May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MFD600RNAP1193 bsubtilis
Genes: A B A+B
Length: 600 593 1121
Sequences: 2677 1390 977
Seq/Len: 4.46 2.34 0.87
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.57
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.02
100 0.01 0.09 0.13
∞ 0.04 0.09 0.82
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
596_A 112_L 1.34 0.60 0.00
596_A 188_T 1.34 0.60 0.00
470_T 115_F 1.32 0.59 0.00
184_Y 229_I 1.29 0.56 0.00
500_L 190_I 1.28 0.55 0.00
516_Y 184_D 1.28 0.55 0.00
56_I 54_E 1.28 0.55 0.00
62_Q 31_N 1.27 0.55 0.00
530_D 31_N 1.27 0.54 0.00
181_I 287_I 1.27 0.54 0.00
579_K 8_V 1.21 0.49 0.00
592_I 157_R 1.21 0.49 0.00
511_H 275_T 1.18 0.46 0.00
554_K 286_I 1.17 0.45 0.00
183_I 131_S 1.16 0.44 0.00
534_I 287_I 1.15 0.44 0.00
559_E 115_F 1.14 0.42 0.00
228_E 255_T 1.13 0.42 0.00
174_F 337_K 1.12 0.41 0.00
144_V 54_E 1.12 0.41 0.00
200_E 246_V 1.10 0.39 0.00
281_Q 335_I 1.09 0.39 0.00
537_Q 62_M 1.08 0.38 0.00
551_Q 217_G 1.06 0.36 0.00
579_K 141_I 1.05 0.35 0.00
474_L 222_R 1.04 0.35 0.00
584_V 287_I 1.04 0.34 0.00
125_I 123_C 1.03 0.34 0.00
549_I 262_H 1.03 0.34 0.00
120_A 424_E 1.02 0.33 0.00
517_L 237_K 1.02 0.33 0.00
531_Y 281_H 1.02 0.32 0.00
200_E 41_A 1.00 0.31 0.00
511_H 177_M 1.00 0.31 0.00
595_Y 252_T 1.00 0.31 0.00
475_F 220_A 0.99 0.30 0.00
469_I 161_V 0.99 0.30 0.00
33_L 246_V 0.98 0.30 0.00
66_V 157_R 0.98 0.30 0.00
214_S 178_S 0.98 0.30 0.00
215_I 337_K 0.98 0.30 0.00
504_D 515_K 0.98 0.29 0.00
505_Y 136_V 0.98 0.29 0.00
166_D 455_P 0.98 0.29 0.00
121_P 41_A 0.97 0.29 0.00
350_Q 346_Y 0.97 0.29 0.00
98_E 149_E 0.97 0.29 0.00
473_E 255_T 0.97 0.29 0.00
289_Y 278_R 0.97 0.29 0.00
547_E 162_G 0.97 0.29 0.00
553_Q 341_E 0.97 0.29 0.00
196_L 74_V 0.97 0.29 0.00
41_F 335_I 0.97 0.29 0.00
553_Q 163_F 0.96 0.28 0.00
234_E 82_V 0.96 0.28 0.00
412_F 223_N 0.96 0.28 0.00
105_D 491_T 0.96 0.28 0.00
228_E 212_D 0.95 0.28 0.00
204_I 341_E 0.95 0.27 0.00
195_E 178_S 0.95 0.27 0.00
509_I 455_P 0.95 0.27 0.00
210_D 338_I 0.95 0.27 0.00
181_I 351_T 0.95 0.27 0.00
210_D 149_E 0.94 0.27 0.00
174_F 236_V 0.94 0.27 0.00
469_I 437_M 0.94 0.27 0.00
515_K 58_V 0.94 0.26 0.00
181_I 512_A 0.94 0.26 0.00
202_D 175_I 0.94 0.26 0.00
197_F 208_E 0.94 0.26 0.00
270_D 519_V 0.94 0.26 0.00
550_D 339_L 0.94 0.26 0.00
543_Y 255_T 0.93 0.26 0.00
358_R 171_Y 0.93 0.26 0.00
226_A 220_A 0.93 0.26 0.00
315_I 8_V 0.93 0.26 0.00
532_L 302_P 0.93 0.26 0.00
19_N 54_E 0.92 0.26 0.00
363_Y 226_D 0.92 0.26 0.00
197_F 210_T 0.92 0.25 0.00
462_P 448_L 0.92 0.25 0.00
83_P 8_V 0.92 0.25 0.00
181_I 424_E 0.92 0.25 0.00
549_I 159_V 0.91 0.25 0.00
219_T 230_I 0.91 0.25 0.00
307_L 232_I 0.91 0.25 0.00
548_Q 296_E 0.91 0.25 0.00
383_G 232_I 0.91 0.25 0.00
580_V 186_V 0.91 0.25 0.00
17_I 287_I 0.91 0.25 0.00
544_V 8_V 0.91 0.25 0.00
402_R 226_D 0.91 0.25 0.00
554_K 165_T 0.91 0.24 0.00
195_E 142_L 0.91 0.24 0.00
380_N 134_D 0.91 0.24 0.00
546_V 336_S 0.91 0.24 0.00
412_F 142_L 0.91 0.24 0.00
470_T 339_L 0.91 0.24 0.00
571_S 302_P 0.91 0.24 0.00
181_I 141_I 0.90 0.24 0.00
529_K 253_E 0.90 0.24 0.00
195_E 537_S 0.90 0.24 0.00
209_S 41_A 0.90 0.24 0.00
79_V 9_D 0.90 0.24 0.00
497_Y 275_T 0.90 0.24 0.00
587_I 354_D 0.90 0.24 0.00
208_N 190_I 0.90 0.24 0.00
469_I 134_D 0.90 0.24 0.00
501_Q 389_S 0.89 0.23 0.00
55_L 129_I 0.89 0.23 0.00
185_P 508_K 0.89 0.23 0.00
585_Q 335_I 0.89 0.23 0.00
66_V 232_I 0.89 0.23 0.00
579_K 127_R 0.89 0.23 0.00
125_I 190_I 0.89 0.23 0.00
184_Y 475_F 0.89 0.23 0.00
205_R 275_T 0.89 0.23 0.00
570_G 536_Q 0.88 0.23 0.00
72_S 41_A 0.88 0.22 0.00
342_D 153_L 0.88 0.22 0.00
219_T 137_V 0.87 0.22 0.00
394_N 136_V 0.87 0.22 0.00
531_Y 310_R 0.87 0.22 0.00
41_F 134_D 0.87 0.22 0.00
465_K 230_I 0.87 0.22 0.00
228_E 235_E 0.87 0.22 0.00
290_F 503_V 0.87 0.22 0.00
532_L 184_D 0.87 0.22 0.00
577_K 161_V 0.87 0.22 0.00
407_N 218_E 0.87 0.22 0.00
471_E 220_A 0.87 0.22 0.00
423_L 230_I 0.86 0.22 0.00
582_T 504_V 0.86 0.22 0.00
227_K 31_N 0.86 0.21 0.00
118_V 87_A 0.86 0.21 0.00
555_Y 130_V 0.86 0.21 0.00
547_E 436_Y 0.86 0.21 0.00
520_E 180_R 0.86 0.21 0.00
107_I 74_V 0.86 0.21 0.00
507_V 277_L 0.85 0.21 0.00
475_F 300_E 0.85 0.21 0.00
149_E 21_A 0.85 0.21 0.00
453_G 532_I 0.85 0.21 0.00
514_G 239_G 0.85 0.21 0.00
215_I 347_L 0.85 0.21 0.00
502_I 217_G 0.85 0.21 0.00
144_V 82_V 0.85 0.21 0.00
201_V 422_T 0.85 0.21 0.00
130_P 15_P 0.85 0.21 0.00
466_L 142_L 0.85 0.21 0.00
131_P 246_V 0.85 0.21 0.00
40_V 308_L 0.85 0.21 0.00
544_V 20_S 0.85 0.21 0.00
299_D 57_F 0.84 0.20 0.00
431_D 430_V 0.84 0.20 0.00
362_Y 21_A 0.84 0.20 0.00
542_L 518_N 0.84 0.20 0.00
337_G 171_Y 0.84 0.20 0.00
221_I 335_I 0.84 0.20 0.00
233_P 226_D 0.84 0.20 0.00
529_K 281_H 0.84 0.20 0.00
504_D 455_P 0.84 0.20 0.00
548_Q 483_L 0.84 0.20 0.00
112_N 229_I 0.84 0.20 0.00
289_Y 379_A 0.84 0.20 0.00
473_E 432_V 0.84 0.20 0.00
89_S 378_M 0.84 0.20 0.00
519_I 153_L 0.83 0.20 0.00
183_I 187_Y 0.83 0.20 0.00
572_E 310_R 0.83 0.20 0.00
532_L 51_M 0.83 0.20 0.00
90_S 443_M 0.83 0.20 0.00
552_V 140_E 0.83 0.20 0.00
572_E 256_A 0.83 0.20 0.00
149_E 230_I 0.83 0.20 0.00
81_L 74_V 0.83 0.20 0.00
363_Y 24_A 0.83 0.20 0.00
153_L 416_V 0.83 0.20 0.00
217_T 131_S 0.83 0.20 0.00
228_E 20_S 0.83 0.20 0.00
164_R 300_E 0.83 0.20 0.00
282_E 175_I 0.83 0.20 0.00
201_V 152_E 0.83 0.20 0.00
505_Y 55_A 0.83 0.20 0.00
480_K 142_L 0.83 0.20 0.00
197_F 250_G 0.83 0.20 0.00
234_E 138_K 0.83 0.20 0.00
476_K 187_Y 0.83 0.20 0.00
516_Y 197_S 0.83 0.19 0.00
170_A 23_T 0.82 0.19 0.00
296_S 147_S 0.82 0.19 0.00
181_I 58_V 0.82 0.19 0.00
253_K 162_G 0.82 0.19 0.00
510_N 437_M 0.82 0.19 0.00
237_A 134_D 0.82 0.19 0.00
544_V 255_T 0.82 0.19 0.00
364_S 26_I 0.82 0.19 0.00
531_Y 2_V 0.82 0.19 0.00
117_I 303_P 0.82 0.19 0.00
414_G 31_N 0.82 0.19 0.00
208_N 112_L 0.81 0.19 0.00
90_S 176_I 0.81 0.19 0.00
590_D 231_R 0.81 0.19 0.00
504_D 511_E 0.81 0.19 0.00
201_V 65_V 0.81 0.19 0.00
247_L 147_S 0.81 0.18 0.00
583_S 241_L 0.81 0.18 0.00
200_E 475_F 0.81 0.18 0.00
198_D 196_E 0.81 0.18 0.00
167_M 57_F 0.81 0.18 0.00
592_I 213_I 0.81 0.18 0.00
510_N 281_H 0.81 0.18 0.00
93_A 353_I 0.81 0.18 0.00
599_E 335_I 0.81 0.18 0.00
117_I 134_D 0.81 0.18 0.00
531_Y 414_K 0.80 0.18 0.00
215_I 338_I 0.80 0.18 0.00
28_Q 346_Y 0.80 0.18 0.00
540_D 436_Y 0.80 0.18 0.00
540_D 193_E 0.80 0.18 0.00
329_F 251_V 0.80 0.18 0.00
345_L 169_Y 0.80 0.18 0.00
600_A 175_I 0.80 0.18 0.00
185_P 152_E 0.80 0.18 0.00
572_E 281_H 0.80 0.18 0.00
566_Y 475_F 0.80 0.18 0.00
540_D 455_P 0.80 0.18 0.00
388_S 336_S 0.80 0.18 0.00
215_I 302_P 0.80 0.18 0.00
499_E 305_V 0.80 0.18 0.00
501_Q 252_T 0.80 0.18 0.00
531_Y 453_T 0.80 0.18 0.00
583_S 335_I 0.80 0.18 0.00
448_V 54_E 0.80 0.18 0.00
492_E 378_M 0.80 0.18 0.00
35_G 389_S 0.80 0.18 0.00
202_D 259_R 0.80 0.18 0.00
219_T 21_A 0.80 0.18 0.00
593_K 303_P 0.79 0.18 0.00
56_I 24_A 0.79 0.18 0.00
152_Q 4_S 0.79 0.18 0.00
589_D 443_M 0.79 0.18 0.00
540_D 159_V 0.79 0.18 0.00
284_V 314_V 0.79 0.18 0.00
531_Y 198_E 0.79 0.18 0.00
104_L 157_R 0.79 0.18 0.00
30_L 237_K 0.79 0.18 0.00
198_D 448_L 0.79 0.18 0.00
498_S 68_K 0.79 0.17 0.00
404_K 341_E 0.79 0.17 0.00
307_L 9_D 0.79 0.17 0.00
17_I 25_C 0.79 0.17 0.00
363_Y 503_V 0.79 0.17 0.00
23_E 90_V 0.79 0.17 0.00
201_V 382_Y 0.79 0.17 0.00
476_K 251_V 0.79 0.17 0.00
39_S 5_R 0.78 0.17 0.00
70_L 53_P 0.78 0.17 0.00
532_L 355_I 0.78 0.17 0.00
196_L 161_V 0.78 0.17 0.00
412_F 41_A 0.78 0.17 0.00
427_L 231_R 0.78 0.17 0.00
299_D 92_V 0.78 0.17 0.00
545_P 486_Y 0.78 0.17 0.00
565_L 336_S 0.78 0.17 0.00
125_I 216_V 0.78 0.17 0.00
296_S 107_L 0.78 0.17 0.00
42_T 222_R 0.78 0.17 0.00
148_I 425_P 0.78 0.17 0.00
414_G 41_A 0.78 0.17 0.00
96_S 195_Y 0.78 0.17 0.00
220_S 136_V 0.78 0.17 0.00
450_I 75_I 0.78 0.17 0.00
318_M 346_Y 0.78 0.17 0.00
474_L 142_L 0.78 0.17 0.00
530_D 459_V 0.78 0.17 0.00
82_Y 223_N 0.78 0.17 0.00
594_L 517_D 0.78 0.17 0.00
236_K 8_V 0.77 0.17 0.00
84_V 313_I 0.77 0.17 0.00
537_Q 18_V 0.77 0.17 0.00
585_Q 31_N 0.77 0.17 0.00
453_G 254_L 0.77 0.17 0.00
532_L 424_E 0.77 0.17 0.00
476_K 267_E 0.77 0.16 0.00
519_I 356_M 0.77 0.16 0.00
513_I 10_Y 0.77 0.16 0.00
79_V 382_Y 0.77 0.16 0.00
507_V 279_V 0.77 0.16 0.00
407_N 92_V 0.77 0.16 0.00
584_V 313_I 0.76 0.16 0.00
543_Y 312_Y 0.76 0.16 0.00
269_H 337_K 0.76 0.16 0.00
171_P 443_M 0.76 0.16 0.00
149_E 115_F 0.76 0.16 0.00
248_A 62_M 0.76 0.16 0.00
566_Y 183_K 0.76 0.16 0.00
382_S 74_V 0.76 0.16 0.00
548_Q 520_P 0.76 0.16 0.00
300_Y 159_V 0.76 0.16 0.00
55_L 287_I 0.76 0.16 0.00
380_N 129_I 0.76 0.16 0.00
514_G 129_I 0.76 0.16 0.00
244_D 522_P 0.76 0.16 0.00
567_K 429_R 0.76 0.16 0.00
135_W 314_V 0.76 0.16 0.00
545_P 254_L 0.76 0.16 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5666 0.87 MFD600RNAP1193 bsubtilis Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
5651 0.87 MFD600RNAP1193 bsubtilis Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.1065 seconds.