May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cI_B_D
Genes: A B A+B
Length: 613 485 1083
Sequences: 2092 1691 1050
Seq/Len: 3.41 3.49 0.97
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.90
5 0.00 0.00 0.92
10 0.00 0.00 0.93
20 0.00 0.01 0.93
100 0.00 0.01 0.95
∞ 0.01 0.02 0.96
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
595_V 162_L 1.43 0.71 0.01
176_V 81_L 1.39 0.68 0.01
374_L 297_L 1.33 0.62 0.01
121_N 389_T 1.24 0.54 0.00
138_L 175_A 1.23 0.53 0.00
373_P 367_W 1.21 0.52 0.00
264_Y 106_Y 1.19 0.50 0.00
298_A 418_S 1.16 0.47 0.00
306_R 297_L 1.15 0.47 0.00
142_G 139_L 1.09 0.41 0.00
85_S 19_L 1.08 0.41 0.00
36_G 192_N 1.08 0.41 0.00
193_G 416_V 1.08 0.40 0.00
345_L 472_Q 1.07 0.40 0.00
99_I 175_A 1.06 0.39 0.00
430_F 362_Y 1.05 0.38 0.00
591_L 161_I 1.04 0.37 0.00
38_V 183_D 1.03 0.36 0.00
174_T 246_S 1.03 0.36 0.00
591_L 232_Q 1.01 0.34 0.00
41_A 59_G 0.98 0.32 0.00
15_F 433_Y 0.98 0.32 0.00
436_V 147_F 0.98 0.32 0.00
157_Y 167_S 0.96 0.30 0.00
86_L 276_I 0.96 0.30 0.00
260_T 139_L 0.95 0.29 0.00
142_G 246_S 0.94 0.29 0.00
462_I 429_A 0.94 0.29 0.00
273_F 277_A 0.93 0.28 0.00
522_I 378_V 0.93 0.28 0.00
68_M 390_L 0.92 0.27 0.00
101_M 221_V 0.92 0.27 0.00
124_I 175_A 0.92 0.27 0.00
282_L 181_S 0.92 0.27 0.00
394_A 190_G 0.92 0.27 0.00
365_M 288_A 0.91 0.27 0.00
169_K 391_G 0.91 0.27 0.00
385_A 161_I 0.91 0.26 0.00
234_P 285_N 0.91 0.26 0.00
301_Q 333_Y 0.90 0.26 0.00
434_F 421_G 0.90 0.26 0.00
362_I 411_V 0.90 0.26 0.00
418_G 394_G 0.90 0.26 0.00
505_I 8_L 0.90 0.26 0.00
260_T 160_T 0.90 0.26 0.00
440_K 367_W 0.90 0.25 0.00
114_S 137_L 0.90 0.25 0.00
94_G 175_A 0.89 0.25 0.00
87_T 336_S 0.89 0.25 0.00
266_I 255_M 0.89 0.25 0.00
118_A 383_L 0.88 0.24 0.00
265_L 289_L 0.88 0.24 0.00
304_I 239_S 0.88 0.24 0.00
197_F 118_L 0.88 0.24 0.00
140_Y 111_I 0.88 0.24 0.00
358_H 421_G 0.87 0.24 0.00
430_F 172_F 0.87 0.23 0.00
394_A 70_D 0.86 0.23 0.00
500_V 310_L 0.86 0.23 0.00
362_I 164_A 0.86 0.23 0.00
96_G 175_A 0.86 0.23 0.00
219_T 73_A 0.86 0.23 0.00
273_F 381_L 0.86 0.23 0.00
79_L 149_Q 0.86 0.23 0.00
136_L 432_L 0.86 0.23 0.00
459_V 279_A 0.86 0.23 0.00
14_G 344_V 0.85 0.23 0.00
157_Y 160_T 0.85 0.23 0.00
306_R 225_L 0.85 0.23 0.00
193_G 73_A 0.85 0.23 0.00
45_T 178_Y 0.85 0.23 0.00
422_A 243_A 0.85 0.23 0.00
554_L 423_Y 0.85 0.23 0.00
101_M 438_E 0.85 0.23 0.00
362_I 161_I 0.85 0.23 0.00
116_F 280_S 0.85 0.22 0.00
185_L 441_G 0.85 0.22 0.00
286_V 294_I 0.85 0.22 0.00
140_Y 389_T 0.85 0.22 0.00
184_A 68_R 0.85 0.22 0.00
464_S 232_Q 0.84 0.22 0.00
125_A 128_L 0.84 0.22 0.00
183_F 65_P 0.84 0.22 0.00
104_S 164_A 0.84 0.21 0.00
227_V 165_A 0.84 0.21 0.00
137_L 286_L 0.83 0.21 0.00
321_L 80_V 0.83 0.21 0.00
121_N 175_A 0.83 0.21 0.00
320_F 426_L 0.83 0.21 0.00
17_L 367_W 0.83 0.21 0.00
244_A 172_F 0.83 0.21 0.00
81_L 177_V 0.83 0.21 0.00
163_N 246_S 0.83 0.21 0.00
264_Y 251_F 0.83 0.21 0.00
264_Y 280_S 0.83 0.21 0.00
133_A 116_G 0.82 0.21 0.00
172_V 113_A 0.82 0.21 0.00
308_L 246_S 0.82 0.21 0.00
198_R 243_A 0.82 0.21 0.00
356_C 308_Y 0.82 0.21 0.00
15_F 174_M 0.82 0.20 0.00
139_M 195_D 0.82 0.20 0.00
140_Y 172_F 0.82 0.20 0.00
548_V 209_L 0.82 0.20 0.00
388_A 306_L 0.82 0.20 0.00
13_I 110_L 0.82 0.20 0.00
163_N 172_F 0.82 0.20 0.00
78_N 283_F 0.82 0.20 0.00
430_F 285_N 0.82 0.20 0.00
426_S 261_A 0.81 0.20 0.00
197_F 116_G 0.81 0.20 0.00
285_I 193_L 0.81 0.20 0.00
308_L 422_L 0.81 0.20 0.00
455_L 283_F 0.81 0.20 0.00
323_L 219_S 0.81 0.20 0.00
140_Y 162_L 0.81 0.20 0.00
331_A 126_A 0.81 0.20 0.00
13_I 85_L 0.81 0.20 0.00
379_F 279_A 0.81 0.20 0.00
233_L 112_A 0.81 0.20 0.00
417_A 463_L 0.81 0.20 0.00
224_G 44_G 0.81 0.20 0.00
81_L 311_V 0.80 0.20 0.00
81_L 221_V 0.80 0.20 0.00
260_T 162_L 0.80 0.20 0.00
121_N 77_T 0.80 0.19 0.00
142_G 471_P 0.80 0.19 0.00
43_L 318_T 0.80 0.19 0.00
173_V 289_L 0.80 0.19 0.00
234_P 468_G 0.80 0.19 0.00
547_K 474_L 0.80 0.19 0.00
394_A 331_A 0.80 0.19 0.00
605_V 283_F 0.80 0.19 0.00
233_L 254_V 0.79 0.19 0.00
432_M 227_T 0.79 0.19 0.00
45_T 175_A 0.79 0.19 0.00
56_G 19_L 0.79 0.19 0.00
38_V 386_I 0.79 0.19 0.00
89_L 166_A 0.79 0.18 0.00
157_Y 102_K 0.78 0.18 0.00
410_G 245_A 0.78 0.18 0.00
450_G 112_A 0.78 0.18 0.00
174_T 242_L 0.78 0.18 0.00
270_H 238_V 0.78 0.18 0.00
277_P 308_Y 0.78 0.18 0.00
172_V 436_A 0.78 0.18 0.00
534_W 215_G 0.78 0.18 0.00
404_A 308_Y 0.78 0.18 0.00
459_V 455_I 0.78 0.18 0.00
31_A 279_A 0.77 0.18 0.00
138_L 121_N 0.77 0.18 0.00
48_I 459_I 0.77 0.18 0.00
168_M 347_M 0.77 0.18 0.00
145_G 302_S 0.77 0.18 0.00
475_L 297_L 0.77 0.18 0.00
283_V 366_F 0.77 0.17 0.00
145_G 176_L 0.77 0.17 0.00
204_A 168_S 0.77 0.17 0.00
462_I 142_L 0.77 0.17 0.00
267_A 66_L 0.76 0.17 0.00
388_A 179_A 0.76 0.17 0.00
583_L 394_G 0.76 0.17 0.00
16_V 279_A 0.76 0.17 0.00
89_L 227_T 0.76 0.17 0.00
321_L 164_A 0.76 0.17 0.00
22_R 409_W 0.76 0.17 0.00
270_H 242_L 0.76 0.17 0.00
163_N 269_I 0.76 0.17 0.00
394_A 114_L 0.76 0.17 0.00
531_L 166_A 0.76 0.17 0.00
451_V 276_I 0.76 0.17 0.00
96_G 169_F 0.76 0.17 0.00
122_L 115_G 0.76 0.17 0.00
397_F 408_W 0.76 0.17 0.00
236_Q 175_A 0.75 0.17 0.00
333_F 241_F 0.75 0.17 0.00
13_I 319_G 0.75 0.17 0.00
142_G 162_L 0.75 0.17 0.00
462_I 327_G 0.75 0.17 0.00
464_S 138_P 0.75 0.17 0.00
331_A 200_E 0.75 0.17 0.00
605_V 402_G 0.75 0.17 0.00
103_A 429_A 0.75 0.17 0.00
194_T 122_A 0.75 0.17 0.00
470_L 308_Y 0.75 0.17 0.00
286_V 337_S 0.75 0.16 0.00
387_S 219_S 0.74 0.16 0.00
125_A 131_G 0.74 0.16 0.00
427_L 236_A 0.74 0.16 0.00
39_G 402_G 0.74 0.16 0.00
194_T 138_P 0.74 0.16 0.00
224_G 131_G 0.74 0.16 0.00
109_G 219_S 0.74 0.16 0.00
369_R 362_Y 0.74 0.16 0.00
24_R 234_A 0.74 0.16 0.00
301_Q 382_S 0.74 0.16 0.00
135_N 298_L 0.74 0.16 0.00
519_V 294_I 0.74 0.16 0.00
44_V 206_G 0.74 0.16 0.00
122_L 426_L 0.74 0.16 0.00
488_G 396_F 0.74 0.16 0.00
104_S 139_L 0.73 0.16 0.00
139_M 209_L 0.73 0.16 0.00
174_T 163_S 0.73 0.16 0.00
441_E 279_A 0.73 0.16 0.00
464_S 22_V 0.73 0.16 0.00
474_P 390_L 0.73 0.16 0.00
362_I 166_A 0.73 0.16 0.00
276_T 415_V 0.73 0.16 0.00
272_L 73_A 0.73 0.16 0.00
81_L 344_V 0.73 0.16 0.00
602_A 303_I 0.73 0.16 0.00
410_G 193_L 0.73 0.16 0.00
86_L 175_A 0.73 0.16 0.00
560_L 309_L 0.73 0.16 0.00
307_V 288_A 0.73 0.16 0.00
415_M 278_F 0.73 0.16 0.00
68_M 383_L 0.73 0.15 0.00
136_L 246_S 0.73 0.15 0.00
454_S 467_L 0.73 0.15 0.00
372_I 176_L 0.73 0.15 0.00
272_L 433_Y 0.73 0.15 0.00
316_I 119_L 0.73 0.15 0.00
453_H 279_A 0.73 0.15 0.00
141_L 168_S 0.73 0.15 0.00
499_V 49_L 0.72 0.15 0.00
343_A 215_G 0.72 0.15 0.00
375_V 163_S 0.72 0.15 0.00
138_L 225_L 0.72 0.15 0.00
541_F 380_M 0.72 0.15 0.00
33_V 78_G 0.72 0.15 0.00
132_L 389_T 0.72 0.15 0.00
164_G 152_S 0.72 0.15 0.00
352_V 140_F 0.72 0.15 0.00
515_K 415_V 0.72 0.15 0.00
117_F 87_T 0.72 0.15 0.00
192_L 286_L 0.72 0.15 0.00
160_D 180_Q 0.72 0.15 0.00
173_V 169_F 0.72 0.15 0.00
382_G 203_L 0.72 0.15 0.00
331_A 214_L 0.72 0.15 0.00
180_F 124_H 0.72 0.15 0.00
353_I 293_N 0.72 0.15 0.00
45_T 445_P 0.72 0.15 0.00
220_L 358_S 0.72 0.15 0.00
503_V 462_L 0.72 0.15 0.00
40_L 107_L 0.72 0.15 0.00
244_A 246_S 0.72 0.15 0.00
141_L 144_G 0.72 0.15 0.00
354_L 399_L 0.72 0.15 0.00
397_F 461_A 0.72 0.15 0.00
200_M 67_M 0.72 0.15 0.00
459_V 39_T 0.72 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0525 seconds.