May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
2frv
Genes: A B A+B
Length: 261 530 736
Sequences: 812 759 656
Seq/Len: 3.11 1.43 0.89
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.71
2 0.02 0.01 0.73
5 0.04 0.04 0.82
10 0.05 0.04 0.83
20 0.06 0.05 0.83
100 0.08 0.06 0.83
∞ 0.16 0.13 0.84
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
12_A 35_L 2.15 0.97 0.86
49_A 515_L 1.33 0.60 0.26
81_W 95_G 1.31 0.59 0.24
192_E 198_V 1.25 0.53 0.20
232_Q 202_R 1.23 0.51 0.19
234_N 209_A 1.22 0.50 0.18
83_K 34_T 1.21 0.49 0.17
72_G 46_R 1.18 0.47 0.16
17_C 100_H 1.17 0.46 0.15
198_T 92_L 1.16 0.45 0.15
140_I 92_L 1.15 0.44 0.14
132_L 8_I 1.15 0.44 0.14
209_Y 401_T 1.13 0.42 0.13
103_V 480_S 1.13 0.42 0.13
75_M 412_C 1.12 0.42 0.13
230_F 278_G 1.11 0.40 0.12
236_P 104_V 1.10 0.40 0.12
224_N 215_Q 1.09 0.39 0.11
82_G 35_L 1.09 0.39 0.11
236_P 197_Q 1.09 0.39 0.11
49_A 505_I 1.08 0.38 0.11
224_N 519_H 1.08 0.38 0.11
234_N 86_A 1.07 0.38 0.11
13_E 485_G 1.06 0.36 0.10
103_V 192_E 1.05 0.36 0.10
55_E 459_M 1.05 0.36 0.10
161_T 203_A 1.04 0.35 0.09
37_I 76_N 1.04 0.35 0.09
23_R 197_Q 1.04 0.35 0.09
142_I 415_A 1.04 0.35 0.09
106_I 505_I 1.03 0.34 0.09
102_A 54_F 1.03 0.34 0.09
205_A 207_F 1.03 0.34 0.09
104_I 258_V 1.03 0.34 0.09
102_A 111_A 1.02 0.33 0.08
32_L 459_M 1.01 0.32 0.08
148_N 215_Q 1.01 0.32 0.08
17_C 104_V 1.00 0.32 0.08
45_L 360_A 1.00 0.31 0.08
65_F 349_S 1.00 0.31 0.08
236_P 63_T 0.99 0.31 0.08
192_E 206_I 0.99 0.31 0.08
191_F 71_V 0.99 0.31 0.08
72_G 360_A 0.99 0.31 0.07
237_V 488_C 0.99 0.30 0.07
51_H 292_T 0.99 0.30 0.07
21_V 480_S 0.98 0.30 0.07
231_N 205_A 0.98 0.30 0.07
45_L 163_I 0.98 0.30 0.07
66_V 361_F 0.98 0.30 0.07
123_T 42_I 0.97 0.29 0.07
17_C 197_Q 0.97 0.29 0.07
178_G 367_A 0.97 0.29 0.07
21_V 463_W 0.97 0.29 0.07
142_I 410_I 0.97 0.29 0.07
177_F 407_A 0.97 0.29 0.07
191_F 418_E 0.97 0.29 0.07
42_H 529_V 0.97 0.29 0.07
10_H 36_F 0.96 0.29 0.07
124_G 95_G 0.96 0.28 0.07
20_S 58_A 0.96 0.28 0.07
211_L 83_P 0.95 0.28 0.06
156_V 529_V 0.95 0.28 0.06
35_D 415_A 0.95 0.28 0.06
72_G 33_S 0.95 0.28 0.06
29_V 323_E 0.95 0.28 0.06
141_N 422_W 0.94 0.27 0.06
115_V 414_T 0.94 0.27 0.06
226_P 36_F 0.94 0.27 0.06
32_L 480_S 0.93 0.26 0.06
77_D 363_V 0.93 0.26 0.06
249_P 529_V 0.93 0.26 0.06
151_N 215_Q 0.92 0.26 0.06
122_P 42_I 0.92 0.25 0.05
19_E 211_N 0.92 0.25 0.05
115_V 39_L 0.92 0.25 0.05
98_P 2_K 0.91 0.25 0.05
234_N 201_A 0.91 0.25 0.05
247_S 277_C 0.91 0.25 0.05
132_L 185_I 0.91 0.25 0.05
72_G 256_L 0.91 0.25 0.05
32_L 222_C 0.91 0.25 0.05
156_V 79_G 0.91 0.25 0.05
230_F 368_S 0.90 0.25 0.05
205_A 453_V 0.90 0.25 0.05
70_E 486_P 0.90 0.25 0.05
103_V 245_E 0.90 0.24 0.05
249_P 422_W 0.90 0.24 0.05
27_P 366_L 0.90 0.24 0.05
139_A 357_K 0.89 0.24 0.05
181_V 494_S 0.89 0.24 0.05
79_G 262_Y 0.89 0.24 0.05
190_H 5_V 0.89 0.23 0.05
55_E 299_G 0.89 0.23 0.05
48_G 464_I 0.89 0.23 0.05
240_G 335_T 0.88 0.23 0.05
153_V 356_Y 0.88 0.23 0.05
223_N 362_E 0.88 0.23 0.05
58_H 467_R 0.88 0.23 0.05
49_A 519_H 0.88 0.23 0.04
143_A 207_F 0.88 0.23 0.04
160_L 504_P 0.87 0.22 0.04
12_A 529_V 0.87 0.22 0.04
190_H 30_W 0.87 0.22 0.04
31_E 25_K 0.86 0.22 0.04
126_V 55_T 0.86 0.22 0.04
141_N 15_L 0.86 0.22 0.04
127_G 20_E 0.86 0.22 0.04
46_M 518_V 0.86 0.22 0.04
102_A 428_A 0.86 0.22 0.04
18_S 495_A 0.86 0.22 0.04
230_F 215_Q 0.86 0.22 0.04
47_A 115_V 0.85 0.21 0.04
257_P 505_I 0.85 0.21 0.04
231_N 500_L 0.85 0.21 0.04
176_F 207_F 0.85 0.21 0.04
97_A 309_N 0.85 0.21 0.04
30_D 485_G 0.85 0.21 0.04
232_Q 274_F 0.85 0.21 0.04
156_V 250_V 0.85 0.21 0.04
76_G 480_S 0.85 0.21 0.04
73_I 415_A 0.85 0.21 0.04
17_C 61_V 0.85 0.21 0.04
183_D 4_V 0.85 0.21 0.04
20_S 242_E 0.84 0.21 0.04
225_C 352_K 0.84 0.21 0.04
244_I 53_H 0.84 0.21 0.04
171_G 507_D 0.84 0.20 0.04
230_F 58_A 0.84 0.20 0.04
108_T 208_G 0.84 0.20 0.04
220_D 95_G 0.84 0.20 0.04
194_G 518_V 0.84 0.20 0.04
217_K 273_N 0.83 0.20 0.04
236_P 215_Q 0.83 0.20 0.04
83_K 463_W 0.83 0.20 0.04
167_L 231_E 0.83 0.20 0.04
206_K 357_K 0.83 0.20 0.04
37_I 332_K 0.83 0.20 0.04
225_C 210_K 0.83 0.20 0.04
224_N 86_A 0.83 0.20 0.04
236_P 210_K 0.83 0.20 0.04
204_E 494_S 0.83 0.20 0.04
35_D 209_A 0.82 0.20 0.04
163_G 46_R 0.82 0.20 0.04
19_E 272_S 0.82 0.20 0.04
48_G 166_N 0.82 0.19 0.04
253_D 46_R 0.82 0.19 0.04
15_T 56_Q 0.82 0.19 0.03
128_V 25_K 0.81 0.19 0.03
104_I 23_G 0.81 0.19 0.03
118_A 54_F 0.81 0.19 0.03
231_N 355_R 0.81 0.19 0.03
141_N 529_V 0.81 0.19 0.03
60_A 421_V 0.81 0.19 0.03
106_I 217_T 0.81 0.19 0.03
162_K 233_I 0.81 0.19 0.03
150_M 231_E 0.81 0.19 0.03
241_H 101_D 0.81 0.19 0.03
82_G 104_V 0.81 0.19 0.03
7_V 369_V 0.81 0.19 0.03
42_H 251_Y 0.80 0.18 0.03
9_L 489_A 0.80 0.18 0.03
139_A 58_A 0.80 0.18 0.03
93_C 454_N 0.80 0.18 0.03
124_G 67_A 0.80 0.18 0.03
22_L 463_W 0.80 0.18 0.03
10_H 19_V 0.80 0.18 0.03
76_G 294_Q 0.80 0.18 0.03
56_A 100_H 0.80 0.18 0.03
148_N 441_W 0.80 0.18 0.03
24_T 333_G 0.80 0.18 0.03
184_N 495_A 0.80 0.18 0.03
112_Y 525_I 0.79 0.18 0.03
85_G 182_V 0.79 0.18 0.03
29_V 274_F 0.79 0.18 0.03
72_G 242_E 0.79 0.18 0.03
236_P 513_E 0.79 0.18 0.03
72_G 371_V 0.79 0.18 0.03
7_V 421_V 0.79 0.18 0.03
21_V 425_K 0.79 0.18 0.03
206_K 452_F 0.79 0.18 0.03
82_G 14_H 0.79 0.18 0.03
32_L 260_G 0.79 0.18 0.03
23_R 246_F 0.79 0.18 0.03
41_Y 54_F 0.79 0.17 0.03
98_P 470_K 0.78 0.17 0.03
39_M 85_N 0.78 0.17 0.03
74_P 116_N 0.78 0.17 0.03
91_D 234_A 0.78 0.17 0.03
139_A 476_L 0.78 0.17 0.03
227_K 236_F 0.78 0.17 0.03
206_K 8_I 0.78 0.17 0.03
156_V 488_C 0.78 0.17 0.03
165_P 189_H 0.78 0.17 0.03
94_A 8_I 0.78 0.17 0.03
22_L 234_A 0.78 0.17 0.03
118_A 50_D 0.78 0.17 0.03
98_P 46_R 0.78 0.17 0.03
180_T 484_L 0.78 0.17 0.03
139_A 424_D 0.78 0.17 0.03
177_F 233_I 0.77 0.17 0.03
32_L 96_A 0.77 0.17 0.03
206_K 393_V 0.77 0.17 0.03
230_F 344_G 0.77 0.17 0.03
170_Q 294_Q 0.77 0.17 0.03
11_N 368_S 0.77 0.17 0.03
89_M 503_T 0.77 0.17 0.03
90_Y 406_A 0.77 0.17 0.03
236_P 178_L 0.77 0.17 0.03
72_G 508_P 0.77 0.17 0.03
43_E 12_E 0.77 0.17 0.03
30_D 194_L 0.77 0.17 0.03
105_A 313_I 0.77 0.17 0.03
177_F 309_N 0.77 0.17 0.03
28_Y 236_F 0.77 0.17 0.03
127_G 93_T 0.77 0.17 0.03
32_L 311_D 0.77 0.17 0.03
114_G 215_Q 0.77 0.17 0.03
149_P 394_G 0.77 0.17 0.03
90_Y 349_S 0.77 0.17 0.03
52_A 166_N 0.77 0.17 0.03
100_A 350_W 0.77 0.17 0.03
102_A 477_V 0.77 0.17 0.03
251_F 514_I 0.76 0.16 0.03
239_A 356_Y 0.76 0.16 0.03
182_H 497_E 0.76 0.16 0.03
167_L 252_I 0.76 0.16 0.03
186_P 363_V 0.76 0.16 0.03
151_N 411_Q 0.76 0.16 0.03
73_I 228_L 0.76 0.16 0.03
236_P 100_H 0.76 0.16 0.03
140_I 22_E 0.76 0.16 0.03
126_V 237_R 0.76 0.16 0.03
60_A 322_Y 0.76 0.16 0.03
197_A 487_R 0.76 0.16 0.03
193_A 3_I 0.76 0.16 0.03
9_L 54_F 0.76 0.16 0.03
197_A 72_R 0.76 0.16 0.03
28_Y 207_F 0.76 0.16 0.03
40_D 114_W 0.75 0.16 0.03
127_G 453_V 0.75 0.16 0.03
207_K 485_G 0.75 0.16 0.03
13_E 512_V 0.75 0.16 0.02
231_N 313_I 0.75 0.16 0.02
103_V 260_G 0.75 0.16 0.02
167_L 483_N 0.75 0.16 0.02
125_T 76_N 0.75 0.16 0.02
104_I 92_L 0.75 0.16 0.02
112_Y 261_F 0.75 0.16 0.02
65_F 362_E 0.75 0.16 0.02
60_A 92_L 0.75 0.16 0.02
128_V 112_L 0.75 0.16 0.02
96_V 187_T 0.75 0.16 0.02
229_L 331_Y 0.75 0.16 0.02
155_T 202_R 0.75 0.16 0.02
8_Y 486_P 0.75 0.16 0.02
142_I 394_G 0.75 0.16 0.02
70_E 503_T 0.75 0.16 0.02
67_C 499_A 0.75 0.16 0.02
75_M 84_E 0.75 0.16 0.02
103_V 452_F 0.75 0.16 0.02
39_M 319_Y 0.75 0.16 0.02
28_Y 334_V 0.75 0.16 0.02
162_K 78_V 0.75 0.16 0.02
73_I 363_V 0.75 0.16 0.02
188_L 479_P 0.74 0.15 0.02
171_G 80_V 0.74 0.15 0.02
169_K 299_G 0.74 0.15 0.02
21_V 255_L 0.74 0.15 0.02
240_G 216_F 0.74 0.15 0.02
231_N 411_Q 0.74 0.15 0.02
248_E 107_Y 0.74 0.15 0.02
26_D 238_K 0.74 0.15 0.02
148_N 36_F 0.74 0.15 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0633 seconds.