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OPENSEQ.org
SiaP-SiaQM
Genes: A B A+B
Length: 319 620 915
Sequences: 6497 329 261
Seq/Len: 20.37 0.53 0.29
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.27
2 0.03 0.02 0.28
5 0.06 0.02 0.28
10 0.08 0.02 0.28
20 0.10 0.03 0.28
100 0.16 0.03 0.29
∞ 0.23 0.10 0.31
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
102_E 193_V 1.65 0.50 0.00
144_G 300_S 1.59 0.46 0.00
177_A 449_L 1.46 0.38 0.00
264_Q 168_A 1.41 0.35 0.00
84_L 75_M 1.39 0.34 0.00
34_Q 130_V 1.38 0.33 0.00
143_K 377_A 1.35 0.32 0.00
136_I 606_I 1.32 0.30 0.00
230_D 140_I 1.31 0.29 0.00
61_S 228_N 1.29 0.28 0.00
92_N 595_V 1.29 0.28 0.00
185_G 308_L 1.28 0.28 0.00
185_G 16_F 1.28 0.27 0.00
253_G 610_V 1.22 0.25 0.00
232_Q 88_Q 1.22 0.24 0.00
289_K 452_K 1.22 0.24 0.00
85_P 337_G 1.20 0.23 0.00
45_S 27_I 1.19 0.23 0.00
247_T 521_D 1.19 0.23 0.00
31_E 452_K 1.19 0.23 0.00
247_T 527_F 1.18 0.23 0.00
177_A 80_R 1.18 0.23 0.00
267_K 599_L 1.18 0.23 0.00
233_K 86_F 1.17 0.22 0.00
48_G 525_L 1.17 0.22 0.00
143_K 14_A 1.16 0.22 0.00
204_F 410_I 1.15 0.21 0.00
153_A 232_A 1.15 0.21 0.00
164_A 228_N 1.15 0.21 0.00
165_S 514_L 1.14 0.21 0.00
140_A 610_V 1.14 0.21 0.00
235_V 71_L 1.14 0.21 0.00
152_A 328_G 1.13 0.20 0.00
272_D 133_I 1.13 0.20 0.00
148_R 298_S 1.13 0.20 0.00
151_N 414_L 1.13 0.20 0.00
224_Y 150_G 1.12 0.20 0.00
179_Q 290_A 1.11 0.20 0.00
177_A 74_L 1.11 0.20 0.00
266_V 595_V 1.11 0.20 0.00
278_E 28_L 1.10 0.19 0.00
84_L 12_G 1.10 0.19 0.00
165_S 498_V 1.10 0.19 0.00
185_G 175_D 1.10 0.19 0.00
41_L 16_F 1.09 0.19 0.00
276_F 301_A 1.09 0.19 0.00
132_S 538_M 1.09 0.19 0.00
84_L 25_A 1.08 0.18 0.00
75_F 608_T 1.08 0.18 0.00
31_E 594_F 1.08 0.18 0.00
64_F 245_P 1.08 0.18 0.00
279_S 557_V 1.07 0.18 0.00
93_V 606_I 1.07 0.18 0.00
185_G 112_P 1.07 0.18 0.00
60_G 30_R 1.07 0.18 0.00
18_E 368_G 1.07 0.18 0.00
116_G 11_L 1.06 0.18 0.00
232_Q 75_M 1.06 0.18 0.00
107_L 98_F 1.06 0.18 0.00
33_S 449_L 1.06 0.17 0.00
242_A 597_L 1.06 0.17 0.00
34_Q 595_V 1.06 0.17 0.00
163_G 75_M 1.05 0.17 0.00
177_A 552_T 1.05 0.17 0.00
41_L 119_I 1.04 0.17 0.00
57_L 340_V 1.04 0.17 0.00
177_A 542_I 1.04 0.17 0.00
224_Y 384_K 1.04 0.17 0.00
184_D 24_I 1.04 0.17 0.00
278_E 199_V 1.04 0.17 0.00
42_Y 431_A 1.04 0.17 0.00
170_A 491_V 1.04 0.17 0.00
143_K 28_L 1.03 0.17 0.00
23_E 440_I 1.03 0.17 0.00
128_R 298_S 1.03 0.17 0.00
267_K 452_K 1.03 0.16 0.00
60_G 426_S 1.03 0.16 0.00
137_N 373_L 1.03 0.16 0.00
229_E 80_R 1.02 0.16 0.00
161_Y 54_L 1.02 0.16 0.00
147_L 34_H 1.02 0.16 0.00
33_S 129_P 1.02 0.16 0.00
175_Y 358_A 1.02 0.16 0.00
15_S 353_A 1.02 0.16 0.00
33_S 469_A 1.02 0.16 0.00
105_K 591_I 1.02 0.16 0.00
273_L 507_I 1.01 0.16 0.00
158_Y 54_L 1.01 0.16 0.00
232_Q 223_S 1.01 0.16 0.00
92_N 452_K 1.01 0.16 0.00
224_Y 552_T 1.01 0.16 0.00
259_T 29_S 1.00 0.15 0.00
78_E 600_I 1.00 0.15 0.00
297_S 414_L 0.99 0.15 0.00
146_K 350_G 0.99 0.15 0.00
85_P 570_V 0.99 0.15 0.00
116_G 320_G 0.99 0.15 0.00
221_N 140_I 0.99 0.15 0.00
148_R 39_W 0.99 0.15 0.00
274_V 133_I 0.99 0.15 0.00
232_Q 32_V 0.98 0.15 0.00
89_S 201_L 0.98 0.14 0.00
229_E 591_I 0.97 0.14 0.00
251_V 167_F 0.97 0.14 0.00
160_K 175_D 0.97 0.14 0.00
102_E 440_I 0.97 0.14 0.00
9_G 608_T 0.97 0.14 0.00
62_L 10_W 0.97 0.14 0.00
128_R 533_L 0.97 0.14 0.00
15_S 56_I 0.96 0.14 0.00
158_Y 474_T 0.96 0.14 0.00
229_E 598_V 0.96 0.14 0.00
263_K 180_L 0.96 0.14 0.00
15_S 25_A 0.96 0.14 0.00
84_L 18_A 0.96 0.14 0.00
172_S 469_A 0.96 0.14 0.00
197_K 104_R 0.96 0.14 0.00
72_F 440_I 0.96 0.14 0.00
34_Q 220_L 0.96 0.14 0.00
185_G 540_F 0.96 0.14 0.00
232_Q 5_N 0.96 0.14 0.00
132_S 363_A 0.95 0.14 0.00
135_A 210_V 0.95 0.14 0.00
192_A 232_A 0.95 0.14 0.00
73_Q 440_I 0.95 0.14 0.00
132_S 85_T 0.95 0.14 0.00
33_S 323_D 0.95 0.14 0.00
259_T 497_A 0.95 0.14 0.00
34_Q 98_F 0.95 0.14 0.00
136_I 564_M 0.95 0.14 0.00
5_D 213_S 0.95 0.14 0.00
40_S 37_L 0.95 0.14 0.00
184_D 27_I 0.94 0.14 0.00
143_K 404_K 0.94 0.13 0.00
137_N 452_K 0.94 0.13 0.00
262_E 436_A 0.94 0.13 0.00
224_Y 233_A 0.94 0.13 0.00
176_L 552_T 0.94 0.13 0.00
232_Q 506_L 0.94 0.13 0.00
241_N 96_F 0.94 0.13 0.00
27_K 451_L 0.94 0.13 0.00
139_I 519_F 0.94 0.13 0.00
46_Q 295_S 0.93 0.13 0.00
297_S 370_L 0.93 0.13 0.00
38_E 86_F 0.93 0.13 0.00
30_K 368_G 0.93 0.13 0.00
259_T 130_V 0.93 0.13 0.00
219_V 368_G 0.93 0.13 0.00
278_E 494_V 0.93 0.13 0.00
192_A 325_I 0.93 0.13 0.00
225_K 25_A 0.93 0.13 0.00
256_D 180_L 0.92 0.13 0.00
137_N 182_I 0.92 0.13 0.00
251_V 511_A 0.92 0.13 0.00
41_L 54_L 0.92 0.13 0.00
71_R 344_I 0.92 0.13 0.00
182_A 188_L 0.92 0.13 0.00
260_F 82_F 0.92 0.13 0.00
185_G 52_G 0.92 0.13 0.00
226_E 205_F 0.92 0.13 0.00
173_E 39_W 0.92 0.13 0.00
130_T 436_A 0.92 0.13 0.00
192_A 472_I 0.92 0.13 0.00
130_T 193_V 0.92 0.13 0.00
251_V 215_F 0.92 0.13 0.00
267_K 96_F 0.92 0.13 0.00
221_N 598_V 0.92 0.13 0.00
40_S 138_R 0.92 0.13 0.00
26_A 12_G 0.92 0.13 0.00
275_P 173_A 0.92 0.13 0.00
5_D 424_L 0.92 0.13 0.00
160_K 575_G 0.92 0.13 0.00
31_E 514_L 0.92 0.13 0.00
200_E 356_S 0.92 0.13 0.00
185_G 494_V 0.91 0.13 0.00
6_L 582_V 0.91 0.13 0.00
71_R 302_L 0.91 0.13 0.00
136_I 575_G 0.91 0.12 0.00
211_I 331_A 0.91 0.12 0.00
143_K 502_P 0.91 0.12 0.00
147_L 440_I 0.91 0.12 0.00
42_Y 262_G 0.91 0.12 0.00
60_G 429_E 0.91 0.12 0.00
121_S 515_F 0.91 0.12 0.00
224_Y 526_Q 0.91 0.12 0.00
268_I 461_A 0.91 0.12 0.00
89_S 410_I 0.91 0.12 0.00
94_A 131_V 0.91 0.12 0.00
34_Q 583_T 0.90 0.12 0.00
116_G 168_A 0.90 0.12 0.00
275_P 153_Y 0.90 0.12 0.00
228_P 501_S 0.90 0.12 0.00
297_S 398_Q 0.90 0.12 0.00
279_S 510_N 0.90 0.12 0.00
52_A 526_Q 0.90 0.12 0.00
248_K 385_K 0.90 0.12 0.00
220_S 77_E 0.90 0.12 0.00
104_G 371_I 0.90 0.12 0.00
146_K 459_I 0.90 0.12 0.00
188_N 316_M 0.90 0.12 0.00
263_K 155_P 0.90 0.12 0.00
45_S 337_G 0.90 0.12 0.00
187_E 304_D 0.90 0.12 0.00
173_E 247_L 0.90 0.12 0.00
225_K 169_I 0.90 0.12 0.00
34_Q 136_M 0.90 0.12 0.00
278_E 17_I 0.90 0.12 0.00
181_N 450_T 0.90 0.12 0.00
289_K 21_G 0.90 0.12 0.00
261_F 210_V 0.89 0.12 0.00
262_E 230_V 0.89 0.12 0.00
161_Y 577_M 0.89 0.12 0.00
100_D 555_M 0.89 0.12 0.00
92_N 161_I 0.89 0.12 0.00
217_Y 34_H 0.89 0.12 0.00
31_E 494_V 0.89 0.12 0.00
30_K 372_T 0.89 0.12 0.00
82_F 383_A 0.89 0.12 0.00
148_R 247_L 0.89 0.12 0.00
60_G 364_G 0.89 0.12 0.00
173_E 298_S 0.89 0.12 0.00
107_L 542_I 0.89 0.12 0.00
241_N 148_K 0.89 0.12 0.00
63_D 611_P 0.88 0.12 0.00
278_E 77_E 0.88 0.12 0.00
229_E 137_F 0.88 0.12 0.00
69_S 503_L 0.88 0.12 0.00
152_A 577_M 0.88 0.12 0.00
233_K 594_F 0.88 0.12 0.00
241_N 503_L 0.88 0.12 0.00
100_D 39_W 0.88 0.12 0.00
136_I 445_V 0.88 0.12 0.00
254_E 43_L 0.88 0.12 0.00
279_S 440_I 0.88 0.12 0.00
42_Y 38_I 0.88 0.12 0.00
140_A 219_L 0.88 0.12 0.00
138_S 161_I 0.88 0.12 0.00
7_K 601_T 0.88 0.12 0.00
171_F 53_M 0.88 0.12 0.00
175_Y 42_E 0.88 0.12 0.00
204_F 508_M 0.88 0.12 0.00
84_L 548_G 0.87 0.11 0.00
8_F 54_L 0.87 0.11 0.00
204_F 198_L 0.87 0.11 0.00
48_G 312_E 0.87 0.11 0.00
187_E 556_M 0.87 0.11 0.00
5_D 205_F 0.87 0.11 0.00
161_Y 595_V 0.87 0.11 0.00
185_G 462_M 0.87 0.11 0.00
232_Q 599_L 0.87 0.11 0.00
263_K 76_P 0.87 0.11 0.00
48_G 375_L 0.87 0.11 0.00
272_D 293_L 0.87 0.11 0.00
110_K 503_L 0.87 0.11 0.00
275_P 35_S 0.87 0.11 0.00
263_K 21_G 0.87 0.11 0.00
260_F 402_S 0.87 0.11 0.00
139_I 52_G 0.87 0.11 0.00
184_D 433_V 0.87 0.11 0.00
38_E 180_L 0.87 0.11 0.00
233_K 169_I 0.87 0.11 0.00
160_K 599_L 0.87 0.11 0.00
248_K 166_L 0.86 0.11 0.00
298_A 86_F 0.86 0.11 0.00
222_E 109_A 0.86 0.11 0.00
28_E 130_V 0.86 0.11 0.00
49_D 548_G 0.86 0.11 0.00
45_S 403_F 0.86 0.11 0.00
66_F 197_L 0.86 0.11 0.00
187_E 301_A 0.86 0.11 0.00
289_K 599_L 0.86 0.11 0.00
181_N 553_L 0.86 0.11 0.00
226_E 227_W 0.86 0.11 0.00
120_L 588_P 0.86 0.11 0.00
43_P 557_V 0.86 0.11 0.00
251_V 11_L 0.86 0.11 0.00
197_K 29_S 0.86 0.11 0.00
298_A 365_F 0.85 0.11 0.00
175_Y 356_S 0.85 0.11 0.00
259_T 78_K 0.85 0.11 0.00
62_L 17_I 0.85 0.11 0.00
163_G 441_I 0.85 0.11 0.00
184_D 358_A 0.85 0.11 0.00
10_M 328_G 0.85 0.11 0.00
196_Q 363_A 0.85 0.11 0.00
56_Q 295_S 0.85 0.11 0.00
279_S 166_L 0.85 0.11 0.00
224_Y 418_G 0.85 0.11 0.00
236_K 79_I 0.85 0.11 0.00
33_S 387_G 0.85 0.11 0.00
137_N 377_A 0.85 0.11 0.00
254_E 241_L 0.85 0.11 0.00
98_L 521_D 0.85 0.11 0.00
145_L 308_L 0.84 0.11 0.00
246_H 300_S 0.84 0.11 0.00
48_G 546_F 0.84 0.11 0.00
289_K 113_I 0.84 0.11 0.00
221_N 455_F 0.84 0.11 0.00
206_A 119_I 0.84 0.11 0.00
167_T 200_W 0.84 0.11 0.00
36_K 21_G 0.84 0.11 0.00
137_N 205_F 0.84 0.11 0.00
147_L 366_I 0.84 0.11 0.00
164_A 340_V 0.84 0.11 0.00
169_M 372_T 0.84 0.11 0.00
62_L 578_S 0.84 0.11 0.00
68_E 372_T 0.84 0.11 0.00
167_T 155_P 0.84 0.10 0.00
238_A 470_L 0.84 0.10 0.00
301_Q 248_A 0.84 0.10 0.00
27_K 86_F 0.84 0.10 0.00
228_P 65_H 0.84 0.10 0.00
273_L 608_T 0.84 0.10 0.00
232_Q 103_I 0.84 0.10 0.00
45_S 90_L 0.84 0.10 0.00
196_Q 350_G 0.84 0.10 0.00
272_D 569_F 0.84 0.10 0.00
126_G 320_G 0.84 0.10 0.00
187_E 567_A 0.83 0.10 0.00
45_S 248_A 0.83 0.10 0.00
289_K 373_L 0.83 0.10 0.00
132_S 594_F 0.83 0.10 0.00
221_N 211_G 0.83 0.10 0.00
80_A 113_I 0.83 0.10 0.00
174_V 600_I 0.83 0.10 0.00
163_G 140_I 0.83 0.10 0.00
183_V 613_L 0.83 0.10 0.00
62_L 519_F 0.83 0.10 0.00
224_Y 379_N 0.83 0.10 0.00
105_K 452_K 0.83 0.10 0.00
251_V 506_L 0.83 0.10 0.00
148_R 55_G 0.83 0.10 0.00
208_T 247_L 0.83 0.10 0.00
121_S 608_T 0.83 0.10 0.00
163_G 234_T 0.83 0.10 0.00
6_L 399_L 0.83 0.10 0.00
39_I 99_I 0.83 0.10 0.00
138_S 69_D 0.83 0.10 0.00
3_D 105_T 0.83 0.10 0.00
160_K 532_M 0.82 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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