May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
CD11
Genes: A B A+B
Length: 319 686 893
Sequences: 336 788 246
Seq/Len: 1.05 1.15 0.28
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.24
2 0.01 0.01 0.24
5 0.01 0.01 0.24
10 0.01 0.01 0.24
20 0.01 0.01 0.24
100 0.01 0.01 0.24
∞ 0.01 0.06 0.25
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
305_V 108_V 2.19 0.81 0.22
167_I 62_G 1.66 0.50 0.06
101_W 158_L 1.65 0.50 0.06
138_P 105_Y 1.62 0.47 0.05
105_Y 625_L 1.57 0.45 0.04
60_L 483_L 1.57 0.45 0.04
273_I 211_E 1.54 0.43 0.04
44_M 336_A 1.52 0.41 0.04
167_I 153_V 1.49 0.39 0.03
301_I 568_A 1.45 0.36 0.03
228_L 105_Y 1.44 0.36 0.03
142_I 370_V 1.34 0.30 0.02
253_A 463_V 1.33 0.30 0.02
290_A 144_V 1.32 0.29 0.02
303_L 338_I 1.32 0.29 0.02
138_P 48_N 1.30 0.28 0.02
141_V 52_T 1.29 0.28 0.02
273_I 58_I 1.29 0.28 0.02
281_D 48_N 1.29 0.28 0.02
296_P 230_L 1.28 0.27 0.02
288_M 365_V 1.26 0.26 0.02
168_N 439_T 1.25 0.25 0.01
47_L 618_V 1.24 0.25 0.01
131_G 359_R 1.23 0.24 0.01
240_Q 474_V 1.23 0.24 0.01
164_I 48_N 1.22 0.24 0.01
263_F 291_Y 1.22 0.24 0.01
235_I 353_I 1.21 0.24 0.01
228_L 338_I 1.19 0.23 0.01
178_G 568_A 1.17 0.22 0.01
172_V 117_V 1.17 0.22 0.01
167_I 314_E 1.16 0.21 0.01
263_F 531_N 1.16 0.21 0.01
266_S 641_Y 1.16 0.21 0.01
44_M 117_V 1.14 0.20 0.01
51_I 223_I 1.14 0.20 0.01
172_V 228_E 1.14 0.20 0.01
161_N 573_L 1.13 0.20 0.01
145_G 150_V 1.13 0.20 0.01
170_D 259_G 1.13 0.20 0.01
53_S 490_F 1.13 0.20 0.01
173_M 54_L 1.12 0.20 0.01
167_I 87_L 1.12 0.20 0.01
262_L 620_I 1.12 0.20 0.01
225_R 200_Q 1.11 0.19 0.01
155_E 570_D 1.11 0.19 0.01
192_P 483_L 1.10 0.19 0.01
132_I 647_I 1.10 0.18 0.01
269_R 80_S 1.09 0.18 0.01
151_Y 476_S 1.09 0.18 0.01
283_T 570_D 1.09 0.18 0.01
151_Y 643_R 1.08 0.18 0.01
178_G 642_M 1.08 0.18 0.01
155_E 342_P 1.08 0.18 0.01
174_L 63_A 1.08 0.18 0.01
274_A 480_I 1.08 0.18 0.01
225_R 192_V 1.07 0.18 0.01
66_F 78_K 1.07 0.18 0.01
294_Q 642_M 1.07 0.17 0.01
44_M 347_Q 1.07 0.17 0.01
275_I 297_L 1.06 0.17 0.01
278_N 95_L 1.06 0.17 0.01
157_L 87_L 1.06 0.17 0.01
102_F 181_N 1.06 0.17 0.01
57_A 180_S 1.06 0.17 0.01
169_R 256_I 1.06 0.17 0.01
176_Y 52_T 1.06 0.17 0.01
174_L 53_D 1.06 0.17 0.01
164_I 572_E 1.05 0.17 0.01
100_N 79_V 1.05 0.17 0.01
34_K 255_V 1.05 0.17 0.01
226_Q 372_V 1.05 0.17 0.01
154_G 618_V 1.05 0.17 0.01
167_I 250_E 1.05 0.17 0.01
263_F 597_I 1.05 0.17 0.01
103_G 251_R 1.04 0.17 0.01
141_V 558_G 1.04 0.17 0.01
164_I 62_G 1.04 0.16 0.01
123_T 641_Y 1.03 0.16 0.01
154_G 111_E 1.03 0.16 0.01
263_F 533_G 1.03 0.16 0.01
96_V 122_A 1.03 0.16 0.01
294_Q 600_I 1.03 0.16 0.01
269_R 336_A 1.02 0.16 0.01
237_N 284_S 1.02 0.16 0.01
162_A 620_I 1.02 0.16 0.01
138_P 326_V 1.02 0.16 0.01
253_A 97_L 1.02 0.16 0.01
244_V 299_D 1.02 0.16 0.01
277_L 339_V 1.01 0.15 0.01
237_N 365_V 1.01 0.15 0.01
101_W 124_K 1.00 0.15 0.01
171_H 76_Q 1.00 0.15 0.01
247_E 39_W 1.00 0.15 0.01
96_V 109_P 1.00 0.15 0.01
153_Q 192_V 1.00 0.15 0.01
284_D 536_V 1.00 0.15 0.01
138_P 339_V 1.00 0.15 0.01
157_L 216_D 1.00 0.15 0.01
57_A 573_L 1.00 0.15 0.01
155_E 574_I 0.99 0.15 0.01
162_A 180_S 0.99 0.15 0.01
167_I 223_I 0.99 0.15 0.01
101_W 198_V 0.99 0.15 0.01
153_Q 291_Y 0.99 0.15 0.01
125_L 108_V 0.99 0.15 0.01
164_I 499_L 0.99 0.15 0.01
208_A 70_I 0.98 0.14 0.01
157_L 582_D 0.98 0.14 0.01
254_V 144_V 0.98 0.14 0.01
154_G 86_P 0.98 0.14 0.01
47_L 216_D 0.98 0.14 0.01
172_V 213_I 0.98 0.14 0.01
243_P 180_S 0.98 0.14 0.01
151_Y 576_L 0.98 0.14 0.01
139_G 62_G 0.98 0.14 0.01
168_N 79_V 0.98 0.14 0.01
302_Q 627_D 0.97 0.14 0.01
57_A 128_L 0.97 0.14 0.01
49_L 78_K 0.97 0.14 0.01
138_P 290_K 0.97 0.14 0.01
103_G 249_D 0.97 0.14 0.01
165_E 53_D 0.97 0.14 0.01
306_L 529_Q 0.97 0.14 0.01
96_V 113_D 0.97 0.14 0.01
289_I 342_P 0.96 0.14 0.01
46_W 200_Q 0.96 0.14 0.01
291_L 547_V 0.96 0.14 0.01
319_R 336_A 0.96 0.14 0.01
174_L 227_L 0.96 0.14 0.01
285_P 476_S 0.96 0.14 0.01
243_P 596_D 0.96 0.14 0.01
188_E 198_V 0.96 0.14 0.01
258_A 90_R 0.96 0.14 0.01
304_T 148_V 0.96 0.14 0.01
62_R 117_V 0.96 0.14 0.01
250_V 79_V 0.96 0.14 0.01
111_P 230_L 0.95 0.14 0.01
129_L 366_E 0.95 0.14 0.01
64_F 44_T 0.95 0.14 0.01
52_I 126_E 0.95 0.14 0.01
241_L 185_L 0.95 0.14 0.01
318_L 574_I 0.95 0.13 0.01
121_A 263_T 0.95 0.13 0.01
240_Q 79_V 0.95 0.13 0.01
167_I 536_V 0.95 0.13 0.01
303_L 426_A 0.95 0.13 0.01
47_L 487_E 0.95 0.13 0.01
291_L 635_S 0.95 0.13 0.01
138_P 425_G 0.95 0.13 0.01
260_R 467_K 0.94 0.13 0.01
256_P 365_V 0.94 0.13 0.01
291_L 353_I 0.94 0.13 0.01
178_G 639_Y 0.94 0.13 0.01
305_V 611_K 0.94 0.13 0.01
318_L 69_I 0.94 0.13 0.01
141_V 546_K 0.94 0.13 0.01
303_L 278_M 0.94 0.13 0.01
167_I 647_I 0.94 0.13 0.01
285_P 256_I 0.94 0.13 0.01
174_L 570_D 0.94 0.13 0.01
171_H 81_I 0.94 0.13 0.01
55_K 580_M 0.94 0.13 0.01
317_A 329_A 0.93 0.13 0.01
174_L 553_L 0.93 0.13 0.01
141_V 548_E 0.93 0.13 0.01
287_A 257_V 0.93 0.13 0.01
32_T 323_R 0.93 0.13 0.01
187_E 245_Q 0.93 0.13 0.01
289_I 307_T 0.93 0.13 0.01
252_Y 73_P 0.93 0.13 0.01
295_L 365_V 0.93 0.13 0.01
300_S 620_I 0.93 0.13 0.01
302_Q 87_L 0.93 0.13 0.01
90_K 213_I 0.93 0.13 0.01
34_K 614_R 0.93 0.13 0.01
47_L 627_D 0.93 0.13 0.00
118_A 71_M 0.93 0.13 0.00
288_M 368_L 0.92 0.13 0.00
123_T 218_A 0.92 0.13 0.00
296_P 199_I 0.92 0.13 0.00
254_V 544_V 0.92 0.13 0.00
124_R 625_L 0.92 0.13 0.00
177_Q 433_T 0.92 0.12 0.00
79_K 105_Y 0.92 0.12 0.00
53_S 154_S 0.92 0.12 0.00
176_Y 144_V 0.92 0.12 0.00
177_Q 197_E 0.92 0.12 0.00
59_S 648_Y 0.92 0.12 0.00
131_G 619_F 0.92 0.12 0.00
157_L 249_D 0.92 0.12 0.00
101_W 487_E 0.92 0.12 0.00
60_L 284_S 0.91 0.12 0.00
56_M 198_V 0.91 0.12 0.00
309_G 62_G 0.91 0.12 0.00
305_V 184_M 0.91 0.12 0.00
174_L 54_L 0.91 0.12 0.00
48_M 382_V 0.91 0.12 0.00
167_I 135_S 0.91 0.12 0.00
166_E 472_S 0.91 0.12 0.00
162_A 105_Y 0.91 0.12 0.00
250_V 296_D 0.91 0.12 0.00
171_H 264_R 0.91 0.12 0.00
163_V 446_G 0.91 0.12 0.00
141_V 268_R 0.90 0.12 0.00
127_V 287_F 0.90 0.12 0.00
252_Y 527_T 0.90 0.12 0.00
296_P 562_L 0.90 0.12 0.00
262_L 624_I 0.90 0.12 0.00
178_G 501_G 0.90 0.12 0.00
101_W 160_P 0.90 0.12 0.00
183_L 370_V 0.90 0.12 0.00
174_L 327_S 0.90 0.12 0.00
58_Y 104_G 0.90 0.12 0.00
127_V 147_V 0.90 0.12 0.00
256_P 283_N 0.90 0.12 0.00
154_G 240_A 0.90 0.12 0.00
185_L 266_K 0.90 0.12 0.00
142_I 366_E 0.90 0.12 0.00
251_G 194_R 0.90 0.12 0.00
277_L 355_Q 0.90 0.12 0.00
241_L 365_V 0.89 0.12 0.00
60_L 620_I 0.89 0.12 0.00
233_Q 227_L 0.89 0.12 0.00
58_Y 555_V 0.89 0.12 0.00
132_I 233_N 0.89 0.12 0.00
141_V 260_D 0.89 0.12 0.00
44_M 462_L 0.89 0.12 0.00
119_P 567_L 0.89 0.12 0.00
56_M 534_N 0.89 0.12 0.00
171_H 174_V 0.89 0.12 0.00
239_I 221_S 0.89 0.12 0.00
238_Y 51_D 0.89 0.12 0.00
308_K 271_I 0.89 0.12 0.00
295_L 202_V 0.89 0.12 0.00
296_P 518_K 0.89 0.12 0.00
177_Q 42_E 0.89 0.12 0.00
155_E 631_A 0.89 0.12 0.00
247_E 610_K 0.89 0.12 0.00
283_T 374_E 0.89 0.12 0.00
101_W 337_L 0.89 0.12 0.00
254_V 401_P 0.88 0.12 0.00
289_I 575_V 0.88 0.12 0.00
202_S 353_I 0.88 0.12 0.00
83_A 213_I 0.88 0.12 0.00
262_L 293_K 0.88 0.11 0.00
100_N 580_M 0.88 0.11 0.00
256_P 531_N 0.88 0.11 0.00
304_T 120_S 0.88 0.11 0.00
101_W 252_T 0.88 0.11 0.00
310_A 171_S 0.88 0.11 0.00
54_A 198_V 0.88 0.11 0.00
267_G 615_N 0.88 0.11 0.00
151_Y 468_N 0.88 0.11 0.00
174_L 202_V 0.88 0.11 0.00
303_L 284_S 0.87 0.11 0.00
178_G 364_H 0.87 0.11 0.00
196_T 515_V 0.87 0.11 0.00
50_L 470_S 0.87 0.11 0.00
99_Q 197_E 0.87 0.11 0.00
276_A 241_T 0.87 0.11 0.00
127_V 262_A 0.87 0.11 0.00
286_R 618_V 0.87 0.11 0.00
313_D 187_G 0.87 0.11 0.00
84_D 118_V 0.87 0.11 0.00
119_P 563_K 0.87 0.11 0.00
132_I 73_P 0.87 0.11 0.00
193_V 483_L 0.87 0.11 0.00
277_L 231_T 0.87 0.11 0.00
180_M 305_S 0.87 0.11 0.00
280_Q 568_A 0.87 0.11 0.00
178_G 104_G 0.87 0.11 0.00
230_K 547_V 0.87 0.11 0.00
228_L 257_V 0.87 0.11 0.00
291_L 459_W 0.87 0.11 0.00
187_E 81_I 0.87 0.11 0.00
101_W 144_V 0.86 0.11 0.00
257_G 522_I 0.86 0.11 0.00
265_A 570_D 0.86 0.11 0.00
274_A 65_L 0.86 0.11 0.00
141_V 99_L 0.86 0.11 0.00
288_M 92_Y 0.86 0.11 0.00
235_I 339_V 0.86 0.11 0.00
314_I 369_I 0.86 0.11 0.00
143_E 257_V 0.86 0.11 0.00
263_F 117_V 0.86 0.11 0.00
167_I 246_I 0.86 0.11 0.00
162_A 556_V 0.86 0.11 0.00
152_L 186_T 0.86 0.11 0.00
223_A 246_I 0.86 0.11 0.00
54_A 171_S 0.86 0.11 0.00
154_G 286_V 0.86 0.11 0.00
151_Y 461_A 0.86 0.11 0.00
181_E 163_R 0.86 0.11 0.00
80_P 394_F 0.86 0.11 0.00
162_A 166_I 0.86 0.11 0.00
103_G 218_A 0.86 0.11 0.00
41_V 78_K 0.86 0.11 0.00
277_L 499_L 0.86 0.11 0.00
314_I 520_V 0.86 0.11 0.00
246_K 564_T 0.85 0.11 0.00
294_Q 463_V 0.85 0.11 0.00
148_Q 393_Q 0.85 0.11 0.00
153_Q 213_I 0.85 0.11 0.00
293_R 348_S 0.85 0.11 0.00
134_F 81_I 0.85 0.11 0.00
314_I 106_A 0.85 0.11 0.00
103_G 361_A 0.85 0.11 0.00
271_G 520_V 0.85 0.11 0.00
290_A 462_L 0.85 0.11 0.00
242_T 536_V 0.85 0.11 0.00
262_L 188_R 0.85 0.11 0.00
266_S 223_I 0.85 0.11 0.00
305_V 202_V 0.85 0.11 0.00
167_I 318_T 0.85 0.11 0.00
287_A 558_G 0.85 0.11 0.00
143_E 365_V 0.85 0.11 0.00
266_S 547_V 0.85 0.11 0.00
110_A 339_V 0.85 0.11 0.00
274_A 187_G 0.85 0.11 0.00
173_M 374_E 0.85 0.11 0.00
222_A 114_V 0.85 0.11 0.00
55_K 255_V 0.85 0.10 0.00
93_V 634_V 0.85 0.10 0.00
278_N 490_F 0.85 0.10 0.00
141_V 284_S 0.85 0.10 0.00
122_E 504_V 0.84 0.10 0.00
186_A 537_Q 0.84 0.10 0.00
282_F 638_K 0.84 0.10 0.00
121_A 103_Q 0.84 0.10 0.00
103_G 330_A 0.84 0.10 0.00
102_F 579_L 0.84 0.10 0.00
285_P 566_V 0.84 0.10 0.00
103_G 291_Y 0.84 0.10 0.00
89_D 536_V 0.84 0.10 0.00
135_G 547_V 0.84 0.10 0.00
96_V 54_L 0.84 0.10 0.00
281_D 191_V 0.84 0.10 0.00
291_L 42_E 0.84 0.10 0.00
298_M 499_L 0.84 0.10 0.00
53_S 155_V 0.84 0.10 0.00
244_V 557_F 0.84 0.10 0.00
244_V 486_Q 0.84 0.10 0.00
153_Q 75_V 0.84 0.10 0.00
128_V 78_K 0.84 0.10 0.00
159_S 620_I 0.84 0.10 0.00
44_M 285_Q 0.84 0.10 0.00
308_K 213_I 0.84 0.10 0.00
281_D 173_N 0.84 0.10 0.00
305_V 625_L 0.84 0.10 0.00
167_I 91_Q 0.84 0.10 0.00
109_A 479_S 0.84 0.10 0.00
162_A 124_K 0.84 0.10 0.00
83_A 372_V 0.84 0.10 0.00
167_I 180_S 0.83 0.10 0.00
46_W 216_D 0.83 0.10 0.00
135_G 565_T 0.83 0.10 0.00
258_A 522_I 0.83 0.10 0.00
159_S 227_L 0.83 0.10 0.00
121_A 102_A 0.83 0.10 0.00
148_Q 543_E 0.83 0.10 0.00
306_L 51_D 0.83 0.10 0.00
141_V 368_L 0.83 0.10 0.00
173_M 562_L 0.83 0.10 0.00
50_L 395_A 0.83 0.10 0.00
271_G 55_K 0.83 0.10 0.00
300_S 621_R 0.83 0.10 0.00
131_G 371_E 0.83 0.10 0.00
266_S 277_E 0.83 0.10 0.00
301_I 173_N 0.83 0.10 0.00
271_G 69_I 0.83 0.10 0.00
194_A 267_M 0.83 0.10 0.00
92_D 279_E 0.83 0.10 0.00
78_N 256_I 0.83 0.10 0.00
277_L 153_V 0.83 0.10 0.00
133_A 60_T 0.83 0.10 0.00
174_L 223_I 0.83 0.10 0.00
290_A 547_V 0.83 0.10 0.00
267_G 341_A 0.83 0.10 0.00
189_E 445_S 0.83 0.10 0.00
256_P 92_Y 0.83 0.10 0.00
277_L 318_T 0.83 0.10 0.00
263_F 81_I 0.83 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1443 seconds.