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OPENSEQ.org
W-MecA
Genes: A B A+B
Length: 408 668 863
Sequences: 3314 1317 93
Seq/Len: 8.12 1.97 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.09
2 0.01 0.00 0.09
5 0.01 0.00 0.09
10 0.01 0.00 0.09
20 0.01 0.00 0.10
100 0.04 0.00 0.14
∞ 0.12 0.05 0.54
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
335_I 642_A 2.12 0.49 0.02
190_I 202_D 1.77 0.33 0.01
297_L 470_V 1.55 0.23 0.00
252_Y 172_G 1.53 0.23 0.00
85_V 534_I 1.53 0.23 0.00
240_L 170_E 1.53 0.23 0.00
259_L 230_K 1.49 0.21 0.00
290_F 230_K 1.47 0.20 0.00
252_Y 230_K 1.47 0.20 0.00
85_V 488_V 1.46 0.20 0.00
253_H 223_Y 1.45 0.20 0.00
290_F 172_G 1.45 0.20 0.00
259_L 172_G 1.43 0.19 0.00
208_F 133_I 1.41 0.18 0.00
253_H 230_K 1.40 0.18 0.00
250_T 526_I 1.38 0.18 0.00
327_F 341_K 1.37 0.17 0.00
102_V 626_N 1.35 0.17 0.00
259_L 223_Y 1.35 0.17 0.00
322_K 190_L 1.35 0.17 0.00
219_V 257_G 1.34 0.17 0.00
242_D 582_T 1.34 0.17 0.00
259_L 514_L 1.34 0.17 0.00
220_F 503_I 1.33 0.16 0.00
240_L 246_G 1.32 0.16 0.00
71_M 466_F 1.31 0.16 0.00
145_F 598_S 1.31 0.16 0.00
66_L 412_I 1.28 0.15 0.00
72_S 190_L 1.28 0.15 0.00
141_L 598_S 1.27 0.15 0.00
289_I 380_Y 1.27 0.15 0.00
274_S 568_I 1.27 0.15 0.00
197_Y 263_E 1.26 0.14 0.00
375_S 190_L 1.26 0.14 0.00
335_I 636_V 1.25 0.14 0.00
351_S 166_G 1.25 0.14 0.00
29_L 323_D 1.25 0.14 0.00
97_M 571_L 1.24 0.14 0.00
91_I 324_I 1.24 0.14 0.00
176_F 230_K 1.24 0.14 0.00
94_Q 192_I 1.24 0.14 0.00
172_T 548_H 1.24 0.14 0.00
253_H 172_G 1.24 0.14 0.00
389_K 202_D 1.23 0.14 0.00
72_S 413_G 1.23 0.14 0.00
240_L 474_L 1.22 0.14 0.00
115_I 516_D 1.22 0.13 0.00
277_K 263_E 1.22 0.13 0.00
94_Q 415_N 1.22 0.13 0.00
252_Y 223_Y 1.21 0.13 0.00
290_F 223_Y 1.21 0.13 0.00
234_T 434_K 1.21 0.13 0.00
83_M 494_S 1.20 0.13 0.00
386_K 356_E 1.20 0.13 0.00
137_I 253_L 1.20 0.13 0.00
187_I 498_F 1.19 0.13 0.00
88_L 402_G 1.18 0.12 0.00
137_I 298_R 1.18 0.12 0.00
41_S 465_I 1.18 0.12 0.00
252_Y 222_E 1.17 0.12 0.00
370_S 375_M 1.16 0.12 0.00
184_T 147_L 1.16 0.12 0.00
337_T 263_E 1.16 0.12 0.00
187_I 604_K 1.16 0.12 0.00
36_M 225_S 1.16 0.12 0.00
242_D 184_K 1.15 0.12 0.00
222_I 503_I 1.15 0.12 0.00
95_K 361_V 1.15 0.12 0.00
337_T 136_M 1.13 0.12 0.00
336_A 145_E 1.13 0.11 0.00
312_I 548_H 1.13 0.11 0.00
369_S 615_G 1.13 0.11 0.00
240_L 408_L 1.13 0.11 0.00
250_T 478_K 1.12 0.11 0.00
166_V 445_R 1.12 0.11 0.00
102_V 467_F 1.12 0.11 0.00
293_I 305_N 1.12 0.11 0.00
27_I 635_D 1.12 0.11 0.00
290_F 514_L 1.11 0.11 0.00
176_F 223_Y 1.11 0.11 0.00
194_I 465_I 1.11 0.11 0.00
300_I 471_A 1.11 0.11 0.00
102_V 523_E 1.11 0.11 0.00
230_P 228_A 1.11 0.11 0.00
303_L 346_S 1.11 0.11 0.00
174_L 601_A 1.11 0.11 0.00
67_A 392_L 1.11 0.11 0.00
214_L 526_I 1.10 0.11 0.00
290_F 222_E 1.10 0.11 0.00
294_C 396_Q 1.10 0.11 0.00
338_Y 216_T 1.10 0.11 0.00
388_I 353_Q 1.10 0.11 0.00
370_S 320_D 1.10 0.11 0.00
383_I 464_N 1.09 0.11 0.00
259_L 493_P 1.09 0.11 0.00
325_S 360_L 1.09 0.11 0.00
204_K 524_I 1.09 0.11 0.00
327_F 148_K 1.09 0.10 0.00
187_I 135_G 1.08 0.10 0.00
371_M 164_N 1.08 0.10 0.00
177_L 386_D 1.08 0.10 0.00
386_K 386_D 1.08 0.10 0.00
275_A 445_R 1.08 0.10 0.00
328_Y 574_G 1.08 0.10 0.00
94_Q 220_M 1.08 0.10 0.00
273_N 473_E 1.08 0.10 0.00
73_F 173_I 1.07 0.10 0.00
170_G 563_I 1.07 0.10 0.00
259_L 499_Y 1.07 0.10 0.00
252_Y 514_L 1.07 0.10 0.00
62_Y 516_D 1.06 0.10 0.00
66_L 302_V 1.06 0.10 0.00
253_H 222_E 1.06 0.10 0.00
71_M 357_L 1.06 0.10 0.00
170_G 385_E 1.06 0.10 0.00
252_Y 210_T 1.06 0.10 0.00
187_I 419_L 1.06 0.10 0.00
290_F 210_T 1.06 0.10 0.00
200_I 304_D 1.05 0.10 0.00
158_P 249_T 1.05 0.10 0.00
389_K 265_K 1.05 0.10 0.00
387_Q 534_I 1.05 0.10 0.00
124_L 172_G 1.05 0.10 0.00
33_G 187_A 1.04 0.10 0.00
165_I 474_L 1.04 0.10 0.00
388_I 192_I 1.04 0.10 0.00
224_L 515_A 1.04 0.10 0.00
71_M 564_S 1.04 0.10 0.00
195_I 194_E 1.04 0.10 0.00
259_L 222_E 1.04 0.10 0.00
213_V 508_L 1.04 0.10 0.00
335_I 346_S 1.04 0.10 0.00
302_G 526_I 1.04 0.10 0.00
195_I 607_Q 1.04 0.10 0.00
231_S 454_D 1.04 0.10 0.00
97_M 330_A 1.03 0.10 0.00
123_N 172_G 1.03 0.10 0.00
163_S 207_Q 1.03 0.10 0.00
113_K 607_Q 1.03 0.10 0.00
290_F 493_P 1.03 0.10 0.00
42_M 418_T 1.03 0.10 0.00
36_M 235_T 1.03 0.10 0.00
332_C 308_T 1.03 0.10 0.00
124_L 366_Y 1.03 0.10 0.00
285_H 305_N 1.03 0.10 0.00
389_K 652_V 1.03 0.10 0.00
326_Y 257_G 1.03 0.10 0.00
388_I 479_F 1.03 0.10 0.00
327_F 427_I 1.03 0.09 0.00
389_K 212_V 1.03 0.09 0.00
187_I 497_P 1.03 0.09 0.00
222_I 569_N 1.02 0.09 0.00
335_I 339_N 1.02 0.09 0.00
327_F 498_F 1.02 0.09 0.00
364_I 136_M 1.02 0.09 0.00
285_H 136_M 1.02 0.09 0.00
67_A 605_M 1.02 0.09 0.00
259_L 210_T 1.02 0.09 0.00
145_F 574_G 1.02 0.09 0.00
191_L 437_S 1.01 0.09 0.00
375_S 161_E 1.01 0.09 0.00
272_G 283_L 1.01 0.09 0.00
165_I 616_W 1.01 0.09 0.00
274_S 654_D 1.01 0.09 0.00
353_T 509_D 1.01 0.09 0.00
380_L 252_L 1.01 0.09 0.00
168_A 515_A 1.01 0.09 0.00
290_F 175_P 1.01 0.09 0.00
190_I 253_L 1.01 0.09 0.00
302_G 173_I 1.01 0.09 0.00
164_P 180_K 1.00 0.09 0.00
229_L 635_D 1.00 0.09 0.00
97_M 276_A 1.00 0.09 0.00
338_Y 580_N 1.00 0.09 0.00
325_S 180_K 1.00 0.09 0.00
245_Q 445_R 1.00 0.09 0.00
36_M 287_Y 1.00 0.09 0.00
323_T 292_Q 1.00 0.09 0.00
23_L 184_K 0.99 0.09 0.00
386_K 518_G 0.99 0.09 0.00
33_G 161_E 0.99 0.09 0.00
200_I 323_D 0.99 0.09 0.00
259_L 516_D 0.99 0.09 0.00
252_Y 493_P 0.99 0.09 0.00
88_L 384_T 0.99 0.09 0.00
190_I 635_D 0.99 0.09 0.00
38_Y 169_Y 0.99 0.09 0.00
143_I 538_L 0.99 0.09 0.00
359_V 162_L 0.99 0.09 0.00
303_L 206_V 0.99 0.09 0.00
328_Y 598_S 0.99 0.09 0.00
83_M 454_D 0.99 0.09 0.00
235_A 158_N 0.98 0.09 0.00
124_L 223_Y 0.98 0.09 0.00
208_F 465_I 0.98 0.09 0.00
325_S 395_F 0.98 0.09 0.00
135_L 158_N 0.98 0.09 0.00
187_I 606_K 0.98 0.09 0.00
347_I 267_K 0.98 0.09 0.00
145_F 219_K 0.98 0.09 0.00
97_M 334_K 0.98 0.09 0.00
371_M 222_E 0.98 0.09 0.00
277_K 515_A 0.98 0.09 0.00
253_H 210_T 0.98 0.09 0.00
97_M 264_L 0.97 0.09 0.00
167_L 467_F 0.97 0.09 0.00
234_T 455_L 0.97 0.09 0.00
229_L 604_K 0.97 0.09 0.00
343_T 216_T 0.97 0.09 0.00
73_F 565_K 0.97 0.09 0.00
312_I 543_N 0.97 0.09 0.00
71_M 191_S 0.97 0.09 0.00
374_L 453_I 0.97 0.09 0.00
143_I 185_A 0.97 0.09 0.00
123_N 493_P 0.97 0.09 0.00
219_V 384_T 0.97 0.09 0.00
385_G 434_K 0.97 0.09 0.00
377_A 146_N 0.97 0.09 0.00
85_V 408_L 0.97 0.09 0.00
334_G 191_S 0.97 0.09 0.00
302_G 370_P 0.97 0.08 0.00
234_T 192_I 0.96 0.08 0.00
329_K 361_V 0.96 0.08 0.00
229_L 292_Q 0.96 0.08 0.00
364_I 432_W 0.96 0.08 0.00
106_L 473_E 0.96 0.08 0.00
193_A 145_E 0.96 0.08 0.00
299_L 169_Y 0.96 0.08 0.00
219_V 472_L 0.96 0.08 0.00
62_Y 190_L 0.96 0.08 0.00
303_L 632_N 0.95 0.08 0.00
34_L 389_E 0.95 0.08 0.00
235_A 209_D 0.95 0.08 0.00
141_L 264_L 0.95 0.08 0.00
89_S 541_N 0.95 0.08 0.00
134_L 424_S 0.95 0.08 0.00
192_V 360_L 0.95 0.08 0.00
126_F 253_L 0.95 0.08 0.00
97_M 496_Y 0.95 0.08 0.00
141_L 410_A 0.95 0.08 0.00
209_G 582_T 0.95 0.08 0.00
152_P 153_K 0.95 0.08 0.00
388_I 271_G 0.95 0.08 0.00
325_S 389_E 0.95 0.08 0.00
190_I 454_D 0.94 0.08 0.00
167_L 342_N 0.94 0.08 0.00
26_Y 413_G 0.94 0.08 0.00
228_W 366_Y 0.94 0.08 0.00
213_V 263_E 0.94 0.08 0.00
201_G 488_V 0.94 0.08 0.00
188_L 431_G 0.94 0.08 0.00
188_L 142_I 0.94 0.08 0.00
18_I 413_G 0.94 0.08 0.00
109_L 221_D 0.94 0.08 0.00
235_A 237_E 0.94 0.08 0.00
389_K 213_P 0.94 0.08 0.00
245_Q 352_P 0.94 0.08 0.00
231_S 389_E 0.94 0.08 0.00
138_A 494_S 0.94 0.08 0.00
294_C 636_V 0.94 0.08 0.00
369_S 535_Y 0.94 0.08 0.00
347_I 538_L 0.94 0.08 0.00
384_V 633_V 0.93 0.08 0.00
44_P 610_T 0.93 0.08 0.00
253_H 317_K 0.93 0.08 0.00
42_M 249_T 0.93 0.08 0.00
145_F 497_P 0.93 0.08 0.00
178_Q 429_G 0.93 0.08 0.00
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170_G 324_I 0.92 0.08 0.00
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201_G 618_I 0.92 0.08 0.00
84_N 544_I 0.92 0.08 0.00
297_L 238_T 0.92 0.08 0.00
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141_L 619_S 0.86 0.07 0.00
266_V 361_V 0.85 0.07 0.00
297_L 164_N 0.85 0.07 0.00
247_E 292_Q 0.85 0.07 0.00
389_K 236_N 0.85 0.07 0.00
338_Y 469_R 0.85 0.07 0.00
123_N 514_L 0.85 0.07 0.00
306_I 219_K 0.85 0.07 0.00
44_P 431_G 0.85 0.07 0.00
384_V 278_I 0.85 0.07 0.00
61_F 246_G 0.85 0.07 0.00
115_I 211_F 0.85 0.07 0.00
184_T 136_M 0.85 0.07 0.00
371_M 216_T 0.85 0.07 0.00
25_T 223_Y 0.85 0.07 0.00
353_T 623_D 0.85 0.07 0.00
23_L 587_I 0.85 0.07 0.00
114_D 653_Y 0.85 0.07 0.00
124_L 643_S 0.85 0.07 0.00
238_S 216_T 0.85 0.07 0.00
91_I 612_R 0.85 0.07 0.00
188_L 356_E 0.85 0.07 0.00
190_I 138_K 0.84 0.07 0.00
96_G 472_L 0.84 0.07 0.00
99_I 252_L 0.84 0.07 0.00
311_F 405_Q 0.84 0.07 0.00
392_Q 150_E 0.84 0.07 0.00
104_L 565_K 0.84 0.07 0.00
89_S 548_H 0.84 0.07 0.00
109_L 598_S 0.84 0.07 0.00
328_Y 428_D 0.84 0.07 0.00
176_F 518_G 0.84 0.07 0.00
144_P 186_I 0.84 0.07 0.00
329_K 169_Y 0.84 0.07 0.00
94_Q 574_G 0.84 0.07 0.00
104_L 187_A 0.84 0.07 0.00
44_P 356_E 0.84 0.07 0.00
200_I 557_V 0.84 0.07 0.00
96_G 479_F 0.84 0.07 0.00
244_F 378_E 0.84 0.07 0.00
351_S 635_D 0.84 0.07 0.00
23_L 635_D 0.84 0.07 0.00
197_Y 566_E 0.84 0.07 0.00
164_P 230_K 0.84 0.07 0.00
90_N 532_L 0.84 0.07 0.00
213_V 386_D 0.84 0.07 0.00
146_M 242_N 0.84 0.07 0.00
375_S 273_K 0.84 0.07 0.00
143_I 267_K 0.84 0.07 0.00
173_F 566_E 0.84 0.07 0.00
102_V 265_K 0.84 0.07 0.00
345_V 429_G 0.84 0.07 0.00
164_P 616_W 0.84 0.07 0.00
75_I 387_K 0.84 0.07 0.00
135_L 626_N 0.84 0.07 0.00
290_F 302_V 0.84 0.07 0.00
159_K 174_V 0.84 0.07 0.00
377_A 217_V 0.84 0.07 0.00
94_Q 605_M 0.83 0.07 0.00
123_N 223_Y 0.83 0.07 0.00
100_T 295_D 0.83 0.07 0.00
325_S 227_F 0.83 0.07 0.00
374_L 316_K 0.83 0.07 0.00
194_I 561_N 0.83 0.07 0.00
300_I 323_D 0.83 0.07 0.00
60_Y 235_T 0.83 0.07 0.00
234_T 473_E 0.83 0.07 0.00
106_L 417_K 0.83 0.07 0.00
18_I 460_E 0.83 0.07 0.00
297_L 345_G 0.83 0.07 0.00
252_Y 302_V 0.83 0.07 0.00
104_L 183_Y 0.83 0.07 0.00
33_G 418_T 0.83 0.07 0.00
187_I 418_T 0.83 0.07 0.00
339_F 253_L 0.83 0.07 0.00
334_G 174_V 0.83 0.07 0.00
115_I 143_H 0.83 0.07 0.00
170_G 508_L 0.83 0.07 0.00
149_K 427_I 0.83 0.07 0.00
274_S 196_Y 0.83 0.07 0.00
63_N 302_V 0.83 0.07 0.00
319_F 386_D 0.83 0.07 0.00
293_I 177_N 0.83 0.07 0.00
110_V 239_E 0.83 0.07 0.00
320_A 400_S 0.83 0.07 0.00
137_I 317_K 0.83 0.07 0.00
375_S 382_K 0.83 0.07 0.00
41_S 538_L 0.83 0.07 0.00
100_T 453_I 0.83 0.07 0.00
95_K 412_I 0.83 0.06 0.00
152_P 587_I 0.83 0.06 0.00
259_L 494_S 0.83 0.06 0.00
321_N 502_Q 0.83 0.06 0.00
332_C 425_Y 0.83 0.06 0.00
30_S 396_Q 0.83 0.06 0.00
241_T 336_I 0.83 0.06 0.00
374_L 549_L 0.83 0.06 0.00
147_I 567_N 0.82 0.06 0.00
148_S 177_N 0.82 0.06 0.00
168_A 491_D 0.82 0.06 0.00
353_T 513_L 0.82 0.06 0.00
139_I 571_L 0.82 0.06 0.00
135_L 218_K 0.82 0.06 0.00
139_I 409_T 0.82 0.06 0.00
297_L 646_A 0.82 0.06 0.00
314_Y 298_R 0.82 0.06 0.00
337_T 384_T 0.82 0.06 0.00
250_T 192_I 0.82 0.06 0.00
354_I 621_D 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8077 0.12 FtsW-Pbp2a Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.08 Done - Shared
8055 0.11 W-MecA Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.02 Done - Shared
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