May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_Ld500_560_40_cIII_cytc1_Pdenitr
Genes: A B A+B
Length: 642 263 876
Sequences: 1921 954 227
Seq/Len: 2.99 3.63 0.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.54
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.00
2 0.00 0.01 0.00
5 0.00 0.01 0.00
10 0.00 0.01 0.00
20 0.00 0.01 0.00
100 0.01 0.01 0.02
∞ 0.03 0.01 0.25
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
330_V 124_S 1.69 0.50 0.00
618_L 125_L 1.52 0.39 0.00
308_L 75_E 1.51 0.39 0.00
235_A 47_L 1.39 0.32 0.00
39_S 185_Q 1.36 0.30 0.00
340_A 94_I 1.32 0.28 0.00
563_F 246_Y 1.29 0.26 0.00
93_L 85_V 1.27 0.25 0.00
230_L 49_R 1.26 0.25 0.00
563_F 249_N 1.25 0.24 0.00
196_S 82_E 1.21 0.23 0.00
59_V 84_Q 1.20 0.22 0.00
613_V 105_R 1.17 0.21 0.00
339_A 249_N 1.17 0.21 0.00
45_Y 63_G 1.16 0.20 0.00
119_F 122_D 1.14 0.19 0.00
34_G 206_D 1.13 0.19 0.00
339_A 247_L 1.13 0.19 0.00
590_V 215_F 1.12 0.19 0.00
397_G 124_S 1.11 0.18 0.00
68_F 177_A 1.11 0.18 0.00
27_A 38_P 1.10 0.18 0.00
317_I 71_T 1.10 0.18 0.00
617_Y 241_L 1.10 0.18 0.00
415_A 86_R 1.09 0.18 0.00
613_V 240_V 1.09 0.17 0.00
190_I 224_M 1.08 0.17 0.00
340_A 64_L 1.08 0.17 0.00
539_N 160_G 1.08 0.17 0.00
160_Y 47_L 1.08 0.17 0.00
613_V 202_P 1.08 0.17 0.00
124_F 165_E 1.07 0.17 0.00
72_W 118_G 1.07 0.17 0.00
483_V 44_Q 1.07 0.17 0.00
128_A 159_T 1.07 0.17 0.00
167_A 160_G 1.07 0.17 0.00
316_V 47_L 1.07 0.17 0.00
392_T 213_A 1.06 0.17 0.00
28_A 143_Q 1.06 0.17 0.00
473_I 81_P 1.06 0.17 0.00
61_D 194_Q 1.06 0.17 0.00
605_R 46_Q 1.06 0.17 0.00
530_I 130_R 1.06 0.16 0.00
335_G 223_K 1.06 0.16 0.00
128_A 235_V 1.05 0.16 0.00
13_S 209_A 1.05 0.16 0.00
160_Y 69_L 1.04 0.16 0.00
426_Y 74_D 1.04 0.16 0.00
13_S 151_P 1.03 0.15 0.00
191_Y 131_A 1.03 0.15 0.00
392_T 216_L 1.03 0.15 0.00
242_L 137_Y 1.03 0.15 0.00
242_L 215_F 1.02 0.15 0.00
424_S 82_E 1.02 0.15 0.00
135_A 64_L 1.02 0.15 0.00
330_V 122_D 1.02 0.15 0.00
13_S 28_I 1.02 0.15 0.00
284_F 230_V 1.02 0.15 0.00
59_V 67_V 1.02 0.15 0.00
6_L 154_I 1.01 0.15 0.00
570_I 182_N 1.01 0.15 0.00
449_T 47_L 1.01 0.15 0.00
138_L 49_R 1.01 0.15 0.00
18_L 216_L 1.00 0.14 0.00
485_A 94_I 1.00 0.14 0.00
567_Y 132_G 1.00 0.14 0.00
458_H 88_Y 0.99 0.14 0.00
408_A 46_Q 0.98 0.14 0.00
382_P 48_Q 0.98 0.14 0.00
547_A 84_Q 0.98 0.14 0.00
197_V 18_E 0.98 0.14 0.00
368_E 215_F 0.98 0.14 0.00
411_L 230_V 0.97 0.14 0.00
39_S 87_A 0.97 0.13 0.00
574_P 220_A 0.97 0.13 0.00
525_M 124_S 0.96 0.13 0.00
615_S 67_V 0.96 0.13 0.00
617_Y 194_Q 0.96 0.13 0.00
281_L 129_A 0.96 0.13 0.00
590_V 244_L 0.95 0.13 0.00
376_G 214_A 0.95 0.13 0.00
306_V 69_L 0.95 0.13 0.00
623_F 217_M 0.95 0.13 0.00
566_I 194_Q 0.95 0.13 0.00
373_N 44_Q 0.95 0.13 0.00
235_A 245_L 0.95 0.13 0.00
432_V 214_A 0.94 0.13 0.00
617_Y 46_Q 0.94 0.13 0.00
410_F 29_E 0.94 0.13 0.00
160_Y 99_T 0.94 0.13 0.00
395_I 164_E 0.94 0.12 0.00
340_A 240_V 0.94 0.12 0.00
80_T 244_L 0.93 0.12 0.00
191_Y 124_S 0.93 0.12 0.00
160_Y 52_Q 0.93 0.12 0.00
340_A 80_L 0.93 0.12 0.00
216_F 104_P 0.92 0.12 0.00
397_G 218_W 0.92 0.12 0.00
230_L 246_Y 0.92 0.12 0.00
582_L 243_A 0.92 0.12 0.00
428_F 221_E 0.92 0.12 0.00
162_K 43_D 0.92 0.12 0.00
12_A 245_L 0.92 0.12 0.00
135_A 224_M 0.92 0.12 0.00
410_F 48_Q 0.92 0.12 0.00
602_L 241_L 0.92 0.12 0.00
120_A 240_V 0.91 0.12 0.00
408_A 250_K 0.91 0.12 0.00
230_L 161_Y 0.91 0.12 0.00
103_A 124_S 0.91 0.12 0.00
66_G 124_S 0.91 0.12 0.00
562_Y 218_W 0.91 0.12 0.00
494_F 122_D 0.91 0.12 0.00
284_F 120_G 0.90 0.12 0.00
135_A 202_P 0.90 0.11 0.00
184_L 38_P 0.90 0.11 0.00
561_W 34_S 0.90 0.11 0.00
521_P 52_Q 0.90 0.11 0.00
30_Y 243_A 0.90 0.11 0.00
431_L 124_S 0.89 0.11 0.00
615_S 104_P 0.89 0.11 0.00
228_G 230_V 0.89 0.11 0.00
225_N 234_S 0.89 0.11 0.00
161_K 125_L 0.89 0.11 0.00
434_A 103_R 0.89 0.11 0.00
295_I 250_K 0.89 0.11 0.00
137_N 145_F 0.89 0.11 0.00
202_I 110_H 0.89 0.11 0.00
460_A 219_T 0.89 0.11 0.00
80_T 130_R 0.89 0.11 0.00
196_S 83_D 0.88 0.11 0.00
417_I 111_F 0.88 0.11 0.00
137_N 16_A 0.88 0.11 0.00
330_V 127_A 0.88 0.11 0.00
554_Y 105_R 0.88 0.11 0.00
32_T 52_Q 0.88 0.11 0.00
633_L 136_P 0.87 0.11 0.00
543_P 179_F 0.87 0.11 0.00
332_A 256_I 0.87 0.11 0.00
160_Y 195_V 0.87 0.11 0.00
183_F 64_L 0.87 0.11 0.00
135_A 76_G 0.87 0.11 0.00
371_M 244_L 0.87 0.11 0.00
385_F 254_Q 0.87 0.11 0.00
76_L 49_R 0.87 0.11 0.00
439_S 220_A 0.87 0.11 0.00
216_F 215_F 0.87 0.11 0.00
243_L 114_V 0.87 0.11 0.00
12_A 45_H 0.86 0.11 0.00
501_H 241_L 0.86 0.10 0.00
364_A 249_N 0.86 0.10 0.00
379_K 132_G 0.86 0.10 0.00
392_T 137_Y 0.86 0.10 0.00
249_P 211_D 0.86 0.10 0.00
545_R 240_V 0.86 0.10 0.00
458_H 194_Q 0.86 0.10 0.00
584_K 182_N 0.86 0.10 0.00
415_A 60_A 0.86 0.10 0.00
542_L 90_A 0.86 0.10 0.00
371_M 250_K 0.85 0.10 0.00
276_C 220_A 0.85 0.10 0.00
210_A 54_Y 0.85 0.10 0.00
332_A 234_S 0.85 0.10 0.00
578_L 249_N 0.85 0.10 0.00
437_F 256_I 0.85 0.10 0.00
627_L 194_Q 0.85 0.10 0.00
426_Y 125_L 0.85 0.10 0.00
5_V 74_D 0.85 0.10 0.00
633_L 235_V 0.85 0.10 0.00
603_I 65_R 0.85 0.10 0.00
406_G 69_L 0.85 0.10 0.00
357_G 88_Y 0.85 0.10 0.00
202_I 32_S 0.84 0.10 0.00
392_T 67_V 0.84 0.10 0.00
453_K 256_I 0.84 0.10 0.00
170_M 187_A 0.84 0.10 0.00
230_L 249_N 0.84 0.10 0.00
119_F 233_V 0.84 0.10 0.00
150_V 63_G 0.84 0.10 0.00
400_I 63_G 0.84 0.10 0.00
456_G 143_Q 0.84 0.10 0.00
618_L 88_Y 0.84 0.10 0.00
334_V 215_F 0.84 0.10 0.00
380_K 230_V 0.84 0.10 0.00
339_A 74_D 0.83 0.10 0.00
482_A 149_G 0.83 0.10 0.00
439_S 191_S 0.83 0.10 0.00
571_F 241_L 0.83 0.10 0.00
439_S 232_F 0.83 0.10 0.00
629_I 88_Y 0.83 0.10 0.00
7_F 45_H 0.83 0.10 0.00
6_L 210_T 0.83 0.10 0.00
150_V 48_Q 0.83 0.10 0.00
162_K 235_V 0.83 0.10 0.00
370_D 236_I 0.82 0.10 0.00
371_M 256_I 0.82 0.10 0.00
483_V 91_N 0.82 0.10 0.00
566_I 249_N 0.82 0.10 0.00
170_M 224_M 0.82 0.10 0.00
228_G 237_F 0.82 0.10 0.00
439_S 96_D 0.82 0.10 0.00
371_M 214_A 0.82 0.10 0.00
590_V 210_T 0.82 0.10 0.00
37_F 250_K 0.82 0.10 0.00
392_T 223_K 0.82 0.10 0.00
294_I 157_V 0.82 0.10 0.00
623_F 129_A 0.82 0.09 0.00
18_L 104_P 0.81 0.09 0.00
366_H 151_P 0.81 0.09 0.00
301_F 125_L 0.81 0.09 0.00
163_A 59_S 0.81 0.09 0.00
580_R 202_P 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
2990 0.41 cI_Ld500_560_40_8_cIII_cytc1_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
2896 0.26 cI_Ld500_560_40_cIII_cytc1_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 1) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
2895 0.4 cI_Ld500_560_cIII_cytc1_Pdenitr Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 2) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 0.1861 seconds.