May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
etf_chain (B, 1-480)
Genes: A B A+B
Length: 255 480 671
Sequences: 2620 1285 467
Seq/Len: 10.27 2.68 0.7
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.19
2 0.01 0.01 0.54
5 0.01 0.01 0.60
10 0.01 0.01 0.63
20 0.01 0.01 0.64
100 0.03 0.01 0.70
∞ 0.08 0.05 0.99
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
62_I 259_K 1.48 0.65 0.00
238_K 100_V 1.42 0.61 0.00
80_A 356_G 1.34 0.54 0.00
89_V 354_E 1.33 0.53 0.00
85_R 353_L 1.29 0.49 0.00
71_C 232_E 1.29 0.49 0.00
120_V 383_L 1.27 0.48 0.00
164_R 407_G 1.21 0.43 0.00
50_V 202_E 1.21 0.42 0.00
208_V 373_S 1.20 0.42 0.00
171_E 474_F 1.19 0.41 0.00
112_A 243_I 1.18 0.41 0.00
85_R 246_E 1.17 0.40 0.00
192_Y 65_F 1.13 0.36 0.00
226_S 438_N 1.13 0.36 0.00
171_E 223_K 1.10 0.34 0.00
203_K 232_E 1.06 0.31 0.00
81_M 368_E 1.05 0.31 0.00
119_L 259_K 1.04 0.30 0.00
42_C 368_E 1.04 0.30 0.00
171_E 413_S 1.04 0.30 0.00
68_P 221_I 1.03 0.29 0.00
203_K 160_I 1.03 0.29 0.00
68_P 232_E 1.02 0.28 0.00
249_L 150_L 1.02 0.28 0.00
111_L 351_P 1.01 0.28 0.00
100_G 474_F 1.01 0.27 0.00
71_C 90_L 1.00 0.27 0.00
203_K 152_E 1.00 0.27 0.00
79_L 462_L 1.00 0.27 0.00
224_V 223_K 1.00 0.27 0.00
138_T 383_L 1.00 0.27 0.00
152_Q 143_T 0.99 0.26 0.00
100_G 257_Y 0.99 0.26 0.00
211_P 278_L 0.98 0.26 0.00
131_C 368_E 0.98 0.25 0.00
244_D 350_R 0.97 0.25 0.00
157_G 349_I 0.97 0.25 0.00
79_L 256_L 0.97 0.25 0.00
38_M 354_E 0.96 0.24 0.00
145_P 440_K 0.95 0.24 0.00
176_K 174_V 0.95 0.23 0.00
237_V 97_D 0.94 0.23 0.00
54_E 101_C 0.94 0.23 0.00
69_A 79_A 0.94 0.23 0.00
114_K 90_L 0.93 0.22 0.00
71_C 94_H 0.92 0.22 0.00
31_T 435_Y 0.92 0.22 0.00
131_C 324_V 0.92 0.22 0.00
32_D 203_V 0.92 0.22 0.00
85_R 349_I 0.92 0.22 0.00
236_G 384_L 0.92 0.22 0.00
152_Q 418_L 0.92 0.22 0.00
62_I 240_K 0.91 0.21 0.00
173_L 201_A 0.91 0.21 0.00
101_P 384_L 0.91 0.21 0.00
68_P 278_L 0.91 0.21 0.00
226_S 432_V 0.90 0.21 0.00
57_L 414_I 0.90 0.21 0.00
113_E 307_S 0.90 0.21 0.00
65_S 63_E 0.90 0.21 0.00
169_G 273_I 0.90 0.21 0.00
218_L 150_L 0.90 0.20 0.00
240_E 230_T 0.89 0.20 0.00
92_P 360_A 0.89 0.20 0.00
49_A 407_G 0.89 0.20 0.00
61_V 444_V 0.89 0.20 0.00
220_S 258_K 0.89 0.20 0.00
109_A 315_G 0.89 0.20 0.00
101_P 97_D 0.89 0.20 0.00
122_L 378_T 0.89 0.20 0.00
63_A 79_A 0.88 0.20 0.00
174_R 338_R 0.88 0.20 0.00
59_K 281_I 0.88 0.20 0.00
134_T 272_G 0.88 0.20 0.00
4_L 102_L 0.88 0.20 0.00
65_S 166_M 0.88 0.20 0.00
111_L 227_P 0.88 0.20 0.00
110_K 243_I 0.87 0.19 0.00
42_C 391_F 0.87 0.19 0.00
247_A 295_V 0.87 0.19 0.00
247_A 359_I 0.87 0.19 0.00
238_K 221_I 0.87 0.19 0.00
38_M 295_V 0.87 0.19 0.00
143_D 150_L 0.87 0.19 0.00
89_V 149_I 0.87 0.19 0.00
22_V 387_C 0.86 0.19 0.00
118_D 383_L 0.86 0.18 0.00
233_R 186_Q 0.86 0.18 0.00
6_V 106_A 0.86 0.18 0.00
104_V 444_V 0.86 0.18 0.00
14_I 239_A 0.85 0.18 0.00
37_S 435_Y 0.85 0.18 0.00
213_D 433_T 0.85 0.18 0.00
66_C 231_F 0.85 0.18 0.00
174_R 428_I 0.85 0.18 0.00
55_K 103_V 0.85 0.18 0.00
63_A 412_E 0.85 0.18 0.00
143_D 194_V 0.84 0.18 0.00
89_V 106_A 0.84 0.18 0.00
159_K 273_I 0.84 0.18 0.00
217_D 147_F 0.84 0.18 0.00
237_V 230_T 0.84 0.18 0.00
29_V 334_L 0.84 0.17 0.00
135_G 432_V 0.84 0.17 0.00
224_V 430_L 0.83 0.17 0.00
46_V 288_P 0.83 0.17 0.00
139_A 214_I 0.83 0.17 0.00
86_G 118_C 0.83 0.17 0.00
190_P 187_A 0.83 0.17 0.00
68_P 349_I 0.83 0.17 0.00
249_L 278_L 0.82 0.17 0.00
61_V 179_L 0.82 0.17 0.00
237_V 93_A 0.82 0.17 0.00
70_Q 88_K 0.82 0.17 0.00
89_V 414_I 0.82 0.17 0.00
144_W 102_L 0.82 0.17 0.00
7_L 444_V 0.82 0.17 0.00
28_G 223_K 0.81 0.17 0.00
47_E 87_L 0.81 0.16 0.00
10_V 235_L 0.81 0.16 0.00
68_P 444_V 0.81 0.16 0.00
131_C 257_Y 0.81 0.16 0.00
181_V 211_V 0.81 0.16 0.00
88_H 474_F 0.81 0.16 0.00
77_T 232_E 0.81 0.16 0.00
62_I 177_G 0.81 0.16 0.00
221_K 477_I 0.81 0.16 0.00
130_D 336_P 0.80 0.16 0.00
63_A 179_L 0.80 0.16 0.00
247_A 237_L 0.80 0.16 0.00
119_L 465_Y 0.80 0.16 0.00
245_L 329_Y 0.80 0.16 0.00
9_A 308_F 0.80 0.16 0.00
155_L 351_P 0.80 0.16 0.00
70_Q 430_L 0.80 0.16 0.00
129_D 326_G 0.80 0.15 0.00
74_T 139_N 0.79 0.15 0.00
203_K 324_V 0.79 0.15 0.00
61_V 440_K 0.79 0.15 0.00
152_Q 388_S 0.79 0.15 0.00
74_T 368_E 0.79 0.15 0.00
171_E 151_T 0.79 0.15 0.00
157_G 452_R 0.79 0.15 0.00
238_K 88_K 0.79 0.15 0.00
42_C 326_G 0.79 0.15 0.00
197_N 118_C 0.79 0.15 0.00
142_L 206_H 0.79 0.15 0.00
139_A 239_A 0.79 0.15 0.00
66_C 79_A 0.79 0.15 0.00
129_D 387_C 0.79 0.15 0.00
161_K 79_A 0.78 0.15 0.00
42_C 139_N 0.78 0.15 0.00
32_D 184_G 0.78 0.15 0.00
143_D 325_V 0.78 0.15 0.00
143_D 321_L 0.78 0.15 0.00
135_G 377_L 0.78 0.15 0.00
125_Q 246_E 0.78 0.15 0.00
203_K 320_A 0.78 0.15 0.00
78_A 168_N 0.78 0.15 0.00
50_V 352_T 0.78 0.15 0.00
194_T 404_M 0.78 0.15 0.00
30_V 151_T 0.78 0.15 0.00
160_L 224_D 0.78 0.15 0.00
70_Q 92_V 0.78 0.15 0.00
87_I 356_G 0.78 0.15 0.00
154_T 354_E 0.78 0.15 0.00
171_E 103_V 0.78 0.15 0.00
203_K 373_S 0.78 0.15 0.00
14_I 121_P 0.78 0.15 0.00
6_V 214_I 0.78 0.15 0.00
9_A 340_F 0.78 0.15 0.00
254_R 444_V 0.78 0.15 0.00
29_V 382_G 0.77 0.15 0.00
78_A 319_V 0.77 0.15 0.00
240_E 62_M 0.77 0.15 0.00
126_A 95_E 0.77 0.15 0.00
50_V 273_I 0.77 0.15 0.00
203_K 188_E 0.77 0.15 0.00
107_V 195_Y 0.77 0.15 0.00
74_T 391_F 0.77 0.14 0.00
190_P 197_G 0.77 0.14 0.00
233_R 178_H 0.77 0.14 0.00
75_I 273_I 0.77 0.14 0.00
80_A 147_F 0.77 0.14 0.00
173_L 253_A 0.77 0.14 0.00
140_G 306_G 0.77 0.14 0.00
110_K 174_V 0.77 0.14 0.00
232_Q 223_K 0.77 0.14 0.00
132_N 118_C 0.77 0.14 0.00
222_L 357_K 0.77 0.14 0.00
66_C 180_V 0.77 0.14 0.00
80_A 103_V 0.77 0.14 0.00
159_K 208_D 0.77 0.14 0.00
209_I 76_A 0.77 0.14 0.00
68_P 243_I 0.77 0.14 0.00
112_A 205_F 0.76 0.14 0.00
254_R 475_Y 0.76 0.14 0.00
77_T 197_G 0.76 0.14 0.00
111_L 73_I 0.76 0.14 0.00
68_P 414_I 0.76 0.14 0.00
210_K 85_V 0.76 0.14 0.00
142_L 62_M 0.76 0.14 0.00
129_D 394_V 0.76 0.14 0.00
220_S 92_V 0.76 0.14 0.00
37_S 88_K 0.76 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1044 seconds.