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OPENSEQ.org
Meth_TfuA_YcaO
Genes: A B A+B
Length: 221 424 606
Sequences: 250 1055 224
Seq/Len: 1.13 2.49 0.37
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.72
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.33
2 0.00 0.01 0.33
5 0.01 0.02 0.33
10 0.01 0.03 0.33
20 0.01 0.03 0.33
100 0.01 0.03 0.33
∞ 0.06 0.05 0.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
110_S 43_D 2.19 0.86 0.37
130_L 43_D 1.58 0.53 0.08
108_I 44_I 1.43 0.42 0.05
48_I 152_L 1.42 0.42 0.05
58_A 54_I 1.30 0.34 0.04
137_L 120_R 1.28 0.33 0.03
130_L 297_S 1.28 0.33 0.03
99_V 377_E 1.26 0.32 0.03
99_V 210_T 1.26 0.31 0.03
133_I 24_T 1.26 0.31 0.03
77_G 38_V 1.25 0.31 0.03
131_V 241_G 1.25 0.31 0.03
91_H 61_S 1.24 0.30 0.03
212_V 29_T 1.21 0.28 0.03
121_E 151_L 1.20 0.27 0.02
99_V 241_G 1.19 0.27 0.02
26_Y 257_T 1.19 0.27 0.02
68_L 365_T 1.18 0.26 0.02
128_V 376_E 1.17 0.26 0.02
202_K 255_I 1.16 0.25 0.02
67_A 190_V 1.15 0.25 0.02
131_V 33_I 1.15 0.25 0.02
57_A 279_S 1.14 0.25 0.02
108_I 164_V 1.14 0.25 0.02
14_S 200_L 1.12 0.23 0.02
57_A 67_I 1.12 0.23 0.02
88_L 295_A 1.12 0.23 0.02
58_A 163_A 1.11 0.23 0.02
129_P 173_Q 1.10 0.22 0.02
35_L 45_T 1.10 0.22 0.02
61_H 164_V 1.10 0.22 0.02
58_A 303_Q 1.09 0.22 0.01
79_S 308_D 1.08 0.21 0.01
16_E 236_K 1.07 0.21 0.01
123_F 255_I 1.06 0.20 0.01
163_Y 264_D 1.06 0.20 0.01
78_A 200_L 1.05 0.20 0.01
169_L 221_I 1.05 0.20 0.01
61_H 59_R 1.05 0.20 0.01
209_I 50_L 1.04 0.19 0.01
100_Y 221_I 1.04 0.19 0.01
209_I 378_V 1.04 0.19 0.01
24_A 182_T 1.03 0.19 0.01
75_V 140_S 1.03 0.19 0.01
137_L 390_F 1.02 0.19 0.01
7_I 33_I 1.02 0.19 0.01
129_P 273_L 1.02 0.19 0.01
187_K 29_T 1.01 0.18 0.01
127_S 252_D 1.01 0.18 0.01
138_K 157_V 1.01 0.18 0.01
188_L 225_E 1.01 0.18 0.01
54_F 247_W 1.01 0.18 0.01
17_D 242_I 1.01 0.18 0.01
79_S 204_E 1.00 0.18 0.01
61_H 178_F 1.00 0.18 0.01
99_V 125_T 1.00 0.18 0.01
140_A 44_I 1.00 0.18 0.01
145_I 146_V 1.00 0.18 0.01
128_V 374_S 1.00 0.18 0.01
134_R 42_A 0.99 0.18 0.01
108_I 31_N 0.99 0.17 0.01
79_S 306_R 0.99 0.17 0.01
99_V 358_L 0.99 0.17 0.01
27_Q 401_G 0.99 0.17 0.01
103_Y 163_A 0.98 0.17 0.01
211_T 182_T 0.98 0.17 0.01
62_R 61_S 0.98 0.17 0.01
5_A 242_I 0.98 0.17 0.01
154_I 337_I 0.97 0.17 0.01
12_S 275_M 0.97 0.17 0.01
25_N 116_Y 0.97 0.17 0.01
15_H 221_I 0.96 0.16 0.01
78_A 68_S 0.96 0.16 0.01
78_A 76_T 0.96 0.16 0.01
13_I 228_G 0.96 0.16 0.01
100_Y 242_I 0.96 0.16 0.01
201_K 90_E 0.95 0.16 0.01
67_A 45_T 0.95 0.16 0.01
12_S 260_A 0.95 0.16 0.01
195_N 203_I 0.95 0.16 0.01
146_L 52_V 0.95 0.16 0.01
127_S 349_S 0.95 0.16 0.01
35_L 225_E 0.95 0.16 0.01
44_K 264_D 0.94 0.16 0.01
88_L 92_C 0.94 0.16 0.01
187_K 34_K 0.94 0.15 0.01
116_I 247_W 0.94 0.15 0.01
58_A 59_R 0.93 0.15 0.01
146_L 152_L 0.93 0.15 0.01
208_V 41_I 0.93 0.15 0.01
138_K 341_E 0.93 0.15 0.01
58_A 58_I 0.93 0.15 0.01
197_E 339_L 0.93 0.15 0.01
16_E 203_I 0.92 0.15 0.01
163_Y 56_S 0.92 0.15 0.01
27_Q 232_E 0.92 0.15 0.01
167_S 23_A 0.92 0.15 0.01
99_V 34_K 0.91 0.14 0.01
183_E 198_G 0.91 0.14 0.01
192_F 279_S 0.91 0.14 0.01
157_L 62_A 0.91 0.14 0.01
133_I 182_T 0.91 0.14 0.01
112_D 285_I 0.91 0.14 0.01
147_S 140_S 0.91 0.14 0.01
126_I 233_I 0.90 0.14 0.01
99_V 338_S 0.90 0.14 0.01
96_V 206_D 0.90 0.14 0.01
163_Y 43_D 0.90 0.14 0.01
130_L 196_L 0.90 0.14 0.01
150_E 287_V 0.90 0.14 0.01
62_R 68_S 0.90 0.14 0.01
167_S 203_I 0.90 0.14 0.01
96_V 159_V 0.90 0.14 0.01
166_R 80_A 0.90 0.14 0.01
83_L 119_A 0.89 0.14 0.01
134_R 370_V 0.89 0.14 0.01
187_K 370_V 0.89 0.14 0.01
6_V 181_N 0.89 0.14 0.01
34_Q 292_T 0.89 0.14 0.01
61_H 227_D 0.89 0.14 0.01
13_I 346_S 0.89 0.14 0.01
58_A 380_V 0.89 0.14 0.01
10_G 241_G 0.88 0.14 0.01
210_E 58_I 0.88 0.13 0.01
78_A 281_L 0.88 0.13 0.01
201_K 204_E 0.88 0.13 0.01
136_T 131_L 0.88 0.13 0.01
135_E 61_S 0.88 0.13 0.01
214_R 23_A 0.88 0.13 0.01
212_V 291_I 0.87 0.13 0.01
210_E 378_V 0.87 0.13 0.01
218_E 241_G 0.87 0.13 0.01
9_T 182_T 0.87 0.13 0.01
133_I 392_L 0.87 0.13 0.01
94_I 381_P 0.87 0.13 0.01
138_K 359_E 0.87 0.13 0.01
8_F 31_N 0.87 0.13 0.01
152_E 366_E 0.87 0.13 0.01
167_S 246_I 0.86 0.13 0.01
59_V 59_R 0.86 0.13 0.01
177_K 249_V 0.86 0.13 0.01
159_I 158_F 0.86 0.13 0.01
105_D 30_K 0.86 0.13 0.01
26_Y 92_C 0.86 0.13 0.01
165_D 32_Q 0.86 0.13 0.01
195_N 114_E 0.86 0.13 0.01
15_H 62_A 0.85 0.12 0.01
108_I 370_V 0.85 0.12 0.01
209_I 144_E 0.85 0.12 0.01
54_F 211_A 0.85 0.12 0.01
169_L 222_V 0.85 0.12 0.01
35_L 245_K 0.85 0.12 0.01
203_R 88_S 0.85 0.12 0.01
140_A 389_G 0.85 0.12 0.01
153_D 255_I 0.85 0.12 0.01
90_T 34_K 0.85 0.12 0.01
99_V 387_I 0.85 0.12 0.01
147_S 198_G 0.84 0.12 0.01
210_E 241_G 0.84 0.12 0.01
12_S 78_Q 0.84 0.12 0.01
168_Y 178_F 0.84 0.12 0.01
129_P 403_R 0.84 0.12 0.01
62_R 71_S 0.84 0.12 0.01
125_P 226_E 0.84 0.12 0.01
130_L 357_I 0.84 0.12 0.01
116_I 71_S 0.84 0.12 0.01
156_E 343_Q 0.84 0.12 0.01
158_A 368_V 0.84 0.12 0.01
154_I 123_Y 0.84 0.12 0.01
27_Q 195_I 0.84 0.12 0.01
99_V 279_S 0.84 0.12 0.01
59_V 95_E 0.84 0.12 0.01
100_Y 213_F 0.84 0.12 0.01
88_L 93_L 0.84 0.12 0.01
60_G 303_Q 0.84 0.12 0.01
62_R 185_L 0.84 0.12 0.01
168_Y 309_T 0.83 0.12 0.01
172_T 387_I 0.83 0.12 0.01
132_N 163_A 0.83 0.12 0.01
104_R 213_F 0.83 0.12 0.01
182_S 221_I 0.83 0.12 0.01
36_E 132_L 0.83 0.12 0.01
167_S 81_R 0.83 0.12 0.01
132_N 331_F 0.83 0.12 0.01
135_E 211_A 0.83 0.12 0.01
60_G 248_L 0.83 0.12 0.01
165_D 277_A 0.83 0.12 0.01
159_I 43_D 0.83 0.12 0.01
162_Y 374_S 0.83 0.12 0.01
100_Y 237_F 0.83 0.12 0.01
100_Y 19_V 0.83 0.12 0.01
106_G 193_E 0.83 0.12 0.01
37_K 236_K 0.83 0.12 0.01
60_G 61_S 0.82 0.12 0.01
58_A 79_R 0.82 0.12 0.01
155_L 389_G 0.82 0.12 0.01
25_N 257_T 0.82 0.12 0.01
103_Y 123_Y 0.82 0.12 0.01
94_I 35_K 0.82 0.11 0.01
94_I 368_V 0.82 0.11 0.01
96_V 52_V 0.82 0.11 0.01
26_Y 320_Y 0.82 0.11 0.01
185_K 357_I 0.82 0.11 0.01
60_G 65_G 0.81 0.11 0.01
129_P 71_S 0.81 0.11 0.01
133_I 259_I 0.81 0.11 0.01
48_I 101_A 0.81 0.11 0.01
49_I 83_S 0.81 0.11 0.01
212_V 181_N 0.81 0.11 0.01
167_S 368_V 0.81 0.11 0.01
72_V 196_L 0.81 0.11 0.01
69_N 140_S 0.81 0.11 0.01
181_I 349_S 0.81 0.11 0.01
49_I 146_V 0.81 0.11 0.01
132_N 370_V 0.80 0.11 0.01
68_L 198_G 0.80 0.11 0.01
115_A 119_A 0.80 0.11 0.01
12_S 401_G 0.80 0.11 0.01
129_P 328_W 0.80 0.11 0.01
88_L 247_W 0.80 0.11 0.01
108_I 35_K 0.80 0.11 0.01
158_A 50_L 0.80 0.11 0.01
35_L 243_D 0.80 0.11 0.01
33_F 195_I 0.80 0.11 0.01
137_L 253_T 0.79 0.11 0.00
145_I 338_S 0.79 0.11 0.00
94_I 152_L 0.79 0.11 0.00
100_Y 196_L 0.79 0.11 0.00
171_L 233_I 0.79 0.11 0.00
23_L 270_P 0.79 0.11 0.00
49_I 186_A 0.79 0.11 0.00
94_I 285_I 0.79 0.11 0.00
112_D 92_C 0.79 0.11 0.00
175_G 159_V 0.79 0.11 0.00
27_Q 97_P 0.79 0.11 0.00
148_E 360_K 0.79 0.11 0.00
108_I 85_I 0.79 0.11 0.00
205_A 145_W 0.79 0.10 0.00
32_R 55_F 0.79 0.10 0.00
167_S 44_I 0.78 0.10 0.00
24_A 380_V 0.78 0.10 0.00
5_A 68_S 0.78 0.10 0.00
165_D 364_L 0.78 0.10 0.00
27_Q 229_Y 0.78 0.10 0.00
163_Y 375_R 0.78 0.10 0.00
216_V 75_S 0.78 0.10 0.00
32_R 263_D 0.78 0.10 0.00
214_R 235_R 0.78 0.10 0.00
175_G 148_A 0.78 0.10 0.00
43_Y 264_D 0.78 0.10 0.00
205_A 42_A 0.78 0.10 0.00
199_D 62_A 0.78 0.10 0.00
150_E 140_S 0.78 0.10 0.00
130_L 197_H 0.78 0.10 0.00
212_V 41_I 0.78 0.10 0.00
49_I 394_T 0.78 0.10 0.00
71_G 294_A 0.77 0.10 0.00
77_G 168_Y 0.77 0.10 0.00
38_F 234_S 0.77 0.10 0.00
8_F 74_G 0.77 0.10 0.00
208_V 198_G 0.77 0.10 0.00
94_I 46_N 0.77 0.10 0.00
189_L 297_S 0.77 0.10 0.00
152_E 196_L 0.77 0.10 0.00
77_G 251_T 0.77 0.10 0.00
200_V 28_N 0.77 0.10 0.00
39_I 66_A 0.77 0.10 0.00
8_F 125_T 0.77 0.10 0.00
117_S 312_E 0.77 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
3059 0.37 Meth_TfuA_YcaO Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.37 Done - Shared
3058 0.35 Meth_TfuA_YcaO Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.24 Done - Shared
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