May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ftszftsq Ecoli
Genes: A B A+B
Length: 383 276 563
Sequences: 2098 783 575
Seq/Len: 5.48 2.84 1.02
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.73
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.15
2 0.02 0.01 0.82
5 0.02 0.01 0.87
10 0.02 0.01 0.87
20 0.02 0.01 0.87
100 0.03 0.01 0.89
∞ 0.05 0.01 0.91
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
121_K 45_V 2.00 0.96 0.78
26_V 121_I 1.86 0.93 0.69
177_S 62_L 1.62 0.84 0.50
88_L 63_T 1.52 0.79 0.41
163_I 117_D 1.46 0.74 0.36
198_E 219_R 1.42 0.72 0.33
73_N 204_N 1.38 0.68 0.29
250_E 201_L 1.30 0.61 0.23
227_S 49_M 1.29 0.61 0.23
125_I 230_L 1.27 0.59 0.22
214_R 121_I 1.26 0.58 0.21
92_L 226_L 1.25 0.57 0.20
115_V 59_K 1.17 0.49 0.15
175_G 111_V 1.17 0.49 0.15
307_R 119_L 1.16 0.49 0.15
82_D 99_I 1.16 0.49 0.15
23_G 119_L 1.14 0.47 0.14
91_A 136_H 1.13 0.46 0.13
80_A 114_Q 1.13 0.46 0.13
30_V 123_L 1.13 0.46 0.13
100_I 119_L 1.12 0.45 0.13
16_I 131_R 1.12 0.45 0.13
206_M 72_D 1.12 0.45 0.13
60_I 113_K 1.11 0.44 0.12
190_K 48_W 1.11 0.44 0.12
244_I 60_L 1.10 0.44 0.12
52_T 18_R 1.09 0.43 0.12
198_E 165_G 1.08 0.42 0.11
245_S 244_V 1.07 0.41 0.11
302_M 87_F 1.06 0.40 0.10
250_E 70_R 1.06 0.40 0.10
58_I 242_S 1.04 0.38 0.10
300_P 254_V 1.04 0.38 0.09
190_K 129_I 1.04 0.38 0.09
31_R 38_V 1.04 0.38 0.09
246_S 229_V 1.03 0.37 0.09
322_E 62_L 1.02 0.36 0.09
141_K 128_P 1.02 0.36 0.09
133_K 129_I 1.02 0.36 0.09
23_G 211_L 1.02 0.36 0.09
192_A 105_W 1.01 0.36 0.09
215_T 139_D 1.01 0.35 0.08
133_K 107_K 1.01 0.35 0.08
250_E 183_K 1.01 0.35 0.08
275_F 56_P 1.00 0.34 0.08
205_L 201_L 1.00 0.34 0.08
101_A 80_A 0.99 0.34 0.08
198_E 91_D 0.99 0.34 0.08
159_S 251_G 0.98 0.33 0.07
34_I 95_I 0.98 0.32 0.07
60_I 106_I 0.98 0.32 0.07
30_V 90_Q 0.97 0.32 0.07
282_I 203_L 0.97 0.32 0.07
229_V 74_I 0.96 0.31 0.07
166_D 109_V 0.95 0.31 0.07
95_A 62_L 0.95 0.31 0.07
230_A 119_L 0.95 0.30 0.07
30_V 256_W 0.95 0.30 0.07
278_V 133_N 0.95 0.30 0.07
237_E 113_K 0.95 0.30 0.06
290_A 212_G 0.95 0.30 0.06
76_V 107_K 0.94 0.30 0.06
115_V 122_H 0.94 0.30 0.06
244_I 99_I 0.94 0.30 0.06
230_A 99_I 0.94 0.30 0.06
58_I 126_Y 0.94 0.30 0.06
224_M 227_Y 0.94 0.29 0.06
159_S 248_Y 0.94 0.29 0.06
151_T 208_K 0.93 0.29 0.06
272_L 230_L 0.93 0.28 0.06
41_A 192_A 0.92 0.28 0.06
143_M 91_D 0.92 0.28 0.06
250_E 125_E 0.92 0.28 0.06
31_R 123_L 0.92 0.28 0.06
40_F 109_V 0.92 0.28 0.06
191_G 126_Y 0.91 0.28 0.06
95_A 232_Q 0.91 0.27 0.05
155_K 123_L 0.90 0.27 0.05
121_K 130_A 0.90 0.27 0.05
27_E 265_T 0.90 0.27 0.05
308_V 115_W 0.90 0.27 0.05
245_S 58_S 0.90 0.27 0.05
23_G 157_L 0.90 0.26 0.05
21_G 197_R 0.90 0.26 0.05
229_V 230_L 0.90 0.26 0.05
129_A 145_F 0.89 0.26 0.05
292_V 78_I 0.89 0.26 0.05
300_P 223_F 0.89 0.26 0.05
234_D 85_G 0.89 0.26 0.05
162_T 256_W 0.89 0.26 0.05
182_F 137_M 0.89 0.26 0.05
56_Q 74_I 0.89 0.26 0.05
245_S 75_R 0.89 0.26 0.05
302_M 38_V 0.89 0.26 0.05
141_K 121_I 0.89 0.26 0.05
34_I 250_S 0.88 0.25 0.05
281_T 100_E 0.88 0.25 0.05
133_K 162_G 0.88 0.25 0.05
129_A 157_L 0.88 0.25 0.05
30_V 53_Q 0.88 0.25 0.05
260_V 129_I 0.88 0.25 0.05
118_E 62_L 0.87 0.25 0.05
297_S 71_N 0.87 0.25 0.05
288_D 60_L 0.87 0.25 0.05
162_T 123_L 0.87 0.24 0.05
13_I 212_G 0.87 0.24 0.04
274_E 158_P 0.87 0.24 0.04
282_I 99_I 0.87 0.24 0.04
255_S 119_L 0.87 0.24 0.04
132_T 130_A 0.87 0.24 0.04
92_L 57_L 0.87 0.24 0.04
180_D 115_W 0.87 0.24 0.04
198_E 85_G 0.87 0.24 0.04
186_N 53_Q 0.86 0.24 0.04
294_I 91_D 0.86 0.24 0.04
246_S 80_A 0.86 0.24 0.04
228_G 210_N 0.86 0.24 0.04
76_V 80_A 0.86 0.24 0.04
302_M 215_D 0.86 0.24 0.04
250_E 138_V 0.86 0.24 0.04
60_I 100_E 0.86 0.23 0.04
116_V 164_E 0.85 0.23 0.04
129_A 220_L 0.85 0.23 0.04
297_S 131_R 0.85 0.23 0.04
187_D 89_T 0.85 0.23 0.04
180_D 79_L 0.85 0.23 0.04
58_I 82_G 0.85 0.23 0.04
292_V 219_R 0.85 0.23 0.04
169_L 80_A 0.85 0.23 0.04
121_K 125_E 0.84 0.23 0.04
252_I 226_L 0.84 0.23 0.04
178_L 254_V 0.84 0.23 0.04
198_E 252_A 0.84 0.23 0.04
80_A 130_A 0.84 0.23 0.04
16_I 234_A 0.84 0.22 0.04
104_M 220_L 0.84 0.22 0.04
244_I 78_I 0.84 0.22 0.04
260_V 170_V 0.84 0.22 0.04
119_V 183_K 0.83 0.22 0.04
255_S 75_R 0.83 0.22 0.04
76_V 178_G 0.83 0.22 0.04
56_Q 201_L 0.83 0.22 0.04
119_V 211_L 0.83 0.22 0.04
228_G 51_D 0.83 0.22 0.04
89_R 127_V 0.83 0.22 0.04
306_L 72_D 0.83 0.22 0.04
122_D 88_M 0.83 0.22 0.04
141_K 219_R 0.83 0.22 0.04
14_K 116_P 0.82 0.21 0.04
115_V 60_L 0.82 0.21 0.04
294_I 195_A 0.82 0.21 0.04
140_K 121_I 0.82 0.21 0.04
245_S 221_A 0.82 0.21 0.04
306_L 41_S 0.82 0.21 0.04
280_N 255_G 0.81 0.21 0.04
16_I 148_P 0.81 0.21 0.04
32_E 74_I 0.81 0.21 0.04
159_S 196_R 0.81 0.21 0.03
92_L 215_D 0.81 0.21 0.03
234_D 109_V 0.81 0.21 0.03
224_M 248_Y 0.81 0.20 0.03
179_L 227_Y 0.81 0.20 0.03
100_I 199_W 0.81 0.20 0.03
82_D 188_L 0.81 0.20 0.03
262_V 20_N 0.81 0.20 0.03
87_A 106_I 0.81 0.20 0.03
169_L 56_P 0.81 0.20 0.03
198_E 147_V 0.81 0.20 0.03
116_V 191_A 0.81 0.20 0.03
39_F 158_P 0.81 0.20 0.03
228_G 46_L 0.81 0.20 0.03
300_P 25_L 0.81 0.20 0.03
308_V 87_F 0.81 0.20 0.03
224_M 247_R 0.80 0.20 0.03
170_K 113_K 0.80 0.20 0.03
57_T 231_Q 0.80 0.20 0.03
315_I 92_V 0.80 0.20 0.03
26_V 98_Q 0.80 0.20 0.03
58_I 111_V 0.80 0.20 0.03
80_A 244_V 0.80 0.20 0.03
291_T 87_F 0.80 0.20 0.03
272_L 176_E 0.80 0.20 0.03
78_R 130_A 0.80 0.20 0.03
264_I 254_V 0.80 0.20 0.03
214_R 166_S 0.80 0.20 0.03
278_V 214_G 0.80 0.20 0.03
311_V 133_N 0.79 0.20 0.03
229_V 203_L 0.79 0.20 0.03
250_E 143_N 0.79 0.19 0.03
171_V 251_G 0.79 0.19 0.03
121_K 127_V 0.79 0.19 0.03
245_S 194_T 0.78 0.19 0.03
7_L 144_T 0.78 0.19 0.03
203_P 74_I 0.78 0.19 0.03
272_L 252_A 0.78 0.19 0.03
171_V 253_A 0.78 0.19 0.03
267_G 99_I 0.78 0.19 0.03
58_I 46_L 0.78 0.19 0.03
293_V 167_A 0.78 0.19 0.03
130_V 109_V 0.78 0.19 0.03
311_V 48_W 0.78 0.19 0.03
84_D 207_I 0.78 0.19 0.03
244_I 109_V 0.78 0.19 0.03
317_M 109_V 0.78 0.19 0.03
282_I 119_L 0.78 0.19 0.03
76_V 141_E 0.78 0.18 0.03
115_V 58_S 0.78 0.18 0.03
280_N 120_K 0.78 0.18 0.03
275_F 53_Q 0.78 0.18 0.03
150_I 133_N 0.78 0.18 0.03
98_V 147_V 0.78 0.18 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0664 seconds.