May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
HCP_VipB
Genes: A B A+B
Length: 172 492 653
Sequences: 490 556 106
Seq/Len: 2.85 1.13 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.05 0.07 0.05
2 0.06 0.08 0.09
5 0.07 0.08 0.16
10 0.08 0.09 0.19
20 0.16 0.10 0.22
100 0.18 0.11 0.23
∞ 0.21 0.16 0.30
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
68_F 46_F 1.67 0.36 0.00
43_Q 190_I 1.58 0.31 0.00
121_V 133_E 1.56 0.31 0.00
160_T 333_D 1.54 0.29 0.00
155_H 333_D 1.51 0.28 0.00
94_V 157_G 1.44 0.25 0.00
99_Y 460_N 1.43 0.24 0.00
118_A 445_R 1.42 0.24 0.00
70_F 322_Q 1.40 0.23 0.00
67_P 148_Y 1.32 0.20 0.00
8_S 432_A 1.32 0.20 0.00
9_I 35_G 1.31 0.20 0.00
78_V 130_F 1.29 0.19 0.00
9_I 261_Y 1.28 0.19 0.00
168_K 65_V 1.27 0.18 0.00
160_T 434_Q 1.26 0.18 0.00
50_V 148_Y 1.25 0.18 0.00
101_T 333_D 1.23 0.17 0.00
133_P 86_N 1.23 0.17 0.00
9_I 81_D 1.23 0.17 0.00
120_I 101_L 1.21 0.17 0.00
127_M 269_H 1.21 0.17 0.00
120_I 112_N 1.20 0.16 0.00
163_S 98_G 1.19 0.16 0.00
77_A 72_L 1.18 0.16 0.00
165_D 396_N 1.17 0.15 0.00
94_V 83_I 1.16 0.15 0.00
152_T 64_L 1.16 0.15 0.00
111_F 193_V 1.14 0.14 0.00
132_D 160_I 1.14 0.14 0.00
120_I 404_V 1.12 0.14 0.00
2_P 72_L 1.12 0.14 0.00
111_F 482_E 1.11 0.14 0.00
118_A 284_R 1.11 0.14 0.00
75_N 332_T 1.10 0.13 0.00
72_V 130_F 1.09 0.13 0.00
33_E 98_G 1.09 0.13 0.00
77_A 158_A 1.08 0.13 0.00
72_V 227_L 1.08 0.13 0.00
154_D 332_T 1.07 0.13 0.00
135_K 209_I 1.07 0.13 0.00
2_P 221_Y 1.07 0.13 0.00
80_L 39_A 1.07 0.13 0.00
28_G 379_A 1.06 0.12 0.00
75_N 130_F 1.06 0.12 0.00
121_V 302_Q 1.06 0.12 0.00
161_S 133_E 1.05 0.12 0.00
41_V 283_T 1.05 0.12 0.00
50_V 120_T 1.05 0.12 0.00
78_V 312_V 1.04 0.12 0.00
161_S 278_A 1.04 0.12 0.00
127_M 402_V 1.04 0.12 0.00
70_F 235_Y 1.04 0.12 0.00
143_T 134_T 1.04 0.12 0.00
144_V 470_V 1.03 0.12 0.00
117_N 170_P 1.03 0.12 0.00
110_F 465_Q 1.03 0.12 0.00
155_H 112_N 1.03 0.12 0.00
34_G 410_I 1.03 0.12 0.00
70_F 315_F 1.02 0.11 0.00
144_V 331_I 1.01 0.11 0.00
76_K 217_E 1.01 0.11 0.00
39_M 201_D 1.01 0.11 0.00
2_P 65_V 1.01 0.11 0.00
67_P 214_S 1.01 0.11 0.00
68_F 86_N 1.01 0.11 0.00
144_V 447_L 1.01 0.11 0.00
120_I 23_I 1.01 0.11 0.00
47_V 308_E 1.00 0.11 0.00
26_S 434_Q 1.00 0.11 0.00
25_D 25_A 1.00 0.11 0.00
83_N 179_G 1.00 0.11 0.00
71_T 261_Y 1.00 0.11 0.00
47_V 84_L 0.99 0.11 0.00
70_F 332_T 0.99 0.11 0.00
118_A 285_L 0.99 0.11 0.00
144_V 16_Q 0.99 0.11 0.00
80_L 333_D 0.98 0.11 0.00
96_L 52_G 0.98 0.10 0.00
35_H 69_L 0.98 0.10 0.00
131_Q 435_E 0.98 0.10 0.00
72_V 332_T 0.97 0.10 0.00
124_H 233_A 0.97 0.10 0.00
9_I 315_F 0.97 0.10 0.00
82_Y 269_H 0.97 0.10 0.00
75_N 227_L 0.97 0.10 0.00
95_E 43_V 0.97 0.10 0.00
53_D 148_Y 0.97 0.10 0.00
121_V 210_K 0.96 0.10 0.00
71_T 81_D 0.96 0.10 0.00
29_D 277_T 0.96 0.10 0.00
54_P 384_K 0.96 0.10 0.00
47_V 86_N 0.96 0.10 0.00
128_P 217_E 0.96 0.10 0.00
28_G 102_F 0.96 0.10 0.00
10_E 28_R 0.96 0.10 0.00
163_S 440_D 0.96 0.10 0.00
159_G 433_D 0.95 0.10 0.00
55_Q 433_D 0.95 0.10 0.00
2_P 233_A 0.95 0.10 0.00
71_T 418_D 0.95 0.10 0.00
140_Q 227_L 0.95 0.10 0.00
68_F 195_P 0.95 0.10 0.00
10_E 161_G 0.95 0.10 0.00
35_H 432_A 0.94 0.10 0.00
88_G 410_I 0.94 0.10 0.00
127_M 235_Y 0.94 0.10 0.00
107_Q 396_N 0.94 0.10 0.00
78_V 89_F 0.94 0.10 0.00
27_I 27_T 0.94 0.10 0.00
96_L 202_S 0.94 0.10 0.00
120_I 178_M 0.94 0.10 0.00
165_D 333_D 0.93 0.10 0.00
58_Q 303_S 0.93 0.10 0.00
78_V 482_E 0.93 0.10 0.00
58_Q 333_D 0.93 0.10 0.00
10_E 315_F 0.93 0.10 0.00
68_F 425_S 0.93 0.10 0.00
56_S 47_I 0.93 0.09 0.00
110_F 164_A 0.92 0.09 0.00
80_L 412_A 0.92 0.09 0.00
53_D 244_L 0.92 0.09 0.00
159_G 432_A 0.92 0.09 0.00
26_S 333_D 0.92 0.09 0.00
39_M 160_I 0.92 0.09 0.00
110_F 256_V 0.92 0.09 0.00
69_K 154_E 0.92 0.09 0.00
109_N 200_I 0.91 0.09 0.00
90_K 313_H 0.91 0.09 0.00
88_G 331_I 0.91 0.09 0.00
153_W 148_Y 0.91 0.09 0.00
11_G 487_G 0.91 0.09 0.00
59_P 415_E 0.91 0.09 0.00
95_E 236_L 0.91 0.09 0.00
111_F 373_T 0.91 0.09 0.00
1_M 129_E 0.91 0.09 0.00
94_V 110_E 0.91 0.09 0.00
115_L 189_F 0.91 0.09 0.00
32_V 312_V 0.91 0.09 0.00
133_P 309_D 0.91 0.09 0.00
36_E 203_F 0.91 0.09 0.00
17_I 355_N 0.91 0.09 0.00
10_E 72_L 0.90 0.09 0.00
10_E 457_V 0.90 0.09 0.00
101_T 439_A 0.90 0.09 0.00
160_T 303_S 0.90 0.09 0.00
158_A 432_A 0.90 0.09 0.00
108_E 372_N 0.90 0.09 0.00
144_V 264_N 0.90 0.09 0.00
12_Q 214_S 0.90 0.09 0.00
52_T 381_T 0.89 0.09 0.00
155_H 412_A 0.89 0.09 0.00
125_C 221_Y 0.89 0.09 0.00
6_Y 46_F 0.89 0.09 0.00
160_T 296_P 0.89 0.09 0.00
52_T 191_S 0.89 0.09 0.00
134_A 223_K 0.89 0.09 0.00
86_S 193_V 0.89 0.09 0.00
111_F 331_I 0.89 0.09 0.00
115_L 175_L 0.88 0.09 0.00
84_A 248_P 0.88 0.09 0.00
74_L 100_K 0.88 0.09 0.00
86_S 157_G 0.88 0.09 0.00
169_P 179_G 0.88 0.09 0.00
161_S 439_A 0.88 0.09 0.00
18_T 236_L 0.88 0.09 0.00
98_W 269_H 0.88 0.09 0.00
156_V 384_K 0.88 0.08 0.00
98_W 328_E 0.88 0.08 0.00
157_N 333_D 0.87 0.08 0.00
43_Q 33_E 0.87 0.08 0.00
84_A 327_T 0.87 0.08 0.00
159_G 386_G 0.87 0.08 0.00
108_E 199_G 0.87 0.08 0.00
8_S 38_I 0.87 0.08 0.00
33_E 335_K 0.87 0.08 0.00
14_Q 487_G 0.87 0.08 0.00
73_A 130_F 0.87 0.08 0.00
96_L 309_D 0.87 0.08 0.00
100_R 217_E 0.87 0.08 0.00
81_L 114_V 0.87 0.08 0.00
75_N 241_P 0.86 0.08 0.00
158_A 409_Q 0.86 0.08 0.00
95_E 302_Q 0.86 0.08 0.00
77_A 114_V 0.86 0.08 0.00
34_G 75_K 0.86 0.08 0.00
18_T 409_Q 0.86 0.08 0.00
70_F 193_V 0.86 0.08 0.00
160_T 39_A 0.86 0.08 0.00
78_V 193_V 0.86 0.08 0.00
61_G 363_S 0.86 0.08 0.00
46_H 367_P 0.85 0.08 0.00
53_D 226_S 0.85 0.08 0.00
121_V 425_S 0.85 0.08 0.00
68_F 202_S 0.85 0.08 0.00
10_E 201_D 0.85 0.08 0.00
129_H 118_H 0.85 0.08 0.00
77_A 237_G 0.85 0.08 0.00
123_I 279_F 0.85 0.08 0.00
42_Q 433_D 0.85 0.08 0.00
56_S 98_G 0.85 0.08 0.00
121_V 60_V 0.85 0.08 0.00
78_V 256_V 0.84 0.08 0.00
99_Y 22_E 0.84 0.08 0.00
155_H 434_Q 0.84 0.08 0.00
120_I 225_R 0.84 0.08 0.00
112_T 302_Q 0.84 0.08 0.00
78_V 147_G 0.84 0.08 0.00
82_Y 154_E 0.84 0.08 0.00
150_K 108_F 0.84 0.08 0.00
140_Q 147_G 0.84 0.08 0.00
138_F 134_T 0.84 0.08 0.00
33_E 315_F 0.84 0.08 0.00
41_V 87_S 0.84 0.08 0.00
148_Y 244_L 0.84 0.08 0.00
155_H 44_A 0.84 0.08 0.00
7_I 416_R 0.83 0.08 0.00
41_V 192_S 0.83 0.08 0.00
161_S 43_V 0.83 0.08 0.00
66_K 216_F 0.83 0.08 0.00
116_E 402_V 0.83 0.08 0.00
35_H 177_Y 0.83 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4272 0.48 HCP_VipB Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4271 0.16 HCP_VipB Δgene:(1, 5) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4225 0.22 HCP_VipB Δgene:(1, 20) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.02 Done - Shared
4224 0.56 Hcp-VipB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done
Page generated in 0.1007 seconds.