May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIp_9_40_1_cIV_C_40_1
Genes: A B A+B
Length: 163 274 430
Sequences: 304 2169 178
Seq/Len: 1.87 7.92 0.41
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.01
20 0.00 0.00 0.02
100 0.00 0.00 0.04
∞ 0.00 0.00 0.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
17_F 105_W 1.69 0.64 0.00
31_P 141_L 1.65 0.61 0.00
13_L 21_G 1.54 0.53 0.00
82_D 91_F 1.43 0.45 0.00
24_G 105_W 1.42 0.45 0.00
82_D 179_A 1.38 0.41 0.00
28_F 116_P 1.35 0.39 0.00
35_L 3_H 1.34 0.39 0.00
139_Q 229_F 1.33 0.38 0.00
127_A 59_V 1.27 0.34 0.00
21_F 205_V 1.26 0.33 0.00
20_G 105_W 1.25 0.33 0.00
83_A 67_W 1.24 0.32 0.00
157_Q 108_A 1.23 0.31 0.00
90_S 151_L 1.22 0.31 0.00
82_D 155_A 1.20 0.30 0.00
73_V 233_I 1.17 0.28 0.00
58_P 196_H 1.16 0.27 0.00
90_S 86_G 1.16 0.27 0.00
157_Q 69_D 1.15 0.27 0.00
135_F 24_G 1.14 0.26 0.00
22_G 202_A 1.14 0.26 0.00
100_M 264_F 1.13 0.26 0.00
157_Q 177_I 1.13 0.26 0.00
110_Q 80_T 1.12 0.25 0.00
139_Q 121_S 1.11 0.24 0.00
90_S 208_G 1.10 0.24 0.00
135_F 82_V 1.10 0.24 0.00
59_N 183_G 1.09 0.23 0.00
155_N 156_V 1.08 0.23 0.00
73_V 239_Q 1.08 0.23 0.00
123_N 231_C 1.08 0.23 0.00
16_D 91_F 1.07 0.22 0.00
147_R 61_Y 1.07 0.22 0.00
39_H 91_F 1.05 0.22 0.00
112_A 158_W 1.05 0.21 0.00
21_F 204_T 1.05 0.21 0.00
28_F 121_S 1.05 0.21 0.00
148_W 231_C 1.04 0.21 0.00
73_V 3_H 1.04 0.21 0.00
22_G 26_F 1.04 0.21 0.00
139_Q 237_K 1.03 0.21 0.00
35_L 76_T 1.03 0.20 0.00
136_Y 266_F 1.03 0.20 0.00
125_E 69_D 1.02 0.20 0.00
130_T 80_T 1.02 0.20 0.00
87_E 184_V 1.02 0.20 0.00
159_D 238_G 1.02 0.20 0.00
16_D 155_A 1.02 0.20 0.00
123_N 110_I 1.01 0.20 0.00
100_M 227_F 1.01 0.20 0.00
12_F 241_T 1.01 0.20 0.00
30_S 175_G 1.01 0.20 0.00
131_R 183_G 1.01 0.19 0.00
131_R 242_Q 1.01 0.19 0.00
12_F 209_A 1.00 0.19 0.00
124_F 33_V 1.00 0.19 0.00
26_R 195_S 0.99 0.19 0.00
151_E 209_A 0.99 0.19 0.00
157_Q 181_I 0.99 0.18 0.00
11_Y 172_T 0.99 0.18 0.00
28_F 189_L 0.98 0.18 0.00
11_Y 246_V 0.98 0.18 0.00
150_A 168_D 0.98 0.18 0.00
24_G 179_A 0.97 0.18 0.00
16_D 85_I 0.97 0.18 0.00
13_L 61_Y 0.97 0.18 0.00
140_K 115_Y 0.97 0.18 0.00
73_V 188_G 0.97 0.18 0.00
157_Q 74_G 0.97 0.18 0.00
19_K 138_P 0.97 0.18 0.00
151_E 104_A 0.97 0.18 0.00
158_L 54_I 0.97 0.18 0.00
37_Y 25_A 0.97 0.17 0.00
20_G 205_V 0.96 0.17 0.00
108_F 11_I 0.96 0.17 0.00
140_K 83_V 0.96 0.17 0.00
117_A 158_W 0.96 0.17 0.00
15_W 184_V 0.96 0.17 0.00
30_S 158_W 0.96 0.17 0.00
20_G 86_G 0.96 0.17 0.00
16_D 240_M 0.95 0.17 0.00
121_G 10_Q 0.95 0.17 0.00
122_P 16_I 0.95 0.17 0.00
161_P 134_V 0.95 0.17 0.00
112_A 250_A 0.95 0.17 0.00
125_E 251_A 0.94 0.17 0.00
161_P 140_H 0.94 0.17 0.00
108_F 26_F 0.94 0.17 0.00
84_E 86_G 0.94 0.17 0.00
36_N 247_G 0.94 0.16 0.00
135_F 29_L 0.94 0.16 0.00
161_P 168_D 0.94 0.16 0.00
121_G 213_A 0.94 0.16 0.00
84_E 65_G 0.94 0.16 0.00
24_G 155_A 0.94 0.16 0.00
33_P 105_W 0.93 0.16 0.00
39_H 12_L 0.93 0.16 0.00
28_F 126_G 0.93 0.16 0.00
35_L 25_A 0.93 0.16 0.00
54_L 83_V 0.93 0.16 0.00
16_D 197_A 0.93 0.16 0.00
147_R 27_V 0.93 0.16 0.00
73_V 243_K 0.92 0.16 0.00
133_E 17_W 0.92 0.16 0.00
42_G 112_N 0.92 0.16 0.00
121_G 231_C 0.92 0.16 0.00
21_F 27_V 0.92 0.16 0.00
11_Y 86_G 0.92 0.15 0.00
26_R 108_A 0.92 0.15 0.00
151_E 169_R 0.92 0.15 0.00
10_K 64_F 0.91 0.15 0.00
7_R 271_I 0.91 0.15 0.00
37_Y 268_V 0.91 0.15 0.00
21_F 208_G 0.91 0.15 0.00
35_L 247_G 0.91 0.15 0.00
150_A 115_Y 0.91 0.15 0.00
135_F 144_I 0.91 0.15 0.00
121_G 93_L 0.91 0.15 0.00
90_S 209_A 0.91 0.15 0.00
153_A 9_Y 0.90 0.15 0.00
105_Y 5_K 0.90 0.15 0.00
161_P 127_V 0.90 0.15 0.00
26_R 209_A 0.90 0.15 0.00
134_L 14_P 0.90 0.15 0.00
117_A 264_F 0.89 0.15 0.00
144_N 10_Q 0.89 0.15 0.00
30_S 191_A 0.89 0.15 0.00
157_Q 72_N 0.89 0.15 0.00
42_G 229_F 0.89 0.15 0.00
101_T 122_P 0.89 0.14 0.00
150_A 171_T 0.89 0.14 0.00
151_E 222_I 0.89 0.14 0.00
117_A 80_T 0.89 0.14 0.00
90_S 141_L 0.89 0.14 0.00
156_L 16_I 0.89 0.14 0.00
59_N 163_F 0.88 0.14 0.00
139_Q 21_G 0.88 0.14 0.00
121_G 199_F 0.88 0.14 0.00
16_D 179_A 0.88 0.14 0.00
117_A 175_G 0.88 0.14 0.00
58_P 191_A 0.88 0.14 0.00
123_N 199_F 0.87 0.14 0.00
58_P 162_A 0.87 0.14 0.00
154_R 232_L 0.87 0.14 0.00
140_K 74_G 0.87 0.14 0.00
51_E 231_C 0.87 0.14 0.00
110_Q 187_T 0.87 0.14 0.00
122_P 251_A 0.87 0.14 0.00
13_L 112_N 0.86 0.14 0.00
28_F 38_G 0.86 0.14 0.00
135_F 229_F 0.86 0.14 0.00
140_K 11_I 0.86 0.14 0.00
11_Y 179_A 0.86 0.14 0.00
16_D 108_A 0.86 0.13 0.00
54_L 208_G 0.86 0.13 0.00
73_V 200_G 0.86 0.13 0.00
117_A 109_F 0.85 0.13 0.00
108_F 28_M 0.85 0.13 0.00
51_E 227_F 0.85 0.13 0.00
124_F 132_G 0.85 0.13 0.00
49_R 272_W 0.85 0.13 0.00
12_F 118_G 0.84 0.13 0.00
54_L 110_I 0.84 0.13 0.00
84_E 64_F 0.84 0.13 0.00
124_F 7_H 0.84 0.13 0.00
100_M 231_C 0.84 0.13 0.00
51_E 199_F 0.84 0.13 0.00
100_M 199_F 0.84 0.13 0.00
159_D 183_G 0.84 0.13 0.00
148_W 93_L 0.84 0.13 0.00
131_R 39_I 0.84 0.13 0.00
18_I 134_V 0.84 0.13 0.00
137_D 74_G 0.84 0.13 0.00
154_R 136_F 0.83 0.13 0.00
155_N 113_A 0.83 0.13 0.00
59_N 235_L 0.83 0.13 0.00
137_D 11_I 0.83 0.13 0.00
82_D 16_I 0.83 0.12 0.00
16_D 64_F 0.83 0.12 0.00
51_E 84_R 0.83 0.12 0.00
156_L 87_L 0.83 0.12 0.00
13_L 53_L 0.83 0.12 0.00
20_G 267_V 0.83 0.12 0.00
136_Y 17_W 0.83 0.12 0.00
90_S 167_G 0.83 0.12 0.00
12_F 205_V 0.83 0.12 0.00
18_I 32_A 0.82 0.12 0.00
19_K 229_F 0.82 0.12 0.00
85_R 86_G 0.82 0.12 0.00
82_D 69_D 0.82 0.12 0.00
90_S 174_N 0.82 0.12 0.00
158_L 136_F 0.82 0.12 0.00
6_A 204_T 0.82 0.12 0.00
160_A 21_G 0.82 0.12 0.00
83_A 227_F 0.82 0.12 0.00
122_P 17_W 0.82 0.12 0.00
20_G 115_Y 0.82 0.12 0.00
143_A 205_V 0.82 0.12 0.00
146_E 206_Y 0.82 0.12 0.00
160_A 100_M 0.81 0.12 0.00
144_N 266_F 0.81 0.12 0.00
131_R 9_Y 0.81 0.12 0.00
13_L 131_E 0.81 0.12 0.00
155_N 251_A 0.81 0.12 0.00
160_A 74_G 0.81 0.12 0.00
87_E 268_V 0.81 0.12 0.00
135_F 80_T 0.81 0.12 0.00
161_P 177_I 0.81 0.12 0.00
121_G 227_F 0.81 0.12 0.00
44_L 54_I 0.80 0.12 0.00
44_L 53_L 0.80 0.12 0.00
28_F 57_V 0.80 0.12 0.00
41_K 181_I 0.80 0.12 0.00
10_K 196_H 0.80 0.12 0.00
120_E 132_G 0.80 0.12 0.00
137_D 84_R 0.80 0.12 0.00
12_F 125_D 0.80 0.12 0.00
157_Q 57_V 0.80 0.12 0.00
108_F 185_C 0.80 0.12 0.00
36_N 223_I 0.80 0.11 0.00
58_P 165_L 0.80 0.11 0.00
122_P 130_P 0.80 0.11 0.00
121_G 107_W 0.80 0.11 0.00
23_L 30_T 0.80 0.11 0.00
83_A 26_F 0.79 0.11 0.00
17_F 72_N 0.79 0.11 0.00
44_L 112_N 0.79 0.11 0.00
30_S 50_W 0.79 0.11 0.00
117_A 199_F 0.79 0.11 0.00
17_F 12_L 0.79 0.11 0.00
11_Y 155_A 0.79 0.11 0.00
25_M 208_G 0.79 0.11 0.00
37_Y 14_P 0.79 0.11 0.00
28_F 56_L 0.79 0.11 0.00
44_L 169_R 0.79 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3871 0.41 cIp_9_40_1_cIV_C_40_1 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 1) B:(1E-40, 1) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3687 1.02 cIp_9_4_cIV_C_4 Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3686 0.57 cIp_9_40_cIV_C_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.01 Done - Shared
Page generated in 0.0569 seconds.