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OPENSEQ.org
RsgA-KsgA
Genes: A B A+B
Length: 350 273 558
Sequences: 2498 3757 62
Seq/Len: 7.14 13.76 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.07 0.01
2 0.03 0.07 0.04
5 0.03 0.07 0.06
10 0.03 0.07 0.07
20 0.03 0.07 0.10
100 0.04 0.07 0.23
∞ 0.09 0.08 1.62
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
119_I 44_I 1.50 0.22 0.00
67_R 121_P 1.49 0.21 0.00
148_C 214_T 1.48 0.21 0.00
123_I 214_T 1.41 0.18 0.00
337_A 265_A 1.39 0.18 0.00
156_I 88_Y 1.39 0.18 0.00
222_S 64_V 1.38 0.18 0.00
253_A 133_I 1.38 0.18 0.00
75_T 139_M 1.36 0.17 0.00
44_V 41_M 1.35 0.17 0.00
95_G 224_T 1.33 0.16 0.00
311_A 155_K 1.33 0.16 0.00
101_H 140_L 1.31 0.16 0.00
101_H 136_M 1.30 0.16 0.00
128_I 249_A 1.30 0.15 0.00
301_D 192_V 1.27 0.15 0.00
289_E 75_L 1.27 0.15 0.00
299_Y 49_A 1.27 0.15 0.00
75_T 29_I 1.26 0.14 0.00
300_R 238_L 1.25 0.14 0.00
109_R 222_R 1.24 0.14 0.00
104_T 110_V 1.23 0.14 0.00
237_N 110_V 1.22 0.13 0.00
74_V 221_R 1.21 0.13 0.00
271_R 178_P 1.20 0.13 0.00
198_L 239_T 1.19 0.13 0.00
95_G 217_A 1.19 0.13 0.00
298_K 240_G 1.19 0.13 0.00
283_I 55_V 1.19 0.13 0.00
271_R 249_A 1.18 0.12 0.00
285_Q 44_I 1.17 0.12 0.00
222_S 246_A 1.17 0.12 0.00
73_L 65_I 1.17 0.12 0.00
156_I 62_L 1.16 0.12 0.00
119_I 164_A 1.16 0.12 0.00
241_D 44_I 1.15 0.12 0.00
64_C 173_V 1.15 0.12 0.00
299_Y 116_Y 1.15 0.12 0.00
299_Y 218_F 1.15 0.12 0.00
158_V 152_P 1.14 0.12 0.00
179_I 65_I 1.14 0.12 0.00
96_I 249_A 1.14 0.12 0.00
185_Y 124_F 1.14 0.12 0.00
326_F 215_T 1.14 0.12 0.00
181_R 208_R 1.13 0.11 0.00
259_P 56_G 1.13 0.11 0.00
207_G 92_A 1.13 0.11 0.00
229_G 225_I 1.12 0.11 0.00
190_V 195_V 1.12 0.11 0.00
80_V 215_T 1.12 0.11 0.00
44_V 171_I 1.12 0.11 0.00
199_K 44_I 1.12 0.11 0.00
311_A 251_N 1.11 0.11 0.00
330_H 145_V 1.10 0.11 0.00
326_F 125_H 1.10 0.11 0.00
332_I 30_V 1.09 0.11 0.00
73_L 173_V 1.09 0.11 0.00
275_L 188_D 1.08 0.10 0.00
75_T 174_L 1.08 0.10 0.00
153_I 109_R 1.08 0.10 0.00
237_N 134_A 1.08 0.10 0.00
157_I 132_A 1.07 0.10 0.00
160_N 140_L 1.07 0.10 0.00
236_T 264_L 1.07 0.10 0.00
312_I 257_Y 1.06 0.10 0.00
198_L 208_R 1.06 0.10 0.00
78_R 127_F 1.06 0.10 0.00
95_G 195_V 1.06 0.10 0.00
224_L 177_P 1.06 0.10 0.00
272_E 111_F 1.06 0.10 0.00
222_S 32_A 1.05 0.10 0.00
224_L 7_Q 1.05 0.10 0.00
226_A 157_Y 1.04 0.10 0.00
48_F 215_T 1.04 0.10 0.00
146_V 137_H 1.04 0.10 0.00
66_I 117_N 1.04 0.10 0.00
245_L 126_L 1.04 0.10 0.00
212_F 127_F 1.04 0.10 0.00
185_Y 165_Q 1.04 0.10 0.00
227_L 46_P 1.03 0.10 0.00
44_V 173_V 1.03 0.10 0.00
315_A 39_Q 1.03 0.10 0.00
239_I 165_Q 1.03 0.10 0.00
201_L 232_L 1.03 0.10 0.00
68_R 117_N 1.03 0.09 0.00
107_L 188_D 1.03 0.09 0.00
262_G 144_V 1.02 0.09 0.00
97_V 252_I 1.02 0.09 0.00
79_V 187_V 1.02 0.09 0.00
140_I 191_V 1.02 0.09 0.00
236_T 176_V 1.02 0.09 0.00
164_L 13_K 1.02 0.09 0.00
160_N 173_V 1.02 0.09 0.00
120_A 178_P 1.02 0.09 0.00
307_D 145_V 1.01 0.09 0.00
52_A 12_R 1.01 0.09 0.00
110_P 118_I 1.01 0.09 0.00
283_I 154_S 1.01 0.09 0.00
201_L 250_E 1.01 0.09 0.00
239_I 35_P 1.01 0.09 0.00
123_I 64_V 1.01 0.09 0.00
238_D 41_M 1.01 0.09 0.00
126_I 25_V 1.00 0.09 0.00
308_P 257_Y 1.00 0.09 0.00
274_G 119_S 1.00 0.09 0.00
275_L 114_L 1.00 0.09 0.00
311_A 220_Q 1.00 0.09 0.00
183_I 155_K 0.99 0.09 0.00
317_E 239_T 0.99 0.09 0.00
49_G 161_S 0.99 0.09 0.00
247_Q 114_L 0.99 0.09 0.00
120_A 69_R 0.99 0.09 0.00
333_L 87_I 0.99 0.09 0.00
123_I 52_T 0.99 0.09 0.00
71_R 76_Q 0.98 0.09 0.00
207_G 18_N 0.98 0.09 0.00
339_V 195_V 0.98 0.09 0.00
96_I 117_N 0.98 0.09 0.00
49_G 112_G 0.98 0.09 0.00
59_G 69_R 0.98 0.09 0.00
152_Q 27_D 0.98 0.09 0.00
128_I 168_C 0.98 0.09 0.00
228_L 7_Q 0.98 0.09 0.00
309_G 153_N 0.97 0.09 0.00
98_E 27_D 0.97 0.09 0.00
321_I 78_H 0.97 0.09 0.00
218_V 261_A 0.97 0.09 0.00
143_R 158_G 0.97 0.09 0.00
288_V 264_L 0.97 0.09 0.00
75_T 93_M 0.97 0.09 0.00
209_I 206_D 0.97 0.08 0.00
138_L 30_V 0.97 0.08 0.00
122_N 18_N 0.96 0.08 0.00
50_M 163_M 0.96 0.08 0.00
315_A 180_A 0.96 0.08 0.00
238_D 107_P 0.96 0.08 0.00
312_I 174_L 0.96 0.08 0.00
131_A 42_V 0.96 0.08 0.00
142_D 229_L 0.96 0.08 0.00
275_L 92_A 0.96 0.08 0.00
120_A 170_V 0.96 0.08 0.00
81_W 110_V 0.96 0.08 0.00
188_L 198_A 0.96 0.08 0.00
148_C 153_N 0.95 0.08 0.00
160_N 168_C 0.95 0.08 0.00
152_Q 95_F 0.95 0.08 0.00
81_W 23_Q 0.95 0.08 0.00
109_R 19_F 0.95 0.08 0.00
177_M 21_N 0.95 0.08 0.00
313_R 192_V 0.95 0.08 0.00
263_D 24_F 0.95 0.08 0.00
148_C 157_Y 0.95 0.08 0.00
201_L 230_G 0.95 0.08 0.00
238_D 87_I 0.94 0.08 0.00
44_V 87_I 0.94 0.08 0.00
331_R 198_A 0.94 0.08 0.00
127_V 42_V 0.94 0.08 0.00
158_V 191_V 0.94 0.08 0.00
309_G 226_R 0.94 0.08 0.00
203_E 254_V 0.94 0.08 0.00
141_I 159_R 0.94 0.08 0.00
136_L 119_S 0.94 0.08 0.00
198_L 37_K 0.94 0.08 0.00
51_H 12_R 0.94 0.08 0.00
100_V 112_G 0.94 0.08 0.00
42_G 187_V 0.94 0.08 0.00
317_E 207_V 0.94 0.08 0.00
306_T 190_A 0.93 0.08 0.00
298_K 197_H 0.93 0.08 0.00
102_E 15_F 0.93 0.08 0.00
240_S 124_F 0.93 0.08 0.00
61_V 247_M 0.93 0.08 0.00
146_V 251_N 0.93 0.08 0.00
94_K 180_A 0.93 0.08 0.00
327_E 251_N 0.93 0.08 0.00
171_A 206_D 0.93 0.08 0.00
203_E 216_E 0.93 0.08 0.00
195_Q 41_M 0.93 0.08 0.00
120_A 190_A 0.92 0.08 0.00
155_P 126_L 0.92 0.08 0.00
287_F 250_E 0.92 0.08 0.00
62_H 127_F 0.92 0.08 0.00
140_I 42_V 0.92 0.08 0.00
265_I 256_Q 0.92 0.08 0.00
118_P 122_L 0.92 0.08 0.00
51_H 138_F 0.92 0.08 0.00
300_R 265_A 0.92 0.08 0.00
273_F 249_A 0.92 0.08 0.00
273_F 112_G 0.92 0.08 0.00
201_L 81_L 0.91 0.08 0.00
306_T 152_P 0.91 0.08 0.00
289_E 155_K 0.91 0.08 0.00
227_L 106_Q 0.91 0.08 0.00
238_D 206_D 0.91 0.08 0.00
76_G 43_E 0.91 0.08 0.00
76_G 45_G 0.91 0.08 0.00
76_G 47_G 0.91 0.08 0.00
76_G 68_D 0.91 0.08 0.00
76_G 91_D 0.91 0.08 0.00
76_G 113_N 0.91 0.08 0.00
76_G 115_P 0.91 0.08 0.00
76_G 141_Q 0.91 0.08 0.00
76_G 143_E 0.91 0.08 0.00
76_G 181_F 0.91 0.08 0.00
76_G 183_P 0.91 0.08 0.00
76_G 185_P 0.91 0.08 0.00
76_G 189_S 0.91 0.08 0.00
76_G 223_K 0.91 0.08 0.00
77_D 43_E 0.91 0.08 0.00
77_D 45_G 0.91 0.08 0.00
77_D 47_G 0.91 0.08 0.00
77_D 68_D 0.91 0.08 0.00
77_D 91_D 0.91 0.08 0.00
77_D 113_N 0.91 0.08 0.00
77_D 115_P 0.91 0.08 0.00
77_D 141_Q 0.91 0.08 0.00
77_D 143_E 0.91 0.08 0.00
77_D 181_F 0.91 0.08 0.00
77_D 183_P 0.91 0.08 0.00
77_D 185_P 0.91 0.08 0.00
77_D 189_S 0.91 0.08 0.00
77_D 223_K 0.91 0.08 0.00
103_R 43_E 0.91 0.08 0.00
103_R 45_G 0.91 0.08 0.00
103_R 47_G 0.91 0.08 0.00
103_R 68_D 0.91 0.08 0.00
103_R 91_D 0.91 0.08 0.00
103_R 113_N 0.91 0.08 0.00
103_R 115_P 0.91 0.08 0.00
103_R 141_Q 0.91 0.08 0.00
103_R 143_E 0.91 0.08 0.00
103_R 181_F 0.91 0.08 0.00
103_R 183_P 0.91 0.08 0.00
103_R 185_P 0.91 0.08 0.00
103_R 189_S 0.91 0.08 0.00
103_R 223_K 0.91 0.08 0.00
161_K 43_E 0.91 0.08 0.00
161_K 45_G 0.91 0.08 0.00
161_K 47_G 0.91 0.08 0.00
161_K 68_D 0.91 0.08 0.00
161_K 91_D 0.91 0.08 0.00
161_K 113_N 0.91 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5797 1.8 RsgA-KsgA Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.02 Done - Shared
5792 0.11 RsgA-KsgA Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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