May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1b70A
Genes: A B A+B
Length: 265 775 877
Sequences: 2448 2769 2057
Seq/Len: 9.24 3.57 2.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.03 1.82
2 0.07 0.03 1.93
5 0.07 0.03 1.97
10 0.07 0.03 1.98
20 0.07 0.03 1.98
100 0.07 0.03 2.00
∞ 0.08 0.03 2.21
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
147_H 475_A 3.12 1.00 1.00
42_V 544_L 2.56 1.00 1.00
153_Y 474_L 2.49 1.00 0.99
1_V 607_F 1.92 0.99 0.97
14_G 508_Q 1.91 0.99 0.97
128_E 513_Y 1.82 0.98 0.96
202_H 455_L 1.74 0.98 0.94
57_H 345_K 1.69 0.97 0.93
69_L 531_L 1.65 0.96 0.92
7_G 611_G 1.60 0.96 0.91
8_A 605_G 1.59 0.95 0.90
15_L 571_F 1.58 0.95 0.90
27_E 496_Q 1.58 0.95 0.90
8_A 608_L 1.54 0.94 0.88
42_V 531_L 1.54 0.94 0.88
129_A 515_F 1.39 0.89 0.80
142_G 413_R 1.39 0.89 0.80
3_V 628_A 1.37 0.88 0.79
202_H 457_E 1.35 0.88 0.78
90_L 544_L 1.33 0.86 0.76
5_L 598_W 1.31 0.85 0.75
57_H 341_V 1.27 0.83 0.72
226_T 414_L 1.26 0.82 0.71
220_P 407_R 1.24 0.80 0.69
146_A 475_A 1.20 0.77 0.64
171_V 159_E 1.18 0.76 0.63
1_V 606_Y 1.17 0.75 0.62
15_L 503_S 1.11 0.69 0.55
23_R 500_E 1.09 0.67 0.52
5_L 730_L 1.08 0.66 0.51
23_R 496_Q 1.07 0.65 0.51
145_M 472_I 1.07 0.65 0.50
150_G 477_P 1.05 0.63 0.48
19_T 509_E 1.05 0.62 0.48
150_G 476_L 1.05 0.62 0.48
62_D 344_R 1.04 0.62 0.47
3_V 639_S 1.04 0.62 0.47
245_P 686_D 1.02 0.59 0.44
130_V 515_F 1.02 0.59 0.44
89_L 534_L 0.99 0.56 0.41
116_R 511_Y 0.99 0.56 0.40
89_L 533_L 0.95 0.52 0.36
63_M 534_L 0.93 0.49 0.34
38_E 575_R 0.93 0.49 0.34
7_G 614_E 0.93 0.48 0.33
68_W 714_V 0.92 0.48 0.33
144_A 475_A 0.90 0.45 0.30
255_L 568_A 0.88 0.43 0.28
138_V 477_P 0.88 0.43 0.28
9_S 618_A 0.87 0.43 0.28
147_H 476_L 0.86 0.41 0.26
253_G 555_V 0.86 0.41 0.26
219_P 748_R 0.85 0.40 0.26
152_I 470_E 0.85 0.40 0.25
3_V 640_G 0.85 0.39 0.25
220_P 410_Y 0.84 0.39 0.25
249_Y 684_F 0.83 0.38 0.24
34_Y 477_P 0.83 0.38 0.24
129_A 175_R 0.83 0.38 0.23
145_M 464_A 0.82 0.37 0.22
139_V 761_V 0.81 0.36 0.22
130_V 511_Y 0.81 0.35 0.21
38_E 495_E 0.81 0.35 0.21
203_P 457_E 0.81 0.35 0.21
143_I 356_A 0.79 0.34 0.20
154_E 476_L 0.79 0.33 0.20
70_T 532_L 0.78 0.33 0.19
34_Y 173_L 0.77 0.32 0.18
118_F 514_S 0.76 0.30 0.17
69_L 544_L 0.75 0.30 0.17
110_R 754_R 0.75 0.29 0.16
255_L 570_L 0.75 0.29 0.16
195_L 760_E 0.75 0.29 0.16
89_L 120_P 0.74 0.29 0.16
19_T 573_V 0.74 0.28 0.15
247_I 515_F 0.74 0.28 0.15
204_K 455_L 0.73 0.28 0.15
220_P 456_E 0.73 0.28 0.15
200_M 414_L 0.72 0.27 0.14
134_L 737_P 0.72 0.27 0.14
5_L 136_P 0.72 0.27 0.14
3_V 652_L 0.72 0.26 0.14
184_V 692_A 0.71 0.26 0.14
204_K 243_N 0.71 0.26 0.13
95_S 172_G 0.71 0.25 0.13
142_G 478_A 0.71 0.25 0.13
18_I 157_D 0.71 0.25 0.13
110_R 479_F 0.70 0.25 0.13
147_H 477_P 0.70 0.25 0.13
157_Q 299_V 0.70 0.25 0.13
147_H 472_I 0.70 0.24 0.13
57_H 339_D 0.70 0.24 0.13
158_A 710_V 0.69 0.24 0.12
228_F 477_P 0.69 0.24 0.12
129_A 535_N 0.69 0.24 0.12
252_G 558_E 0.69 0.24 0.12
118_F 511_Y 0.69 0.24 0.12
66_T 570_L 0.69 0.24 0.12
3_V 606_Y 0.69 0.24 0.12
195_L 353_R 0.69 0.24 0.12
196_G 692_A 0.69 0.24 0.12
245_P 684_F 0.68 0.23 0.12
171_V 165_P 0.68 0.23 0.11
206_F 638_V 0.68 0.23 0.11
69_L 534_L 0.67 0.23 0.11
146_A 472_I 0.67 0.23 0.11
129_A 537_L 0.67 0.22 0.11
158_A 221_L 0.66 0.22 0.11
112_V 167_A 0.66 0.22 0.11
4_S 706_P 0.66 0.22 0.11
141_E 413_R 0.66 0.21 0.10
123_T 541_K 0.66 0.21 0.10
4_S 300_I 0.66 0.21 0.10
28_I 378_S 0.65 0.21 0.10
168_F 383_L 0.65 0.21 0.10
47_F 213_F 0.65 0.21 0.10
255_L 508_Q 0.65 0.21 0.10
171_V 160_V 0.64 0.20 0.10
112_V 453_L 0.64 0.20 0.09
62_D 345_K 0.64 0.20 0.09
123_T 513_Y 0.64 0.20 0.09
69_L 533_L 0.64 0.20 0.09
88_L 332_A 0.64 0.20 0.09
35_Q 724_S 0.64 0.20 0.09
149_K 474_L 0.63 0.20 0.09
89_L 126_G 0.63 0.19 0.09
172_Y 171_L 0.63 0.19 0.09
5_L 707_Y 0.63 0.19 0.09
103_V 297_D 0.63 0.19 0.09
195_L 673_L 0.63 0.19 0.09
31_A 492_Y 0.63 0.19 0.09
180_A 472_I 0.63 0.19 0.09
142_G 176_D 0.62 0.19 0.08
23_R 499_R 0.62 0.18 0.08
218_L 741_K 0.62 0.18 0.08
150_G 475_A 0.62 0.18 0.08
253_G 510_V 0.62 0.18 0.08
168_F 446_P 0.62 0.18 0.08
7_G 626_V 0.61 0.18 0.08
63_M 162_P 0.61 0.18 0.08
145_M 492_Y 0.61 0.18 0.08
252_G 124_G 0.61 0.18 0.08
93_H 162_P 0.61 0.18 0.08
1_V 652_L 0.61 0.18 0.08
111_I 145_P 0.61 0.18 0.08
128_E 557_K 0.60 0.17 0.08
228_F 748_R 0.60 0.17 0.08
140_G 463_V 0.60 0.17 0.08
156_A 638_V 0.60 0.17 0.08
97_M 356_A 0.60 0.17 0.08
130_V 175_R 0.60 0.17 0.08
241_R 146_L 0.60 0.17 0.07
159_L 495_E 0.60 0.17 0.07
171_V 180_L 0.60 0.17 0.07
142_G 613_L 0.60 0.17 0.07
129_A 541_K 0.60 0.17 0.07
42_V 758_D 0.60 0.17 0.07
251_F 515_F 0.60 0.17 0.07
41_E 575_R 0.59 0.17 0.07
165_K 201_A 0.59 0.17 0.07
168_F 556_L 0.59 0.17 0.07
118_F 607_F 0.59 0.17 0.07
64_W 134_E 0.59 0.17 0.07
225_V 540_E 0.59 0.17 0.07
128_E 146_L 0.59 0.17 0.07
219_P 715_R 0.59 0.16 0.07
20_L 682_L 0.59 0.16 0.07
104_A 703_A 0.59 0.16 0.07
93_H 529_P 0.59 0.16 0.07
241_R 509_E 0.59 0.16 0.07
120_F 544_L 0.59 0.16 0.07
143_I 685_Q 0.58 0.16 0.07
34_Y 476_L 0.58 0.16 0.07
198_A 433_C 0.58 0.16 0.07
112_V 697_L 0.58 0.16 0.07
143_I 478_A 0.58 0.16 0.07
12_S 676_P 0.58 0.16 0.07
165_K 770_E 0.58 0.16 0.07
157_Q 767_R 0.58 0.16 0.07
139_V 349_R 0.58 0.16 0.07
8_A 602_R 0.58 0.16 0.07
118_F 577_F 0.58 0.16 0.07
238_A 695_R 0.58 0.16 0.07
1_V 520_D 0.58 0.16 0.07
201_V 131_G 0.58 0.16 0.06
203_P 455_L 0.58 0.16 0.06
198_A 515_F 0.57 0.15 0.06
144_A 411_A 0.57 0.15 0.06
158_A 313_L 0.57 0.15 0.06
12_S 329_E 0.57 0.15 0.06
171_V 469_Y 0.57 0.15 0.06
180_A 515_F 0.57 0.15 0.06
46_F 204_V 0.57 0.15 0.06
167_R 162_P 0.57 0.15 0.06
261_F 554_R 0.57 0.15 0.06
16_H 473_P 0.57 0.15 0.06
25_L 445_T 0.57 0.15 0.06
92_T 472_I 0.57 0.15 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1831 seconds.