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OPENSEQ.org
cIp_5_80_cytb_80_human
Genes: A B A+B
Length: 264 379 579
Sequences: 500 3807 56
Seq/Len: 1.89 10.04 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.00
20 0.00 0.00 0.01
100 0.00 0.00 0.02
∞ 0.00 0.00 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
204_L 170_S 1.55 0.22 0.00
171_W 37_L 1.49 0.20 0.00
86_V 189_I 1.46 0.19 0.00
115_T 303_A 1.45 0.19 0.00
174_F 329_L 1.43 0.18 0.00
225_E 264_N 1.42 0.18 0.00
128_I 96_F 1.40 0.17 0.00
207_Y 41_C 1.39 0.17 0.00
116_A 303_A 1.37 0.17 0.00
157_V 80_I 1.33 0.15 0.00
176_V 352_G 1.32 0.15 0.00
156_A 40_A 1.31 0.15 0.00
154_E 67_I 1.29 0.14 0.00
127_E 170_S 1.28 0.14 0.00
210_L 165_I 1.25 0.13 0.00
164_N 227_I 1.25 0.13 0.00
230_F 290_G 1.24 0.13 0.00
180_N 284_S 1.24 0.13 0.00
103_H 218_K 1.23 0.13 0.00
148_D 79_I 1.23 0.13 0.00
171_W 38_L 1.23 0.13 0.00
112_V 293_L 1.21 0.12 0.00
223_P 180_F 1.20 0.12 0.00
160_F 75_N 1.20 0.12 0.00
232_K 156_Y 1.18 0.12 0.00
160_F 141_F 1.17 0.12 0.00
204_L 162_V 1.17 0.12 0.00
62_G 301_I 1.17 0.12 0.00
173_M 300_L 1.16 0.11 0.00
187_I 2_M 1.16 0.11 0.00
98_T 60_A 1.16 0.11 0.00
143_V 169_Y 1.16 0.11 0.00
157_V 305_I 1.15 0.11 0.00
157_V 370_I 1.14 0.11 0.00
115_T 36_S 1.13 0.11 0.00
69_L 193_L 1.13 0.11 0.00
180_N 51_F 1.12 0.11 0.00
86_V 297_L 1.12 0.11 0.00
173_M 365_I 1.12 0.11 0.00
205_S 309_H 1.10 0.10 0.00
176_V 300_L 1.10 0.10 0.00
235_L 326_Y 1.09 0.10 0.00
156_A 47_T 1.09 0.10 0.00
241_A 307_I 1.09 0.10 0.00
216_V 338_W 1.08 0.10 0.00
249_P 318_F 1.08 0.10 0.00
241_A 309_H 1.08 0.10 0.00
224_V 309_H 1.08 0.10 0.00
207_Y 294_A 1.08 0.10 0.00
114_L 323_Q 1.07 0.10 0.00
57_Q 162_V 1.06 0.10 0.00
241_A 109_L 1.06 0.10 0.00
106_A 235_L 1.06 0.10 0.00
215_E 298_S 1.06 0.10 0.00
246_R 313_Q 1.05 0.09 0.00
112_V 254_P 1.05 0.09 0.00
160_F 328_L 1.05 0.09 0.00
151_T 226_T 1.05 0.09 0.00
187_I 362_T 1.05 0.09 0.00
131_N 199_L 1.05 0.09 0.00
174_F 254_P 1.04 0.09 0.00
67_E 373_I 1.04 0.09 0.00
225_E 90_M 1.03 0.09 0.00
154_E 215_H 1.03 0.09 0.00
98_T 227_I 1.03 0.09 0.00
62_G 90_M 1.02 0.09 0.00
247_Q 318_F 1.02 0.09 0.00
251_S 318_F 1.01 0.09 0.00
145_T 174_P 1.01 0.09 0.00
207_Y 150_L 1.01 0.09 0.00
127_E 26_S 1.01 0.09 0.00
250_E 85_A 1.01 0.09 0.00
181_H 23_P 1.00 0.09 0.00
135_L 216_S 1.00 0.09 0.00
247_Q 329_L 1.00 0.09 0.00
97_L 47_T 1.00 0.09 0.00
179_A 69_H 1.00 0.09 0.00
242_F 195_T 1.00 0.09 0.00
243_P 354_V 1.00 0.09 0.00
171_W 94_C 1.00 0.09 0.00
149_E 179_F 0.99 0.09 0.00
139_S 152_S 0.99 0.09 0.00
210_L 143_G 0.99 0.09 0.00
65_V 275_F 0.99 0.08 0.00
227_A 365_I 0.99 0.08 0.00
103_H 222_H 0.99 0.08 0.00
204_L 302_L 0.98 0.08 0.00
124_N 231_L 0.98 0.08 0.00
86_V 372_L 0.98 0.08 0.00
204_L 286_P 0.98 0.08 0.00
229_E 161_L 0.97 0.08 0.00
173_M 41_C 0.97 0.08 0.00
65_V 86_N 0.97 0.08 0.00
76_V 119_I 0.97 0.08 0.00
103_H 377_M 0.97 0.08 0.00
149_E 105_Y 0.96 0.08 0.00
205_S 4_P 0.96 0.08 0.00
198_F 246_F 0.96 0.08 0.00
111_L 275_F 0.96 0.08 0.00
57_Q 310_M 0.96 0.08 0.00
251_S 212_I 0.96 0.08 0.00
88_I 344_V 0.95 0.08 0.00
205_S 218_K 0.95 0.08 0.00
145_T 344_V 0.95 0.08 0.00
181_H 184_F 0.95 0.08 0.00
183_D 63_A 0.95 0.08 0.00
161_K 232_G 0.95 0.08 0.00
158_S 20_I 0.95 0.08 0.00
104_T 297_L 0.94 0.08 0.00
242_F 301_I 0.94 0.08 0.00
220_V 246_F 0.94 0.08 0.00
127_E 335_I 0.94 0.08 0.00
98_T 222_H 0.94 0.08 0.00
164_N 150_L 0.94 0.08 0.00
143_V 298_S 0.94 0.08 0.00
205_S 8_I 0.94 0.08 0.00
196_H 73_D 0.94 0.08 0.00
99_F 53_A 0.93 0.08 0.00
205_S 26_S 0.93 0.08 0.00
229_E 186_L 0.93 0.08 0.00
112_V 346_Y 0.93 0.07 0.00
97_L 97_L 0.93 0.07 0.00
143_V 172_D 0.93 0.07 0.00
194_E 47_T 0.93 0.07 0.00
241_A 96_F 0.92 0.07 0.00
82_N 331_A 0.92 0.07 0.00
224_V 226_T 0.92 0.07 0.00
214_D 326_Y 0.92 0.07 0.00
94_I 43_I 0.92 0.07 0.00
64_Y 99_I 0.92 0.07 0.00
161_K 362_T 0.92 0.07 0.00
243_P 365_I 0.92 0.07 0.00
174_F 76_Y 0.91 0.07 0.00
249_P 210_L 0.91 0.07 0.00
103_H 109_L 0.91 0.07 0.00
210_L 190_I 0.91 0.07 0.00
224_V 109_L 0.91 0.07 0.00
147_T 321_L 0.90 0.07 0.00
229_E 349_T 0.90 0.07 0.00
196_H 57_S 0.90 0.07 0.00
123_Q 249_D 0.90 0.07 0.00
136_R 301_I 0.90 0.07 0.00
106_A 263_L 0.90 0.07 0.00
84_L 263_L 0.89 0.07 0.00
162_A 370_I 0.89 0.07 0.00
171_W 232_G 0.89 0.07 0.00
241_A 125_M 0.89 0.07 0.00
188_L 25_P 0.89 0.07 0.00
189_T 25_P 0.89 0.07 0.00
197_P 25_P 0.89 0.07 0.00
184_L 48_T 0.89 0.07 0.00
96_V 331_A 0.89 0.07 0.00
70_P 342_Q 0.89 0.07 0.00
130_Y 302_L 0.89 0.07 0.00
156_A 5_M 0.88 0.07 0.00
115_T 247_S 0.88 0.07 0.00
95_P 366_L 0.88 0.07 0.00
179_A 316_M 0.88 0.07 0.00
232_K 238_L 0.88 0.07 0.00
208_V 201_L 0.88 0.07 0.00
136_R 338_W 0.88 0.07 0.00
159_V 284_S 0.88 0.07 0.00
97_L 122_L 0.88 0.07 0.00
103_H 26_S 0.88 0.07 0.00
61_F 210_L 0.88 0.07 0.00
161_K 38_L 0.88 0.07 0.00
128_I 313_Q 0.88 0.07 0.00
227_A 321_L 0.87 0.07 0.00
135_L 174_P 0.87 0.07 0.00
217_K 285_V 0.87 0.07 0.00
248_P 253_D 0.87 0.07 0.00
127_E 358_L 0.87 0.07 0.00
181_H 326_Y 0.87 0.07 0.00
171_W 36_S 0.87 0.07 0.00
196_H 169_Y 0.87 0.07 0.00
157_V 365_I 0.87 0.07 0.00
137_F 60_A 0.87 0.07 0.00
123_Q 305_I 0.87 0.07 0.00
220_V 259_L 0.87 0.07 0.00
205_S 109_L 0.86 0.07 0.00
109_K 219_I 0.86 0.07 0.00
204_L 100_G 0.86 0.07 0.00
103_H 355_A 0.86 0.07 0.00
149_E 143_G 0.86 0.07 0.00
210_L 135_P 0.86 0.07 0.00
247_Q 210_L 0.86 0.07 0.00
88_I 83_L 0.86 0.07 0.00
250_E 45_Q 0.86 0.07 0.00
127_E 238_L 0.86 0.07 0.00
166_Y 231_L 0.86 0.07 0.00
88_I 60_A 0.86 0.07 0.00
171_W 33_N 0.86 0.07 0.00
210_L 305_I 0.86 0.07 0.00
164_N 22_L 0.86 0.07 0.00
245_Y 259_L 0.86 0.07 0.00
103_H 8_I 0.85 0.07 0.00
245_Y 253_D 0.85 0.07 0.00
137_F 41_C 0.85 0.07 0.00
147_T 174_P 0.85 0.07 0.00
243_P 173_S 0.85 0.07 0.00
121_T 303_A 0.85 0.07 0.00
112_V 204_T 0.85 0.07 0.00
207_Y 159_T 0.85 0.07 0.00
229_E 24_T 0.85 0.07 0.00
100_L 180_F 0.85 0.07 0.00
73_V 303_A 0.85 0.07 0.00
225_E 254_P 0.85 0.06 0.00
194_E 219_I 0.85 0.06 0.00
59_S 83_L 0.85 0.06 0.00
141_I 251_L 0.84 0.06 0.00
141_I 285_V 0.84 0.06 0.00
180_N 225_Y 0.84 0.06 0.00
69_L 39_G 0.84 0.06 0.00
59_S 97_L 0.84 0.06 0.00
153_I 104_Y 0.84 0.06 0.00
210_L 159_T 0.84 0.06 0.00
135_L 328_L 0.84 0.06 0.00
174_F 225_Y 0.84 0.06 0.00
216_V 130_M 0.84 0.06 0.00
78_V 373_I 0.84 0.06 0.00
111_L 332_D 0.84 0.06 0.00
198_F 157_I 0.84 0.06 0.00
204_L 337_T 0.84 0.06 0.00
180_N 193_L 0.84 0.06 0.00
60_A 235_L 0.84 0.06 0.00
101_R 359_Y 0.84 0.06 0.00
173_M 36_S 0.83 0.06 0.00
82_N 330_A 0.83 0.06 0.00
119_V 57_S 0.83 0.06 0.00
89_H 335_I 0.83 0.06 0.00
194_E 78_W 0.83 0.06 0.00
107_Q 328_L 0.83 0.06 0.00
205_S 307_I 0.83 0.06 0.00
101_R 226_T 0.83 0.06 0.00
103_H 4_P 0.83 0.06 0.00
235_L 189_I 0.83 0.06 0.00
224_V 307_I 0.83 0.06 0.00
86_V 247_S 0.83 0.06 0.00
244_V 94_C 0.83 0.06 0.00
248_P 45_Q 0.83 0.06 0.00
136_R 20_I 0.83 0.06 0.00
97_L 37_L 0.83 0.06 0.00
249_P 231_L 0.83 0.06 0.00
86_V 239_S 0.83 0.06 0.00
216_V 86_N 0.83 0.06 0.00
187_I 79_I 0.82 0.06 0.00
208_V 328_L 0.82 0.06 0.00
67_E 100_G 0.82 0.06 0.00
143_V 264_N 0.82 0.06 0.00
205_S 29_S 0.82 0.06 0.00
183_D 66_S 0.82 0.06 0.00
214_D 93_I 0.82 0.06 0.00
72_Y 191_A 0.82 0.06 0.00
159_V 246_F 0.82 0.06 0.00
174_F 159_T 0.82 0.06 0.00
68_I 97_L 0.82 0.06 0.00
65_V 321_L 0.82 0.06 0.00
244_V 38_L 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5891 0.1 cIp_5_60_cytb_60_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5890 0.14 cIp_5_20_cytb_20_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
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