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OPENSEQ.org
Hs TRAP SiaP
Genes: A B A+B
Length: 621 307 920
Sequences: 331 6579 261
Seq/Len: 0.53 21.43 0.28
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.27
2 0.02 0.03 0.28
5 0.02 0.06 0.28
10 0.02 0.08 0.28
20 0.03 0.10 0.28
100 0.03 0.16 0.29
∞ 0.10 0.23 0.32
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
305_S 143_G 1.57 0.44 0.00
600_M 91_E 1.54 0.43 0.00
454_L 176_A 1.45 0.37 0.00
198_V 101_N 1.39 0.33 0.00
173_A 263_K 1.36 0.31 0.00
75_M 83_L 1.35 0.31 0.00
457_K 287_L 1.31 0.29 0.00
11_V 115_N 1.31 0.28 0.00
233_N 60_S 1.30 0.28 0.00
600_M 265_V 1.29 0.28 0.00
313_L 184_G 1.26 0.26 0.00
145_L 229_D 1.25 0.25 0.00
611_I 92_I 1.25 0.25 0.00
16_F 40_I 1.24 0.25 0.00
220_F 96_A 1.23 0.25 0.00
16_F 184_G 1.23 0.24 0.00
615_I 252_G 1.22 0.24 0.00
27_I 44_A 1.22 0.24 0.00
86_F 232_K 1.21 0.23 0.00
135_I 33_G 1.20 0.23 0.00
526_D 246_T 1.19 0.23 0.00
604_L 266_T 1.19 0.23 0.00
28_V 277_D 1.19 0.23 0.00
530_L 47_G 1.18 0.22 0.00
382_V 142_K 1.18 0.22 0.00
342_G 84_P 1.17 0.21 0.00
532_F 246_T 1.16 0.21 0.00
14_T 142_K 1.16 0.21 0.00
333_G 151_A 1.14 0.20 0.00
600_M 33_G 1.14 0.20 0.00
171_I 247_K 1.14 0.20 0.00
611_I 135_I 1.14 0.20 0.00
83_A 115_N 1.13 0.20 0.00
74_L 176_A 1.13 0.20 0.00
303_S 147_R 1.13 0.20 0.00
237_S 152_A 1.13 0.20 0.00
88_Q 231_Q 1.13 0.20 0.00
615_I 139_A 1.13 0.20 0.00
503_V 164_S 1.12 0.20 0.00
295_A 178_Q 1.12 0.20 0.00
415_I 203_Y 1.11 0.19 0.00
457_K 30_E 1.11 0.19 0.00
457_K 104_K 1.11 0.19 0.00
419_F 150_N 1.11 0.19 0.00
603_V 228_E 1.10 0.19 0.00
54_L 160_Y 1.10 0.19 0.00
250_P 63_F 1.10 0.19 0.00
511_L 250_K 1.09 0.18 0.00
80_K 176_A 1.09 0.18 0.00
166_V 91_E 1.09 0.18 0.00
12_G 83_L 1.08 0.18 0.00
474_A 32_S 1.08 0.18 0.00
30_R 59_G 1.08 0.18 0.00
56_I 14_S 1.08 0.18 0.00
562_I 278_A 1.07 0.17 0.00
233_N 163_A 1.07 0.17 0.00
496_I 169_A 1.06 0.17 0.00
355_G 145_K 1.06 0.17 0.00
345_V 56_L 1.06 0.17 0.00
431_T 59_G 1.06 0.17 0.00
306_A 275_F 1.05 0.17 0.00
134_P 32_S 1.05 0.17 0.00
547_I 176_A 1.05 0.17 0.00
303_S 127_R 1.05 0.17 0.00
389_K 223_L 1.05 0.17 0.00
71_I 234_V 1.04 0.16 0.00
613_T 74_F 1.04 0.16 0.00
454_L 32_S 1.04 0.16 0.00
105_V 2_D 1.04 0.16 0.00
382_V 273_K 1.03 0.16 0.00
154_N 231_Q 1.03 0.16 0.00
445_I 22_E 1.03 0.16 0.00
445_I 115_N 1.03 0.16 0.00
596_I 104_K 1.03 0.16 0.00
602_L 241_A 1.02 0.16 0.00
575_V 84_P 1.02 0.16 0.00
136_I 93_S 1.02 0.16 0.00
104_G 196_K 1.02 0.16 0.00
499_I 184_G 1.02 0.16 0.00
75_M 162_G 1.02 0.16 0.00
17_L 277_D 1.02 0.16 0.00
54_L 157_F 1.01 0.15 0.00
557_T 176_A 1.01 0.15 0.00
545_F 184_G 1.01 0.15 0.00
39_W 147_R 1.01 0.15 0.00
363_A 174_Y 1.01 0.15 0.00
198_V 129_T 1.01 0.15 0.00
98_F 106_L 1.01 0.15 0.00
96_I 240_N 1.00 0.15 0.00
166_V 273_K 1.00 0.15 0.00
32_V 231_Q 1.00 0.15 0.00
370_F 297_A 1.00 0.15 0.00
599_F 232_K 1.00 0.15 0.00
138_S 258_A 0.99 0.15 0.00
373_G 17_E 0.99 0.15 0.00
117_K 184_G 0.99 0.15 0.00
512_I 272_V 0.99 0.14 0.00
206_L 88_P 0.98 0.14 0.00
436_A 41_F 0.98 0.14 0.00
608_F 228_E 0.98 0.14 0.00
237_S 191_T 0.98 0.14 0.00
429_L 36_I 0.98 0.14 0.00
165_L 233_V 0.98 0.14 0.00
378_I 136_N 0.98 0.14 0.00
604_L 291_G 0.98 0.14 0.00
603_V 220_R 0.97 0.14 0.00
580_G 159_K 0.97 0.14 0.00
178_Q 274_P 0.97 0.14 0.00
580_G 135_I 0.97 0.14 0.00
75_M 231_Q 0.97 0.14 0.00
377_T 29_K 0.97 0.14 0.00
228_S 231_Q 0.97 0.14 0.00
446_V 30_E 0.97 0.14 0.00
519_L 164_S 0.97 0.14 0.00
28_V 142_K 0.97 0.14 0.00
499_I 277_D 0.96 0.14 0.00
605_I 77_E 0.96 0.14 0.00
499_I 30_E 0.96 0.14 0.00
557_T 175_L 0.96 0.14 0.00
235_T 261_K 0.96 0.14 0.00
538_L 127_R 0.96 0.14 0.00
479_T 157_F 0.96 0.14 0.00
39_W 172_E 0.96 0.14 0.00
54_L 40_I 0.96 0.14 0.00
158_Y 274_P 0.96 0.14 0.00
96_I 266_T 0.96 0.14 0.00
29_A 258_A 0.96 0.14 0.00
10_W 61_L 0.95 0.14 0.00
33_I 277_D 0.95 0.14 0.00
180_E 159_K 0.95 0.14 0.00
86_F 297_A 0.95 0.14 0.00
204_V 277_D 0.95 0.14 0.00
52_A 184_G 0.95 0.14 0.00
115_A 221_E 0.95 0.14 0.00
254_V 219_S 0.95 0.14 0.00
457_K 91_E 0.95 0.13 0.00
376_V 103_G 0.95 0.13 0.00
35_M 33_G 0.95 0.13 0.00
103_Y 231_Q 0.95 0.13 0.00
24_I 183_D 0.95 0.13 0.00
180_E 184_G 0.95 0.13 0.00
604_L 287_L 0.94 0.13 0.00
145_L 162_G 0.94 0.13 0.00
361_S 199_E 0.94 0.13 0.00
27_I 183_D 0.94 0.13 0.00
474_A 171_S 0.94 0.13 0.00
377_T 161_V 0.94 0.13 0.00
80_K 228_E 0.94 0.13 0.00
238_A 223_L 0.94 0.13 0.00
441_A 261_K 0.94 0.13 0.00
25_A 83_L 0.94 0.13 0.00
520_F 115_N 0.94 0.13 0.00
477_V 191_T 0.94 0.13 0.00
224_L 139_A 0.93 0.13 0.00
300_S 45_Q 0.93 0.13 0.00
12_G 25_A 0.93 0.13 0.00
569_M 135_I 0.93 0.13 0.00
603_V 101_N 0.93 0.13 0.00
531_Q 223_L 0.93 0.13 0.00
520_F 259_F 0.93 0.13 0.00
100_Y 230_L 0.92 0.13 0.00
252_L 172_E 0.92 0.12 0.00
445_I 278_A 0.92 0.12 0.00
445_I 71_F 0.92 0.12 0.00
328_D 32_S 0.92 0.12 0.00
5_N 231_Q 0.92 0.12 0.00
460_L 220_R 0.92 0.12 0.00
455_N 180_N 0.92 0.12 0.00
373_G 218_A 0.92 0.12 0.00
321_M 187_N 0.92 0.12 0.00
369_G 59_G 0.92 0.12 0.00
402_A 104_K 0.92 0.12 0.00
79_I 235_K 0.92 0.12 0.00
115_A 61_L 0.92 0.12 0.00
309_D 186_E 0.92 0.12 0.00
303_S 172_E 0.91 0.12 0.00
37_L 39_A 0.91 0.12 0.00
531_Q 51_T 0.91 0.12 0.00
135_I 258_A 0.91 0.12 0.00
185_L 255_N 0.91 0.12 0.00
145_L 220_R 0.91 0.12 0.00
215_V 260_F 0.91 0.12 0.00
82_M 259_F 0.91 0.12 0.00
434_E 59_G 0.91 0.12 0.00
145_L 261_K 0.91 0.12 0.00
11_V 250_K 0.91 0.12 0.00
515_N 278_A 0.91 0.12 0.00
459_F 236_E 0.91 0.12 0.00
587_V 5_L 0.90 0.12 0.00
71_I 119_L 0.90 0.12 0.00
506_S 227_P 0.90 0.12 0.00
499_I 26_K 0.90 0.12 0.00
143_R 39_A 0.90 0.12 0.00
156_A 40_I 0.90 0.12 0.00
142_F 228_E 0.90 0.12 0.00
336_A 210_I 0.90 0.12 0.00
557_T 223_L 0.90 0.12 0.00
252_L 147_R 0.90 0.12 0.00
42_E 174_Y 0.90 0.12 0.00
342_G 44_A 0.90 0.12 0.00
109_A 221_E 0.90 0.12 0.00
588_A 33_G 0.90 0.12 0.00
457_K 266_T 0.89 0.12 0.00
86_F 26_K 0.89 0.12 0.00
307_L 70_R 0.89 0.12 0.00
560_M 99_E 0.89 0.12 0.00
520_F 251_E 0.89 0.12 0.00
382_V 136_N 0.89 0.12 0.00
429_L 180_N 0.89 0.12 0.00
174_I 224_E 0.89 0.12 0.00
524_F 138_I 0.89 0.12 0.00
205_W 166_T 0.89 0.12 0.00
189_N 101_N 0.89 0.12 0.00
547_I 155_L 0.89 0.12 0.00
415_I 88_P 0.89 0.12 0.00
456_L 108_Q 0.89 0.12 0.00
442_Y 125_G 0.89 0.12 0.00
606_T 6_K 0.89 0.12 0.00
445_I 72_Q 0.89 0.12 0.00
373_G 223_L 0.89 0.12 0.00
330_I 191_T 0.89 0.12 0.00
438_V 183_D 0.88 0.12 0.00
54_L 7_F 0.88 0.12 0.00
225_L 33_G 0.88 0.12 0.00
456_L 26_K 0.88 0.12 0.00
582_M 151_A 0.88 0.12 0.00
96_I 262_E 0.88 0.12 0.00
616_P 62_D 0.88 0.12 0.00
349_I 70_R 0.88 0.11 0.00
300_S 55_Q 0.88 0.11 0.00
561_M 186_E 0.88 0.11 0.00
34_H 216_Y 0.88 0.11 0.00
317_E 47_G 0.88 0.11 0.00
380_L 47_G 0.88 0.11 0.00
53_L 170_F 0.88 0.11 0.00
361_S 174_Y 0.88 0.11 0.00
558_L 180_N 0.87 0.11 0.00
306_A 186_E 0.87 0.11 0.00
345_V 163_A 0.87 0.11 0.00
460_L 231_Q 0.87 0.11 0.00
467_V 184_G 0.87 0.11 0.00
508_I 240_N 0.87 0.11 0.00
178_Q 228_E 0.87 0.11 0.00
599_F 30_E 0.87 0.11 0.00
215_V 134_A 0.87 0.11 0.00
475_L 270_P 0.87 0.11 0.00
86_F 91_E 0.87 0.11 0.00
258_I 70_R 0.87 0.11 0.00
98_F 33_G 0.87 0.11 0.00
39_W 99_E 0.87 0.11 0.00
223_A 285_E 0.87 0.11 0.00
424_G 301_I 0.87 0.11 0.00
258_I 190_P 0.86 0.11 0.00
408_F 44_A 0.86 0.11 0.00
218_S 4_E 0.86 0.11 0.00
202_L 65_L 0.86 0.11 0.00
581_N 216_Y 0.86 0.11 0.00
65_H 227_P 0.86 0.11 0.00
86_F 37_E 0.86 0.11 0.00
78_T 258_A 0.86 0.11 0.00
21_L 35_K 0.86 0.11 0.00
53_L 10_V 0.86 0.11 0.00
551_F 47_G 0.86 0.11 0.00
25_A 224_E 0.86 0.11 0.00
28_V 56_L 0.86 0.11 0.00
246_L 253_E 0.86 0.11 0.00
373_G 29_K 0.86 0.11 0.00
520_F 129_T 0.86 0.11 0.00
582_M 228_E 0.86 0.11 0.00
138_S 62_D 0.86 0.11 0.00
392_G 32_S 0.86 0.11 0.00
254_V 213_D 0.86 0.11 0.00
446_V 162_G 0.86 0.11 0.00
445_I 146_L 0.85 0.11 0.00
118_A 79_E 0.85 0.11 0.00
207_V 116_L 0.85 0.11 0.00
368_A 195_Q 0.85 0.11 0.00
429_L 4_E 0.85 0.11 0.00
52_A 138_I 0.85 0.11 0.00
301_G 55_Q 0.85 0.11 0.00
613_T 8_G 0.85 0.11 0.00
298_I 271_D 0.85 0.11 0.00
382_V 296_Q 0.85 0.11 0.00
423_G 223_L 0.85 0.11 0.00
210_F 136_N 0.85 0.11 0.00
475_L 92_I 0.85 0.11 0.00
516_L 139_A 0.85 0.11 0.00
133_L 203_Y 0.85 0.11 0.00
513_M 231_Q 0.85 0.11 0.00
232_W 225_D 0.85 0.11 0.00
524_F 61_L 0.85 0.11 0.00
416_L 273_K 0.85 0.11 0.00
562_I 129_T 0.85 0.11 0.00
419_F 41_F 0.85 0.11 0.00
457_K 136_N 0.85 0.11 0.00
333_G 9_M 0.85 0.10 0.00
252_L 207_T 0.85 0.10 0.00
144_F 35_K 0.85 0.10 0.00
253_S 44_A 0.85 0.10 0.00
450_V 135_I 0.84 0.10 0.00
158_Y 240_N 0.84 0.10 0.00
295_A 63_F 0.84 0.10 0.00
579_V 12_G 0.84 0.10 0.00
572_A 186_E 0.84 0.10 0.00
466_A 267_V 0.84 0.10 0.00
17_L 61_L 0.84 0.10 0.00
355_G 195_Q 0.84 0.10 0.00
90_L 44_A 0.84 0.10 0.00
75_M 232_K 0.84 0.10 0.00
248_S 225_D 0.84 0.10 0.00
441_A 277_D 0.84 0.10 0.00
574_F 271_D 0.84 0.10 0.00
63_Q 173_V 0.84 0.10 0.00
313_L 144_L 0.84 0.10 0.00
562_I 42_P 0.84 0.10 0.00
302_M 140_D 0.84 0.10 0.00
267_G 41_F 0.84 0.10 0.00
363_A 183_D 0.84 0.10 0.00
508_I 68_T 0.84 0.10 0.00
583_P 262_E 0.84 0.10 0.00
194_G 132_N 0.84 0.10 0.00
165_L 229_D 0.84 0.10 0.00
18_A 235_K 0.84 0.10 0.00
389_K 135_I 0.84 0.10 0.00
368_A 38_I 0.84 0.10 0.00
308_A 147_R 0.84 0.10 0.00
377_T 168_M 0.84 0.10 0.00
14_T 132_N 0.84 0.10 0.00
592_L 130_T 0.83 0.10 0.00
185_L 262_E 0.83 0.10 0.00
455_N 247_K 0.83 0.10 0.00
305_S 245_H 0.83 0.10 0.00
124_I 205_A 0.83 0.10 0.00
269_I 126_T 0.83 0.10 0.00
210_F 4_E 0.83 0.10 0.00
390_K 247_K 0.83 0.10 0.00
138_S 271_D 0.83 0.10 0.00
124_I 40_I 0.83 0.10 0.00
160_P 162_G 0.83 0.10 0.00
11_V 112_K 0.83 0.10 0.00
239_S 162_G 0.83 0.10 0.00
55_G 147_R 0.83 0.10 0.00
115_A 254_K 0.83 0.10 0.00
604_L 273_K 0.83 0.10 0.00
128_W 33_G 0.83 0.10 0.00
511_L 36_I 0.83 0.10 0.00
240_G 60_S 0.83 0.10 0.00
553_G 48_D 0.83 0.10 0.00
155_K 223_L 0.83 0.10 0.00
99_I 278_A 0.83 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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