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OPENSEQ.org
REVISED GAVRIEL PilN (protein A) vs PilO (Protein B)
Genes: A B A+B
Length: 268 282 483
Sequences: 99 73 69
Seq/Len: 0.37 0.26 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.12
2 0.00 0.00 0.13
5 0.00 0.00 0.13
10 0.00 0.00 0.13
20 0.00 0.00 0.13
100 0.00 0.00 0.13
∞ 0.00 0.00 0.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
40_A 180_Q 1.95 0.48 0.00
182_F 130_G 1.69 0.34 0.00
175_T 52_A 1.66 0.32 0.00
74_S 51_A 1.65 0.32 0.00
50_M 263_N 1.60 0.30 0.00
177_K 47_L 1.56 0.28 0.00
66_Q 66_L 1.53 0.27 0.00
185_S 189_L 1.53 0.27 0.00
118_E 115_E 1.51 0.26 0.00
54_F 109_A 1.48 0.24 0.00
100_F 181_A 1.47 0.24 0.00
189_L 47_L 1.47 0.24 0.00
90_E 98_Q 1.46 0.24 0.00
84_V 215_G 1.44 0.23 0.00
6_I 243_N 1.44 0.23 0.00
239_S 254_M 1.39 0.21 0.00
74_S 66_L 1.36 0.20 0.00
11_D 182_V 1.35 0.20 0.00
90_E 110_Q 1.33 0.19 0.00
49_V 51_A 1.33 0.19 0.00
177_K 132_L 1.31 0.18 0.00
180_P 261_L 1.28 0.17 0.00
91_I 173_T 1.27 0.17 0.00
50_M 186_T 1.26 0.17 0.00
260_L 185_K 1.25 0.17 0.00
68_A 246_T 1.25 0.16 0.00
189_L 97_T 1.25 0.16 0.00
189_L 245_D 1.25 0.16 0.00
262_Q 189_L 1.24 0.16 0.00
237_L 246_T 1.24 0.16 0.00
100_F 178_L 1.23 0.16 0.00
96_T 39_L 1.22 0.15 0.00
150_W 173_T 1.21 0.15 0.00
31_Q 31_L 1.20 0.15 0.00
66_Q 139_E 1.19 0.15 0.00
236_V 100_Q 1.19 0.14 0.00
71_E 72_A 1.18 0.14 0.00
157_I 225_T 1.18 0.14 0.00
41_A 61_E 1.18 0.14 0.00
71_E 73_K 1.17 0.14 0.00
97_Q 180_Q 1.17 0.14 0.00
177_K 54_K 1.16 0.14 0.00
113_S 137_P 1.16 0.14 0.00
104_I 182_V 1.15 0.14 0.00
265_V 179_S 1.15 0.14 0.00
54_F 202_L 1.14 0.13 0.00
122_R 115_E 1.14 0.13 0.00
89_A 39_L 1.14 0.13 0.00
254_T 207_R 1.14 0.13 0.00
242_L 217_F 1.14 0.13 0.00
122_R 54_K 1.14 0.13 0.00
188_Q 101_K 1.13 0.13 0.00
251_E 40_I 1.13 0.13 0.00
229_I 108_F 1.13 0.13 0.00
165_T 207_R 1.13 0.13 0.00
29_R 244_L 1.12 0.13 0.00
106_N 73_K 1.12 0.13 0.00
35_L 85_R 1.12 0.13 0.00
132_L 243_N 1.12 0.13 0.00
168_D 122_N 1.12 0.13 0.00
242_L 51_A 1.11 0.12 0.00
102_A 61_E 1.11 0.12 0.00
124_P 183_E 1.11 0.12 0.00
33_T 180_Q 1.10 0.12 0.00
110_K 217_F 1.10 0.12 0.00
178_R 205_L 1.10 0.12 0.00
74_S 73_K 1.10 0.12 0.00
118_E 205_L 1.10 0.12 0.00
3_S 203_R 1.10 0.12 0.00
67_L 26_I 1.10 0.12 0.00
153_V 205_L 1.10 0.12 0.00
6_I 263_N 1.10 0.12 0.00
34_M 175_S 1.09 0.12 0.00
49_V 61_E 1.09 0.12 0.00
163_A 94_L 1.09 0.12 0.00
112_M 182_V 1.09 0.12 0.00
182_F 92_A 1.09 0.12 0.00
159_I 42_V 1.09 0.12 0.00
47_A 129_G 1.09 0.12 0.00
258_N 105_L 1.09 0.12 0.00
246_Q 133_E 1.08 0.12 0.00
98_I 201_T 1.08 0.12 0.00
79_A 20_P 1.08 0.12 0.00
180_P 195_Y 1.08 0.12 0.00
119_L 188_E 1.07 0.12 0.00
61_T 84_I 1.07 0.12 0.00
140_P 68_T 1.07 0.12 0.00
194_L 108_F 1.07 0.12 0.00
167_D 122_N 1.07 0.12 0.00
178_R 123_Q 1.07 0.12 0.00
108_S 90_A 1.07 0.12 0.00
105_F 33_P 1.07 0.12 0.00
61_T 46_G 1.07 0.12 0.00
234_S 103_N 1.06 0.12 0.00
160_Q 85_R 1.06 0.12 0.00
160_Q 42_V 1.06 0.11 0.00
15_Y 99_Q 1.05 0.11 0.00
121_D 86_Q 1.05 0.11 0.00
184_D 70_I 1.05 0.11 0.00
38_G 37_G 1.05 0.11 0.00
120_R 203_R 1.05 0.11 0.00
261_E 98_Q 1.05 0.11 0.00
66_Q 70_I 1.05 0.11 0.00
39_L 40_I 1.05 0.11 0.00
112_M 107_L 1.04 0.11 0.00
149_P 264_L 1.04 0.11 0.00
66_Q 110_Q 1.04 0.11 0.00
72_S 73_K 1.04 0.11 0.00
127_V 206_E 1.04 0.11 0.00
105_F 193_G 1.04 0.11 0.00
244_D 201_T 1.03 0.11 0.00
103_N 265_A 1.03 0.11 0.00
78_G 73_K 1.03 0.11 0.00
173_V 216_E 1.02 0.11 0.00
70_L 77_I 1.02 0.11 0.00
124_P 208_L 1.02 0.11 0.00
238_A 134_S 1.02 0.11 0.00
129_V 216_E 1.02 0.10 0.00
262_Q 125_V 1.02 0.10 0.00
120_R 241_P 1.02 0.10 0.00
7_N 37_G 1.02 0.10 0.00
115_L 80_Q 1.02 0.10 0.00
73_Q 50_F 1.01 0.10 0.00
115_L 90_A 1.01 0.10 0.00
37_G 269_P 1.01 0.10 0.00
23_S 267_P 1.01 0.10 0.00
178_R 197_Q 1.01 0.10 0.00
48_V 46_G 1.01 0.10 0.00
224_V 46_G 1.01 0.10 0.00
169_V 119_L 1.01 0.10 0.00
102_A 139_E 1.01 0.10 0.00
56_V 199_L 1.01 0.10 0.00
124_P 132_L 1.00 0.10 0.00
64_Q 121_I 1.00 0.10 0.00
119_L 26_I 1.00 0.10 0.00
166_F 244_L 1.00 0.10 0.00
132_L 265_A 1.00 0.10 0.00
126_G 84_I 0.99 0.10 0.00
117_Q 74_E 0.99 0.10 0.00
187_T 31_L 0.99 0.10 0.00
184_D 170_P 0.99 0.10 0.00
173_V 94_L 0.99 0.10 0.00
177_K 45_L 0.99 0.10 0.00
183_N 196_Q 0.99 0.10 0.00
100_F 179_S 0.99 0.10 0.00
256_R 116_T 0.99 0.10 0.00
233_V 181_A 0.99 0.10 0.00
80_Q 39_L 0.99 0.10 0.00
43_V 172_T 0.98 0.10 0.00
186_Q 125_V 0.98 0.10 0.00
79_A 74_E 0.98 0.10 0.00
166_F 204_R 0.98 0.10 0.00
50_M 38_I 0.98 0.10 0.00
239_S 190_E 0.98 0.10 0.00
167_D 171_P 0.97 0.10 0.00
129_V 201_T 0.97 0.10 0.00
6_I 45_L 0.97 0.10 0.00
153_V 195_Y 0.97 0.10 0.00
189_L 240_A 0.97 0.10 0.00
35_L 52_A 0.97 0.10 0.00
249_R 29_F 0.97 0.10 0.00
66_Q 74_E 0.97 0.10 0.00
166_F 201_T 0.97 0.10 0.00
105_F 207_R 0.97 0.10 0.00
53_W 216_E 0.97 0.10 0.00
69_T 65_N 0.96 0.10 0.00
259_L 239_Q 0.96 0.10 0.00
178_R 196_Q 0.96 0.10 0.00
94_L 243_N 0.96 0.10 0.00
190_I 35_I 0.96 0.09 0.00
189_L 88_D 0.96 0.09 0.00
131_N 40_I 0.96 0.09 0.00
157_I 215_G 0.96 0.09 0.00
61_T 49_G 0.96 0.09 0.00
182_F 70_I 0.96 0.09 0.00
73_Q 74_E 0.96 0.09 0.00
119_L 42_V 0.96 0.09 0.00
40_A 45_L 0.96 0.09 0.00
29_R 213_V 0.95 0.09 0.00
43_V 48_A 0.95 0.09 0.00
39_L 248_F 0.95 0.09 0.00
157_I 195_Y 0.95 0.09 0.00
67_L 31_L 0.95 0.09 0.00
228_N 93_N 0.95 0.09 0.00
102_A 21_P 0.95 0.09 0.00
128_Q 246_T 0.95 0.09 0.00
129_V 134_S 0.95 0.09 0.00
169_V 221_L 0.94 0.09 0.00
250_A 217_F 0.94 0.09 0.00
166_F 266_A 0.94 0.09 0.00
97_Q 104_V 0.94 0.09 0.00
192_A 45_L 0.94 0.09 0.00
42_G 100_Q 0.94 0.09 0.00
61_T 266_A 0.94 0.09 0.00
101_F 193_G 0.94 0.09 0.00
250_A 136_K 0.94 0.09 0.00
35_L 84_I 0.94 0.09 0.00
47_A 109_A 0.93 0.09 0.00
75_G 224_G 0.93 0.09 0.00
127_V 203_R 0.93 0.09 0.00
134_H 175_S 0.93 0.09 0.00
96_T 101_K 0.93 0.09 0.00
71_E 130_G 0.93 0.09 0.00
258_N 200_D 0.93 0.09 0.00
253_L 33_P 0.93 0.09 0.00
101_F 104_V 0.93 0.09 0.00
101_F 175_S 0.93 0.09 0.00
8_F 58_P 0.93 0.09 0.00
68_A 128_S 0.93 0.09 0.00
225_V 87_M 0.93 0.09 0.00
184_D 173_T 0.92 0.09 0.00
121_D 194_N 0.92 0.09 0.00
50_M 45_L 0.92 0.09 0.00
147_S 49_G 0.92 0.09 0.00
76_S 213_V 0.92 0.09 0.00
43_V 174_P 0.92 0.09 0.00
61_T 189_L 0.92 0.09 0.00
184_D 77_I 0.92 0.09 0.00
221_L 100_Q 0.92 0.09 0.00
231_A 222_G 0.92 0.09 0.00
202_E 43_L 0.92 0.09 0.00
5_E 97_T 0.92 0.09 0.00
105_F 206_E 0.92 0.09 0.00
111_P 116_T 0.92 0.09 0.00
166_F 78_A 0.92 0.09 0.00
45_A 86_Q 0.92 0.09 0.00
129_V 212_V 0.91 0.09 0.00
127_V 193_G 0.91 0.09 0.00
181_F 97_T 0.91 0.09 0.00
65_G 51_A 0.91 0.09 0.00
69_T 89_E 0.91 0.09 0.00
104_I 108_F 0.91 0.09 0.00
102_A 240_A 0.91 0.09 0.00
43_V 267_P 0.91 0.09 0.00
65_G 78_A 0.91 0.09 0.00
180_P 185_K 0.91 0.09 0.00
170_N 118_L 0.91 0.09 0.00
230_N 121_I 0.91 0.08 0.00
185_S 236_I 0.91 0.08 0.00
194_L 109_A 0.91 0.08 0.00
183_N 45_L 0.91 0.08 0.00
103_N 135_F 0.90 0.08 0.00
254_T 41_A 0.90 0.08 0.00
91_I 122_N 0.90 0.08 0.00
196_D 188_E 0.90 0.08 0.00
192_A 203_R 0.90 0.08 0.00
120_R 96_T 0.90 0.08 0.00
120_R 200_D 0.90 0.08 0.00
102_A 57_L 0.90 0.08 0.00
46_I 59_A 0.90 0.08 0.00
186_Q 244_L 0.90 0.08 0.00
176_L 208_L 0.90 0.08 0.00
166_F 247_V 0.90 0.08 0.00
250_A 133_E 0.90 0.08 0.00
192_A 105_L 0.89 0.08 0.00
238_A 108_F 0.89 0.08 0.00
81_V 125_V 0.89 0.08 0.00
237_L 114_L 0.89 0.08 0.00
177_K 43_L 0.89 0.08 0.00
241_V 195_Y 0.89 0.08 0.00
100_F 184_G 0.89 0.08 0.00
254_T 77_I 0.89 0.08 0.00
139_A 226_Q 0.89 0.08 0.00
66_Q 69_Q 0.88 0.08 0.00
181_F 197_Q 0.88 0.08 0.00
16_K 195_Y 0.88 0.08 0.00
182_F 61_E 0.88 0.08 0.00
50_M 131_N 0.88 0.08 0.00
115_L 214_F 0.88 0.08 0.00
40_A 213_V 0.88 0.08 0.00
49_V 46_G 0.88 0.08 0.00
228_N 173_T 0.88 0.08 0.00
84_V 51_A 0.88 0.08 0.00
157_I 85_R 0.88 0.08 0.00
89_A 102_E 0.88 0.08 0.00
194_L 222_G 0.88 0.08 0.00
118_E 61_E 0.88 0.08 0.00
53_W 55_M 0.88 0.08 0.00
32_T 215_G 0.88 0.08 0.00
34_M 195_Y 0.88 0.08 0.00
13_A 177_T 0.88 0.08 0.00
6_I 136_K 0.88 0.08 0.00
165_T 104_V 0.87 0.08 0.00
98_I 54_K 0.87 0.08 0.00
126_G 105_L 0.87 0.08 0.00
31_Q 26_I 0.87 0.08 0.00
251_E 254_M 0.87 0.08 0.00
72_S 102_E 0.87 0.08 0.00
5_E 40_I 0.87 0.08 0.00
30_Q 212_V 0.87 0.08 0.00
102_A 41_A 0.87 0.08 0.00
235_N 195_Y 0.87 0.08 0.00
85_E 243_N 0.87 0.08 0.00
64_Q 26_I 0.86 0.08 0.00
86_A 90_A 0.86 0.08 0.00
181_F 36_Q 0.86 0.08 0.00
146_A 195_Y 0.86 0.08 0.00
118_E 97_T 0.86 0.08 0.00
129_V 113_T 0.86 0.08 0.00
15_Y 170_P 0.86 0.08 0.00
2_Y 37_G 0.86 0.08 0.00
253_L 193_G 0.86 0.08 0.00
206_S 113_T 0.86 0.08 0.00
175_T 127_Q 0.86 0.08 0.00
235_N 243_N 0.86 0.08 0.00
52_G 214_F 0.86 0.08 0.00
253_L 48_A 0.86 0.08 0.00
53_W 171_P 0.86 0.08 0.00
105_F 246_T 0.86 0.08 0.00
262_Q 41_A 0.86 0.08 0.00
104_I 253_V 0.86 0.08 0.00
185_S 84_I 0.86 0.08 0.00
92_Q 74_E 0.86 0.08 0.00
90_E 38_I 0.85 0.08 0.00
41_A 92_A 0.85 0.08 0.00
127_V 109_A 0.85 0.08 0.00
98_I 104_V 0.85 0.08 0.00
3_S 127_Q 0.85 0.08 0.00
10_N 30_V 0.85 0.08 0.00
86_A 69_Q 0.85 0.08 0.00
150_W 229_F 0.85 0.08 0.00
42_G 65_N 0.85 0.07 0.00
122_R 197_Q 0.85 0.07 0.00
242_L 136_K 0.85 0.07 0.00
124_P 23_S 0.85 0.07 0.00
87_I 72_A 0.85 0.07 0.00
123_L 111_G 0.85 0.07 0.00
48_V 55_M 0.85 0.07 0.00
146_A 269_P 0.85 0.07 0.00
109_V 51_A 0.85 0.07 0.00
102_A 47_L 0.85 0.07 0.00
260_L 232_P 0.85 0.07 0.00
240_E 34_Q 0.85 0.07 0.00
13_A 253_V 0.85 0.07 0.00
141_P 42_V 0.85 0.07 0.00
43_V 97_T 0.85 0.07 0.00
181_F 108_F 0.84 0.07 0.00
223_Q 128_S 0.84 0.07 0.00
243_A 29_F 0.84 0.07 0.00
231_A 184_G 0.84 0.07 0.00
254_T 60_M 0.84 0.07 0.00
17_P 81_Q 0.84 0.07 0.00
46_I 208_L 0.84 0.07 0.00
36_I 254_M 0.84 0.07 0.00
26_Q 94_L 0.84 0.07 0.00
43_V 268_P 0.84 0.07 0.00
224_V 189_L 0.84 0.07 0.00
81_V 204_R 0.84 0.07 0.00
93_Q 215_G 0.84 0.07 0.00
121_D 92_A 0.84 0.07 0.00
186_Q 20_P 0.84 0.07 0.00
256_R 120_D 0.84 0.07 0.00
243_A 80_Q 0.84 0.07 0.00
197_N 62_E 0.84 0.07 0.00
234_S 109_A 0.84 0.07 0.00
136_I 268_P 0.84 0.07 0.00
33_T 253_V 0.84 0.07 0.00
151_T 53_F 0.84 0.07 0.00
129_V 229_F 0.84 0.07 0.00
182_F 210_Q 0.84 0.07 0.00
243_A 126_R 0.83 0.07 0.00
112_M 98_Q 0.83 0.07 0.00
190_I 213_V 0.83 0.07 0.00
123_L 210_Q 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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