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OPENSEQ.org
getMe
Genes: A B A+B
Length: 722 265 953
Sequences: 1588 4948 72
Seq/Len: 2.2 18.67 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.04 0.00
2 0.02 0.05 0.00
5 0.02 0.05 0.01
10 0.02 0.05 0.02
20 0.02 0.06 0.07
100 0.02 0.08 0.29
∞ 0.04 0.21 1.04
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
314_A 104_I 1.72 0.25 0.00
373_Y 120_Y 1.56 0.19 0.00
113_A 104_I 1.47 0.17 0.00
566_F 104_I 1.46 0.17 0.00
328_I 16_V 1.42 0.15 0.00
328_I 108_K 1.39 0.15 0.00
604_L 228_K 1.39 0.15 0.00
258_K 108_K 1.37 0.14 0.00
686_I 7_V 1.34 0.14 0.00
395_V 82_L 1.33 0.14 0.00
152_I 162_A 1.32 0.13 0.00
426_I 74_K 1.32 0.13 0.00
467_Y 131_I 1.30 0.13 0.00
426_I 33_F 1.29 0.13 0.00
665_D 179_G 1.28 0.12 0.00
140_L 231_E 1.28 0.12 0.00
663_F 82_L 1.27 0.12 0.00
68_K 20_N 1.24 0.12 0.00
668_M 24_I 1.24 0.12 0.00
242_P 105_D 1.23 0.12 0.00
398_A 94_Y 1.23 0.11 0.00
678_K 200_G 1.23 0.11 0.00
576_Y 161_L 1.23 0.11 0.00
662_V 215_V 1.23 0.11 0.00
248_I 211_F 1.23 0.11 0.00
467_Y 25_S 1.22 0.11 0.00
321_I 25_S 1.22 0.11 0.00
409_Y 236_I 1.22 0.11 0.00
537_N 189_P 1.19 0.11 0.00
370_R 38_R 1.19 0.11 0.00
316_V 252_K 1.18 0.10 0.00
397_E 163_K 1.18 0.10 0.00
275_I 254_Q 1.18 0.10 0.00
590_R 228_K 1.18 0.10 0.00
483_F 105_D 1.17 0.10 0.00
461_S 190_F 1.17 0.10 0.00
237_I 237_E 1.17 0.10 0.00
318_F 114_D 1.17 0.10 0.00
558_A 139_A 1.16 0.10 0.00
598_V 16_V 1.16 0.10 0.00
466_L 200_G 1.16 0.10 0.00
275_I 253_G 1.16 0.10 0.00
163_F 131_I 1.15 0.10 0.00
686_I 218_K 1.15 0.10 0.00
152_I 28_E 1.13 0.10 0.00
448_I 228_K 1.13 0.10 0.00
71_I 29_V 1.13 0.10 0.00
467_Y 209_T 1.12 0.10 0.00
140_L 123_P 1.12 0.10 0.00
613_G 162_A 1.12 0.10 0.00
501_Y 139_A 1.12 0.09 0.00
576_Y 75_D 1.12 0.09 0.00
217_V 96_E 1.12 0.09 0.00
19_A 200_G 1.11 0.09 0.00
72_A 161_L 1.11 0.09 0.00
8_F 54_I 1.11 0.09 0.00
248_I 97_K 1.11 0.09 0.00
595_F 192_D 1.11 0.09 0.00
571_S 113_Y 1.10 0.09 0.00
636_I 20_N 1.10 0.09 0.00
476_Y 88_A 1.10 0.09 0.00
595_F 229_F 1.10 0.09 0.00
318_F 99_L 1.10 0.09 0.00
397_E 161_L 1.10 0.09 0.00
647_E 178_L 1.09 0.09 0.00
426_I 229_F 1.09 0.09 0.00
241_K 231_E 1.09 0.09 0.00
417_L 125_R 1.09 0.09 0.00
233_L 198_K 1.09 0.09 0.00
292_A 213_Y 1.09 0.09 0.00
426_I 127_Q 1.09 0.09 0.00
271_A 104_I 1.09 0.09 0.00
533_A 162_A 1.08 0.09 0.00
392_I 230_D 1.08 0.09 0.00
186_R 109_V 1.08 0.09 0.00
537_N 109_V 1.08 0.09 0.00
712_N 141_D 1.08 0.09 0.00
708_G 20_N 1.08 0.09 0.00
508_I 53_L 1.07 0.09 0.00
421_L 212_G 1.07 0.09 0.00
83_D 238_N 1.07 0.09 0.00
421_L 97_K 1.06 0.09 0.00
538_D 201_T 1.06 0.09 0.00
246_K 245_F 1.06 0.09 0.00
549_I 94_Y 1.06 0.09 0.00
361_L 187_V 1.05 0.09 0.00
467_Y 21_G 1.05 0.08 0.00
467_Y 163_K 1.05 0.08 0.00
684_I 207_V 1.05 0.08 0.00
467_Y 156_A 1.05 0.08 0.00
451_V 120_Y 1.05 0.08 0.00
317_V 120_Y 1.04 0.08 0.00
96_G 190_F 1.04 0.08 0.00
700_A 72_L 1.04 0.08 0.00
562_G 139_A 1.04 0.08 0.00
411_S 122_K 1.04 0.08 0.00
427_F 179_G 1.04 0.08 0.00
386_D 207_V 1.04 0.08 0.00
212_Y 197_L 1.04 0.08 0.00
250_I 70_Q 1.04 0.08 0.00
719_G 206_P 1.04 0.08 0.00
381_E 25_S 1.03 0.08 0.00
492_A 206_P 1.03 0.08 0.00
638_G 40_Q 1.03 0.08 0.00
267_L 168_D 1.03 0.08 0.00
670_G 8_V 1.03 0.08 0.00
629_K 139_A 1.03 0.08 0.00
107_A 20_N 1.03 0.08 0.00
304_D 175_G 1.02 0.08 0.00
680_M 41_D 1.02 0.08 0.00
100_D 106_A 1.02 0.08 0.00
111_I 89_I 1.02 0.08 0.00
668_M 160_E 1.02 0.08 0.00
686_I 232_V 1.02 0.08 0.00
349_Y 95_Q 1.01 0.08 0.00
17_T 74_K 1.01 0.08 0.00
482_G 200_G 1.01 0.08 0.00
6_I 190_F 1.01 0.08 0.00
43_L 206_P 1.00 0.08 0.00
433_S 76_P 1.00 0.08 0.00
318_F 58_I 1.00 0.08 0.00
203_I 24_I 1.00 0.08 0.00
3_I 22_K 1.00 0.08 0.00
296_Y 143_I 1.00 0.08 0.00
667_G 76_P 1.00 0.08 0.00
237_I 201_T 1.00 0.08 0.00
186_R 50_K 1.00 0.08 0.00
642_F 224_K 1.00 0.08 0.00
3_I 220_N 1.00 0.08 0.00
123_T 55_Q 1.00 0.08 0.00
450_L 130_H 1.00 0.08 0.00
275_I 58_I 1.00 0.08 0.00
466_L 73_E 0.99 0.08 0.00
144_V 123_P 0.99 0.08 0.00
717_N 74_K 0.99 0.08 0.00
17_T 77_L 0.99 0.08 0.00
196_L 82_L 0.99 0.08 0.00
5_D 24_I 0.99 0.08 0.00
14_L 72_L 0.99 0.08 0.00
667_G 110_K 0.99 0.07 0.00
368_L 112_F 0.99 0.07 0.00
17_T 216_I 0.99 0.07 0.00
414_G 158_F 0.98 0.07 0.00
487_I 101_T 0.98 0.07 0.00
92_G 200_G 0.98 0.07 0.00
467_Y 65_Q 0.98 0.07 0.00
329_R 72_L 0.98 0.07 0.00
235_Y 62_L 0.98 0.07 0.00
368_L 161_L 0.98 0.07 0.00
102_G 93_V 0.98 0.07 0.00
266_D 222_Q 0.98 0.07 0.00
403_I 109_V 0.97 0.07 0.00
444_L 56_Q 0.97 0.07 0.00
131_T 161_L 0.97 0.07 0.00
682_T 24_I 0.97 0.07 0.00
437_V 206_P 0.97 0.07 0.00
566_F 177_E 0.97 0.07 0.00
604_L 109_V 0.96 0.07 0.00
299_V 194_A 0.96 0.07 0.00
420_S 19_V 0.96 0.07 0.00
703_L 120_Y 0.96 0.07 0.00
318_F 53_L 0.96 0.07 0.00
418_N 49_Q 0.96 0.07 0.00
684_I 123_P 0.96 0.07 0.00
340_V 158_F 0.96 0.07 0.00
215_V 88_A 0.96 0.07 0.00
576_Y 163_K 0.96 0.07 0.00
325_K 209_T 0.95 0.07 0.00
242_P 29_V 0.95 0.07 0.00
636_I 62_L 0.95 0.07 0.00
461_S 132_L 0.95 0.07 0.00
45_K 52_A 0.95 0.07 0.00
3_I 7_V 0.95 0.07 0.00
467_Y 251_Q 0.94 0.07 0.00
258_K 236_I 0.94 0.07 0.00
372_S 119_K 0.94 0.07 0.00
154_N 196_A 0.94 0.07 0.00
595_F 198_K 0.94 0.07 0.00
536_F 204_T 0.94 0.07 0.00
152_I 181_F 0.94 0.07 0.00
587_L 182_D 0.94 0.07 0.00
328_I 37_L 0.94 0.07 0.00
429_S 125_R 0.94 0.07 0.00
446_G 133_V 0.94 0.07 0.00
343_V 124_A 0.94 0.07 0.00
113_A 240_L 0.94 0.07 0.00
367_A 179_G 0.93 0.07 0.00
233_L 173_N 0.93 0.07 0.00
49_F 139_A 0.93 0.07 0.00
454_R 215_V 0.93 0.07 0.00
117_A 12_N 0.93 0.07 0.00
274_T 128_A 0.93 0.07 0.00
229_Y 58_I 0.93 0.07 0.00
209_K 4_I 0.93 0.07 0.00
126_E 23_S 0.93 0.07 0.00
372_S 207_V 0.93 0.07 0.00
538_D 244_E 0.93 0.07 0.00
314_A 110_K 0.93 0.07 0.00
111_I 200_G 0.93 0.07 0.00
527_K 60_Q 0.92 0.07 0.00
195_E 128_A 0.92 0.07 0.00
188_D 74_K 0.92 0.07 0.00
411_S 57_Y 0.92 0.07 0.00
719_G 17_A 0.92 0.07 0.00
100_D 198_K 0.92 0.07 0.00
109_E 77_L 0.92 0.07 0.00
9_I 68_K 0.92 0.07 0.00
448_I 174_Q 0.92 0.07 0.00
328_I 212_G 0.92 0.07 0.00
126_E 156_A 0.92 0.07 0.00
662_V 109_V 0.92 0.07 0.00
344_I 236_I 0.92 0.07 0.00
589_Y 241_K 0.92 0.07 0.00
33_P 12_N 0.92 0.07 0.00
605_P 20_N 0.92 0.07 0.00
333_I 15_T 0.92 0.07 0.00
108_I 208_K 0.91 0.07 0.00
700_A 62_L 0.91 0.07 0.00
161_K 165_K 0.91 0.07 0.00
434_S 24_I 0.91 0.07 0.00
365_K 106_A 0.91 0.07 0.00
19_A 247_K 0.91 0.07 0.00
699_F 211_F 0.91 0.07 0.00
370_R 85_A 0.91 0.07 0.00
364_S 22_K 0.91 0.07 0.00
15_S 207_V 0.91 0.07 0.00
204_A 218_K 0.91 0.07 0.00
410_G 39_G 0.91 0.07 0.00
452_N 167_I 0.91 0.07 0.00
317_V 156_A 0.90 0.07 0.00
476_Y 122_K 0.90 0.07 0.00
338_R 19_V 0.90 0.07 0.00
485_I 215_V 0.90 0.07 0.00
423_D 126_V 0.90 0.07 0.00
499_L 25_S 0.90 0.07 0.00
671_R 79_T 0.90 0.07 0.00
573_F 102_I 0.90 0.07 0.00
333_I 108_K 0.90 0.07 0.00
653_I 109_V 0.90 0.07 0.00
483_F 7_V 0.90 0.06 0.00
228_T 55_Q 0.90 0.06 0.00
668_M 128_A 0.90 0.06 0.00
223_K 20_N 0.90 0.06 0.00
605_P 176_G 0.90 0.06 0.00
91_L 246_K 0.90 0.06 0.00
668_M 161_L 0.90 0.06 0.00
11_L 180_W 0.90 0.06 0.00
86_Q 236_I 0.90 0.06 0.00
642_F 48_N 0.90 0.06 0.00
577_Q 52_A 0.90 0.06 0.00
661_S 244_E 0.90 0.06 0.00
154_N 230_D 0.89 0.06 0.00
703_L 107_A 0.89 0.06 0.00
245_I 245_F 0.89 0.06 0.00
237_I 85_A 0.89 0.06 0.00
427_F 106_A 0.89 0.06 0.00
152_I 79_T 0.89 0.06 0.00
422_S 124_A 0.89 0.06 0.00
465_T 191_T 0.89 0.06 0.00
667_G 218_K 0.89 0.06 0.00
99_L 120_Y 0.89 0.06 0.00
545_P 24_I 0.89 0.06 0.00
373_Y 207_V 0.89 0.06 0.00
235_Y 39_G 0.89 0.06 0.00
480_N 58_I 0.89 0.06 0.00
191_L 166_S 0.89 0.06 0.00
203_I 88_A 0.89 0.06 0.00
316_V 17_A 0.89 0.06 0.00
291_S 176_G 0.89 0.06 0.00
71_I 173_N 0.89 0.06 0.00
330_N 16_V 0.89 0.06 0.00
6_I 163_K 0.89 0.06 0.00
421_L 67_A 0.89 0.06 0.00
45_K 54_I 0.89 0.06 0.00
125_V 120_Y 0.89 0.06 0.00
643_A 233_K 0.88 0.06 0.00
540_D 76_P 0.88 0.06 0.00
588_I 67_A 0.88 0.06 0.00
223_K 28_E 0.88 0.06 0.00
678_K 182_D 0.88 0.06 0.00
636_I 78_Y 0.88 0.06 0.00
689_I 251_Q 0.88 0.06 0.00
250_I 51_K 0.88 0.06 0.00
682_T 159_S 0.88 0.06 0.00
630_N 138_E 0.88 0.06 0.00
20_I 194_A 0.88 0.06 0.00
500_T 223_A 0.88 0.06 0.00
716_F 72_L 0.88 0.06 0.00
225_Y 33_F 0.88 0.06 0.00
107_A 126_V 0.88 0.06 0.00
74_V 111_A 0.88 0.06 0.00
125_V 146_L 0.88 0.06 0.00
126_E 163_K 0.88 0.06 0.00
236_F 58_I 0.88 0.06 0.00
571_S 199_N 0.88 0.06 0.00
703_L 218_K 0.88 0.06 0.00
104_I 131_I 0.88 0.06 0.00
682_T 133_V 0.87 0.06 0.00
643_A 105_D 0.87 0.06 0.00
360_D 214_H 0.87 0.06 0.00
249_S 228_K 0.87 0.06 0.00
466_L 113_Y 0.87 0.06 0.00
41_L 204_T 0.87 0.06 0.00
125_V 25_S 0.87 0.06 0.00
449_S 236_I 0.87 0.06 0.00
666_Y 7_V 0.87 0.06 0.00
235_Y 19_V 0.87 0.06 0.00
361_L 193_A 0.87 0.06 0.00
333_I 168_D 0.87 0.06 0.00
333_I 121_V 0.87 0.06 0.00
402_A 229_F 0.87 0.06 0.00
447_R 34_A 0.87 0.06 0.00
372_S 144_N 0.87 0.06 0.00
126_E 120_Y 0.87 0.06 0.00
618_I 233_K 0.87 0.06 0.00
100_D 242_F 0.86 0.06 0.00
152_I 97_K 0.86 0.06 0.00
376_D 161_L 0.86 0.06 0.00
148_E 122_K 0.86 0.06 0.00
662_V 18_T 0.86 0.06 0.00
641_A 20_N 0.86 0.06 0.00
373_Y 138_E 0.86 0.06 0.00
320_V 79_T 0.86 0.06 0.00
483_F 76_P 0.86 0.06 0.00
84_R 49_Q 0.86 0.06 0.00
344_I 137_K 0.86 0.06 0.00
19_A 184_S 0.86 0.06 0.00
274_T 87_D 0.86 0.06 0.00
695_L 120_Y 0.86 0.06 0.00
47_N 106_A 0.86 0.06 0.00
140_L 37_L 0.86 0.06 0.00
553_T 125_R 0.86 0.06 0.00
394_D 96_E 0.86 0.06 0.00
530_I 133_V 0.86 0.06 0.00
711_T 161_L 0.86 0.06 0.00
404_S 42_F 0.86 0.06 0.00
115_Y 178_L 0.86 0.06 0.00
165_Y 161_L 0.86 0.06 0.00
155_V 235_G 0.86 0.06 0.00
81_S 63_I 0.85 0.06 0.00
645_S 65_Q 0.85 0.06 0.00
454_R 197_L 0.85 0.06 0.00
287_I 200_G 0.85 0.06 0.00
320_V 255_D 0.85 0.06 0.00
719_G 138_E 0.85 0.06 0.00
421_L 88_A 0.85 0.06 0.00
25_L 168_D 0.85 0.06 0.00
201_S 24_I 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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