May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3vti_C_A
Genes: A B A+B
Length: 314 761 1008
Sequences: 7888 983 713
Seq/Len: 25.12 1.29 0.71
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.54
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.05 0.00 0.07
2 0.12 0.00 0.11
5 0.13 0.00 0.53
10 0.15 0.00 0.58
20 0.16 0.01 0.66
100 0.18 0.01 0.73
∞ 0.27 0.02 0.82
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
165_E 587_R 1.32 0.53 0.00
229_V 628_M 1.17 0.40 0.00
239_F 445_R 1.10 0.34 0.00
229_V 254_V 1.09 0.34 0.00
36_S 182_Q 1.06 0.32 0.00
197_L 372_S 1.05 0.31 0.00
72_T 626_S 0.99 0.26 0.00
123_N 212_L 0.97 0.25 0.00
188_M 159_K 0.96 0.25 0.00
195_K 359_N 0.96 0.24 0.00
55_C 594_V 0.96 0.24 0.00
280_I 220_I 0.94 0.23 0.00
121_F 54_E 0.94 0.23 0.00
172_P 166_K 0.92 0.22 0.00
161_M 204_E 0.91 0.22 0.00
74_A 303_T 0.91 0.21 0.00
169_F 605_A 0.90 0.21 0.00
104_I 205_I 0.90 0.21 0.00
235_S 311_A 0.90 0.21 0.00
242_I 425_H 0.89 0.21 0.00
143_P 288_K 0.88 0.20 0.00
63_M 338_C 0.88 0.20 0.00
127_I 252_F 0.87 0.19 0.00
222_I 453_D 0.86 0.19 0.00
141_A 435_A 0.86 0.19 0.00
298_T 619_Q 0.85 0.18 0.00
197_L 435_A 0.85 0.18 0.00
37_F 525_C 0.85 0.18 0.00
119_R 404_A 0.85 0.18 0.00
96_A 594_V 0.85 0.18 0.00
48_D 269_S 0.84 0.18 0.00
288_K 163_M 0.84 0.18 0.00
239_F 616_F 0.84 0.18 0.00
5_E 278_S 0.83 0.17 0.00
229_V 350_D 0.83 0.17 0.00
30_I 338_C 0.82 0.17 0.00
114_K 311_A 0.82 0.17 0.00
223_Y 610_V 0.82 0.17 0.00
58_V 132_P 0.82 0.17 0.00
238_E 334_E 0.81 0.17 0.00
26_L 517_V 0.81 0.17 0.00
72_T 571_E 0.81 0.17 0.00
205_V 618_G 0.81 0.16 0.00
277_D 524_V 0.81 0.16 0.00
262_A 80_I 0.80 0.16 0.00
270_K 350_D 0.80 0.16 0.00
120_I 716_K 0.80 0.16 0.00
184_I 173_D 0.80 0.16 0.00
235_S 495_H 0.79 0.15 0.00
159_A 365_R 0.79 0.15 0.00
23_A 577_E 0.79 0.15 0.00
206_A 536_L 0.79 0.15 0.00
148_L 286_L 0.79 0.15 0.00
67_K 257_R 0.79 0.15 0.00
141_A 252_F 0.78 0.15 0.00
121_F 365_R 0.78 0.15 0.00
220_I 744_I 0.78 0.15 0.00
304_R 179_F 0.78 0.15 0.00
239_F 584_Q 0.78 0.15 0.00
52_L 465_Y 0.77 0.15 0.00
37_F 294_A 0.77 0.15 0.00
94_A 317_L 0.77 0.15 0.00
220_I 359_N 0.77 0.15 0.00
42_L 193_L 0.77 0.15 0.00
46_G 465_Y 0.77 0.15 0.00
235_S 182_Q 0.77 0.14 0.00
21_E 365_R 0.77 0.14 0.00
40_K 503_G 0.77 0.14 0.00
120_I 230_V 0.76 0.14 0.00
281_I 423_I 0.76 0.14 0.00
120_I 370_V 0.76 0.14 0.00
293_N 434_K 0.76 0.14 0.00
257_V 511_Y 0.76 0.14 0.00
258_E 627_L 0.76 0.14 0.00
252_K 327_M 0.75 0.14 0.00
148_L 259_V 0.75 0.14 0.00
161_M 105_V 0.75 0.14 0.00
117_V 384_A 0.75 0.14 0.00
305_P 373_F 0.75 0.14 0.00
13_D 627_L 0.75 0.14 0.00
82_P 481_V 0.75 0.14 0.00
7_V 607_L 0.75 0.14 0.00
147_V 452_V 0.75 0.14 0.00
120_I 656_I 0.74 0.14 0.00
279_E 495_H 0.74 0.14 0.00
28_G 212_L 0.74 0.13 0.00
142_K 192_S 0.74 0.13 0.00
90_V 371_T 0.74 0.13 0.00
231_E 690_K 0.74 0.13 0.00
23_A 506_Y 0.74 0.13 0.00
207_E 727_N 0.74 0.13 0.00
147_V 531_E 0.74 0.13 0.00
160_V 64_I 0.74 0.13 0.00
277_D 697_V 0.74 0.13 0.00
89_I 603_A 0.74 0.13 0.00
36_S 610_V 0.74 0.13 0.00
285_N 162_P 0.73 0.13 0.00
293_N 107_V 0.73 0.13 0.00
226_K 86_E 0.73 0.13 0.00
221_K 182_Q 0.73 0.13 0.00
48_D 294_A 0.73 0.13 0.00
102_V 120_E 0.73 0.13 0.00
58_V 112_G 0.73 0.13 0.00
33_T 522_I 0.72 0.13 0.00
222_I 629_A 0.72 0.13 0.00
236_A 557_G 0.72 0.13 0.00
158_M 534_A 0.72 0.13 0.00
234_K 613_E 0.72 0.13 0.00
48_D 703_S 0.72 0.13 0.00
114_K 132_P 0.72 0.12 0.00
249_N 185_A 0.72 0.12 0.00
69_L 258_D 0.72 0.12 0.00
131_Y 604_V 0.72 0.12 0.00
263_E 342_E 0.71 0.12 0.00
4_I 384_A 0.71 0.12 0.00
83_V 728_S 0.71 0.12 0.00
209_L 503_G 0.71 0.12 0.00
260_D 220_I 0.71 0.12 0.00
91_K 258_D 0.71 0.12 0.00
74_A 731_P 0.71 0.12 0.00
149_I 738_S 0.71 0.12 0.00
309_L 425_H 0.71 0.12 0.00
247_L 520_A 0.71 0.12 0.00
306_I 464_G 0.70 0.12 0.00
283_E 340_D 0.70 0.12 0.00
52_L 628_M 0.70 0.12 0.00
226_K 710_L 0.70 0.12 0.00
226_K 154_A 0.70 0.12 0.00
36_S 639_I 0.70 0.12 0.00
293_N 62_A 0.70 0.12 0.00
147_V 143_F 0.70 0.12 0.00
121_F 82_V 0.70 0.12 0.00
77_I 166_K 0.70 0.12 0.00
33_T 294_A 0.70 0.12 0.00
98_K 533_I 0.70 0.12 0.00
220_I 211_A 0.69 0.12 0.00
159_A 475_D 0.69 0.12 0.00
277_D 683_D 0.69 0.12 0.00
101_G 515_G 0.69 0.12 0.00
72_T 402_I 0.69 0.12 0.00
173_I 516_N 0.69 0.12 0.00
212_I 622_M 0.69 0.12 0.00
141_A 330_G 0.69 0.12 0.00
216_S 268_V 0.69 0.12 0.00
63_M 738_S 0.69 0.12 0.00
148_L 610_V 0.69 0.12 0.00
125_S 288_K 0.69 0.12 0.00
303_D 678_V 0.69 0.11 0.00
184_I 387_Y 0.69 0.11 0.00
188_M 304_L 0.69 0.11 0.00
308_E 619_Q 0.69 0.11 0.00
160_V 457_V 0.69 0.11 0.00
239_F 580_I 0.68 0.11 0.00
244_F 314_H 0.68 0.11 0.00
9_A 343_E 0.68 0.11 0.00
72_T 335_E 0.68 0.11 0.00
98_K 690_K 0.68 0.11 0.00
5_E 262_V 0.68 0.11 0.00
256_V 744_I 0.68 0.11 0.00
27_F 120_E 0.68 0.11 0.00
70_F 212_L 0.68 0.11 0.00
308_E 678_V 0.68 0.11 0.00
23_A 733_N 0.68 0.11 0.00
33_T 106_P 0.68 0.11 0.00
167_L 56_E 0.68 0.11 0.00
155_D 426_H 0.68 0.11 0.00
298_T 491_C 0.67 0.11 0.00
154_G 373_F 0.67 0.11 0.00
283_E 263_K 0.67 0.11 0.00
235_S 313_I 0.67 0.11 0.00
91_K 60_I 0.67 0.11 0.00
33_T 604_V 0.67 0.11 0.00
104_I 268_V 0.67 0.11 0.00
23_A 707_R 0.67 0.11 0.00
72_T 165_E 0.67 0.11 0.00
33_T 439_Y 0.67 0.11 0.00
273_E 297_I 0.67 0.11 0.00
305_P 688_I 0.67 0.11 0.00
235_S 604_V 0.67 0.11 0.00
187_L 60_I 0.67 0.11 0.00
283_E 429_D 0.67 0.11 0.00
81_F 419_H 0.66 0.11 0.00
291_T 433_E 0.66 0.11 0.00
277_D 546_L 0.66 0.11 0.00
229_V 351_I 0.66 0.11 0.00
167_L 421_A 0.66 0.11 0.00
145_D 132_P 0.66 0.11 0.00
182_G 330_G 0.66 0.11 0.00
143_P 243_R 0.66 0.11 0.00
69_L 461_M 0.66 0.11 0.00
189_T 275_L 0.66 0.10 0.00
104_I 714_I 0.66 0.10 0.00
235_S 621_A 0.66 0.10 0.00
205_V 198_E 0.66 0.10 0.00
194_I 546_L 0.66 0.10 0.00
284_V 615_L 0.66 0.10 0.00
88_K 588_K 0.66 0.10 0.00
281_I 392_I 0.66 0.10 0.00
173_I 394_L 0.66 0.10 0.00
155_D 131_Y 0.66 0.10 0.00
77_I 687_L 0.66 0.10 0.00
210_Y 594_V 0.66 0.10 0.00
83_V 195_F 0.65 0.10 0.00
267_E 350_D 0.65 0.10 0.00
120_I 126_D 0.65 0.10 0.00
212_I 304_L 0.65 0.10 0.00
141_A 333_S 0.65 0.10 0.00
309_L 738_S 0.65 0.10 0.00
51_K 492_M 0.65 0.10 0.00
267_E 210_K 0.65 0.10 0.00
284_V 78_D 0.65 0.10 0.00
179_P 737_I 0.65 0.10 0.00
288_K 55_G 0.65 0.10 0.00
148_L 529_S 0.65 0.10 0.00
45_P 232_A 0.65 0.10 0.00
174_F 67_I 0.65 0.10 0.00
138_I 388_A 0.65 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0407 seconds.