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OPENSEQ.org
wspEwspR
Genes: A B A+B
Length: 769 347 1091
Sequences: 1031 3627 123
Seq/Len: 1.34 10.45 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.02 0.01
2 0.01 0.03 0.09
5 0.01 0.04 0.09
10 0.01 0.05 0.10
20 0.01 0.05 0.11
100 0.02 0.08 0.21
∞ 0.07 0.16 0.45
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
200_D 274_V 1.72 0.30 0.00
89_E 250_Y 1.58 0.24 0.00
341_V 166_V 1.49 0.21 0.00
409_V 247_A 1.47 0.21 0.00
343_E 185_F 1.43 0.19 0.00
414_F 82_L 1.33 0.16 0.00
544_L 244_S 1.33 0.16 0.00
520_I 236_I 1.31 0.16 0.00
12_L 81_L 1.26 0.14 0.00
28_A 185_F 1.25 0.14 0.00
603_L 204_S 1.25 0.14 0.00
726_S 49_C 1.24 0.14 0.00
433_F 51_D 1.24 0.14 0.00
481_V 220_F 1.23 0.14 0.00
433_F 54_Q 1.22 0.13 0.00
625_L 250_Y 1.21 0.13 0.00
608_P 76_V 1.21 0.13 0.00
69_A 25_D 1.21 0.13 0.00
481_V 277_T 1.21 0.13 0.00
304_F 204_S 1.21 0.13 0.00
433_F 243_S 1.20 0.13 0.00
43_L 45_D 1.19 0.13 0.00
98_C 294_L 1.19 0.13 0.00
561_V 300_V 1.19 0.13 0.00
483_V 184_H 1.19 0.13 0.00
308_L 274_V 1.19 0.13 0.00
7_R 322_A 1.18 0.12 0.00
104_I 236_I 1.17 0.12 0.00
76_L 240_C 1.16 0.12 0.00
755_A 41_E 1.16 0.12 0.00
433_F 288_P 1.15 0.12 0.00
344_K 316_I 1.15 0.12 0.00
432_L 134_R 1.15 0.12 0.00
537_G 79_L 1.15 0.12 0.00
308_L 230_R 1.14 0.12 0.00
463_L 228_A 1.14 0.12 0.00
754_E 94_I 1.14 0.12 0.00
365_E 56_V 1.14 0.12 0.00
61_G 144_Q 1.13 0.12 0.00
472_R 91_T 1.13 0.11 0.00
494_V 220_F 1.13 0.11 0.00
694_I 205_L 1.13 0.11 0.00
68_V 204_S 1.13 0.11 0.00
494_V 184_H 1.12 0.11 0.00
549_E 185_F 1.12 0.11 0.00
296_A 317_E 1.12 0.11 0.00
439_M 151_R 1.12 0.11 0.00
53_L 76_V 1.12 0.11 0.00
200_D 223_V 1.12 0.11 0.00
471_Q 265_G 1.11 0.11 0.00
692_L 323_L 1.10 0.11 0.00
494_V 288_P 1.10 0.11 0.00
430_A 232_V 1.10 0.11 0.00
712_R 73_M 1.09 0.11 0.00
509_I 155_E 1.09 0.11 0.00
465_G 115_G 1.09 0.11 0.00
379_T 331_R 1.09 0.10 0.00
474_G 44_I 1.08 0.10 0.00
436_G 120_L 1.08 0.10 0.00
382_A 253_E 1.08 0.10 0.00
695_T 75_G 1.07 0.10 0.00
336_Q 101_T 1.07 0.10 0.00
705_I 49_C 1.07 0.10 0.00
647_R 232_V 1.07 0.10 0.00
439_M 165_L 1.07 0.10 0.00
433_F 53_Q 1.07 0.10 0.00
483_V 166_V 1.07 0.10 0.00
465_G 122_K 1.07 0.10 0.00
356_A 297_S 1.07 0.10 0.00
586_P 111_A 1.06 0.10 0.00
409_V 91_T 1.06 0.10 0.00
726_S 123_L 1.06 0.10 0.00
401_D 210_V 1.06 0.10 0.00
132_G 278_V 1.06 0.10 0.00
363_A 316_I 1.06 0.10 0.00
544_L 43_G 1.05 0.10 0.00
302_R 100_S 1.05 0.10 0.00
39_Q 244_S 1.05 0.10 0.00
486_T 67_I 1.05 0.10 0.00
465_G 26_D 1.05 0.10 0.00
60_V 232_V 1.04 0.10 0.00
436_G 179_L 1.04 0.10 0.00
455_A 165_L 1.04 0.10 0.00
463_L 220_F 1.03 0.10 0.00
208_K 288_P 1.03 0.10 0.00
298_A 29_M 1.03 0.10 0.00
720_L 298_I 1.03 0.10 0.00
455_A 111_A 1.03 0.10 0.00
595_R 256_A 1.03 0.09 0.00
381_R 212_Y 1.02 0.09 0.00
15_F 73_M 1.02 0.09 0.00
234_S 104_E 1.02 0.09 0.00
127_V 93_D 1.02 0.09 0.00
502_Y 21_V 1.01 0.09 0.00
398_G 273_K 1.01 0.09 0.00
747_A 173_S 1.01 0.09 0.00
472_R 230_R 1.01 0.09 0.00
509_I 328_N 1.01 0.09 0.00
195_T 274_V 1.01 0.09 0.00
224_Q 257_M 1.01 0.09 0.00
355_N 299_G 1.01 0.09 0.00
395_D 299_G 1.01 0.09 0.00
397_G 299_G 1.01 0.09 0.00
399_G 299_G 1.01 0.09 0.00
448_G 299_G 1.01 0.09 0.00
450_G 299_G 1.01 0.09 0.00
452_G 299_G 1.01 0.09 0.00
341_V 288_P 1.01 0.09 0.00
695_T 208_I 1.00 0.09 0.00
130_L 278_V 1.00 0.09 0.00
477_T 298_I 1.00 0.09 0.00
46_C 111_A 1.00 0.09 0.00
439_M 316_I 1.00 0.09 0.00
697_I 316_I 1.00 0.09 0.00
416_T 274_V 1.00 0.09 0.00
305_A 31_G 0.99 0.09 0.00
541_A 46_F 0.99 0.09 0.00
210_L 204_S 0.99 0.09 0.00
341_V 72_V 0.99 0.09 0.00
56_A 65_T 0.99 0.09 0.00
96_Q 41_E 0.99 0.09 0.00
598_S 300_V 0.99 0.09 0.00
455_A 180_S 0.99 0.09 0.00
355_N 213_F 0.99 0.09 0.00
395_D 213_F 0.99 0.09 0.00
397_G 213_F 0.99 0.09 0.00
399_G 213_F 0.99 0.09 0.00
448_G 213_F 0.99 0.09 0.00
450_G 213_F 0.99 0.09 0.00
452_G 213_F 0.99 0.09 0.00
341_V 184_H 0.98 0.09 0.00
512_M 331_R 0.98 0.09 0.00
509_I 288_P 0.98 0.09 0.00
565_R 171_M 0.98 0.09 0.00
601_A 52_P 0.98 0.09 0.00
728_K 98_V 0.98 0.09 0.00
583_V 242_R 0.98 0.09 0.00
500_E 119_Y 0.98 0.09 0.00
476_G 299_G 0.98 0.09 0.00
727_Y 123_L 0.98 0.09 0.00
428_L 55_A 0.98 0.09 0.00
355_N 70_D 0.97 0.09 0.00
395_D 70_D 0.97 0.09 0.00
397_G 70_D 0.97 0.09 0.00
399_G 70_D 0.97 0.09 0.00
448_G 70_D 0.97 0.09 0.00
450_G 70_D 0.97 0.09 0.00
452_G 70_D 0.97 0.09 0.00
520_I 102_K 0.97 0.09 0.00
381_R 94_I 0.97 0.09 0.00
343_E 230_R 0.97 0.09 0.00
599_A 100_S 0.97 0.09 0.00
758_D 102_K 0.97 0.09 0.00
106_T 276_R 0.97 0.09 0.00
276_A 94_I 0.97 0.09 0.00
393_L 184_H 0.97 0.09 0.00
353_L 66_V 0.97 0.09 0.00
130_L 106_T 0.97 0.08 0.00
599_A 123_L 0.96 0.08 0.00
52_S 65_T 0.96 0.08 0.00
398_G 104_E 0.96 0.08 0.00
398_G 296_V 0.96 0.08 0.00
389_L 112_F 0.96 0.08 0.00
727_Y 121_V 0.96 0.08 0.00
299_S 82_L 0.96 0.08 0.00
376_G 274_V 0.96 0.08 0.00
20_E 274_V 0.96 0.08 0.00
579_E 246_L 0.96 0.08 0.00
476_G 213_F 0.96 0.08 0.00
463_L 144_Q 0.96 0.08 0.00
540_S 257_M 0.96 0.08 0.00
453_L 121_V 0.95 0.08 0.00
207_S 18_A 0.95 0.08 0.00
433_F 142_A 0.95 0.08 0.00
129_R 269_L 0.95 0.08 0.00
616_D 65_T 0.95 0.08 0.00
409_V 100_S 0.95 0.08 0.00
268_Q 274_V 0.95 0.08 0.00
544_L 96_I 0.95 0.08 0.00
226_L 204_S 0.94 0.08 0.00
308_L 333_Q 0.94 0.08 0.00
476_G 70_D 0.94 0.08 0.00
659_E 25_D 0.94 0.08 0.00
319_G 29_M 0.94 0.08 0.00
686_R 111_A 0.94 0.08 0.00
720_L 205_L 0.94 0.08 0.00
391_L 239_G 0.94 0.08 0.00
483_V 171_M 0.94 0.08 0.00
717_L 51_D 0.94 0.08 0.00
546_Q 261_G 0.94 0.08 0.00
19_A 31_G 0.94 0.08 0.00
328_L 67_I 0.94 0.08 0.00
764_I 49_C 0.94 0.08 0.00
594_V 278_V 0.94 0.08 0.00
314_M 23_L 0.93 0.08 0.00
509_I 18_A 0.93 0.08 0.00
208_K 166_V 0.93 0.08 0.00
563_R 166_V 0.93 0.08 0.00
571_V 73_M 0.93 0.08 0.00
376_G 25_D 0.93 0.08 0.00
390_V 94_I 0.93 0.08 0.00
616_D 66_V 0.93 0.08 0.00
739_D 236_I 0.93 0.08 0.00
626_S 41_E 0.93 0.08 0.00
465_G 78_G 0.92 0.08 0.00
109_A 278_V 0.92 0.08 0.00
376_G 31_G 0.92 0.08 0.00
370_A 274_V 0.92 0.08 0.00
585_M 166_V 0.92 0.08 0.00
671_D 163_T 0.92 0.08 0.00
542_A 329_N 0.92 0.08 0.00
600_G 94_I 0.92 0.08 0.00
47_M 112_F 0.92 0.08 0.00
584_V 45_D 0.92 0.08 0.00
344_K 91_T 0.92 0.08 0.00
737_G 66_V 0.92 0.08 0.00
502_Y 121_V 0.92 0.08 0.00
749_A 56_V 0.91 0.08 0.00
216_I 228_A 0.91 0.08 0.00
509_I 250_Y 0.91 0.08 0.00
540_S 190_E 0.91 0.08 0.00
727_Y 66_V 0.91 0.08 0.00
757_L 24_V 0.91 0.08 0.00
194_V 96_I 0.91 0.08 0.00
718_Q 294_L 0.91 0.08 0.00
382_A 25_D 0.91 0.08 0.00
312_A 185_F 0.91 0.07 0.00
8_D 240_C 0.91 0.07 0.00
16_R 84_A 0.91 0.07 0.00
596_D 94_I 0.91 0.07 0.00
208_K 294_L 0.91 0.07 0.00
433_F 317_E 0.91 0.07 0.00
585_M 288_P 0.91 0.07 0.00
595_R 294_L 0.90 0.07 0.00
488_S 112_F 0.90 0.07 0.00
661_E 253_E 0.90 0.07 0.00
463_L 191_M 0.90 0.07 0.00
562_V 144_Q 0.90 0.07 0.00
758_D 275_R 0.90 0.07 0.00
376_G 22_L 0.90 0.07 0.00
319_G 240_C 0.90 0.07 0.00
722_V 132_R 0.90 0.07 0.00
678_G 255_F 0.90 0.07 0.00
195_T 257_M 0.90 0.07 0.00
428_L 44_I 0.90 0.07 0.00
504_F 79_L 0.90 0.07 0.00
626_S 43_G 0.90 0.07 0.00
593_K 128_E 0.90 0.07 0.00
39_Q 314_V 0.90 0.07 0.00
312_A 308_G 0.90 0.07 0.00
623_K 133_I 0.90 0.07 0.00
681_G 82_L 0.89 0.07 0.00
379_T 212_Y 0.89 0.07 0.00
444_T 235_A 0.89 0.07 0.00
544_L 190_E 0.89 0.07 0.00
416_T 185_F 0.89 0.07 0.00
469_M 142_A 0.89 0.07 0.00
579_E 71_L 0.89 0.07 0.00
409_V 21_V 0.89 0.07 0.00
603_L 62_I 0.89 0.07 0.00
698_D 121_V 0.89 0.07 0.00
666_L 314_V 0.89 0.07 0.00
666_L 322_A 0.89 0.07 0.00
271_L 258_V 0.89 0.07 0.00
416_T 215_S 0.89 0.07 0.00
454_D 68_L 0.89 0.07 0.00
537_G 23_L 0.89 0.07 0.00
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559_V 305_P 0.85 0.07 0.00
264_I 19_V 0.85 0.07 0.00
208_K 220_F 0.85 0.07 0.00
129_R 268_R 0.85 0.07 0.00
373_P 236_I 0.85 0.07 0.00
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53_L 239_G 0.84 0.07 0.00
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135_R 89_P 0.84 0.07 0.00
505_P 77_D 0.84 0.07 0.00
508_H 180_S 0.84 0.07 0.00
585_M 250_Y 0.84 0.07 0.00
341_V 171_M 0.84 0.07 0.00
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Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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