May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
bama_fadl
Genes: A B A+B
Length: 810 427 1153
Sequences: 1555 2311 640
Seq/Len: 1.92 5.41 0.56
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.53
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.05 0.00
2 0.02 0.05 0.00
5 0.02 0.05 0.00
10 0.02 0.05 0.03
20 0.02 0.06 0.04
100 0.02 0.07 0.09
∞ 0.04 0.13 0.52
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
365_L 246_A 1.24 0.39 0.00
182_I 215_Y 1.19 0.36 0.00
137_L 343_T 1.17 0.34 0.00
173_V 343_T 1.12 0.31 0.00
291_E 225_L 1.11 0.30 0.00
75_V 56_V 1.09 0.29 0.00
394_F 293_L 1.09 0.28 0.00
240_I 383_V 1.07 0.27 0.00
48_V 331_T 1.06 0.27 0.00
260_I 270_N 1.05 0.26 0.00
608_Y 289_I 1.05 0.26 0.00
80_D 219_K 1.04 0.26 0.00
365_L 343_T 1.04 0.25 0.00
169_F 378_N 1.03 0.25 0.00
260_I 341_F 1.03 0.25 0.00
432_Y 49_A 1.03 0.25 0.00
646_M 323_D 1.00 0.23 0.00
193_L 2_G 1.00 0.23 0.00
248_T 14_G 0.99 0.23 0.00
341_V 145_G 0.99 0.23 0.00
652_F 387_V 0.99 0.23 0.00
26_V 76_T 0.99 0.23 0.00
260_I 343_T 0.99 0.23 0.00
295_L 386_G 0.98 0.22 0.00
484_S 299_S 0.98 0.22 0.00
308_I 355_Q 0.97 0.22 0.00
260_I 269_L 0.97 0.21 0.00
256_V 55_D 0.96 0.21 0.00
226_L 142_F 0.96 0.21 0.00
742_G 135_R 0.96 0.21 0.00
95_A 371_A 0.96 0.21 0.00
608_Y 49_A 0.95 0.21 0.00
97_I 352_V 0.95 0.21 0.00
652_F 333_Y 0.94 0.20 0.00
669_G 14_G 0.94 0.20 0.00
772_I 240_S 0.94 0.20 0.00
595_L 111_T 0.94 0.20 0.00
621_I 356_N 0.94 0.20 0.00
75_V 159_A 0.94 0.20 0.00
64_R 267_L 0.94 0.20 0.00
621_I 236_K 0.94 0.20 0.00
146_K 215_Y 0.93 0.20 0.00
505_T 129_N 0.93 0.20 0.00
137_L 77_A 0.93 0.20 0.00
75_V 236_K 0.93 0.20 0.00
306_D 219_K 0.93 0.19 0.00
627_W 223_Y 0.93 0.19 0.00
186_H 132_G 0.92 0.19 0.00
265_Q 57_N 0.92 0.19 0.00
288_T 383_V 0.92 0.19 0.00
408_S 133_A 0.91 0.18 0.00
284_I 273_E 0.90 0.18 0.00
384_Q 51_Y 0.90 0.18 0.00
354_F 379_K 0.90 0.18 0.00
590_G 372_G 0.90 0.18 0.00
346_R 328_A 0.89 0.18 0.00
80_D 369_L 0.89 0.18 0.00
261_T 38_T 0.89 0.18 0.00
151_V 392_G 0.89 0.18 0.00
352_I 373_T 0.89 0.17 0.00
301_V 133_A 0.89 0.17 0.00
296_Y 76_T 0.89 0.17 0.00
621_I 370_S 0.89 0.17 0.00
416_Y 57_N 0.88 0.17 0.00
472_S 329_L 0.88 0.17 0.00
572_F 142_F 0.88 0.17 0.00
707_G 95_G 0.88 0.17 0.00
186_H 323_D 0.88 0.17 0.00
418_V 96_A 0.88 0.17 0.00
382_V 387_V 0.88 0.17 0.00
230_Y 375_Y 0.88 0.17 0.00
322_V 16_A 0.88 0.17 0.00
55_N 321_F 0.88 0.17 0.00
308_I 268_T 0.88 0.17 0.00
668_I 61_T 0.87 0.17 0.00
265_Q 14_G 0.87 0.17 0.00
260_I 279_G 0.87 0.17 0.00
716_L 88_I 0.87 0.17 0.00
709_N 287_W 0.87 0.17 0.00
511_T 37_I 0.87 0.17 0.00
576_W 291_Y 0.86 0.16 0.00
110_L 337_D 0.86 0.16 0.00
358_D 150_Y 0.86 0.16 0.00
369_M 389_Y 0.86 0.16 0.00
254_I 292_S 0.86 0.16 0.00
471_L 244_N 0.86 0.16 0.00
414_V 345_I 0.86 0.16 0.00
608_Y 287_W 0.86 0.16 0.00
97_I 277_V 0.86 0.16 0.00
31_F 370_S 0.86 0.16 0.00
378_G 146_F 0.85 0.16 0.00
34_L 336_D 0.85 0.16 0.00
444_V 57_N 0.85 0.16 0.00
285_E 289_I 0.85 0.16 0.00
716_L 277_V 0.85 0.16 0.00
217_Q 264_S 0.85 0.16 0.00
235_Y 268_T 0.85 0.16 0.00
309_K 339_W 0.85 0.16 0.00
165_L 98_I 0.85 0.16 0.00
769_S 144_L 0.85 0.16 0.00
86_V 415_T 0.84 0.16 0.00
81_G 231_V 0.84 0.16 0.00
358_D 142_F 0.84 0.16 0.00
260_I 261_A 0.84 0.15 0.00
94_I 351_P 0.84 0.15 0.00
507_K 96_A 0.84 0.15 0.00
513_V 154_K 0.84 0.15 0.00
399_D 371_A 0.84 0.15 0.00
394_F 337_D 0.84 0.15 0.00
30_H 339_W 0.84 0.15 0.00
178_Q 329_L 0.84 0.15 0.00
220_A 219_K 0.84 0.15 0.00
610_K 118_G 0.83 0.15 0.00
580_K 45_F 0.83 0.15 0.00
317_Y 384_D 0.83 0.15 0.00
195_S 382_S 0.83 0.15 0.00
430_I 91_Q 0.83 0.15 0.00
62_T 16_A 0.83 0.15 0.00
97_I 47_A 0.83 0.15 0.00
86_V 277_V 0.83 0.15 0.00
149_A 287_W 0.83 0.15 0.00
240_I 144_L 0.83 0.15 0.00
732_S 347_F 0.83 0.15 0.00
256_V 279_G 0.83 0.15 0.00
240_I 97_S 0.83 0.15 0.00
390_N 15_R 0.83 0.15 0.00
31_F 234_D 0.83 0.15 0.00
663_F 269_L 0.82 0.15 0.00
80_D 303_Q 0.82 0.15 0.00
699_L 140_W 0.82 0.15 0.00
788_A 221_N 0.82 0.15 0.00
416_Y 347_F 0.82 0.15 0.00
349_V 386_G 0.82 0.15 0.00
426_F 57_N 0.82 0.14 0.00
252_K 110_D 0.82 0.14 0.00
29_I 159_A 0.82 0.14 0.00
588_T 94_W 0.82 0.14 0.00
378_G 14_G 0.81 0.14 0.00
352_I 47_A 0.81 0.14 0.00
485_L 221_N 0.81 0.14 0.00
192_E 341_F 0.81 0.14 0.00
167_L 327_I 0.81 0.14 0.00
440_F 415_T 0.81 0.14 0.00
382_V 97_S 0.81 0.14 0.00
266_Y 95_G 0.81 0.14 0.00
149_A 387_V 0.81 0.14 0.00
582_D 88_I 0.81 0.14 0.00
475_N 204_Q 0.81 0.14 0.00
52_D 210_N 0.81 0.14 0.00
600_T 298_W 0.81 0.14 0.00
155_V 96_A 0.81 0.14 0.00
412_V 142_F 0.81 0.14 0.00
671_K 122_D 0.81 0.14 0.00
178_Q 131_S 0.81 0.14 0.00
197_F 300_Q 0.81 0.14 0.00
94_I 374_T 0.80 0.14 0.00
48_V 134_Y 0.80 0.14 0.00
469_A 345_I 0.80 0.14 0.00
493_D 225_L 0.80 0.14 0.00
76_R 138_N 0.80 0.14 0.00
595_L 223_Y 0.80 0.14 0.00
788_A 37_I 0.80 0.14 0.00
394_F 213_I 0.80 0.14 0.00
789_Q 279_G 0.80 0.14 0.00
628_V 111_T 0.80 0.14 0.00
805_N 92_F 0.80 0.14 0.00
256_V 277_V 0.80 0.14 0.00
414_V 220_N 0.80 0.14 0.00
256_V 391_H 0.80 0.14 0.00
610_K 18_S 0.79 0.14 0.00
69_T 348_D 0.79 0.14 0.00
267_K 380_D 0.79 0.14 0.00
576_W 373_T 0.79 0.14 0.00
663_F 308_S 0.79 0.14 0.00
748_N 322_K 0.79 0.14 0.00
256_V 136_L 0.79 0.14 0.00
48_V 85_V 0.79 0.13 0.00
151_V 335_Y 0.79 0.13 0.00
30_H 92_F 0.79 0.13 0.00
529_L 142_F 0.79 0.13 0.00
772_I 331_T 0.79 0.13 0.00
663_F 389_Y 0.79 0.13 0.00
597_G 47_A 0.79 0.13 0.00
581_L 269_L 0.78 0.13 0.00
31_F 365_D 0.78 0.13 0.00
58_D 287_W 0.78 0.13 0.00
429_G 129_N 0.78 0.13 0.00
270_G 394_S 0.78 0.13 0.00
788_A 323_D 0.78 0.13 0.00
26_V 26_D 0.78 0.13 0.00
432_Y 323_D 0.78 0.13 0.00
708_G 324_A 0.78 0.13 0.00
240_I 57_N 0.78 0.13 0.00
228_S 82_M 0.78 0.13 0.00
582_D 210_N 0.78 0.13 0.00
494_F 133_A 0.78 0.13 0.00
54_V 114_G 0.78 0.13 0.00
588_T 350_S 0.78 0.13 0.00
535_S 88_I 0.78 0.13 0.00
783_L 386_G 0.78 0.13 0.00
30_H 331_T 0.77 0.13 0.00
225_T 136_L 0.77 0.13 0.00
85_L 217_L 0.77 0.13 0.00
664_Q 323_D 0.77 0.13 0.00
761_S 14_G 0.77 0.13 0.00
192_E 206_G 0.77 0.13 0.00
192_E 393_Q 0.77 0.13 0.00
394_F 107_E 0.77 0.13 0.00
460_G 231_V 0.77 0.13 0.00
394_F 42_R 0.77 0.13 0.00
380_D 140_W 0.77 0.13 0.00
322_V 109_N 0.77 0.13 0.00
704_D 38_T 0.77 0.13 0.00
622_D 9_S 0.77 0.13 0.00
182_I 223_Y 0.77 0.13 0.00
107_D 223_Y 0.77 0.13 0.00
722_T 45_F 0.77 0.13 0.00
359_T 340_T 0.77 0.13 0.00
165_L 107_E 0.77 0.13 0.00
474_T 199_H 0.77 0.13 0.00
587_P 92_F 0.77 0.12 0.00
608_Y 277_V 0.77 0.12 0.00
426_F 266_Y 0.77 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8683 0.56 bama_fadl Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8682 0.04 bama_fadl Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
Page generated in 0.1657 seconds.