May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Echvi_4214Echvi_4215
Genes: A B A+B
Length: 816 444 1108
Sequences: 13525 297 256
Seq/Len: 16.57 0.67 0.23
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.01 0.19
2 0.05 0.03 0.20
5 0.08 0.03 0.20
10 0.10 0.03 0.20
20 0.14 0.03 0.21
100 0.22 0.05 0.21
∞ 0.26 0.08 0.21
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
216_I 370_D 1.77 0.52 0.00
194_L 313_I 1.76 0.51 0.00
755_D 87_P 1.73 0.49 0.00
236_I 24_T 1.61 0.42 0.00
289_D 24_T 1.46 0.33 0.00
260_L 383_P 1.44 0.32 0.00
808_I 382_I 1.40 0.29 0.00
788_D 375_T 1.38 0.29 0.00
218_I 202_K 1.38 0.29 0.00
350_E 234_L 1.36 0.28 0.00
578_M 354_A 1.33 0.26 0.00
518_K 417_Y 1.29 0.24 0.00
517_G 404_L 1.29 0.24 0.00
141_V 177_E 1.28 0.24 0.00
236_I 425_E 1.26 0.23 0.00
142_E 264_V 1.26 0.23 0.00
282_F 360_E 1.24 0.22 0.00
464_F 317_T 1.23 0.22 0.00
218_I 328_L 1.23 0.22 0.00
413_F 106_F 1.23 0.21 0.00
264_L 24_T 1.23 0.21 0.00
746_F 49_A 1.23 0.21 0.00
389_V 27_N 1.23 0.21 0.00
289_D 201_T 1.23 0.21 0.00
788_D 224_A 1.21 0.21 0.00
348_Y 236_I 1.21 0.21 0.00
456_L 278_T 1.21 0.21 0.00
134_K 106_F 1.21 0.21 0.00
185_N 351_I 1.21 0.21 0.00
218_I 371_L 1.20 0.20 0.00
216_I 124_A 1.20 0.20 0.00
264_L 27_N 1.20 0.20 0.00
584_I 350_G 1.19 0.20 0.00
592_I 106_F 1.19 0.20 0.00
465_G 222_L 1.18 0.20 0.00
179_L 148_W 1.18 0.20 0.00
714_F 193_L 1.18 0.19 0.00
216_I 375_T 1.17 0.19 0.00
329_F 375_T 1.17 0.19 0.00
509_S 130_V 1.16 0.19 0.00
318_Y 347_V 1.15 0.18 0.00
236_I 325_T 1.14 0.18 0.00
161_A 298_G 1.14 0.18 0.00
236_I 373_Q 1.13 0.18 0.00
239_V 382_I 1.13 0.18 0.00
327_I 30_D 1.13 0.18 0.00
768_A 379_V 1.12 0.17 0.00
318_Y 192_D 1.12 0.17 0.00
187_V 59_N 1.12 0.17 0.00
301_L 232_D 1.12 0.17 0.00
190_F 263_V 1.12 0.17 0.00
382_L 29_E 1.12 0.17 0.00
457_H 25_S 1.11 0.17 0.00
218_I 70_E 1.11 0.17 0.00
469_F 188_V 1.11 0.17 0.00
768_A 232_D 1.10 0.17 0.00
624_F 422_Q 1.10 0.17 0.00
141_V 76_E 1.09 0.16 0.00
329_F 330_L 1.09 0.16 0.00
281_G 369_L 1.09 0.16 0.00
383_F 24_T 1.08 0.16 0.00
606_L 29_E 1.08 0.16 0.00
747_Y 87_P 1.08 0.16 0.00
478_E 259_T 1.07 0.16 0.00
297_V 121_F 1.07 0.15 0.00
165_V 180_Q 1.07 0.15 0.00
788_D 23_L 1.06 0.15 0.00
282_F 432_L 1.06 0.15 0.00
660_T 70_E 1.06 0.15 0.00
679_A 23_L 1.06 0.15 0.00
348_Y 404_L 1.05 0.15 0.00
597_S 265_D 1.05 0.15 0.00
212_L 25_S 1.05 0.15 0.00
273_S 30_D 1.05 0.15 0.00
629_F 265_D 1.05 0.15 0.00
218_I 365_Y 1.05 0.15 0.00
236_I 191_V 1.05 0.15 0.00
675_K 416_I 1.05 0.15 0.00
808_I 369_L 1.05 0.15 0.00
141_V 420_H 1.05 0.15 0.00
693_K 82_F 1.04 0.15 0.00
452_A 192_D 1.04 0.15 0.00
289_D 250_R 1.04 0.15 0.00
120_V 64_I 1.04 0.14 0.00
190_F 404_L 1.04 0.14 0.00
684_S 193_L 1.04 0.14 0.00
385_K 380_N 1.04 0.14 0.00
252_V 383_P 1.04 0.14 0.00
666_E 369_L 1.04 0.14 0.00
722_Y 329_S 1.03 0.14 0.00
165_V 76_E 1.03 0.14 0.00
164_R 95_R 1.03 0.14 0.00
340_I 25_S 1.03 0.14 0.00
510_R 373_Q 1.03 0.14 0.00
122_I 10_K 1.02 0.14 0.00
121_I 23_L 1.02 0.14 0.00
744_E 315_R 1.02 0.14 0.00
492_D 314_L 1.02 0.14 0.00
141_V 232_D 1.01 0.14 0.00
812_I 370_D 1.01 0.14 0.00
575_A 192_D 1.01 0.14 0.00
479_M 80_D 1.01 0.14 0.00
254_Y 236_I 1.01 0.14 0.00
356_Y 89_K 1.01 0.14 0.00
622_F 30_D 1.01 0.14 0.00
289_D 272_P 1.01 0.14 0.00
306_Y 427_S 1.01 0.14 0.00
788_D 154_G 1.00 0.14 0.00
803_A 379_V 1.00 0.14 0.00
564_K 188_V 1.00 0.14 0.00
635_D 214_L 1.00 0.14 0.00
780_S 29_E 1.00 0.14 0.00
679_A 428_V 1.00 0.14 0.00
562_A 23_L 1.00 0.14 0.00
565_Q 22_S 1.00 0.13 0.00
692_T 397_M 1.00 0.13 0.00
722_Y 258_G 1.00 0.13 0.00
456_L 25_S 1.00 0.13 0.00
177_Y 106_F 1.00 0.13 0.00
323_G 102_G 1.00 0.13 0.00
338_F 234_L 1.00 0.13 0.00
365_F 25_S 1.00 0.13 0.00
312_K 23_L 1.00 0.13 0.00
788_D 270_E 0.99 0.13 0.00
260_L 298_G 0.99 0.13 0.00
201_P 192_D 0.99 0.13 0.00
803_A 430_A 0.99 0.13 0.00
509_S 42_R 0.99 0.13 0.00
334_W 222_L 0.98 0.13 0.00
469_F 423_T 0.98 0.13 0.00
693_K 195_D 0.98 0.13 0.00
758_T 37_E 0.98 0.13 0.00
183_S 198_I 0.98 0.13 0.00
560_F 192_D 0.98 0.13 0.00
302_P 379_V 0.98 0.13 0.00
786_V 67_V 0.98 0.13 0.00
788_D 254_W 0.98 0.13 0.00
599_R 31_D 0.98 0.13 0.00
708_I 423_T 0.97 0.13 0.00
682_N 192_D 0.97 0.13 0.00
792_Y 314_L 0.97 0.12 0.00
476_Q 28_N 0.97 0.12 0.00
755_D 63_K 0.96 0.12 0.00
568_F 49_A 0.96 0.12 0.00
289_D 278_T 0.96 0.12 0.00
132_E 341_V 0.96 0.12 0.00
754_E 321_E 0.96 0.12 0.00
510_R 349_N 0.96 0.12 0.00
511_L 25_S 0.96 0.12 0.00
468_F 27_N 0.96 0.12 0.00
141_V 68_S 0.96 0.12 0.00
720_L 192_D 0.95 0.12 0.00
515_V 29_E 0.95 0.12 0.00
736_L 231_G 0.95 0.12 0.00
657_L 346_Y 0.95 0.12 0.00
163_I 276_T 0.95 0.12 0.00
517_G 278_T 0.95 0.12 0.00
452_A 41_D 0.95 0.12 0.00
585_F 216_G 0.95 0.12 0.00
767_G 67_V 0.95 0.12 0.00
727_V 375_T 0.95 0.12 0.00
261_Q 83_D 0.95 0.12 0.00
236_I 401_N 0.94 0.12 0.00
183_S 23_L 0.94 0.12 0.00
500_L 80_D 0.94 0.12 0.00
389_V 192_D 0.94 0.12 0.00
578_M 223_D 0.94 0.12 0.00
738_H 367_A 0.94 0.12 0.00
788_D 322_Y 0.94 0.12 0.00
217_E 350_G 0.94 0.12 0.00
776_R 16_A 0.94 0.12 0.00
718_S 350_G 0.94 0.12 0.00
312_K 124_A 0.94 0.12 0.00
511_L 265_D 0.94 0.12 0.00
593_V 424_G 0.93 0.12 0.00
758_T 191_V 0.93 0.12 0.00
452_A 164_A 0.93 0.12 0.00
776_R 64_I 0.93 0.12 0.00
194_L 30_D 0.93 0.11 0.00
502_Y 86_E 0.93 0.11 0.00
325_F 30_D 0.93 0.11 0.00
275_F 132_Q 0.93 0.11 0.00
275_F 373_Q 0.93 0.11 0.00
119_G 20_A 0.92 0.11 0.00
451_G 295_A 0.92 0.11 0.00
747_Y 242_K 0.92 0.11 0.00
490_T 77_I 0.92 0.11 0.00
728_F 12_L 0.92 0.11 0.00
456_L 192_D 0.91 0.11 0.00
397_K 70_E 0.91 0.11 0.00
239_V 420_H 0.91 0.11 0.00
218_I 233_K 0.91 0.11 0.00
183_S 354_A 0.91 0.11 0.00
242_K 76_E 0.91 0.11 0.00
776_R 19_A 0.91 0.11 0.00
342_Y 299_S 0.91 0.11 0.00
460_H 420_H 0.91 0.11 0.00
548_S 77_I 0.91 0.11 0.00
305_R 133_D 0.91 0.11 0.00
117_L 25_S 0.91 0.11 0.00
336_D 326_F 0.91 0.11 0.00
803_A 420_H 0.91 0.11 0.00
141_V 66_A 0.91 0.11 0.00
408_W 313_I 0.91 0.11 0.00
765_D 387_D 0.91 0.11 0.00
458_P 30_D 0.91 0.11 0.00
579_P 322_Y 0.90 0.11 0.00
289_D 347_V 0.90 0.11 0.00
208_I 363_Q 0.90 0.11 0.00
722_Y 371_L 0.90 0.11 0.00
262_G 419_L 0.90 0.11 0.00
499_S 208_L 0.90 0.11 0.00
330_T 300_I 0.90 0.11 0.00
237_N 70_E 0.90 0.11 0.00
478_E 78_E 0.90 0.11 0.00
740_F 369_L 0.90 0.11 0.00
289_D 424_G 0.90 0.11 0.00
789_K 25_S 0.90 0.11 0.00
476_Q 259_T 0.90 0.11 0.00
615_F 234_L 0.89 0.11 0.00
340_I 199_R 0.89 0.11 0.00
719_T 354_A 0.89 0.11 0.00
609_G 348_N 0.89 0.11 0.00
437_T 280_A 0.89 0.11 0.00
697_N 106_F 0.89 0.10 0.00
118_D 370_D 0.89 0.10 0.00
510_R 67_V 0.89 0.10 0.00
135_G 381_E 0.89 0.10 0.00
668_Q 381_E 0.89 0.10 0.00
289_D 27_N 0.89 0.10 0.00
498_T 234_L 0.89 0.10 0.00
144_D 377_Y 0.89 0.10 0.00
479_M 346_Y 0.89 0.10 0.00
118_D 380_N 0.89 0.10 0.00
630_I 379_V 0.89 0.10 0.00
735_R 384_D 0.89 0.10 0.00
662_A 51_M 0.89 0.10 0.00
612_L 416_I 0.89 0.10 0.00
768_A 49_A 0.89 0.10 0.00
492_D 319_E 0.89 0.10 0.00
179_L 418_I 0.89 0.10 0.00
448_F 325_T 0.89 0.10 0.00
748_T 63_K 0.89 0.10 0.00
468_F 164_A 0.88 0.10 0.00
627_S 29_E 0.88 0.10 0.00
261_Q 237_G 0.88 0.10 0.00
714_F 318_P 0.88 0.10 0.00
136_F 76_E 0.88 0.10 0.00
385_K 360_E 0.88 0.10 0.00
236_I 27_N 0.88 0.10 0.00
612_L 10_K 0.88 0.10 0.00
788_D 216_G 0.88 0.10 0.00
665_F 370_D 0.88 0.10 0.00
340_I 27_N 0.88 0.10 0.00
659_R 379_V 0.88 0.10 0.00
780_S 68_S 0.88 0.10 0.00
796_A 366_I 0.88 0.10 0.00
214_E 292_N 0.88 0.10 0.00
762_Y 47_A 0.88 0.10 0.00
311_A 23_L 0.88 0.10 0.00
595_N 231_G 0.88 0.10 0.00
413_F 49_A 0.88 0.10 0.00
456_L 425_E 0.88 0.10 0.00
389_V 321_E 0.88 0.10 0.00
403_T 275_I 0.87 0.10 0.00
238_V 424_G 0.87 0.10 0.00
676_A 315_R 0.87 0.10 0.00
556_M 264_V 0.87 0.10 0.00
376_T 49_A 0.87 0.10 0.00
164_R 296_E 0.87 0.10 0.00
183_S 415_N 0.87 0.10 0.00
468_F 52_G 0.87 0.10 0.00
792_Y 416_I 0.87 0.10 0.00
788_D 260_K 0.87 0.10 0.00
308_Y 280_A 0.87 0.10 0.00
477_D 21_L 0.87 0.10 0.00
248_L 416_I 0.87 0.10 0.00
808_I 252_S 0.87 0.10 0.00
562_A 28_N 0.87 0.10 0.00
218_I 377_Y 0.87 0.10 0.00
149_Q 422_Q 0.87 0.10 0.00
776_R 42_R 0.87 0.10 0.00
677_L 328_L 0.87 0.10 0.00
205_L 49_A 0.86 0.10 0.00
795_F 346_Y 0.86 0.10 0.00
562_A 268_S 0.86 0.10 0.00
773_P 349_N 0.86 0.10 0.00
239_V 235_L 0.86 0.10 0.00
236_I 370_D 0.86 0.10 0.00
626_G 41_D 0.86 0.10 0.00
772_L 78_E 0.86 0.10 0.00
626_G 360_E 0.86 0.10 0.00
261_Q 223_D 0.86 0.10 0.00
330_T 401_N 0.86 0.10 0.00
598_I 317_T 0.86 0.10 0.00
452_A 37_E 0.86 0.10 0.00
192_D 323_D 0.86 0.10 0.00
268_Y 192_D 0.86 0.10 0.00
277_T 274_I 0.86 0.10 0.00
639_Q 179_F 0.86 0.10 0.00
736_L 401_N 0.86 0.10 0.00
479_M 432_L 0.86 0.10 0.00
727_V 16_A 0.86 0.10 0.00
383_F 67_V 0.86 0.10 0.00
776_R 261_T 0.86 0.10 0.00
129_T 272_P 0.86 0.10 0.00
158_N 66_A 0.86 0.10 0.00
289_D 341_V 0.86 0.10 0.00
428_P 88_V 0.86 0.10 0.00
227_L 420_H 0.86 0.10 0.00
774_N 27_N 0.86 0.10 0.00
428_P 297_D 0.86 0.10 0.00
457_H 22_S 0.86 0.10 0.00
214_E 332_E 0.85 0.10 0.00
705_G 318_P 0.85 0.10 0.00
775_Q 30_D 0.85 0.10 0.00
386_G 85_G 0.85 0.10 0.00
342_Y 14_M 0.85 0.10 0.00
693_K 377_Y 0.85 0.10 0.00
660_T 328_L 0.85 0.10 0.00
591_N 147_R 0.85 0.10 0.00
123_E 28_N 0.85 0.10 0.00
500_L 14_M 0.85 0.10 0.00
724_L 315_R 0.85 0.10 0.00
153_T 121_F 0.85 0.10 0.00
179_L 350_G 0.85 0.10 0.00
774_N 404_L 0.85 0.10 0.00
788_D 259_T 0.85 0.10 0.00
413_F 373_Q 0.85 0.10 0.00
772_L 313_I 0.85 0.10 0.00
243_G 37_E 0.85 0.10 0.00
772_L 21_L 0.85 0.10 0.00
485_R 94_A 0.85 0.10 0.00
310_R 190_D 0.85 0.10 0.00
406_V 259_T 0.85 0.10 0.00
713_Y 211_E 0.85 0.10 0.00
136_F 261_T 0.85 0.10 0.00
570_A 422_Q 0.85 0.10 0.00
665_F 202_K 0.85 0.10 0.00
782_D 295_A 0.84 0.10 0.00
119_G 210_E 0.84 0.10 0.00
464_F 68_S 0.84 0.10 0.00
635_D 139_S 0.84 0.10 0.00
321_V 303_A 0.84 0.10 0.00
731_G 68_S 0.84 0.10 0.00
130_E 91_N 0.84 0.10 0.00
502_Y 383_P 0.84 0.10 0.00
742_F 332_E 0.84 0.09 0.00
145_K 106_F 0.84 0.09 0.00
477_D 263_V 0.84 0.09 0.00
545_V 325_T 0.84 0.09 0.00
350_E 420_H 0.84 0.09 0.00
578_M 330_L 0.84 0.09 0.00
782_D 302_Q 0.84 0.09 0.00
576_V 192_D 0.84 0.09 0.00
564_K 317_T 0.84 0.09 0.00
375_L 59_N 0.84 0.09 0.00
624_F 367_A 0.84 0.09 0.00
320_S 51_M 0.84 0.09 0.00
616_R 416_I 0.84 0.09 0.00
668_Q 202_K 0.84 0.09 0.00
669_A 76_E 0.84 0.09 0.00
312_K 354_A 0.84 0.09 0.00
546_T 20_A 0.84 0.09 0.00
482_A 443_A 0.84 0.09 0.00
810_Y 307_D 0.84 0.09 0.00
156_L 382_I 0.84 0.09 0.00
500_L 274_I 0.84 0.09 0.00
374_G 293_Q 0.84 0.09 0.00
766_L 25_S 0.84 0.09 0.00
324_K 346_Y 0.83 0.09 0.00
385_K 23_L 0.83 0.09 0.00
507_M 102_G 0.83 0.09 0.00
731_G 232_D 0.83 0.09 0.00
381_D 67_V 0.83 0.09 0.00
655_E 106_F 0.83 0.09 0.00
173_S 85_G 0.83 0.09 0.00
451_G 114_N 0.83 0.09 0.00
667_G 374_Q 0.83 0.09 0.00
791_V 278_T 0.83 0.09 0.00
588_P 158_G 0.83 0.09 0.00
630_I 70_E 0.83 0.09 0.00
467_S 369_L 0.83 0.09 0.00
189_I 24_T 0.83 0.09 0.00
331_D 232_D 0.83 0.09 0.00
747_Y 340_Y 0.83 0.09 0.00
415_E 420_H 0.83 0.09 0.00
155_D 416_I 0.83 0.09 0.00
715_T 262_V 0.83 0.09 0.00
509_S 41_D 0.83 0.09 0.00
474_F 84_N 0.83 0.09 0.00
579_P 417_Y 0.83 0.09 0.00
327_I 265_D 0.83 0.09 0.00
196_I 145_A 0.83 0.09 0.00
187_V 373_Q 0.83 0.09 0.00
349_N 192_D 0.82 0.09 0.00
191_I 79_I 0.82 0.09 0.00
428_P 264_V 0.82 0.09 0.00
216_I 194_Q 0.82 0.09 0.00
346_D 206_I 0.82 0.09 0.00
578_M 39_N 0.82 0.09 0.00
635_D 25_S 0.82 0.09 0.00
456_L 130_V 0.82 0.09 0.00
185_N 142_V 0.82 0.09 0.00
140_V 189_L 0.82 0.09 0.00
281_G 210_E 0.82 0.09 0.00
500_L 403_L 0.82 0.09 0.00
803_A 87_P 0.82 0.09 0.00
771_T 69_Y 0.82 0.09 0.00
808_I 314_L 0.82 0.09 0.00
340_I 325_T 0.82 0.09 0.00
780_S 95_R 0.82 0.09 0.00
330_T 335_G 0.82 0.09 0.00
264_L 273_T 0.82 0.09 0.00
341_S 85_G 0.82 0.09 0.00
138_V 291_V 0.82 0.09 0.00
736_L 232_D 0.82 0.09 0.00
487_F 353_Y 0.82 0.09 0.00
658_G 431_K 0.82 0.09 0.00
381_D 378_L 0.82 0.09 0.00
228_A 281_N 0.82 0.09 0.00
493_L 235_L 0.82 0.09 0.00
253_S 243_Y 0.82 0.09 0.00
439_N 379_V 0.82 0.09 0.00
557_A 268_S 0.82 0.09 0.00
260_L 71_D 0.82 0.09 0.00
622_F 163_V 0.81 0.09 0.00
477_D 295_A 0.81 0.09 0.00
791_V 18_V 0.81 0.09 0.00
452_A 264_V 0.81 0.09 0.00
548_S 30_D 0.81 0.09 0.00
776_R 370_D 0.81 0.09 0.00
250_A 421_S 0.81 0.09 0.00
677_L 206_I 0.81 0.09 0.00
395_F 261_T 0.81 0.09 0.00
610_F 69_Y 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.225 seconds.