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OPENSEQ.org
nac
Genes: A B A+B
Length: 174 157 316
Sequences: 407 339 50
Seq/Len: 2.34 2.16 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.04 0.00
2 0.07 0.04 0.00
5 0.08 0.04 0.00
10 0.08 0.04 0.02
20 0.08 0.04 0.02
100 0.08 0.04 0.07
∞ 0.08 0.05 0.15
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
66_F 44_L 1.53 0.29 0.00
66_F 109_Q 1.50 0.28 0.00
78_L 89_V 1.46 0.26 0.00
163_G 89_V 1.39 0.23 0.00
15_K 141_E 1.37 0.22 0.00
173_S 15_S 1.35 0.21 0.00
44_D 42_T 1.34 0.21 0.00
127_E 11_L 1.34 0.21 0.00
138_D 89_V 1.32 0.20 0.00
81_A 35_A 1.31 0.20 0.00
66_F 86_N 1.30 0.20 0.00
52_K 10_K 1.29 0.19 0.00
35_I 64_F 1.29 0.19 0.00
30_K 7_K 1.29 0.19 0.00
65_V 82_A 1.29 0.19 0.00
42_K 123_A 1.26 0.18 0.00
68_E 44_L 1.25 0.18 0.00
28_G 35_A 1.24 0.17 0.00
64_V 101_D 1.24 0.17 0.00
149_V 65_F 1.23 0.17 0.00
68_E 109_Q 1.22 0.17 0.00
88_S 137_E 1.22 0.17 0.00
155_I 11_L 1.22 0.17 0.00
36_I 143_I 1.21 0.17 0.00
173_S 3_I 1.18 0.16 0.00
132_A 82_A 1.18 0.16 0.00
160_A 70_K 1.18 0.15 0.00
124_D 133_P 1.18 0.15 0.00
88_S 148_E 1.16 0.15 0.00
20_A 43_K 1.16 0.15 0.00
56_F 37_A 1.16 0.15 0.00
64_V 120_Q 1.16 0.15 0.00
53_P 140_D 1.16 0.15 0.00
65_V 51_L 1.16 0.15 0.00
173_S 143_I 1.15 0.15 0.00
44_D 78_G 1.15 0.15 0.00
134_D 123_A 1.14 0.14 0.00
68_E 41_D 1.14 0.14 0.00
151_K 23_T 1.13 0.14 0.00
78_L 107_I 1.12 0.14 0.00
21_R 44_L 1.12 0.14 0.00
63_Y 82_A 1.10 0.14 0.00
21_R 86_N 1.10 0.13 0.00
20_A 89_V 1.09 0.13 0.00
21_R 109_Q 1.09 0.13 0.00
28_G 29_K 1.09 0.13 0.00
15_K 53_A 1.09 0.13 0.00
161_H 22_G 1.08 0.13 0.00
165_L 151_T 1.08 0.13 0.00
68_E 86_N 1.08 0.13 0.00
142_L 25_R 1.07 0.13 0.00
14_N 101_D 1.07 0.12 0.00
66_F 41_D 1.06 0.12 0.00
77_K 35_A 1.06 0.12 0.00
62_N 60_A 1.06 0.12 0.00
79_A 113_E 1.06 0.12 0.00
76_Q 32_G 1.06 0.12 0.00
40_F 103_F 1.05 0.12 0.00
64_V 90_F 1.04 0.12 0.00
12_V 4_D 1.04 0.12 0.00
95_E 67_D 1.03 0.12 0.00
65_V 35_A 1.03 0.12 0.00
124_D 47_Q 1.03 0.12 0.00
148_N 96_E 1.03 0.12 0.00
54_E 82_A 1.03 0.12 0.00
35_I 79_V 1.02 0.11 0.00
65_V 11_L 1.02 0.11 0.00
30_K 3_I 1.02 0.11 0.00
58_S 123_A 1.01 0.11 0.00
147_T 19_K 1.01 0.11 0.00
81_A 32_G 1.01 0.11 0.00
148_N 148_E 1.01 0.11 0.00
130_V 10_K 1.01 0.11 0.00
76_Q 39_K 1.00 0.11 0.00
47_I 49_A 1.00 0.11 0.00
34_G 112_P 1.00 0.11 0.00
167_N 43_K 1.00 0.11 0.00
155_I 85_H 1.00 0.11 0.00
160_A 91_Y 1.00 0.11 0.00
168_A 80_Q 1.00 0.11 0.00
40_F 102_L 1.00 0.11 0.00
91_M 154_A 0.99 0.11 0.00
150_S 99_L 0.99 0.11 0.00
30_K 4_D 0.99 0.11 0.00
90_I 137_E 0.99 0.11 0.00
47_I 42_T 0.99 0.11 0.00
17_E 44_L 0.98 0.10 0.00
163_G 101_D 0.98 0.10 0.00
78_L 101_D 0.98 0.10 0.00
173_S 4_D 0.98 0.10 0.00
55_V 44_L 0.98 0.10 0.00
30_K 9_A 0.97 0.10 0.00
41_R 128_H 0.97 0.10 0.00
72_D 147_V 0.97 0.10 0.00
49_A 42_T 0.96 0.10 0.00
129_E 145_E 0.96 0.10 0.00
10_V 4_D 0.96 0.10 0.00
151_K 107_I 0.96 0.10 0.00
42_K 115_I 0.96 0.10 0.00
166_V 110_L 0.96 0.10 0.00
149_V 108_S 0.95 0.10 0.00
17_E 109_Q 0.95 0.10 0.00
95_E 131_K 0.95 0.10 0.00
55_V 109_Q 0.95 0.10 0.00
39_T 121_L 0.95 0.10 0.00
163_G 94_P 0.95 0.10 0.00
40_F 96_E 0.94 0.10 0.00
17_E 86_N 0.94 0.10 0.00
141_E 124_Q 0.94 0.10 0.00
58_S 121_L 0.94 0.10 0.00
64_V 94_P 0.94 0.10 0.00
137_K 4_D 0.93 0.10 0.00
56_F 67_D 0.93 0.10 0.00
167_N 89_V 0.93 0.09 0.00
45_N 94_P 0.93 0.09 0.00
26_K 42_T 0.92 0.09 0.00
76_Q 35_A 0.92 0.09 0.00
20_A 107_I 0.92 0.09 0.00
81_A 82_A 0.92 0.09 0.00
81_A 10_K 0.92 0.09 0.00
44_D 59_V 0.91 0.09 0.00
137_K 35_A 0.91 0.09 0.00
65_V 69_G 0.91 0.09 0.00
57_R 18_N 0.91 0.09 0.00
47_I 72_M 0.91 0.09 0.00
163_G 88_S 0.90 0.09 0.00
3_A 18_N 0.90 0.09 0.00
43_K 52_H 0.90 0.09 0.00
29_L 73_H 0.90 0.09 0.00
89_G 154_A 0.90 0.09 0.00
132_A 35_A 0.90 0.09 0.00
127_E 148_E 0.90 0.09 0.00
166_V 28_N 0.90 0.09 0.00
137_K 9_A 0.90 0.09 0.00
136_N 113_E 0.89 0.09 0.00
34_G 69_G 0.89 0.09 0.00
127_E 135_D 0.89 0.09 0.00
66_F 73_H 0.88 0.09 0.00
130_V 65_F 0.88 0.09 0.00
130_V 97_K 0.88 0.09 0.00
22_E 120_Q 0.88 0.09 0.00
145_Q 67_D 0.88 0.08 0.00
81_A 90_F 0.88 0.08 0.00
72_D 107_I 0.87 0.08 0.00
79_A 121_L 0.87 0.08 0.00
35_I 143_I 0.87 0.08 0.00
155_I 47_Q 0.87 0.08 0.00
44_D 49_A 0.87 0.08 0.00
68_E 106_I 0.87 0.08 0.00
16_N 143_I 0.87 0.08 0.00
32_I 19_K 0.86 0.08 0.00
78_L 23_T 0.86 0.08 0.00
47_I 78_G 0.86 0.08 0.00
135_L 73_H 0.86 0.08 0.00
56_F 134_A 0.86 0.08 0.00
35_I 69_G 0.86 0.08 0.00
90_I 30_K 0.86 0.08 0.00
23_L 113_E 0.86 0.08 0.00
33_P 38_N 0.86 0.08 0.00
23_L 47_Q 0.86 0.08 0.00
70_K 126_E 0.86 0.08 0.00
14_N 141_E 0.85 0.08 0.00
40_F 59_V 0.85 0.08 0.00
173_S 16_A 0.85 0.08 0.00
58_S 65_F 0.85 0.08 0.00
63_Y 6_E 0.85 0.08 0.00
165_L 113_E 0.85 0.08 0.00
18_K 60_A 0.85 0.08 0.00
173_S 152_F 0.85 0.08 0.00
35_I 96_E 0.85 0.08 0.00
134_D 115_I 0.85 0.08 0.00
36_I 115_I 0.84 0.08 0.00
145_Q 29_K 0.84 0.08 0.00
28_G 3_I 0.84 0.08 0.00
59_A 113_E 0.84 0.08 0.00
123_E 31_A 0.84 0.08 0.00
86_Q 143_I 0.84 0.08 0.00
66_F 56_I 0.84 0.08 0.00
28_G 99_L 0.83 0.08 0.00
125_D 97_K 0.83 0.08 0.00
109_M 21_G 0.83 0.08 0.00
134_D 79_V 0.82 0.08 0.00
160_A 114_A 0.82 0.08 0.00
18_K 44_L 0.82 0.08 0.00
164_D 40_D 0.82 0.08 0.00
164_D 61_E 0.82 0.08 0.00
164_D 68_D 0.82 0.08 0.00
164_D 87_T 0.82 0.08 0.00
164_D 104_P 0.82 0.08 0.00
10_V 9_A 0.82 0.07 0.00
78_L 88_S 0.82 0.07 0.00
59_A 126_E 0.82 0.07 0.00
149_V 79_V 0.82 0.07 0.00
123_E 56_I 0.82 0.07 0.00
143_V 66_K 0.82 0.07 0.00
155_I 35_A 0.82 0.07 0.00
66_F 106_I 0.82 0.07 0.00
29_L 43_K 0.82 0.07 0.00
39_T 44_L 0.82 0.07 0.00
142_L 66_K 0.82 0.07 0.00
82_Q 19_K 0.82 0.07 0.00
28_G 36_G 0.82 0.07 0.00
167_N 73_H 0.82 0.07 0.00
145_Q 151_T 0.81 0.07 0.00
82_Q 101_D 0.81 0.07 0.00
90_I 154_A 0.81 0.07 0.00
18_K 86_N 0.81 0.07 0.00
55_V 86_N 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6380 0.16 nac Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6378 0.15 nac Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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