_S 34_I 0.93 0.07 0.00
297_L 245_Y 0.93 0.07 0.00
177_F 187_S 0.93 0.07 0.00
106_V 95_T 0.93 0.07 0.00
260_Y 70_R 0.93 0.07 0.00
294_Q 194_D 0.93 0.07 0.00
173_V 211_D 0.93 0.07 0.00
258_Y 128_V 0.92 0.07 0.00
22_I 14_R 0.92 0.07 0.00
65_I 210_F 0.92 0.07 0.00
167_G 212_I 0.92 0.07 0.00
169_T 282_F 0.92 0.07 0.00
179_A 263_K 0.92 0.07 0.00
47_W 235_L 0.92 0.07 0.00
280_M 13_S 0.92 0.07 0.00
58_V 173_R 0.92 0.07 0.00
280_M 179_K 0.92 0.07 0.00
139_F 40_I 0.92 0.07 0.00
297_L 19_F 0.92 0.07 0.00
106_V 12_K 0.92 0.07 0.00
188_F 114_Q 0.91 0.07 0.00
228_S 21_I 0.91 0.07 0.00
84_S 52_S 0.91 0.07 0.00
84_S 171_I 0.91 0.07 0.00
70_F 170_Y 0.91 0.07 0.00
294_Q 11_L 0.91 0.07 0.00
218_A 146_E 0.91 0.07 0.00
228_S 333_E 0.91 0.07 0.00
92_I 159_S 0.91 0.07 0.00
286_V 33_L 0.90 0.07 0.00
63_N 330_L 0.90 0.07 0.00
156_V 19_F 0.90 0.07 0.00
278_K 8_V 0.90 0.07 0.00
278_K 23_F 0.90 0.07 0.00
126_G 124_I 0.90 0.07 0.00
65_I 217_D 0.90 0.07 0.00
11_T 260_L 0.90 0.07 0.00
203_K 164_M 0.90 0.07 0.00
64_Q 48_S 0.90 0.07 0.00
68_A 301_V 0.90 0.07 0.00
297_L 9_Y 0.90 0.07 0.00
94_A 44_F 0.90 0.07 0.00
78_S 238_A 0.90 0.07 0.00
41_D 53_L 0.90 0.07 0.00
247_I 40_I 0.89 0.07 0.00
292_D 33_L 0.89 0.07 0.00
6_L 293_S 0.89 0.07 0.00
140_K 164_M 0.89 0.07 0.00
64_Q 112_D 0.89 0.07 0.00
34_Y 227_C 0.89 0.07 0.00
83_Q 287_N 0.89 0.07 0.00
276_M 11_L 0.89 0.07 0.00
88_D 298_L 0.89 0.07 0.00
83_Q 23_F 0.89 0.07 0.00
279_M 32_S 0.88 0.07 0.00
212_F 97_D 0.88 0.07 0.00
197_Q 317_T 0.88 0.07 0.00
128_Y 136_T 0.88 0.07 0.00
118_D 210_F 0.88 0.07 0.00
106_V 312_L 0.88 0.07 0.00
274_A 143_D 0.88 0.07 0.00
70_F 48_S 0.88 0.07 0.00
231_L 223_D 0.88 0.07 0.00
95_D 134_P 0.88 0.07 0.00
78_S 239_L 0.88 0.07 0.00
111_Y 308_L 0.88 0.07 0.00
297_L 39_P 0.88 0.07 0.00
298_K 33_L 0.88 0.07 0.00
294_Q 32_S 0.88 0.07 0.00
273_Q 135_V 0.87 0.07 0.00
35_P 121_E 0.87 0.07 0.00
245_R 188_L 0.87 0.07 0.00
158_S 16_N 0.87 0.07 0.00
302_N 15_K 0.87 0.07 0.00
106_V 210_F 0.87 0.07 0.00
64_Q 41_D 0.87 0.06 0.00
188_F 124_I 0.87 0.06 0.00
282_H 171_I 0.87 0.06 0.00
137_L 279_E 0.87 0.06 0.00
116_R 138_M 0.87 0.06 0.00
128_Y 164_M 0.87 0.06 0.00
63_N 249_I 0.87 0.06 0.00
279_M 40_I 0.87 0.06 0.00
274_A 43_L 0.86 0.06 0.00
294_Q 95_T 0.86 0.06 0.00
96_N 321_G 0.86 0.06 0.00
96_N 264_D 0.86 0.06 0.00
61_A 231_I 0.86 0.06 0.00
70_F 7_V 0.86 0.06 0.00
265_F 302_D 0.86 0.06 0.00
129_G 91_F 0.86 0.06 0.00
211_V 97_D 0.86 0.06 0.00
274_A 95_T 0.86 0.06 0.00
58_V 131_I 0.86 0.06 0.00
5_V 260_L 0.85 0.06 0.00
276_M 8_V 0.85 0.06 0.00
11_T 200_R 0.85 0.06 0.00
137_L 28_M 0.85 0.06 0.00
161_K 296_M 0.85 0.06 0.00
130_T 252_E 0.85 0.06 0.00
260_Y 77_E 0.85 0.06 0.00
294_Q 118_N 0.85 0.06 0.00
65_I 165_L 0.85 0.06 0.00
254_Y 282_F 0.85 0.06 0.00
15_G 266_G 0.85 0.06 0.00
15_G 268_G 0.85 0.06 0.00
104_N 296_M 0.84 0.06 0.00
302_N 41_D 0.84 0.06 0.00
76_K 65_E 0.84 0.06 0.00
128_Y 157_E 0.84 0.06 0.00
54_H 164_M 0.84 0.06 0.00
210_A 109_K 0.84 0.06 0.00
182_G 143_D 0.84 0.06 0.00
30_T 108_D 0.84 0.06 0.00
162_V 51_L 0.84 0.06 0.00
281_I 33_L 0.84 0.06 0.00
302_N 303_S 0.84 0.06 0.00
303_M 245_Y 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
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