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OPENSEQ.org
sfb-rnase
Genes: A B A+B
Length: 376 223 558
Sequences: 3165 682 84
Seq/Len: 8.42 3.06 0.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.01
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.22 0.04 0.02
2 0.24 0.04 0.02
5 0.27 0.04 0.03
10 0.28 0.05 0.03
20 0.29 0.05 0.04
100 0.32 0.05 0.07
∞ 0.38 0.05 0.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
119_C 130_Q 1.48 0.26 0.00
293_W 115_W 1.45 0.24 0.00
6_H 174_T 1.36 0.21 0.00
14_I 115_W 1.28 0.18 0.00
42_F 121_C 1.26 0.17 0.00
15_L 214_C 1.23 0.16 0.00
25_R 161_W 1.22 0.16 0.00
284_D 44_V 1.22 0.16 0.00
138_V 155_P 1.21 0.16 0.00
42_F 208_C 1.17 0.15 0.00
29_T 136_Y 1.17 0.14 0.00
116_G 37_W 1.15 0.14 0.00
116_G 99_W 1.15 0.14 0.00
116_G 111_W 1.15 0.14 0.00
116_G 119_G 1.15 0.14 0.00
116_G 132_F 1.15 0.14 0.00
116_G 182_C 1.15 0.14 0.00
116_G 197_C 1.15 0.14 0.00
142_R 128_Q 1.13 0.14 0.00
19_P 52_P 1.13 0.14 0.00
237_S 153_I 1.12 0.13 0.00
14_I 101_D 1.12 0.13 0.00
7_K 194_V 1.11 0.13 0.00
293_W 37_W 1.10 0.13 0.00
293_W 99_W 1.10 0.13 0.00
293_W 111_W 1.10 0.13 0.00
293_W 119_G 1.10 0.13 0.00
293_W 132_F 1.10 0.13 0.00
293_W 182_C 1.10 0.13 0.00
293_W 197_C 1.10 0.13 0.00
186_V 88_S 1.09 0.13 0.00
194_W 37_W 1.07 0.12 0.00
194_W 99_W 1.07 0.12 0.00
194_W 111_W 1.07 0.12 0.00
194_W 119_G 1.07 0.12 0.00
194_W 132_F 1.07 0.12 0.00
194_W 182_C 1.07 0.12 0.00
194_W 197_C 1.07 0.12 0.00
236_D 131_Y 1.06 0.12 0.00
102_L 143_N 1.06 0.12 0.00
18_L 64_W 1.06 0.12 0.00
89_N 194_V 1.05 0.12 0.00
194_W 131_Y 1.05 0.12 0.00
116_G 191_L 1.04 0.12 0.00
167_S 187_N 1.04 0.11 0.00
201_P 153_I 1.03 0.11 0.00
118_V 116_N 1.03 0.11 0.00
185_E 222_F 1.01 0.11 0.00
299_F 93_A 1.01 0.11 0.00
286_W 115_W 1.00 0.11 0.00
171_A 169_P 1.00 0.11 0.00
15_L 208_C 0.99 0.10 0.00
135_N 38_P 0.99 0.10 0.00
116_G 121_C 0.98 0.10 0.00
189_L 77_C 0.97 0.10 0.00
184_V 95_L 0.97 0.10 0.00
218_G 191_L 0.96 0.10 0.00
187_Y 112_E 0.96 0.10 0.00
14_I 37_W 0.96 0.10 0.00
14_I 99_W 0.96 0.10 0.00
14_I 111_W 0.96 0.10 0.00
14_I 119_G 0.96 0.10 0.00
14_I 132_F 0.96 0.10 0.00
14_I 182_C 0.96 0.10 0.00
14_I 197_C 0.96 0.10 0.00
42_F 38_P 0.96 0.10 0.00
10_I 79_G 0.95 0.10 0.00
33_W 59_T 0.95 0.10 0.00
268_L 31_F 0.95 0.10 0.00
27_L 40_T 0.95 0.10 0.00
18_L 122_S 0.95 0.09 0.00
167_S 139_W 0.94 0.09 0.00
33_W 121_C 0.94 0.09 0.00
299_F 155_P 0.94 0.09 0.00
14_I 59_T 0.94 0.09 0.00
6_H 194_V 0.93 0.09 0.00
160_F 130_Q 0.93 0.09 0.00
293_W 121_C 0.93 0.09 0.00
169_Y 38_P 0.93 0.09 0.00
116_G 42_C 0.92 0.09 0.00
291_K 55_L 0.92 0.09 0.00
286_W 191_L 0.92 0.09 0.00
116_G 115_W 0.92 0.09 0.00
301_Y 207_D 0.92 0.09 0.00
26_F 117_K 0.91 0.09 0.00
240_E 122_S 0.91 0.09 0.00
170_K 179_L 0.91 0.09 0.00
142_R 31_F 0.91 0.09 0.00
116_G 208_C 0.91 0.09 0.00
26_F 36_Q 0.91 0.09 0.00
25_R 52_P 0.90 0.09 0.00
36_L 170_I 0.90 0.09 0.00
162_F 79_G 0.90 0.09 0.00
241_E 78_N 0.90 0.09 0.00
171_A 95_L 0.90 0.09 0.00
162_F 81_R 0.90 0.09 0.00
18_L 110_F 0.89 0.09 0.00
42_F 37_W 0.89 0.09 0.00
42_F 99_W 0.89 0.09 0.00
42_F 111_W 0.89 0.09 0.00
42_F 119_G 0.89 0.09 0.00
42_F 132_F 0.89 0.09 0.00
42_F 182_C 0.89 0.09 0.00
42_F 197_C 0.89 0.09 0.00
115_N 193_E 0.89 0.09 0.00
58_Y 71_P 0.89 0.08 0.00
286_W 37_W 0.89 0.08 0.00
286_W 99_W 0.89 0.08 0.00
286_W 111_W 0.89 0.08 0.00
286_W 119_G 0.89 0.08 0.00
286_W 132_F 0.89 0.08 0.00
286_W 182_C 0.89 0.08 0.00
286_W 197_C 0.89 0.08 0.00
288_L 161_W 0.89 0.08 0.00
195_K 42_C 0.89 0.08 0.00
18_L 178_P 0.89 0.08 0.00
194_W 121_C 0.88 0.08 0.00
217_N 114_E 0.88 0.08 0.00
313_I 138_M 0.88 0.08 0.00
144_P 58_F 0.88 0.08 0.00
132_H 40_T 0.88 0.08 0.00
293_W 191_L 0.88 0.08 0.00
293_W 95_L 0.87 0.08 0.00
337_D 139_W 0.87 0.08 0.00
135_N 37_W 0.87 0.08 0.00
135_N 99_W 0.87 0.08 0.00
135_N 111_W 0.87 0.08 0.00
135_N 119_G 0.87 0.08 0.00
135_N 132_F 0.87 0.08 0.00
135_N 182_C 0.87 0.08 0.00
135_N 197_C 0.87 0.08 0.00
30_C 131_Y 0.87 0.08 0.00
18_L 118_H 0.87 0.08 0.00
43_G 35_Q 0.87 0.08 0.00
293_W 42_C 0.87 0.08 0.00
241_E 209_N 0.86 0.08 0.00
285_L 184_W 0.86 0.08 0.00
218_G 131_Y 0.86 0.08 0.00
320_L 149_K 0.86 0.08 0.00
136_P 58_F 0.86 0.08 0.00
18_L 61_H 0.86 0.08 0.00
192_N 196_F 0.86 0.08 0.00
186_V 122_S 0.85 0.08 0.00
174_M 170_I 0.85 0.08 0.00
185_E 220_I 0.85 0.08 0.00
45_T 135_S 0.85 0.08 0.00
295_Q 61_H 0.85 0.08 0.00
293_W 208_C 0.85 0.08 0.00
192_N 71_P 0.85 0.08 0.00
54_L 128_Q 0.85 0.08 0.00
217_N 101_D 0.85 0.08 0.00
219_V 40_T 0.84 0.08 0.00
337_D 79_G 0.84 0.08 0.00
111_Y 169_P 0.84 0.08 0.00
87_F 180_L 0.84 0.08 0.00
221_Y 92_R 0.84 0.08 0.00
333_L 101_D 0.84 0.08 0.00
26_F 70_N 0.84 0.08 0.00
169_Y 64_W 0.84 0.08 0.00
299_F 95_L 0.83 0.07 0.00
33_W 208_C 0.83 0.07 0.00
18_L 65_P 0.83 0.07 0.00
144_P 42_C 0.83 0.07 0.00
32_S 95_L 0.83 0.07 0.00
115_N 206_I 0.83 0.07 0.00
218_G 193_E 0.83 0.07 0.00
169_Y 37_W 0.83 0.07 0.00
169_Y 99_W 0.83 0.07 0.00
169_Y 111_W 0.83 0.07 0.00
169_Y 119_G 0.83 0.07 0.00
169_Y 132_F 0.83 0.07 0.00
169_Y 182_C 0.83 0.07 0.00
169_Y 197_C 0.83 0.07 0.00
8_K 97_I 0.83 0.07 0.00
236_D 38_P 0.82 0.07 0.00
235_F 178_P 0.82 0.07 0.00
204_L 139_W 0.82 0.07 0.00
194_W 42_C 0.82 0.07 0.00
169_Y 61_H 0.82 0.07 0.00
169_Y 115_W 0.82 0.07 0.00
194_W 115_W 0.82 0.07 0.00
147_S 169_P 0.82 0.07 0.00
10_I 97_I 0.82 0.07 0.00
42_F 166_I 0.82 0.07 0.00
10_I 166_I 0.82 0.07 0.00
101_P 40_T 0.81 0.07 0.00
191_T 221_K 0.81 0.07 0.00
186_V 177_T 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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