May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ETF-Mcd
Genes: A B A+B
Length: 548 253 785
Sequences: 438 2636 169
Seq/Len: 0.8 10.42 0.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.64
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.00
2 0.00 0.01 0.00
5 0.00 0.01 0.01
10 0.01 0.01 0.02
20 0.01 0.02 0.07
100 0.02 0.03 0.08
∞ 0.12 0.08 0.21
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
545_R 251_G 1.64 0.42 0.00
106_I 180_V 1.45 0.32 0.00
297_R 3_V 1.41 0.29 0.00
116_V 72_L 1.32 0.25 0.00
118_D 142_S 1.29 0.23 0.00
307_W 27_D 1.26 0.22 0.00
109_S 42_A 1.22 0.21 0.00
71_R 142_S 1.20 0.20 0.00
114_A 140_G 1.17 0.19 0.00
21_V 60_V 1.17 0.18 0.00
483_L 251_G 1.16 0.18 0.00
431_M 65_V 1.16 0.18 0.00
322_T 65_V 1.16 0.18 0.00
258_L 221_V 1.15 0.18 0.00
111_T 113_Q 1.15 0.18 0.00
109_S 11_I 1.15 0.18 0.00
332_D 83_A 1.14 0.17 0.00
454_L 150_L 1.13 0.17 0.00
47_L 59_V 1.13 0.17 0.00
381_G 60_V 1.12 0.17 0.00
47_L 248_D 1.12 0.17 0.00
147_V 210_D 1.12 0.17 0.00
19_P 170_I 1.11 0.16 0.00
26_E 151_A 1.11 0.16 0.00
384_G 86_V 1.11 0.16 0.00
267_A 117_V 1.10 0.16 0.00
205_L 110_E 1.09 0.16 0.00
223_G 84_I 1.09 0.16 0.00
86_M 206_K 1.09 0.16 0.00
545_R 221_V 1.07 0.15 0.00
86_M 177_V 1.07 0.15 0.00
498_A 63_I 1.07 0.15 0.00
202_V 238_S 1.06 0.15 0.00
443_A 216_T 1.06 0.15 0.00
307_W 203_L 1.06 0.15 0.00
124_G 142_S 1.04 0.14 0.00
107_P 209_A 1.04 0.14 0.00
436_E 234_V 1.04 0.14 0.00
406_Q 24_S 1.03 0.14 0.00
43_S 237_G 1.03 0.14 0.00
73_W 87_E 1.02 0.14 0.00
52_F 170_I 1.02 0.14 0.00
219_F 104_I 1.02 0.14 0.00
219_F 86_V 1.01 0.13 0.00
134_I 157_A 1.01 0.13 0.00
54_A 109_V 1.01 0.13 0.00
273_L 151_A 1.01 0.13 0.00
71_R 253_I 1.01 0.13 0.00
337_D 208_A 1.00 0.13 0.00
111_T 60_V 1.00 0.13 0.00
444_L 58_V 1.00 0.13 0.00
456_M 97_E 1.00 0.13 0.00
30_S 150_L 0.99 0.13 0.00
492_G 60_V 0.99 0.13 0.00
512_F 221_V 0.98 0.12 0.00
173_D 170_I 0.97 0.12 0.00
512_F 97_E 0.97 0.12 0.00
390_E 60_V 0.97 0.12 0.00
109_S 222_V 0.97 0.12 0.00
114_A 228_A 0.97 0.12 0.00
258_L 168_Q 0.97 0.12 0.00
319_A 75_A 0.96 0.12 0.00
193_R 228_A 0.96 0.12 0.00
80_E 110_E 0.96 0.12 0.00
200_E 116_L 0.96 0.12 0.00
126_P 17_V 0.95 0.12 0.00
359_T 83_A 0.95 0.12 0.00
327_L 210_D 0.95 0.12 0.00
22_E 142_S 0.95 0.12 0.00
219_F 209_A 0.94 0.11 0.00
75_G 234_V 0.94 0.11 0.00
142_A 47_I 0.93 0.11 0.00
445_I 83_A 0.93 0.11 0.00
82_R 154_G 0.93 0.11 0.00
396_V 248_D 0.92 0.11 0.00
548_D 140_G 0.92 0.11 0.00
329_A 174_M 0.92 0.11 0.00
309_V 158_V 0.92 0.11 0.00
233_S 97_E 0.92 0.11 0.00
64_V 58_V 0.92 0.11 0.00
180_D 225_S 0.92 0.11 0.00
44_S 11_I 0.92 0.11 0.00
107_P 207_T 0.92 0.11 0.00
360_P 83_A 0.91 0.11 0.00
319_A 234_V 0.91 0.11 0.00
310_H 225_S 0.91 0.11 0.00
165_D 84_I 0.91 0.11 0.00
33_K 104_I 0.90 0.11 0.00
90_I 215_V 0.90 0.10 0.00
142_A 87_E 0.90 0.10 0.00
478_G 66_K 0.90 0.10 0.00
346_A 117_V 0.90 0.10 0.00
548_D 203_L 0.90 0.10 0.00
118_D 140_G 0.90 0.10 0.00
194_D 47_I 0.90 0.10 0.00
542_I 63_I 0.90 0.10 0.00
170_M 86_V 0.90 0.10 0.00
300_A 125_D 0.90 0.10 0.00
444_L 72_L 0.89 0.10 0.00
22_E 248_D 0.89 0.10 0.00
147_V 203_L 0.89 0.10 0.00
263_D 117_V 0.89 0.10 0.00
474_E 118_I 0.89 0.10 0.00
288_N 152_I 0.89 0.10 0.00
370_L 152_I 0.89 0.10 0.00
312_N 72_L 0.89 0.10 0.00
18_L 39_D 0.89 0.10 0.00
31_A 108_V 0.88 0.10 0.00
327_L 60_V 0.88 0.10 0.00
344_F 60_V 0.88 0.10 0.00
160_G 27_D 0.88 0.10 0.00
305_D 234_V 0.88 0.10 0.00
52_F 115_G 0.87 0.10 0.00
454_L 109_V 0.87 0.10 0.00
456_M 221_V 0.87 0.10 0.00
19_P 150_L 0.87 0.10 0.00
250_S 62_S 0.87 0.10 0.00
147_V 224_T 0.87 0.10 0.00
64_V 229_G 0.87 0.10 0.00
338_Y 239_V 0.87 0.10 0.00
267_A 47_I 0.87 0.10 0.00
276_G 207_T 0.86 0.10 0.00
264_A 117_V 0.86 0.10 0.00
205_L 130_A 0.86 0.10 0.00
99_L 128_M 0.86 0.10 0.00
269_W 17_V 0.86 0.10 0.00
267_A 177_V 0.86 0.10 0.00
535_A 11_I 0.86 0.10 0.00
231_V 152_I 0.86 0.10 0.00
294_G 11_I 0.86 0.10 0.00
530_I 85_L 0.86 0.10 0.00
170_M 207_T 0.86 0.10 0.00
53_A 49_L 0.86 0.10 0.00
181_E 220_S 0.86 0.10 0.00
454_L 207_T 0.86 0.10 0.00
297_R 158_V 0.86 0.10 0.00
429_V 59_V 0.85 0.10 0.00
299_R 236_V 0.85 0.09 0.00
43_S 224_T 0.85 0.09 0.00
512_F 168_Q 0.85 0.09 0.00
312_N 83_A 0.85 0.09 0.00
42_V 237_G 0.84 0.09 0.00
42_V 59_V 0.84 0.09 0.00
47_L 250_A 0.84 0.09 0.00
93_I 111_A 0.84 0.09 0.00
431_M 78_M 0.84 0.09 0.00
465_R 45_A 0.84 0.09 0.00
429_V 118_I 0.84 0.09 0.00
420_I 59_V 0.84 0.09 0.00
444_L 234_V 0.84 0.09 0.00
126_P 108_V 0.83 0.09 0.00
76_R 89_A 0.83 0.09 0.00
80_E 228_A 0.83 0.09 0.00
196_L 95_D 0.83 0.09 0.00
29_R 87_E 0.83 0.09 0.00
48_E 142_S 0.83 0.09 0.00
518_I 11_I 0.83 0.09 0.00
391_N 72_L 0.83 0.09 0.00
431_M 203_L 0.83 0.09 0.00
60_L 234_V 0.83 0.09 0.00
111_T 174_M 0.82 0.09 0.00
52_F 239_V 0.82 0.09 0.00
478_G 97_E 0.82 0.09 0.00
267_A 142_S 0.82 0.09 0.00
300_A 117_V 0.82 0.09 0.00
454_L 17_V 0.82 0.09 0.00
43_S 47_I 0.82 0.09 0.00
156_R 180_V 0.82 0.09 0.00
25_F 142_S 0.82 0.09 0.00
273_L 97_E 0.82 0.09 0.00
432_Q 60_V 0.82 0.09 0.00
23_A 152_I 0.82 0.09 0.00
504_L 83_A 0.82 0.09 0.00
428_E 213_V 0.82 0.09 0.00
214_T 78_M 0.82 0.09 0.00
46_A 216_T 0.82 0.09 0.00
107_P 85_L 0.81 0.09 0.00
18_L 215_V 0.81 0.09 0.00
432_Q 58_V 0.81 0.09 0.00
178_F 130_A 0.81 0.09 0.00
329_A 60_V 0.81 0.09 0.00
431_M 68_A 0.81 0.09 0.00
336_T 65_V 0.81 0.09 0.00
43_S 104_I 0.81 0.09 0.00
545_R 206_K 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.375 seconds.