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OPENSEQ.org
grasx2
Genes: A B A+B
Length: 307 346 632
Sequences: 96 19045 59
Seq/Len: 0.31 55.04 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.58
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.01 0.01 0.03
5 0.01 0.02 0.03
10 0.01 0.04 0.03
20 0.01 0.07 0.03
100 0.01 0.15 0.05
∞ 0.05 0.22 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
144_V 324_V 1.81 0.30 0.00
254_Y 282_F 1.60 0.22 0.00
146_V 262_I 1.52 0.20 0.00
110_I 239_L 1.42 0.17 0.00
303_M 19_F 1.42 0.17 0.00
245_R 316_S 1.36 0.15 0.00
228_S 20_W 1.34 0.15 0.00
84_S 171_I 1.33 0.14 0.00
221_I 262_I 1.33 0.14 0.00
70_F 198_L 1.31 0.14 0.00
286_V 32_S 1.30 0.14 0.00
110_I 302_D 1.30 0.14 0.00
69_V 247_V 1.29 0.14 0.00
130_T 312_L 1.27 0.13 0.00
249_E 279_E 1.27 0.13 0.00
228_S 23_F 1.27 0.13 0.00
63_N 184_D 1.25 0.13 0.00
212_F 238_A 1.25 0.13 0.00
125_L 278_F 1.25 0.13 0.00
98_G 164_M 1.25 0.13 0.00
20_E 67_K 1.23 0.12 0.00
22_I 289_N 1.22 0.12 0.00
104_N 306_D 1.22 0.12 0.00
132_V 169_L 1.21 0.12 0.00
268_I 235_L 1.21 0.12 0.00
302_N 8_V 1.19 0.11 0.00
70_F 9_Y 1.18 0.11 0.00
76_K 199_T 1.17 0.11 0.00
63_N 330_L 1.15 0.11 0.00
210_A 296_M 1.15 0.11 0.00
264_L 274_M 1.15 0.11 0.00
48_I 234_I 1.15 0.10 0.00
210_A 124_I 1.14 0.10 0.00
126_G 124_I 1.13 0.10 0.00
128_Y 132_K 1.13 0.10 0.00
23_E 304_V 1.13 0.10 0.00
110_I 187_S 1.13 0.10 0.00
295_S 33_L 1.12 0.10 0.00
228_S 79_E 1.12 0.10 0.00
247_I 19_F 1.12 0.10 0.00
181_M 112_D 1.12 0.10 0.00
294_Q 296_M 1.12 0.10 0.00
94_A 319_G 1.11 0.10 0.00
92_I 192_V 1.10 0.10 0.00
5_V 280_R 1.09 0.10 0.00
297_L 15_K 1.09 0.10 0.00
177_F 12_K 1.09 0.10 0.00
94_A 309_G 1.09 0.10 0.00
70_F 306_D 1.09 0.10 0.00
89_L 192_V 1.09 0.10 0.00
294_Q 27_L 1.08 0.09 0.00
303_M 40_I 1.08 0.09 0.00
274_A 12_K 1.08 0.09 0.00
297_L 19_F 1.07 0.09 0.00
53_F 51_L 1.06 0.09 0.00
139_F 40_I 1.05 0.09 0.00
155_D 157_E 1.04 0.09 0.00
53_F 245_Y 1.04 0.09 0.00
122_I 22_L 1.04 0.09 0.00
92_I 277_I 1.03 0.09 0.00
280_M 243_E 1.03 0.09 0.00
64_Q 320_K 1.03 0.09 0.00
195_H 53_L 1.03 0.09 0.00
8_A 242_S 1.03 0.09 0.00
17_Y 282_F 1.03 0.09 0.00
95_D 268_G 1.02 0.08 0.00
72_I 210_F 1.02 0.08 0.00
125_L 169_L 1.02 0.08 0.00
302_N 7_V 1.02 0.08 0.00
260_Y 200_R 1.01 0.08 0.00
258_Y 128_V 1.01 0.08 0.00
127_A 152_Q 1.01 0.08 0.00
278_K 23_F 1.01 0.08 0.00
107_K 277_I 1.01 0.08 0.00
274_A 280_R 1.00 0.08 0.00
232_V 243_E 1.00 0.08 0.00
257_L 233_Q 1.00 0.08 0.00
143_L 54_T 0.99 0.08 0.00
190_K 274_M 0.99 0.08 0.00
127_A 115_L 0.99 0.08 0.00
43_V 279_E 0.98 0.08 0.00
104_N 56_I 0.98 0.08 0.00
279_M 32_S 0.98 0.08 0.00
228_S 77_E 0.98 0.08 0.00
272_I 22_L 0.98 0.08 0.00
127_A 164_M 0.98 0.08 0.00
202_I 279_E 0.98 0.08 0.00
303_M 15_K 0.97 0.08 0.00
156_V 31_I 0.97 0.08 0.00
4_K 120_H 0.97 0.08 0.00
158_S 8_V 0.97 0.08 0.00
245_R 273_D 0.97 0.08 0.00
294_Q 11_L 0.97 0.08 0.00
6_L 233_Q 0.97 0.08 0.00
170_L 233_Q 0.97 0.08 0.00
220_G 312_L 0.97 0.08 0.00
260_Y 279_E 0.97 0.08 0.00
146_V 196_I 0.96 0.08 0.00
225_I 302_D 0.96 0.08 0.00
282_H 171_I 0.96 0.08 0.00
92_I 150_R 0.96 0.08 0.00
106_V 61_T 0.96 0.07 0.00
245_R 322_T 0.95 0.07 0.00
24_N 140_L 0.95 0.07 0.00
53_F 56_I 0.95 0.07 0.00
260_Y 166_D 0.94 0.07 0.00
52_I 210_F 0.94 0.07 0.00
279_M 40_I 0.94 0.07 0.00
279_M 33_L 0.94 0.07 0.00
105_Q 63_F 0.94 0.07 0.00
234_K 247_V 0.94 0.07 0.00
276_M 12_K 0.94 0.07 0.00
302_N 34_I 0.94 0.07 0.00
237_V 7_V 0.94 0.07 0.00
242_L 132_K 0.94 0.07 0.00
302_N 238_A 0.94 0.07 0.00
107_K 67_K 0.94 0.07 0.00
76_K 223_D 0.94 0.07 0.00
103_I 79_E 0.94 0.07 0.00
209_L 49_L 0.94 0.07 0.00
293_F 37_D 0.94 0.07 0.00
302_N 16_N 0.93 0.07 0.00
64_Q 306_D 0.93 0.07 0.00
228_S 333_E 0.93 0.07 0.00
161_K 296_M 0.93 0.07 0.00
9_G 129_H 0.93 0.07 0.00
9_G 134_P 0.93 0.07 0.00
9_G 237_N 0.93 0.07 0.00
9_G 295_G 0.93 0.07 0.00
9_G 297_G 0.93 0.07 0.00
12_G 129_H 0.93 0.07 0.00
12_G 134_P 0.93 0.07 0.00
12_G 237_N 0.93 0.07 0.00
12_G 295_G 0.93 0.07 0.00
12_G 297_G 0.93 0.07 0.00
100_A 129_H 0.93 0.07 0.00
100_A 134_P 0.93 0.07 0.00
100_A 237_N 0.93 0.07 0.00
100_A 295_G 0.93 0.07 0.00
100_A 297_G 0.93 0.07 0.00
244_F 129_H 0.93 0.07 0.00
244_F 134_P 0.93 0.07 0.00
244_F 237_N 0.93 0.07 0.00
244_F 295_G 0.93 0.07 0.00
244_F 297_G 0.93 0.07 0.00
262_P 129_H 0.93 0.07 0.00
262_P 134_P 0.93 0.07 0.00
262_P 237_N 0.93 0.07 0.00
262_P 295_G 0.93 0.07 0.00
262_P 297_G 0.93 0.07 0.00
266_W 129_H 0.93 0.07 0.00
266_W 134_P 0.93 0.07 0.00
266_W 237_N 0.93 0.07 0.00
266_W 295_G 0.93 0.07 0.00
266_W 297_G 0.93 0.07 0.00
96_N 316_S 0.93 0.07 0.00
228_S 21_I 0.93 0.07 0.00
212_F 143_D 0.92 0.07 0.00
295_S 16_N 0.92 0.07 0.00
294_Q 194_D 0.92 0.07 0.00
140_K 132_K 0.92 0.07 0.00
180_W 239_L 0.92 0.07 0.00
271_F 34_I 0.92 0.07 0.00
144_V 245_Y 0.92 0.07 0.00
31_I 7_V 0.92 0.07 0.00
137_L 28_M 0.92 0.07 0.00
70_F 55_L 0.91 0.07 0.00
70_F 34_I 0.91 0.07 0.00
76_K 299_Y 0.91 0.07 0.00
259_D 147_N 0.91 0.07 0.00
146_V 231_I 0.91 0.07 0.00
302_N 324_V 0.91 0.07 0.00
124_R 208_I 0.90 0.07 0.00
80_K 300_L 0.90 0.07 0.00
259_D 49_L 0.90 0.07 0.00
280_M 13_S 0.90 0.07 0.00
30_T 164_M 0.90 0.07 0.00
137_L 279_E 0.90 0.07 0.00
218_A 112_D 0.90 0.07 0.00
83_Q 21_I 0.90 0.07 0.00
8_A 175_E 0.90 0.07 0.00
108_K 231_I 0.90 0.07 0.00
19_S 34_I 0.90 0.07 0.00
228_S 25_N 0.90 0.07 0.00
20_E 320_K 0.90 0.07 0.00
41_D 311_Q 0.89 0.07 0.00
212_F 21_I 0.89 0.07 0.00
278_K 27_L 0.89 0.07 0.00
77_N 40_I 0.89 0.07 0.00
106_V 12_K 0.89 0.07 0.00
250_S 262_I 0.89 0.07 0.00
233_K 235_L 0.89 0.07 0.00
265_F 302_D 0.89 0.07 0.00
212_F 23_F 0.89 0.07 0.00
274_A 122_Q 0.89 0.07 0.00
139_F 164_M 0.89 0.07 0.00
13_Y 157_E 0.89 0.07 0.00
69_V 143_D 0.89 0.07 0.00
169_T 284_S 0.89 0.07 0.00
54_H 308_L 0.89 0.07 0.00
99_R 171_I 0.89 0.07 0.00
189_V 146_E 0.89 0.07 0.00
79_A 277_I 0.88 0.07 0.00
276_M 8_V 0.88 0.07 0.00
83_Q 23_F 0.88 0.07 0.00
95_D 264_D 0.88 0.07 0.00
45_M 68_L 0.88 0.07 0.00
72_I 320_K 0.88 0.07 0.00
181_M 326_L 0.88 0.07 0.00
70_F 30_G 0.88 0.07 0.00
18_L 133_T 0.88 0.07 0.00
94_A 44_F 0.88 0.07 0.00
103_I 175_E 0.87 0.07 0.00
131_P 213_D 0.87 0.07 0.00
294_Q 32_S 0.87 0.07 0.00
162_V 51_L 0.87 0.07 0.00
141_R 319_G 0.87 0.07 0.00
14_I 255_D 0.87 0.07 0.00
302_N 15_K 0.87 0.06 0.00
186_G 308_L 0.87 0.06 0.00
272_I 149_E 0.87 0.06 0.00
286_V 40_I 0.87 0.06 0.00
292_D 33_L 0.87 0.06 0.00
14_I 72_F 0.87 0.06 0.00
19_S 238_A 0.87 0.06 0.00
165_P 133_T 0.87 0.06 0.00
31_I 233_Q 0.87 0.06 0.00
35_P 121_E 0.87 0.06 0.00
167_G 167_T 0.87 0.06 0.00
177_F 109_K 0.86 0.06 0.00
80_K 322_T 0.86 0.06 0.00
8_A 198_L 0.86 0.06 0.00
276_M 44_F 0.86 0.06 0.00
233_K 312_L 0.86 0.06 0.00
245_R 269_I 0.86 0.06 0.00
113_P 43_L 0.86 0.06 0.00
118_D 312_L 0.86 0.06 0.00
32_S 294_S 0.86 0.06 0.00
271_F 44_F 0.86 0.06 0.00
195_H 325_K 0.85 0.06 0.00
40_T 164_M 0.85 0.06 0.00
98_G 70_R 0.85 0.06 0.00
88_D 247_V 0.85 0.06 0.00
7_L 234_I 0.85 0.06 0.00
255_I 261_I 0.85 0.06 0.00
8_A 290_E 0.85 0.06 0.00
94_A 28_M 0.85 0.06 0.00
274_A 143_D 0.85 0.06 0.00
247_I 212_I 0.85 0.06 0.00
60_A 53_L 0.85 0.06 0.00
264_L 169_L 0.85 0.06 0.00
51_D 133_T 0.85 0.06 0.00
56_E 59_I 0.85 0.06 0.00
69_V 213_D 0.85 0.06 0.00
294_Q 210_F 0.84 0.06 0.00
122_I 330_L 0.84 0.06 0.00
298_K 33_L 0.84 0.06 0.00
106_V 300_L 0.84 0.06 0.00
200_I 313_Q 0.84 0.06 0.00
228_S 27_L 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10137 0.09 grasx10 Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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10134 0 Grasx8 Δgene:(1, 1) A:(1E-60, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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