May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
CckA-DivL
Genes: A B A+B
Length: 691 769 1249
Sequences: 2759 2783 57
Seq/Len: 3.99 3.62 0.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.49
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.02 0.00
2 0.02 0.02 0.01
5 0.02 0.03 0.02
10 0.03 0.04 0.03
20 0.03 0.04 0.04
100 0.05 0.07 0.10
∞ 0.12 0.17 0.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
499_T 187_N 1.37 0.11 0.00
516_I 730_L 1.20 0.08 0.00
318_G 546_G 1.14 0.08 0.00
328_L 678_V 1.12 0.07 0.00
622_S 716_D 1.09 0.07 0.00
295_S 700_V 1.09 0.07 0.00
530_P 665_V 1.05 0.07 0.00
522_G 598_L 1.04 0.07 0.00
375_K 557_T 1.04 0.07 0.00
373_S 527_L 1.04 0.07 0.00
536_F 659_Q 1.04 0.07 0.00
332_Q 393_E 1.03 0.07 0.00
647_V 551_E 1.03 0.07 0.00
385_L 617_V 1.03 0.07 0.00
431_L 663_H 1.00 0.06 0.00
647_V 546_G 1.00 0.06 0.00
522_G 693_V 1.00 0.06 0.00
524_I 607_E 0.99 0.06 0.00
322_H 667_N 0.99 0.06 0.00
322_H 695_D 0.99 0.06 0.00
322_H 697_G 0.99 0.06 0.00
322_H 699_G 0.99 0.06 0.00
322_H 719_G 0.99 0.06 0.00
322_H 721_G 0.99 0.06 0.00
322_H 723_G 0.99 0.06 0.00
322_H 747_G 0.99 0.06 0.00
434_N 667_N 0.99 0.06 0.00
434_N 695_D 0.99 0.06 0.00
434_N 697_G 0.99 0.06 0.00
434_N 699_G 0.99 0.06 0.00
434_N 719_G 0.99 0.06 0.00
434_N 721_G 0.99 0.06 0.00
434_N 723_G 0.99 0.06 0.00
434_N 747_G 0.99 0.06 0.00
479_D 667_N 0.99 0.06 0.00
479_D 695_D 0.99 0.06 0.00
479_D 697_G 0.99 0.06 0.00
479_D 699_G 0.99 0.06 0.00
479_D 719_G 0.99 0.06 0.00
479_D 721_G 0.99 0.06 0.00
479_D 723_G 0.99 0.06 0.00
479_D 747_G 0.99 0.06 0.00
481_G 667_N 0.99 0.06 0.00
481_G 695_D 0.99 0.06 0.00
481_G 697_G 0.99 0.06 0.00
481_G 699_G 0.99 0.06 0.00
481_G 719_G 0.99 0.06 0.00
481_G 721_G 0.99 0.06 0.00
481_G 723_G 0.99 0.06 0.00
481_G 747_G 0.99 0.06 0.00
483_G 667_N 0.99 0.06 0.00
483_G 695_D 0.99 0.06 0.00
483_G 697_G 0.99 0.06 0.00
483_G 699_G 0.99 0.06 0.00
483_G 719_G 0.99 0.06 0.00
483_G 721_G 0.99 0.06 0.00
483_G 723_G 0.99 0.06 0.00
483_G 747_G 0.99 0.06 0.00
493_F 667_N 0.99 0.06 0.00
493_F 695_D 0.99 0.06 0.00
493_F 697_G 0.99 0.06 0.00
493_F 699_G 0.99 0.06 0.00
493_F 719_G 0.99 0.06 0.00
493_F 721_G 0.99 0.06 0.00
493_F 723_G 0.99 0.06 0.00
493_F 747_G 0.99 0.06 0.00
505_G 667_N 0.99 0.06 0.00
505_G 695_D 0.99 0.06 0.00
505_G 697_G 0.99 0.06 0.00
505_G 699_G 0.99 0.06 0.00
505_G 719_G 0.99 0.06 0.00
505_G 721_G 0.99 0.06 0.00
505_G 723_G 0.99 0.06 0.00
505_G 747_G 0.99 0.06 0.00
507_G 667_N 0.99 0.06 0.00
507_G 695_D 0.99 0.06 0.00
507_G 697_G 0.99 0.06 0.00
507_G 699_G 0.99 0.06 0.00
507_G 719_G 0.99 0.06 0.00
507_G 721_G 0.99 0.06 0.00
507_G 723_G 0.99 0.06 0.00
507_G 747_G 0.99 0.06 0.00
509_G 667_N 0.99 0.06 0.00
509_G 695_D 0.99 0.06 0.00
509_G 697_G 0.99 0.06 0.00
509_G 699_G 0.99 0.06 0.00
509_G 719_G 0.99 0.06 0.00
509_G 721_G 0.99 0.06 0.00
509_G 723_G 0.99 0.06 0.00
509_G 747_G 0.99 0.06 0.00
533_G 667_N 0.99 0.06 0.00
533_G 695_D 0.99 0.06 0.00
533_G 697_G 0.99 0.06 0.00
533_G 699_G 0.99 0.06 0.00
533_G 719_G 0.99 0.06 0.00
533_G 721_G 0.99 0.06 0.00
533_G 723_G 0.99 0.06 0.00
533_G 747_G 0.99 0.06 0.00
536_F 555_P 0.98 0.06 0.00
200_F 700_V 0.98 0.06 0.00
162_G 610_L 0.97 0.06 0.00
478_S 187_N 0.97 0.06 0.00
594_G 648_G 0.96 0.06 0.00
591_R 168_D 0.95 0.06 0.00
534_A 390_I 0.95 0.06 0.00
594_G 537_A 0.95 0.06 0.00
480_D 720_P 0.95 0.06 0.00
448_V 735_G 0.94 0.06 0.00
522_G 754_L 0.94 0.06 0.00
321_A 670_R 0.94 0.06 0.00
366_V 665_V 0.94 0.06 0.00
675_I 167_V 0.92 0.06 0.00
406_L 317_A 0.92 0.06 0.00
506_T 650_I 0.92 0.06 0.00
301_E 262_T 0.92 0.06 0.00
370_L 712_F 0.91 0.06 0.00
377_T 551_E 0.91 0.05 0.00
325_N 557_T 0.90 0.05 0.00
325_N 546_G 0.90 0.05 0.00
307_A 189_A 0.90 0.05 0.00
303_Q 279_D 0.90 0.05 0.00
325_N 670_R 0.89 0.05 0.00
319_G 546_G 0.89 0.05 0.00
516_I 660_T 0.89 0.05 0.00
651_S 641_V 0.89 0.05 0.00
670_F 628_A 0.88 0.05 0.00
326_N 670_R 0.88 0.05 0.00
435_A 712_F 0.88 0.05 0.00
430_N 663_H 0.88 0.05 0.00
622_S 553_R 0.88 0.05 0.00
528_S 663_H 0.88 0.05 0.00
358_T 632_A 0.87 0.05 0.00
325_N 553_R 0.87 0.05 0.00
367_R 594_I 0.87 0.05 0.00
355_I 659_Q 0.87 0.05 0.00
322_H 736_G 0.87 0.05 0.00
434_N 736_G 0.87 0.05 0.00
479_D 736_G 0.87 0.05 0.00
481_G 736_G 0.87 0.05 0.00
483_G 736_G 0.87 0.05 0.00
493_F 736_G 0.87 0.05 0.00
505_G 736_G 0.87 0.05 0.00
507_G 736_G 0.87 0.05 0.00
509_G 736_G 0.87 0.05 0.00
533_G 736_G 0.87 0.05 0.00
331_I 318_D 0.87 0.05 0.00
675_I 302_N 0.87 0.05 0.00
508_L 742_S 0.86 0.05 0.00
363_A 665_V 0.86 0.05 0.00
522_G 676_G 0.86 0.05 0.00
316_L 670_R 0.86 0.05 0.00
630_D 678_V 0.86 0.05 0.00
626_M 391_T 0.86 0.05 0.00
435_A 559_I 0.86 0.05 0.00
516_I 734_H 0.86 0.05 0.00
431_L 667_N 0.86 0.05 0.00
431_L 695_D 0.86 0.05 0.00
431_L 697_G 0.86 0.05 0.00
431_L 699_G 0.86 0.05 0.00
431_L 719_G 0.86 0.05 0.00
431_L 721_G 0.86 0.05 0.00
431_L 723_G 0.86 0.05 0.00
431_L 747_G 0.86 0.05 0.00
631_G 667_N 0.86 0.05 0.00
631_G 695_D 0.86 0.05 0.00
631_G 697_G 0.86 0.05 0.00
631_G 699_G 0.86 0.05 0.00
631_G 719_G 0.86 0.05 0.00
631_G 721_G 0.86 0.05 0.00
631_G 723_G 0.86 0.05 0.00
631_G 747_G 0.86 0.05 0.00
446_G 738_V 0.86 0.05 0.00
395_L 744_P 0.86 0.05 0.00
671_L 664_L 0.86 0.05 0.00
440_R 670_R 0.85 0.05 0.00
420_D 667_N 0.85 0.05 0.00
420_D 695_D 0.85 0.05 0.00
420_D 697_G 0.85 0.05 0.00
420_D 699_G 0.85 0.05 0.00
420_D 719_G 0.85 0.05 0.00
420_D 721_G 0.85 0.05 0.00
420_D 723_G 0.85 0.05 0.00
420_D 747_G 0.85 0.05 0.00
574_L 667_N 0.85 0.05 0.00
574_L 695_D 0.85 0.05 0.00
574_L 697_G 0.85 0.05 0.00
574_L 699_G 0.85 0.05 0.00
574_L 719_G 0.85 0.05 0.00
574_L 721_G 0.85 0.05 0.00
574_L 723_G 0.85 0.05 0.00
574_L 747_G 0.85 0.05 0.00
577_E 693_V 0.85 0.05 0.00
370_L 667_N 0.85 0.05 0.00
370_L 695_D 0.85 0.05 0.00
370_L 697_G 0.85 0.05 0.00
370_L 699_G 0.85 0.05 0.00
370_L 719_G 0.85 0.05 0.00
370_L 721_G 0.85 0.05 0.00
370_L 723_G 0.85 0.05 0.00
370_L 747_G 0.85 0.05 0.00
578_D 516_D 0.85 0.05 0.00
674_P 667_N 0.85 0.05 0.00
674_P 695_D 0.85 0.05 0.00
674_P 697_G 0.85 0.05 0.00
674_P 699_G 0.85 0.05 0.00
674_P 719_G 0.85 0.05 0.00
674_P 721_G 0.85 0.05 0.00
674_P 723_G 0.85 0.05 0.00
674_P 747_G 0.85 0.05 0.00
322_H 550_Y 0.85 0.05 0.00
434_N 550_Y 0.85 0.05 0.00
479_D 550_Y 0.85 0.05 0.00
481_G 550_Y 0.85 0.05 0.00
483_G 550_Y 0.85 0.05 0.00
493_F 550_Y 0.85 0.05 0.00
505_G 550_Y 0.85 0.05 0.00
507_G 550_Y 0.85 0.05 0.00
509_G 550_Y 0.85 0.05 0.00
533_G 550_Y 0.85 0.05 0.00
536_F 660_T 0.85 0.05 0.00
432_A 726_L 0.85 0.05 0.00
536_F 726_L 0.84 0.05 0.00
573_I 551_E 0.84 0.05 0.00
374_R 602_Q 0.84 0.05 0.00
576_V 600_M 0.84 0.05 0.00
494_D 391_T 0.84 0.05 0.00
639_R 725_A 0.84 0.05 0.00
318_G 669_L 0.84 0.05 0.00
385_L 404_I 0.84 0.05 0.00
421_K 637_V 0.84 0.05 0.00
325_N 541_K 0.83 0.05 0.00
440_R 555_P 0.83 0.05 0.00
576_V 325_V 0.83 0.05 0.00
352_L 583_V 0.83 0.05 0.00
522_G 749_T 0.83 0.05 0.00
506_T 556_L 0.83 0.05 0.00
674_P 709_F 0.83 0.05 0.00
187_A 559_I 0.83 0.05 0.00
645_A 211_R 0.83 0.05 0.00
639_R 552_L 0.82 0.05 0.00
154_A 648_G 0.82 0.05 0.00
284_E 708_I 0.82 0.05 0.00
606_A 676_G 0.82 0.05 0.00
374_R 189_A 0.82 0.05 0.00
327_L 670_R 0.82 0.05 0.00
320_V 557_T 0.81 0.05 0.00
522_G 653_D 0.81 0.05 0.00
684_V 184_I 0.81 0.05 0.00
516_I 561_G 0.81 0.05 0.00
473_A 554_T 0.81 0.05 0.00
522_G 661_L 0.81 0.05 0.00
297_Q 520_T 0.81 0.05 0.00
385_L 583_V 0.81 0.05 0.00
423_Q 552_L 0.81 0.05 0.00
325_N 590_L 0.80 0.05 0.00
680_L 559_I 0.80 0.05 0.00
536_F 561_G 0.80 0.05 0.00
521_D 700_V 0.80 0.05 0.00
647_V 552_L 0.80 0.04 0.00
522_G 617_V 0.80 0.04 0.00
280_L 639_L 0.80 0.04 0.00
636_K 728_K 0.80 0.04 0.00
363_A 557_T 0.80 0.04 0.00
448_V 738_V 0.80 0.04 0.00
320_V 738_V 0.80 0.04 0.00
322_H 724_L 0.80 0.04 0.00
434_N 724_L 0.80 0.04 0.00
479_D 724_L 0.80 0.04 0.00
481_G 724_L 0.80 0.04 0.00
483_G 724_L 0.80 0.04 0.00
493_F 724_L 0.80 0.04 0.00
505_G 724_L 0.80 0.04 0.00
507_G 724_L 0.80 0.04 0.00
509_G 724_L 0.80 0.04 0.00
533_G 724_L 0.80 0.04 0.00
622_S 534_L 0.80 0.04 0.00
666_T 516_D 0.80 0.04 0.00
665_E 534_L 0.80 0.04 0.00
634_L 187_N 0.80 0.04 0.00
654_A 731_V 0.79 0.04 0.00
477_V 708_I 0.79 0.04 0.00
536_F 734_H 0.79 0.04 0.00
396_L 512_I 0.79 0.04 0.00
313_I 670_R 0.79 0.04 0.00
162_G 406_V 0.79 0.04 0.00
536_F 549_S 0.79 0.04 0.00
651_S 193_A 0.79 0.04 0.00
318_G 288_A 0.79 0.04 0.00
477_V 754_L 0.79 0.04 0.00
647_V 534_L 0.79 0.04 0.00
524_I 731_V 0.79 0.04 0.00
426_T 550_Y 0.79 0.04 0.00
508_L 653_D 0.79 0.04 0.00
536_F 667_N 0.79 0.04 0.00
536_F 695_D 0.79 0.04 0.00
536_F 697_G 0.79 0.04 0.00
536_F 699_G 0.79 0.04 0.00
536_F 719_G 0.79 0.04 0.00
536_F 721_G 0.79 0.04 0.00
536_F 723_G 0.79 0.04 0.00
536_F 747_G 0.79 0.04 0.00
522_G 556_L 0.78 0.04 0.00
534_A 748_S 0.78 0.04 0.00
326_N 594_I 0.78 0.04 0.00
534_A 710_D 0.78 0.04 0.00
265_E 310_G 0.78 0.04 0.00
508_L 667_N 0.78 0.04 0.00
508_L 695_D 0.78 0.04 0.00
508_L 697_G 0.78 0.04 0.00
508_L 699_G 0.78 0.04 0.00
508_L 719_G 0.78 0.04 0.00
508_L 721_G 0.78 0.04 0.00
508_L 723_G 0.78 0.04 0.00
508_L 747_G 0.78 0.04 0.00
326_N 555_P 0.78 0.04 0.00
318_G 309_W 0.78 0.04 0.00
359_G 746_N 0.78 0.04 0.00
321_A 553_R 0.78 0.04 0.00
573_I 602_Q 0.78 0.04 0.00
540_L 259_A 0.78 0.04 0.00
598_L 316_L 0.78 0.04 0.00
450_I 725_A 0.77 0.04 0.00
428_V 648_G 0.77 0.04 0.00
629_I 523_L 0.77 0.04 0.00
492_I 734_H 0.77 0.04 0.00
489_M 295_T 0.77 0.04 0.00
273_S 195_G 0.77 0.04 0.00
496_F 653_D 0.77 0.04 0.00
336_D 725_A 0.77 0.04 0.00
114_G 678_V 0.77 0.04 0.00
325_N 555_P 0.77 0.04 0.00
321_A 671_Q 0.77 0.04 0.00
317_A 546_G 0.77 0.04 0.00
508_L 712_F 0.77 0.04 0.00
671_L 166_F 0.77 0.04 0.00
435_A 745_G 0.77 0.04 0.00
577_E 425_G 0.77 0.04 0.00
190_A 517_V 0.77 0.04 0.00
498_T 669_L 0.77 0.04 0.00
510_L 667_N 0.77 0.04 0.00
510_L 695_D 0.77 0.04 0.00
510_L 697_G 0.77 0.04 0.00
510_L 699_G 0.77 0.04 0.00
510_L 719_G 0.77 0.04 0.00
510_L 721_G 0.77 0.04 0.00
510_L 723_G 0.77 0.04 0.00
510_L 747_G 0.77 0.04 0.00
446_G 664_L 0.76 0.04 0.00
325_N 545_V 0.76 0.04 0.00
321_A 594_I 0.76 0.04 0.00
326_N 669_L 0.76 0.04 0.00
311_Q 752_C 0.76 0.04 0.00
624_V 566_L 0.76 0.04 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1863 seconds.