May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1q16_B_C
Genes: A B A+B
Length: 512 225 664
Sequences: 427 874 493
Seq/Len: 0.83 3.88 0.74
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.66
5 0.00 0.01 0.67
10 0.00 0.01 0.67
20 0.00 0.01 0.67
100 0.00 0.02 0.67
∞ 0.08 0.10 0.67
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
238_S 33_Y 2.40 0.98 0.93
194_A 219_Q 1.99 0.92 0.79
200_A 210_P 1.97 0.92 0.78
98_D 117_R 1.78 0.85 0.65
141_G 113_L 1.60 0.75 0.49
133_E 116_P 1.59 0.75 0.49
141_G 119_R 1.54 0.71 0.44
280_I 221_V 1.35 0.56 0.27
307_K 11_I 1.34 0.55 0.26
347_Y 41_Q 1.29 0.51 0.22
141_G 43_L 1.26 0.49 0.20
317_I 20_F 1.24 0.47 0.19
460_S 214_L 1.22 0.45 0.18
460_S 191_G 1.21 0.44 0.17
166_K 84_E 1.20 0.44 0.17
454_D 191_G 1.20 0.43 0.17
141_G 80_W 1.16 0.40 0.14
294_Q 201_S 1.14 0.38 0.13
130_I 165_S 1.13 0.38 0.13
327_Q 46_K 1.10 0.35 0.11
140_K 35_W 1.08 0.34 0.11
142_P 116_P 1.07 0.33 0.10
236_W 26_L 1.07 0.33 0.10
81_R 121_T 1.06 0.33 0.10
241_S 210_P 1.06 0.33 0.10
330_V 168_T 1.06 0.32 0.10
280_I 156_M 1.06 0.32 0.10
90_A 51_A 1.06 0.32 0.10
383_L 180_V 1.05 0.32 0.10
104_F 164_Q 1.05 0.32 0.09
281_E 118_V 1.05 0.31 0.09
216_K 208_S 1.04 0.31 0.09
185_E 165_S 1.04 0.31 0.09
141_G 127_I 1.03 0.30 0.09
262_T 156_M 1.02 0.29 0.08
61_K 21_L 1.02 0.29 0.08
93_H 132_L 1.02 0.29 0.08
97_I 42_M 1.02 0.29 0.08
255_Q 41_Q 1.02 0.29 0.08
255_Q 170_H 1.02 0.29 0.08
225_T 41_Q 1.01 0.29 0.08
69_K 122_T 1.01 0.28 0.08
136_A 5_N 1.01 0.28 0.08
160_N 43_L 1.00 0.28 0.07
246_F 107_L 1.00 0.28 0.07
142_P 127_I 1.00 0.28 0.07
77_R 106_V 0.99 0.28 0.07
172_F 20_F 0.99 0.27 0.07
482_D 30_Y 0.99 0.27 0.07
76_P 110_K 0.99 0.27 0.07
142_P 43_L 0.98 0.27 0.07
260_S 98_G 0.98 0.27 0.07
141_G 76_M 0.97 0.26 0.07
319_L 215_T 0.97 0.26 0.07
47_K 177_L 0.96 0.26 0.06
123_I 98_G 0.96 0.25 0.06
195_T 36_R 0.96 0.25 0.06
387_V 21_L 0.95 0.25 0.06
280_I 86_K 0.95 0.25 0.06
225_T 8_F 0.95 0.25 0.06
138_I 11_I 0.95 0.25 0.06
125_R 139_L 0.95 0.24 0.06
93_H 210_P 0.95 0.24 0.06
81_R 217_K 0.95 0.24 0.06
289_E 7_F 0.95 0.24 0.06
110_N 59_I 0.94 0.24 0.06
356_V 179_G 0.94 0.24 0.06
262_T 86_K 0.94 0.24 0.06
241_S 48_M 0.94 0.24 0.06
409_M 184_F 0.94 0.24 0.06
166_K 166_V 0.94 0.24 0.06
238_S 8_F 0.94 0.24 0.06
162_D 99_V 0.93 0.23 0.06
463_R 136_Q 0.93 0.23 0.05
200_A 171_G 0.92 0.23 0.05
106_F 162_W 0.92 0.23 0.05
482_D 31_G 0.92 0.23 0.05
439_Q 50_L 0.92 0.23 0.05
260_S 179_G 0.92 0.23 0.05
408_R 124_G 0.92 0.23 0.05
47_K 118_V 0.92 0.23 0.05
205_E 154_S 0.92 0.23 0.05
191_A 102_L 0.91 0.22 0.05
141_G 116_P 0.91 0.22 0.05
213_D 222_R 0.90 0.22 0.05
284_A 40_S 0.90 0.21 0.05
339_L 178_D 0.89 0.21 0.04
409_M 47_G 0.89 0.21 0.04
201_I 95_G 0.89 0.21 0.04
116_E 42_M 0.89 0.21 0.04
451_N 156_M 0.89 0.21 0.04
238_S 123_T 0.88 0.21 0.04
176_F 69_G 0.88 0.21 0.04
280_I 87_Q 0.88 0.20 0.04
191_A 107_L 0.88 0.20 0.04
62_Y 53_N 0.88 0.20 0.04
169_Y 9_F 0.88 0.20 0.04
234_F 128_L 0.88 0.20 0.04
232_I 182_F 0.88 0.20 0.04
487_S 30_Y 0.88 0.20 0.04
280_I 219_Q 0.88 0.20 0.04
215_D 32_Q 0.88 0.20 0.04
260_S 95_G 0.87 0.20 0.04
68_R 160_V 0.87 0.20 0.04
142_P 80_W 0.87 0.20 0.04
133_E 211_V 0.87 0.20 0.04
245_I 9_F 0.87 0.20 0.04
150_G 37_A 0.87 0.20 0.04
135_M 198_F 0.86 0.20 0.04
105_D 60_L 0.86 0.20 0.04
299_V 146_F 0.86 0.20 0.04
448_A 162_W 0.86 0.20 0.04
295_R 31_G 0.86 0.20 0.04
419_E 62_I 0.86 0.19 0.04
61_K 63_F 0.86 0.19 0.04
136_A 17_G 0.86 0.19 0.04
80_N 138_A 0.86 0.19 0.04
81_R 173_A 0.86 0.19 0.04
423_G 119_R 0.85 0.19 0.04
330_V 83_I 0.85 0.19 0.04
140_K 208_S 0.85 0.19 0.04
73_K 115_S 0.85 0.19 0.04
142_P 76_M 0.85 0.19 0.04
464_E 184_F 0.85 0.19 0.04
165_Q 95_G 0.85 0.19 0.04
326_Q 188_L 0.85 0.19 0.04
141_G 129_I 0.85 0.19 0.04
241_S 38_A 0.85 0.19 0.04
451_N 9_F 0.85 0.19 0.04
412_M 156_M 0.84 0.18 0.04
218_R 162_W 0.84 0.18 0.04
142_P 113_L 0.84 0.18 0.04
222_M 40_S 0.84 0.18 0.04
280_I 9_F 0.84 0.18 0.04
356_V 167_V 0.84 0.18 0.04
470_F 209_V 0.83 0.18 0.04
159_K 44_D 0.83 0.18 0.04
248_Y 223_A 0.83 0.18 0.04
331_Y 186_L 0.83 0.18 0.04
341_L 44_D 0.83 0.18 0.04
350_L 132_L 0.83 0.18 0.04
215_D 49_N 0.83 0.18 0.03
179_Y 39_S 0.83 0.18 0.03
314_K 7_F 0.83 0.18 0.03
402_V 166_V 0.83 0.18 0.03
332_K 122_T 0.83 0.18 0.03
241_S 155_E 0.83 0.18 0.03
353_V 162_W 0.83 0.18 0.03
161_F 22_I 0.83 0.18 0.03
270_L 176_H 0.83 0.18 0.03
131_T 133_L 0.83 0.18 0.03
288_N 8_F 0.83 0.18 0.03
138_I 136_Q 0.83 0.18 0.03
245_I 206_I 0.83 0.18 0.03
253_A 110_K 0.83 0.18 0.03
297_L 139_L 0.82 0.17 0.03
94_L 185_R 0.82 0.17 0.03
97_I 201_S 0.82 0.17 0.03
195_T 64_V 0.82 0.17 0.03
200_A 38_A 0.82 0.17 0.03
67_I 4_L 0.82 0.17 0.03
322_I 165_S 0.82 0.17 0.03
98_D 71_L 0.82 0.17 0.03
149_G 105_G 0.82 0.17 0.03
145_E 44_D 0.82 0.17 0.03
319_L 98_G 0.82 0.17 0.03
289_E 197_L 0.82 0.17 0.03
76_P 86_K 0.82 0.17 0.03
299_V 157_M 0.82 0.17 0.03
236_W 53_N 0.82 0.17 0.03
456_F 191_G 0.82 0.17 0.03
387_V 201_S 0.82 0.17 0.03
402_V 189_V 0.82 0.17 0.03
318_P 190_L 0.82 0.17 0.03
131_T 14_Y 0.82 0.17 0.03
82_A 197_L 0.82 0.17 0.03
200_A 37_A 0.81 0.17 0.03
163_N 168_T 0.81 0.17 0.03
443_M 40_S 0.81 0.17 0.03
330_V 135_I 0.81 0.17 0.03
280_I 155_E 0.81 0.17 0.03
239_G 217_K 0.81 0.17 0.03
109_Q 11_I 0.81 0.17 0.03
272_V 185_R 0.81 0.17 0.03
47_K 129_I 0.81 0.17 0.03
141_G 30_Y 0.81 0.17 0.03
60_E 170_H 0.81 0.17 0.03
341_L 49_N 0.81 0.17 0.03
392_N 12_Y 0.81 0.17 0.03
161_F 185_R 0.81 0.17 0.03
114_A 175_Q 0.81 0.17 0.03
339_L 63_F 0.80 0.17 0.03
414_H 172_G 0.80 0.17 0.03
87_K 92_F 0.80 0.17 0.03
205_E 142_L 0.80 0.16 0.03
224_I 60_L 0.80 0.16 0.03
476_C 42_M 0.80 0.16 0.03
353_V 65_G 0.80 0.16 0.03
381_E 22_I 0.80 0.16 0.03
90_A 123_T 0.80 0.16 0.03
185_E 78_E 0.79 0.16 0.03
97_I 88_K 0.79 0.16 0.03
307_K 170_H 0.79 0.16 0.03
378_P 45_R 0.79 0.16 0.03
403_L 171_G 0.79 0.16 0.03
39_A 43_L 0.79 0.16 0.03
280_I 164_Q 0.79 0.16 0.03
289_E 100_L 0.79 0.16 0.03
238_S 106_V 0.79 0.16 0.03
409_M 119_R 0.79 0.16 0.03
47_K 43_L 0.79 0.16 0.03
241_S 221_V 0.79 0.16 0.03
161_F 9_F 0.79 0.16 0.03
219_G 37_A 0.79 0.16 0.03
134_R 82_P 0.79 0.16 0.03
225_T 100_L 0.79 0.16 0.03
287_E 182_F 0.78 0.16 0.03
395_T 218_Y 0.78 0.16 0.03
375_G 141_L 0.78 0.16 0.03
402_V 220_L 0.78 0.15 0.03
289_E 114_F 0.78 0.15 0.03
245_I 86_K 0.78 0.15 0.03
279_A 120_A 0.78 0.15 0.03
39_A 42_M 0.78 0.15 0.03
80_N 194_L 0.78 0.15 0.03
121_Q 210_P 0.78 0.15 0.03
460_S 83_I 0.78 0.15 0.03
309_I 92_F 0.78 0.15 0.03
362_I 121_T 0.78 0.15 0.03
406_L 55_F 0.77 0.15 0.03
157_K 18_A 0.77 0.15 0.03
212_I 221_V 0.77 0.15 0.03
463_R 77_Y 0.77 0.15 0.03
97_I 35_W 0.77 0.15 0.03
200_A 165_S 0.77 0.15 0.03
245_I 156_M 0.77 0.15 0.03
63_K 186_L 0.77 0.15 0.03
415_Y 139_L 0.77 0.15 0.03
335_M 143_T 0.77 0.15 0.03
88_I 139_L 0.77 0.15 0.03
402_V 124_G 0.77 0.15 0.02
105_D 197_L 0.77 0.15 0.02
310_E 61_G 0.77 0.15 0.02
96_G 166_V 0.77 0.15 0.02
165_Q 201_S 0.77 0.15 0.02
106_F 155_E 0.77 0.15 0.02
104_F 177_L 0.77 0.15 0.02
298_D 192_M 0.76 0.15 0.02
179_Y 106_V 0.76 0.15 0.02
145_E 207_W 0.76 0.15 0.02
387_V 7_F 0.76 0.15 0.02
222_M 191_G 0.76 0.15 0.02
248_Y 147_S 0.76 0.15 0.02
401_P 191_G 0.76 0.15 0.02
326_Q 67_F 0.76 0.14 0.02
146_D 44_D 0.76 0.14 0.02
238_S 31_G 0.76 0.14 0.02
323_E 114_F 0.76 0.14 0.02
288_N 115_S 0.76 0.14 0.02
464_E 149_Q 0.76 0.14 0.02
61_K 184_F 0.76 0.14 0.02
356_V 154_S 0.76 0.14 0.02
105_D 210_P 0.76 0.14 0.02
441_Q 16_A 0.76 0.14 0.02
324_A 169_F 0.76 0.14 0.02
443_M 49_N 0.76 0.14 0.02
163_N 146_F 0.76 0.14 0.02
86_G 20_F 0.75 0.14 0.02
83_M 45_R 0.75 0.14 0.02
200_A 25_W 0.75 0.14 0.02
387_V 62_I 0.75 0.14 0.02
164_I 159_L 0.75 0.14 0.02
162_D 20_F 0.75 0.14 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.056 seconds.