May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-401E-60
Genes: A B A+B
Length: 513 460 959
Sequences: 1663 1255 1169
Seq/Len: 3.24 2.73 1.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.94
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.05
2 0.00 0.00 0.97
5 0.00 0.00 1.01
10 0.00 0.00 1.19
20 0.00 0.00 1.20
100 0.00 0.00 1.25
∞ 0.01 0.01 1.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. Blue filled circles are GREMLIN results (Scaled_score >1). The grey/red filled circles underneath are pdb residue contacts (min distance < 5 Angstroms). The shade of the circles is based on HHsearch results which uses the overall probability and per-site alignment confidence. Inter-chain contacts in the pdb are in shades of red. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
141_S 192_H 3.13 1.00 1.00
137_I 191_Y 2.21 0.99 0.97
132_I 58_G 2.19 0.98 0.96
372_I 328_S 1.93 0.96 0.92
136_V 207_Y 1.66 0.89 0.81
250_R 89_M 1.56 0.85 0.74
369_N 328_S 1.53 0.84 0.72
401_R 328_S 1.51 0.82 0.70
266_Q 120_L 1.48 0.81 0.68
399_Q 399_R 1.46 0.80 0.66
209_V 117_Y 1.43 0.77 0.63
394_R 328_S 1.35 0.71 0.56
136_V 96_V 1.30 0.68 0.50
115_I 117_Y 1.26 0.64 0.46
138_E 98_M 1.26 0.64 0.46
420_Q 442_Q 1.25 0.63 0.45
250_R 207_Y 1.25 0.63 0.45
251_D 89_M 1.24 0.61 0.43
399_Q 445_Y 1.21 0.59 0.40
250_R 227_M 1.17 0.56 0.36
356_E 328_S 1.17 0.56 0.36
182_A 78_V 1.17 0.55 0.36
356_E 398_Q 1.16 0.54 0.35
354_F 191_Y 1.15 0.54 0.34
202_A 120_L 1.13 0.51 0.32
68_R 17_E 1.13 0.51 0.32
273_I 134_I 1.12 0.50 0.31
244_A 61_D 1.11 0.49 0.30
258_I 55_I 1.11 0.49 0.30
172_Q 321_V 1.10 0.48 0.29
404_A 137_M 1.10 0.48 0.29
341_V 250_L 1.10 0.48 0.29
67_E 8_Q 1.07 0.46 0.27
136_V 165_R 1.06 0.45 0.26
38_V 262_M 1.06 0.44 0.25
394_R 223_T 1.05 0.43 0.24
341_V 246_Y 1.05 0.43 0.24
379_G 410_V 1.04 0.43 0.24
243_C 216_N 1.04 0.43 0.24
404_A 69_V 1.04 0.42 0.24
250_R 92_L 1.03 0.41 0.23
47_C 262_M 1.03 0.41 0.23
207_N 120_L 1.02 0.41 0.22
48_M 64_R 1.01 0.39 0.21
214_E 348_L 1.01 0.39 0.21
380_A 410_V 1.00 0.39 0.20
272_Q 218_L 1.00 0.39 0.20
141_S 188_N 0.99 0.38 0.20
446_L 451_E 0.99 0.38 0.19
333_Q 310_A 0.99 0.37 0.19
379_G 427_G 0.98 0.37 0.19
272_Q 274_E 0.98 0.37 0.19
12_I 84_T 0.97 0.36 0.18
137_I 399_R 0.97 0.36 0.18
356_E 344_Q 0.97 0.36 0.18
268_V 273_A 0.97 0.36 0.18
141_S 410_V 0.97 0.36 0.18
436_Y 346_D 0.96 0.35 0.18
9_S 191_Y 0.96 0.35 0.17
259_I 96_V 0.96 0.35 0.17
50_G 61_D 0.95 0.35 0.17
457_A 224_G 0.95 0.34 0.17
354_F 276_M 0.95 0.34 0.16
141_S 55_I 0.94 0.33 0.16
157_I 71_D 0.94 0.33 0.16
354_F 249_T 0.94 0.33 0.16
400_Y 224_G 0.93 0.33 0.15
256_A 161_M 0.93 0.32 0.15
172_Q 311_T 0.92 0.32 0.15
341_V 248_Y 0.92 0.32 0.15
84_E 48_G 0.92 0.32 0.14
229_S 114_A 0.92 0.31 0.14
368_V 447_V 0.91 0.31 0.14
336_D 241_F 0.91 0.31 0.14
272_Q 242_V 0.91 0.31 0.14
16_I 257_A 0.91 0.31 0.14
137_I 396_K 0.91 0.31 0.14
141_S 196_D 0.91 0.30 0.14
83_A 46_Q 0.91 0.30 0.14
266_Q 249_T 0.90 0.30 0.14
172_Q 304_L 0.90 0.30 0.13
320_K 190_F 0.90 0.30 0.13
372_I 398_Q 0.90 0.30 0.13
280_P 56_A 0.90 0.30 0.13
361_N 362_Q 0.89 0.29 0.13
117_G 118_E 0.89 0.29 0.13
58_N 26_V 0.89 0.29 0.13
90_C 297_V 0.89 0.29 0.13
501_K 134_I 0.89 0.29 0.13
435_Q 348_L 0.88 0.28 0.12
370_P 370_E 0.88 0.28 0.12
340_F 250_L 0.88 0.28 0.12
321_T 207_Y 0.88 0.28 0.12
354_F 146_V 0.87 0.28 0.12
272_Q 88_I 0.87 0.28 0.12
412_D 377_I 0.87 0.28 0.12
457_A 178_A 0.87 0.28 0.12
247_E 289_G 0.86 0.27 0.11
303_R 297_V 0.86 0.27 0.11
430_L 349_V 0.86 0.27 0.11
235_Q 207_Y 0.86 0.27 0.11
182_A 390_V 0.86 0.26 0.11
247_E 87_R 0.86 0.26 0.11
66_L 65_R 0.85 0.26 0.11
249_F 427_G 0.85 0.26 0.11
268_V 380_M 0.85 0.26 0.11
73_A 396_K 0.85 0.26 0.11
250_R 218_L 0.85 0.26 0.10
66_L 222_L 0.85 0.26 0.10
249_F 211_N 0.85 0.26 0.10
403_L 127_L 0.85 0.26 0.10
63_A 12_A 0.84 0.26 0.10
439_M 55_I 0.84 0.26 0.10
461_L 54_T 0.84 0.25 0.10
394_R 332_Y 0.84 0.25 0.10
421_L 236_R 0.84 0.25 0.10
379_G 412_T 0.84 0.25 0.10
41_I 396_K 0.83 0.25 0.10
259_I 278_V 0.83 0.24 0.10
256_A 44_Q 0.83 0.24 0.10
340_F 190_F 0.82 0.24 0.09
335_G 331_I 0.82 0.24 0.09
198_I 117_Y 0.82 0.24 0.09
247_E 211_N 0.82 0.24 0.09
427_V 45_Q 0.82 0.24 0.09
490_G 278_V 0.82 0.24 0.09
321_T 203_V 0.82 0.24 0.09
93_R 142_K 0.82 0.24 0.09
172_Q 191_Y 0.82 0.24 0.09
420_Q 412_T 0.82 0.24 0.09
356_E 446_M 0.81 0.23 0.09
389_L 308_S 0.81 0.23 0.09
62_I 380_M 0.81 0.23 0.09
404_A 446_M 0.81 0.23 0.09
83_A 25_R 0.81 0.23 0.09
45_A 36_N 0.81 0.23 0.09
44_L 65_R 0.81 0.23 0.09
256_A 203_V 0.81 0.23 0.09
79_Y 218_L 0.81 0.23 0.09
362_A 262_M 0.81 0.23 0.09
404_A 396_K 0.81 0.23 0.09
172_Q 343_R 0.80 0.23 0.09
435_Q 346_D 0.80 0.23 0.08
129_V 211_N 0.80 0.23 0.08
251_D 207_Y 0.80 0.22 0.08
141_S 191_Y 0.80 0.22 0.08
268_V 304_L 0.80 0.22 0.08
258_I 192_H 0.80 0.22 0.08
341_V 253_T 0.80 0.22 0.08
255_D 92_L 0.80 0.22 0.08
362_A 370_E 0.79 0.22 0.08
46_D 96_V 0.79 0.22 0.08
136_V 88_I 0.79 0.22 0.08
507_F 235_G 0.79 0.22 0.08
248_Y 207_Y 0.79 0.22 0.08
364_I 55_I 0.79 0.22 0.08
236_Y 242_V 0.79 0.22 0.08
418_R 137_M 0.79 0.22 0.08
63_A 41_L 0.79 0.21 0.08
180_I 426_R 0.79 0.21 0.08
380_A 327_A 0.78 0.21 0.08
396_A 372_K 0.78 0.21 0.08
218_L 328_S 0.78 0.21 0.08
401_R 309_P 0.78 0.21 0.07
320_K 250_L 0.78 0.21 0.07
357_T 276_M 0.78 0.21 0.07
391_G 314_A 0.78 0.21 0.07
259_I 453_A 0.78 0.21 0.07
264_S 200_I 0.78 0.21 0.07
202_A 88_I 0.77 0.21 0.07
321_T 190_F 0.77 0.21 0.07
370_P 50_G 0.77 0.21 0.07
251_D 218_L 0.77 0.21 0.07
420_Q 207_Y 0.77 0.20 0.07
324_L 253_T 0.77 0.20 0.07
415_D 200_I 0.77 0.20 0.07
307_E 224_G 0.77 0.20 0.07
273_I 278_V 0.77 0.20 0.07
49_Q 61_D 0.77 0.20 0.07
12_I 161_M 0.77 0.20 0.07
38_V 84_T 0.77 0.20 0.07
143_D 192_H 0.77 0.20 0.07
268_V 406_F 0.77 0.20 0.07
394_R 197_S 0.76 0.20 0.07
272_Q 432_M 0.76 0.20 0.07
247_E 166_N 0.76 0.20 0.07
90_C 318_A 0.76 0.20 0.07
259_I 420_S 0.76 0.20 0.07
256_A 218_L 0.76 0.20 0.07
156_M 167_I 0.76 0.20 0.07
356_E 399_R 0.76 0.20 0.07
423_H 54_T 0.76 0.20 0.07
208_V 47_L 0.76 0.20 0.07
90_C 9_V 0.76 0.20 0.07
103_L 5_K 0.75 0.19 0.07
207_N 117_Y 0.75 0.19 0.07
92_G 288_T 0.75 0.19 0.07
87_K 249_T 0.75 0.19 0.07
210_R 224_G 0.75 0.19 0.07
397_L 328_S 0.75 0.19 0.06
399_Q 404_P 0.75 0.19 0.06
156_M 262_M 0.75 0.19 0.06
503_I 102_I 0.75 0.19 0.06
329_I 304_L 0.75 0.19 0.06
157_I 134_I 0.75 0.19 0.06
90_C 64_R 0.75 0.19 0.06
3_L 325_Q 0.74 0.19 0.06
64_L 329_L 0.74 0.19 0.06
41_I 19_P 0.74 0.19 0.06
79_Y 27_Y 0.74 0.19 0.06
258_I 262_M 0.74 0.19 0.06
67_E 10_I 0.74 0.19 0.06
256_A 92_L 0.74 0.19 0.06
129_V 85_L 0.74 0.19 0.06
67_E 257_A 0.74 0.19 0.06
394_R 446_M 0.74 0.18 0.06
324_L 161_M 0.74 0.18 0.06
172_Q 166_N 0.74 0.18 0.06
220_N 248_Y 0.74 0.18 0.06
161_R 112_R 0.73 0.18 0.06
213_E 17_E 0.73 0.18 0.06
446_L 335_V 0.73 0.18 0.06
68_R 55_I 0.73 0.18 0.06
185_N 293_S 0.73 0.18 0.06
190_G 96_V 0.73 0.18 0.06
39_I 71_D 0.73 0.18 0.06
90_C 44_Q 0.73 0.18 0.06
132_I 140_F 0.73 0.18 0.06
321_T 250_L 0.73 0.18 0.06
272_Q 205_L 0.73 0.18 0.06
27_N 69_V 0.73 0.18 0.06
143_D 380_M 0.73 0.18 0.06
9_S 57_M 0.73 0.18 0.06
68_R 435_E 0.73 0.18 0.06
369_N 368_Y 0.73 0.18 0.06
59_R 5_K 0.73 0.18 0.06
207_N 124_Q 0.72 0.18 0.06
18_Q 455_E 0.72 0.18 0.06
182_A 95_P 0.72 0.18 0.06
372_I 120_L 0.72 0.18 0.06
308_Y 360_G 0.72 0.18 0.06
252_R 435_E 0.72 0.18 0.06
397_L 408_A 0.72 0.17 0.06
394_R 169_I 0.72 0.17 0.06
75_V 50_G 0.72 0.17 0.06
477_R 352_Q 0.72 0.17 0.06
76_M 406_F 0.72 0.17 0.06
340_F 207_Y 0.72 0.17 0.06
64_L 404_P 0.72 0.17 0.05
364_I 368_Y 0.72 0.17 0.05
417_T 54_T 0.72 0.17 0.05
155_S 165_R 0.72 0.17 0.05
53_I 399_R 0.71 0.17 0.05
236_Y 147_G 0.71 0.17 0.05
7_E 381_D 0.71 0.17 0.05
42_H 8_Q 0.71 0.17 0.05
256_A 148_L 0.71 0.17 0.05
212_L 365_L 0.71 0.17 0.05
293_L 296_A 0.71 0.17 0.05
41_I 1_M 0.71 0.17 0.05
320_K 159_N 0.71 0.17 0.05
49_Q 274_E 0.71 0.17 0.05
51_E 281_E 0.71 0.17 0.05
321_T 344_Q 0.71 0.17 0.05
12_I 49_G 0.71 0.17 0.05
482_L 19_P 0.71 0.17 0.05
320_K 253_T 0.71 0.17 0.05
137_I 165_R 0.71 0.17 0.05
445_S 421_L 0.71 0.17 0.05
66_L 110_I 0.71 0.17 0.05
385_I 308_S 0.71 0.17 0.05
428_T 362_Q 0.71 0.17 0.05
6_T 240_L 0.71 0.17 0.05
410_A 69_V 0.71 0.17 0.05
273_I 127_L 0.71 0.17 0.05
345_V 189_D 0.71 0.17 0.05
72_G 374_I 0.71 0.17 0.05
136_V 224_G 0.71 0.17 0.05
126_F 165_R 0.71 0.17 0.05
430_L 435_E 0.71 0.17 0.05
372_I 174_Y 0.70 0.17 0.05
410_A 60_S 0.70 0.17 0.05
159_I 43_V 0.70 0.17 0.05
52_M 69_V 0.70 0.17 0.05
168_I 284_T 0.70 0.17 0.05
273_I 435_E 0.70 0.17 0.05
482_L 125_E 0.70 0.17 0.05
68_R 51_I 0.70 0.17 0.05
156_M 32_V 0.70 0.17 0.05
443_Q 26_V 0.70 0.16 0.05
362_A 165_R 0.70 0.16 0.05
468_E 410_V 0.70 0.16 0.05
80_A 14_V 0.70 0.16 0.05
290_V 68_D 0.70 0.16 0.05
59_R 452_E 0.70 0.16 0.05
156_M 370_E 0.70 0.16 0.05
357_T 381_D 0.70 0.16 0.05
476_D 224_G 0.70 0.16 0.05
401_R 344_Q 0.70 0.16 0.05
129_V 120_L 0.70 0.16 0.05
412_D 241_F 0.70 0.16 0.05
356_E 174_Y 0.70 0.16 0.05
461_L 356_D 0.70 0.16 0.05
5_S 423_D 0.70 0.16 0.05
358_N 275_E 0.69 0.16 0.05
389_L 236_R 0.69 0.16 0.05
78_P 204_S 0.69 0.16 0.05
357_T 142_K 0.69 0.16 0.05
266_Q 89_M 0.69 0.16 0.05
27_N 137_M 0.69 0.16 0.05
49_Q 216_N 0.69 0.16 0.05
38_V 83_A 0.69 0.16 0.05
132_I 320_V 0.69 0.16 0.05
502_G 455_E 0.69 0.16 0.05
6_T 459_K 0.69 0.16 0.05
70_S 248_Y 0.69 0.16 0.05
395_T 60_S 0.69 0.16 0.05
28_E 248_Y 0.69 0.16 0.05
12_I 7_V 0.69 0.16 0.05
3_L 58_G 0.69 0.16 0.05
379_G 328_S 0.69 0.16 0.05
503_I 433_E 0.69 0.16 0.05
423_H 224_G 0.69 0.16 0.05
235_Q 294_V 0.69 0.16 0.05
9_S 165_R 0.69 0.16 0.05
9_S 184_T 0.69 0.16 0.05
249_F 319_T 0.69 0.16 0.05
461_L 126_L 0.69 0.16 0.05
272_Q 273_A 0.69 0.16 0.05
249_F 323_S 0.69 0.16 0.05
445_S 372_K 0.69 0.16 0.05
25_A 314_A 0.69 0.15 0.04
491_G 101_E 0.69 0.15 0.04
356_E 319_T 0.69 0.15 0.04
129_V 82_K 0.69 0.15 0.04
457_A 54_T 0.68 0.15 0.04
11_L 118_E 0.68 0.15 0.04
180_I 109_A 0.68 0.15 0.04
5_S 49_G 0.68 0.15 0.04
379_G 191_Y 0.68 0.15 0.04
14_Q 141_A 0.68 0.15 0.04
190_G 423_D 0.68 0.15 0.04
272_Q 442_Q 0.68 0.15 0.04
207_N 9_V 0.68 0.15 0.04
372_I 362_Q 0.68 0.15 0.04
379_G 398_Q 0.68 0.15 0.04
204_T 320_V 0.68 0.15 0.04
234_L 438_H 0.68 0.15 0.04
503_I 21_D 0.68 0.15 0.04
172_Q 88_I 0.68 0.15 0.04
36_D 261_R 0.68 0.15 0.04
340_F 216_N 0.68 0.15 0.04
303_R 137_M 0.68 0.15 0.04
68_R 49_G 0.68 0.15 0.04
462_S 433_E 0.68 0.15 0.04
244_A 191_Y 0.68 0.15 0.04
204_T 140_F 0.68 0.15 0.04
250_R 203_V 0.68 0.15 0.04
102_G 20_Q 0.68 0.15 0.04
470_A 451_E 0.68 0.15 0.04
345_V 241_F 0.68 0.15 0.04
9_S 203_V 0.67 0.15 0.04
427_V 134_I 0.67 0.15 0.04
182_A 76_I 0.67 0.15 0.04
273_I 109_A 0.67 0.15 0.04
337_V 323_S 0.67 0.15 0.04
416_A 442_Q 0.67 0.15 0.04
278_R 61_D 0.67 0.15 0.04
207_N 44_Q 0.67 0.15 0.04
5_S 278_V 0.67 0.15 0.04
355_L 368_Y 0.67 0.15 0.04
369_N 425_I 0.67 0.15 0.04
5_S 47_L 0.67 0.15 0.04
244_A 425_I 0.67 0.15 0.04
141_S 57_M 0.67 0.15 0.04
301_A 347_P 0.67 0.15 0.04
268_V 216_N 0.67 0.15 0.04
335_G 317_D 0.67 0.15 0.04
79_Y 236_R 0.67 0.15 0.04
256_A 410_V 0.67 0.15 0.04
96_E 138_C 0.67 0.15 0.04
190_G 128_E 0.67 0.15 0.04
273_I 44_Q 0.67 0.15 0.04
304_V 203_V 0.67 0.15 0.04
86_M 14_V 0.67 0.15 0.04
468_E 436_Y 0.67 0.14 0.04
290_V 380_M 0.67 0.14 0.04
423_H 339_D 0.67 0.14 0.04
92_G 47_L 0.67 0.14 0.04
101_R 398_Q 0.66 0.14 0.04
82_L 386_E 0.66 0.14 0.04
255_D 46_Q 0.66 0.14 0.04
337_V 396_K 0.66 0.14 0.04
494_D 30_L 0.66 0.14 0.04
454_G 453_A 0.66 0.14 0.04
50_G 320_V 0.66 0.14 0.04
194_I 290_S 0.66 0.14 0.04
196_V 317_D 0.66 0.14 0.04
53_I 74_H 0.66 0.14 0.04
27_N 108_W 0.66 0.14 0.04
386_M 434_G 0.66 0.14 0.04
236_Y 192_H 0.66 0.14 0.04
273_I 412_T 0.66 0.14 0.04
483_M 432_M 0.66 0.14 0.04
76_M 178_A 0.66 0.14 0.04
392_G 412_T 0.66 0.14 0.04
394_R 7_V 0.66 0.14 0.04
165_E 96_V 0.66 0.14 0.04
97_V 359_R 0.66 0.14 0.04
211_K 67_L 0.66 0.14 0.04
28_E 55_I 0.66 0.14 0.04
389_L 363_S 0.66 0.14 0.04
131_A 449_S 0.66 0.14 0.04
246_G 184_T 0.66 0.14 0.04
380_A 447_V 0.66 0.14 0.04
92_G 6_I 0.66 0.14 0.04
97_V 362_Q 0.66 0.14 0.04
242_G 284_T 0.66 0.14 0.04
2_Q 323_S 0.66 0.14 0.04
394_R 170_E 0.65 0.14 0.04
304_V 165_R 0.65 0.14 0.04
256_A 320_V 0.65 0.14 0.04
427_V 321_V 0.65 0.14 0.04
147_Q 367_R 0.65 0.14 0.04
153_V 126_L 0.65 0.14 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
HHsearch results
1fx0A:B:A:BContact Map
2ck3ABC:DEF:ABC:DEFContact Map
3gqbBD:AC:BD:ACContact Map
3vr4DEF:ABC:DEF:ABCContact Map
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0192 1.22 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-401E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 4) B:(1E-80, 4) msa: Jackhmmer (2014_03) 1.00 Done
0191 0 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-401E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) Killed
0190 0 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-401E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) Killed
0020 0.01 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-401E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-40, 8) B:(1E-60, 8) (2013_03) Killed - Shared
0019 0.9 ATPA - ATPB decreasing evalue to 1E-60 Δgene:(1, 20) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) (2013_03) 1.00 Done - Shared
0018 0.88 ATPA - ATPB decreasing evalue Δgene:(1, 20) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) (2013_03) 1.00 Done - Shared
0017 0 ATPA - ATPB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) (2013_03) Killed - Shared
Page generated in 0.2851 seconds.