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OPENSEQ.org
010809_2
Genes: A B A+B
Length: 795 178 947
Sequences: 817 453 348
Seq/Len: 1.03 2.54 0.37
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.30
10 0.00 0.01 0.34
20 0.03 0.01 0.36
100 0.04 0.02 0.36
∞ 0.13 0.11 0.37
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
576_V 125_D 1.66 0.59 0.00
736_P 69_S 1.62 0.56 0.00
614_D 69_S 1.55 0.51 0.00
152_M 132_V 1.51 0.48 0.00
699_N 137_L 1.45 0.44 0.00
658_F 114_G 1.44 0.43 0.00
85_L 111_L 1.40 0.40 0.00
685_L 129_F 1.39 0.40 0.00
511_P 51_L 1.38 0.39 0.00
335_F 51_L 1.37 0.39 0.00
590_F 132_V 1.36 0.38 0.00
597_D 126_A 1.35 0.37 0.00
594_S 21_L 1.33 0.36 0.00
443_F 134_A 1.33 0.35 0.00
81_A 74_I 1.33 0.35 0.00
515_A 131_G 1.32 0.35 0.00
789_G 67_P 1.31 0.35 0.00
84_L 125_D 1.31 0.34 0.00
741_R 91_L 1.31 0.34 0.00
560_V 84_D 1.30 0.34 0.00
755_N 86_A 1.29 0.33 0.00
333_P 134_A 1.28 0.33 0.00
694_Y 60_N 1.28 0.32 0.00
253_D 134_A 1.28 0.32 0.00
552_L 59_I 1.28 0.32 0.00
716_S 70_V 1.27 0.32 0.00
685_L 83_F 1.27 0.32 0.00
737_W 69_S 1.26 0.32 0.00
549_V 131_G 1.26 0.32 0.00
744_G 114_G 1.26 0.31 0.00
497_E 132_V 1.25 0.30 0.00
335_F 176_K 1.25 0.30 0.00
674_V 55_A 1.24 0.30 0.00
126_Q 69_S 1.24 0.30 0.00
308_L 83_F 1.23 0.30 0.00
223_M 98_I 1.23 0.29 0.00
543_A 88_Y 1.23 0.29 0.00
595_A 23_G 1.23 0.29 0.00
582_E 57_E 1.23 0.29 0.00
115_P 51_L 1.22 0.29 0.00
722_G 69_S 1.22 0.29 0.00
560_V 119_V 1.22 0.29 0.00
398_G 55_A 1.22 0.29 0.00
184_L 78_K 1.21 0.28 0.00
130_L 74_I 1.21 0.28 0.00
216_N 165_V 1.21 0.28 0.00
707_P 146_W 1.20 0.28 0.00
332_V 26_L 1.19 0.27 0.00
246_D 70_V 1.19 0.27 0.00
698_R 69_S 1.19 0.27 0.00
244_H 33_G 1.18 0.27 0.00
69_R 129_F 1.18 0.26 0.00
591_N 62_S 1.17 0.26 0.00
498_L 131_G 1.17 0.26 0.00
696_Q 69_S 1.16 0.26 0.00
607_F 69_S 1.16 0.25 0.00
773_T 23_G 1.15 0.25 0.00
654_I 41_L 1.15 0.25 0.00
676_L 69_S 1.14 0.25 0.00
402_L 61_T 1.14 0.24 0.00
409_S 163_I 1.14 0.24 0.00
750_G 130_T 1.13 0.24 0.00
556_A 148_V 1.12 0.24 0.00
40_Y 65_G 1.12 0.23 0.00
706_W 24_C 1.12 0.23 0.00
176_Y 90_A 1.11 0.23 0.00
793_T 74_I 1.11 0.23 0.00
615_T 126_A 1.10 0.22 0.00
549_V 25_G 1.10 0.22 0.00
773_T 45_Q 1.10 0.22 0.00
576_V 71_V 1.10 0.22 0.00
617_Y 40_S 1.10 0.22 0.00
629_L 56_R 1.09 0.22 0.00
120_D 23_G 1.09 0.22 0.00
746_G 133_A 1.09 0.22 0.00
482_K 97_E 1.09 0.22 0.00
580_F 123_L 1.09 0.22 0.00
94_N 136_F 1.09 0.22 0.00
593_R 19_L 1.09 0.22 0.00
537_M 104_I 1.08 0.22 0.00
629_L 136_F 1.08 0.22 0.00
746_G 146_W 1.08 0.21 0.00
545_L 150_L 1.08 0.21 0.00
276_V 165_V 1.07 0.21 0.00
468_G 111_L 1.07 0.21 0.00
552_L 134_A 1.07 0.21 0.00
648_L 55_A 1.06 0.21 0.00
395_W 60_N 1.06 0.21 0.00
589_P 60_N 1.06 0.21 0.00
671_V 172_L 1.06 0.20 0.00
215_N 116_S 1.06 0.20 0.00
227_W 108_D 1.06 0.20 0.00
572_W 113_P 1.05 0.20 0.00
674_V 74_I 1.05 0.20 0.00
99_S 136_F 1.05 0.20 0.00
609_P 134_A 1.05 0.20 0.00
202_L 146_W 1.05 0.20 0.00
591_N 137_L 1.05 0.20 0.00
572_W 76_Q 1.04 0.20 0.00
602_A 26_L 1.04 0.20 0.00
89_W 111_L 1.04 0.20 0.00
532_F 93_T 1.04 0.20 0.00
739_Q 137_L 1.04 0.20 0.00
281_K 110_W 1.04 0.19 0.00
545_L 89_Q 1.04 0.19 0.00
700_Y 111_L 1.04 0.19 0.00
550_G 49_L 1.04 0.19 0.00
170_Q 147_R 1.03 0.19 0.00
748_L 74_I 1.03 0.19 0.00
332_V 132_V 1.03 0.19 0.00
241_L 37_A 1.03 0.19 0.00
361_W 146_W 1.03 0.19 0.00
748_L 21_L 1.03 0.19 0.00
195_S 127_A 1.03 0.19 0.00
606_F 110_W 1.03 0.19 0.00
671_V 74_I 1.03 0.19 0.00
242_M 22_S 1.03 0.19 0.00
242_M 163_I 1.02 0.19 0.00
280_Q 82_S 1.02 0.19 0.00
650_T 147_R 1.02 0.19 0.00
210_D 163_I 1.02 0.19 0.00
556_A 62_S 1.02 0.19 0.00
272_Y 147_R 1.02 0.19 0.00
45_L 130_T 1.02 0.19 0.00
420_V 73_R 1.02 0.18 0.00
334_Q 88_Y 1.01 0.18 0.00
206_R 137_L 1.01 0.18 0.00
704_L 15_A 1.01 0.18 0.00
685_L 89_Q 1.01 0.18 0.00
593_R 18_S 1.01 0.18 0.00
287_P 152_R 1.01 0.18 0.00
493_Q 51_L 1.01 0.18 0.00
501_Y 74_I 1.01 0.18 0.00
672_E 72_V 1.01 0.18 0.00
692_V 105_A 1.01 0.18 0.00
430_A 161_R 1.00 0.18 0.00
49_A 17_F 1.00 0.18 0.00
421_I 70_V 1.00 0.18 0.00
698_R 46_I 1.00 0.18 0.00
515_A 142_K 1.00 0.18 0.00
508_A 134_A 1.00 0.18 0.00
678_G 65_G 1.00 0.18 0.00
480_V 55_A 1.00 0.18 0.00
291_R 176_K 0.99 0.17 0.00
354_E 72_V 0.99 0.17 0.00
208_L 90_A 0.99 0.17 0.00
145_D 86_A 0.99 0.17 0.00
181_F 100_A 0.99 0.17 0.00
585_A 31_A 0.99 0.17 0.00
685_L 66_I 0.98 0.17 0.00
426_P 77_L 0.98 0.17 0.00
276_V 85_S 0.98 0.17 0.00
453_E 58_A 0.98 0.17 0.00
332_V 76_Q 0.98 0.17 0.00
666_G 79_D 0.98 0.17 0.00
564_A 62_S 0.98 0.17 0.00
209_E 151_G 0.98 0.17 0.00
391_Y 35_V 0.98 0.17 0.00
181_F 70_V 0.98 0.17 0.00
478_L 131_G 0.98 0.17 0.00
687_L 95_D 0.98 0.17 0.00
68_R 12_L 0.98 0.17 0.00
502_L 25_G 0.98 0.17 0.00
93_Y 128_K 0.98 0.17 0.00
198_K 147_R 0.97 0.17 0.00
391_Y 134_A 0.97 0.17 0.00
276_V 78_K 0.97 0.17 0.00
395_W 113_P 0.97 0.17 0.00
589_P 113_P 0.97 0.17 0.00
673_T 35_V 0.97 0.16 0.00
448_S 21_L 0.97 0.16 0.00
332_V 167_G 0.96 0.16 0.00
402_L 106_Q 0.96 0.16 0.00
598_A 132_V 0.96 0.16 0.00
279_A 22_S 0.96 0.16 0.00
413_L 110_W 0.96 0.16 0.00
612_I 88_Y 0.96 0.16 0.00
338_R 79_D 0.96 0.16 0.00
733_F 65_G 0.96 0.16 0.00
341_L 92_F 0.96 0.16 0.00
710_M 85_S 0.96 0.16 0.00
434_L 112_Q 0.95 0.16 0.00
205_M 65_G 0.95 0.16 0.00
106_Q 177_D 0.95 0.16 0.00
769_Y 66_I 0.95 0.16 0.00
716_S 174_P 0.95 0.16 0.00
687_L 100_A 0.95 0.16 0.00
207_M 146_W 0.95 0.16 0.00
387_Y 60_N 0.95 0.16 0.00
744_G 134_A 0.95 0.16 0.00
172_L 177_D 0.95 0.16 0.00
276_V 171_T 0.95 0.16 0.00
594_S 130_T 0.95 0.16 0.00
603_F 114_G 0.95 0.16 0.00
124_N 95_D 0.95 0.16 0.00
300_A 176_K 0.95 0.16 0.00
594_S 70_V 0.95 0.16 0.00
52_A 150_L 0.94 0.16 0.00
72_T 38_T 0.94 0.16 0.00
668_S 136_F 0.94 0.16 0.00
208_L 59_I 0.94 0.16 0.00
669_F 71_V 0.94 0.16 0.00
681_R 61_T 0.94 0.15 0.00
390_D 158_D 0.94 0.15 0.00
705_V 111_L 0.94 0.15 0.00
744_G 69_S 0.94 0.15 0.00
703_H 61_T 0.94 0.15 0.00
706_W 99_L 0.94 0.15 0.00
268_R 127_A 0.94 0.15 0.00
184_L 151_G 0.94 0.15 0.00
594_S 166_S 0.94 0.15 0.00
171_L 103_I 0.94 0.15 0.00
682_R 65_G 0.94 0.15 0.00
360_S 136_F 0.94 0.15 0.00
606_F 147_R 0.94 0.15 0.00
227_W 65_G 0.94 0.15 0.00
397_A 97_E 0.94 0.15 0.00
480_V 67_P 0.93 0.15 0.00
390_D 79_D 0.93 0.15 0.00
489_Q 136_F 0.93 0.15 0.00
620_N 70_V 0.93 0.15 0.00
385_E 67_P 0.93 0.15 0.00
481_Q 69_S 0.93 0.15 0.00
391_Y 99_L 0.93 0.15 0.00
457_A 163_I 0.93 0.15 0.00
644_I 28_Q 0.93 0.15 0.00
185_V 96_N 0.93 0.15 0.00
681_R 137_L 0.93 0.15 0.00
211_K 25_G 0.93 0.15 0.00
389_S 86_A 0.93 0.15 0.00
493_Q 17_F 0.93 0.15 0.00
593_R 20_S 0.93 0.15 0.00
767_M 28_Q 0.93 0.15 0.00
673_T 29_R 0.92 0.15 0.00
82_A 130_T 0.92 0.15 0.00
244_H 177_D 0.92 0.15 0.00
382_Q 131_G 0.92 0.15 0.00
594_S 88_Y 0.92 0.15 0.00
379_I 135_M 0.92 0.15 0.00
652_Q 27_T 0.92 0.15 0.00
789_G 129_F 0.92 0.15 0.00
169_L 148_V 0.92 0.15 0.00
434_L 72_V 0.92 0.15 0.00
689_G 89_Q 0.92 0.15 0.00
171_L 110_W 0.92 0.15 0.00
745_A 97_E 0.92 0.15 0.00
779_P 91_L 0.92 0.15 0.00
700_Y 93_T 0.92 0.14 0.00
240_Q 90_A 0.92 0.14 0.00
752_Q 57_E 0.91 0.14 0.00
79_G 61_T 0.91 0.14 0.00
398_G 75_Y 0.91 0.14 0.00
773_T 48_T 0.91 0.14 0.00
294_Q 33_G 0.91 0.14 0.00
52_A 82_S 0.91 0.14 0.00
283_L 113_P 0.91 0.14 0.00
562_V 90_A 0.91 0.14 0.00
52_A 58_A 0.91 0.14 0.00
48_Q 56_R 0.91 0.14 0.00
2_T 91_L 0.91 0.14 0.00
44_S 78_K 0.91 0.14 0.00
395_W 24_C 0.91 0.14 0.00
553_T 59_I 0.91 0.14 0.00
589_P 24_C 0.91 0.14 0.00
728_P 136_F 0.91 0.14 0.00
337_T 113_P 0.91 0.14 0.00
623_L 149_V 0.91 0.14 0.00
268_R 35_V 0.91 0.14 0.00
307_D 88_Y 0.91 0.14 0.00
293_Y 113_P 0.91 0.14 0.00
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140_Y 92_F 0.91 0.14 0.00
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126_Q 78_K 0.90 0.14 0.00
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391_Y 60_N 0.90 0.14 0.00
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85_L 63_A 0.89 0.14 0.00
400_D 25_G 0.89 0.14 0.00
336_L 62_S 0.89 0.14 0.00
313_Q 53_I 0.89 0.14 0.00
548_W 70_V 0.89 0.14 0.00
119_E 88_Y 0.89 0.14 0.00
173_E 111_L 0.88 0.13 0.00
243_S 19_L 0.88 0.13 0.00
578_K 72_V 0.88 0.13 0.00
132_P 78_K 0.88 0.13 0.00
308_L 87_D 0.88 0.13 0.00
637_N 135_M 0.88 0.13 0.00
686_N 107_K 0.88 0.13 0.00
125_L 72_V 0.88 0.13 0.00
576_V 83_F 0.88 0.13 0.00
107_A 64_A 0.88 0.13 0.00
469_H 138_E 0.88 0.13 0.00
358_M 157_P 0.88 0.13 0.00
531_I 130_T 0.88 0.13 0.00
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64_L 88_Y 0.87 0.13 0.00
298_T 20_S 0.87 0.13 0.00
515_A 175_V 0.87 0.13 0.00
342_Q 129_F 0.87 0.13 0.00
737_W 172_L 0.87 0.13 0.00
122_F 39_K 0.87 0.13 0.00
72_T 109_V 0.87 0.13 0.00
598_A 86_A 0.87 0.13 0.00
206_R 102_D 0.87 0.13 0.00
681_R 147_R 0.87 0.13 0.00
665_L 87_D 0.87 0.13 0.00
645_I 69_S 0.86 0.13 0.00
460_D 62_S 0.86 0.13 0.00
241_L 177_D 0.86 0.13 0.00
409_S 175_V 0.86 0.13 0.00
244_H 36_S 0.86 0.13 0.00
671_V 49_L 0.86 0.13 0.00
597_D 138_E 0.86 0.13 0.00
722_G 76_Q 0.86 0.13 0.00
111_M 86_A 0.86 0.13 0.00
359_D 133_A 0.86 0.13 0.00
473_P 130_T 0.86 0.13 0.00
429_R 17_F 0.86 0.13 0.00
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502_L 147_R 0.86 0.13 0.00
279_A 151_G 0.86 0.13 0.00
735_G 60_N 0.86 0.13 0.00
463_L 75_Y 0.86 0.13 0.00
187_A 124_D 0.86 0.13 0.00
162_P 124_D 0.86 0.13 0.00
87_T 166_S 0.86 0.13 0.00
744_G 16_L 0.86 0.13 0.00
597_D 100_A 0.86 0.13 0.00
412_Q 40_S 0.86 0.13 0.00
706_W 60_N 0.85 0.12 0.00
478_L 38_T 0.85 0.12 0.00
274_K 16_L 0.85 0.12 0.00
387_Y 113_P 0.85 0.12 0.00
421_I 168_N 0.85 0.12 0.00
575_S 115_G 0.85 0.12 0.00
135_D 90_A 0.85 0.12 0.00
535_R 84_D 0.85 0.12 0.00
602_A 69_S 0.85 0.12 0.00
331_V 134_A 0.85 0.12 0.00
184_L 131_G 0.85 0.12 0.00
502_L 104_I 0.85 0.12 0.00
731_I 129_F 0.85 0.12 0.00
469_H 168_N 0.85 0.12 0.00
792_D 126_A 0.85 0.12 0.00
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690_Q 108_D 0.85 0.12 0.00
172_L 135_M 0.85 0.12 0.00
269_W 127_A 0.85 0.12 0.00
420_V 61_T 0.85 0.12 0.00
738_A 83_F 0.85 0.12 0.00
386_Q 158_D 0.85 0.12 0.00
312_D 91_L 0.85 0.12 0.00
658_F 107_K 0.85 0.12 0.00
46_F 108_D 0.85 0.12 0.00
403_N 104_I 0.85 0.12 0.00
628_D 55_A 0.85 0.12 0.00
656_D 171_T 0.85 0.12 0.00
81_A 53_I 0.85 0.12 0.00
244_H 38_T 0.85 0.12 0.00
280_Q 109_V 0.85 0.12 0.00
509_P 109_V 0.85 0.12 0.00
342_Q 25_G 0.85 0.12 0.00
212_S 20_S 0.84 0.12 0.00
341_L 139_P 0.84 0.12 0.00
355_L 149_V 0.84 0.12 0.00
380_Q 133_A 0.84 0.12 0.00
296_L 121_M 0.84 0.12 0.00
307_D 134_A 0.84 0.12 0.00
281_K 21_L 0.84 0.12 0.00
101_I 98_I 0.84 0.12 0.00
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40_Y 19_L 0.84 0.12 0.00
363_L 150_L 0.84 0.12 0.00
192_P 177_D 0.84 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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