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OPENSEQ.org
ppH vs J tip
Genes: A B A+B
Length: 166 210 327
Sequences: 353 182 132
Seq/Len: 2.13 0.87 0.4
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.01
2 0.01 0.00 0.35
5 0.01 0.00 0.35
10 0.01 0.00 0.35
20 0.01 0.00 0.35
100 0.01 0.00 0.35
∞ 0.02 0.01 0.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
151_L 166_L 2.35 0.92 0.72
128_S 71_R 1.98 0.80 0.46
7_M 63_V 1.59 0.56 0.19
13_I 79_S 1.52 0.51 0.15
52_V 121_L 1.51 0.50 0.15
137_L 84_V 1.42 0.44 0.11
57_E 71_R 1.39 0.41 0.10
63_E 117_G 1.34 0.38 0.09
37_A 112_Q 1.34 0.38 0.09
122_P 79_S 1.33 0.38 0.08
13_I 109_P 1.32 0.37 0.08
38_E 29_A 1.30 0.36 0.07
135_F 6_V 1.28 0.34 0.07
126_I 120_A 1.28 0.34 0.07
2_T 136_W 1.27 0.33 0.07
131_E 168_R 1.25 0.32 0.06
20_A 116_D 1.23 0.31 0.06
40_L 21_R 1.22 0.30 0.05
10_M 63_V 1.17 0.27 0.04
21_V 47_G 1.17 0.27 0.04
66_A 43_R 1.17 0.27 0.04
12_I 131_N 1.16 0.27 0.04
17_I 9_T 1.16 0.27 0.04
66_A 30_L 1.15 0.27 0.04
62_L 114_V 1.15 0.26 0.04
12_I 56_E 1.14 0.26 0.04
91_E 152_L 1.14 0.26 0.04
124_L 84_V 1.14 0.26 0.04
4_I 65_F 1.13 0.25 0.04
36_E 124_R 1.10 0.23 0.03
134_P 36_Q 1.09 0.23 0.03
40_L 172_L 1.09 0.23 0.03
127_L 99_L 1.08 0.23 0.03
10_M 67_R 1.08 0.23 0.03
12_I 58_E 1.08 0.23 0.03
7_M 117_G 1.08 0.22 0.03
48_T 103_R 1.07 0.22 0.03
63_E 156_M 1.07 0.22 0.03
132_L 121_L 1.06 0.22 0.03
53_L 173_L 1.06 0.21 0.03
40_L 137_P 1.05 0.21 0.03
49_D 49_N 1.05 0.21 0.03
95_L 26_A 1.05 0.21 0.03
157_R 38_V 1.05 0.21 0.03
8_V 126_L 1.05 0.21 0.03
37_A 121_L 1.04 0.20 0.03
95_L 130_H 1.03 0.20 0.03
69_V 4_D 1.03 0.20 0.03
93_A 65_F 1.03 0.20 0.03
92_W 90_G 1.02 0.20 0.03
49_D 24_V 1.02 0.20 0.03
10_M 138_T 1.02 0.20 0.03
30_S 156_M 1.02 0.20 0.03
137_L 92_T 1.02 0.20 0.03
8_V 42_V 1.02 0.20 0.02
60_L 30_L 1.02 0.20 0.02
123_Q 7_M 1.01 0.19 0.02
93_A 99_L 1.01 0.19 0.02
69_V 125_F 1.01 0.19 0.02
38_E 166_L 1.00 0.19 0.02
126_I 43_R 1.00 0.19 0.02
78_R 63_V 1.00 0.19 0.02
10_M 43_R 1.00 0.19 0.02
1_F 136_W 1.00 0.19 0.02
19_L 32_R 1.00 0.19 0.02
60_L 55_S 1.00 0.19 0.02
84_R 166_L 1.00 0.18 0.02
58_Y 154_V 0.99 0.18 0.02
5_E 33_D 0.99 0.18 0.02
5_E 95_R 0.99 0.18 0.02
120_D 29_A 0.99 0.18 0.02
143_G 86_W 0.99 0.18 0.02
4_I 125_F 0.99 0.18 0.02
22_L 173_L 0.98 0.18 0.02
79_W 153_A 0.98 0.18 0.02
20_A 86_W 0.98 0.18 0.02
127_L 153_A 0.97 0.18 0.02
65_D 156_M 0.97 0.18 0.02
2_T 24_V 0.97 0.17 0.02
156_F 14_R 0.97 0.17 0.02
39_R 134_G 0.97 0.17 0.02
86_S 91_E 0.96 0.17 0.02
129_S 126_L 0.96 0.17 0.02
130_G 155_E 0.96 0.17 0.02
81_P 79_S 0.96 0.17 0.02
81_P 113_Q 0.95 0.17 0.02
43_L 6_V 0.95 0.17 0.02
131_E 79_S 0.95 0.17 0.02
126_I 59_N 0.95 0.17 0.02
18_G 117_G 0.95 0.17 0.02
153_S 160_H 0.94 0.16 0.02
22_L 3_F 0.94 0.16 0.02
16_L 137_P 0.94 0.16 0.02
13_I 63_V 0.94 0.16 0.02
42_G 96_R 0.94 0.16 0.02
125_L 107_S 0.94 0.16 0.02
133_S 98_W 0.94 0.16 0.02
33_L 43_R 0.94 0.16 0.02
122_P 164_G 0.93 0.16 0.02
32_E 168_R 0.93 0.16 0.02
41_A 101_L 0.93 0.16 0.02
18_G 158_L 0.92 0.15 0.02
20_A 64_E 0.92 0.15 0.02
84_R 114_V 0.92 0.15 0.02
8_V 101_L 0.92 0.15 0.02
6_L 14_R 0.92 0.15 0.01
14_S 123_W 0.92 0.15 0.01
72_Y 152_L 0.92 0.15 0.01
86_S 50_R 0.92 0.15 0.01
46_V 37_A 0.91 0.15 0.01
31_R 159_E 0.91 0.15 0.01
83_A 34_L 0.91 0.15 0.01
122_P 33_D 0.91 0.15 0.01
122_P 95_R 0.91 0.15 0.01
155_G 97_Y 0.91 0.15 0.01
33_L 37_A 0.91 0.15 0.01
38_E 154_V 0.91 0.15 0.01
67_Y 36_Q 0.91 0.15 0.01
135_F 32_R 0.90 0.15 0.01
61_R 134_G 0.90 0.15 0.01
135_F 9_T 0.90 0.15 0.01
3_L 33_D 0.90 0.15 0.01
3_L 95_R 0.90 0.15 0.01
139_L 165_K 0.90 0.15 0.01
129_S 66_T 0.90 0.15 0.01
37_A 102_D 0.90 0.15 0.01
8_V 155_E 0.90 0.15 0.01
45_G 105_Q 0.90 0.15 0.01
145_E 19_R 0.90 0.14 0.01
47_L 81_L 0.89 0.14 0.01
58_Y 18_Q 0.89 0.14 0.01
131_E 6_V 0.89 0.14 0.01
138_R 48_D 0.89 0.14 0.01
128_S 48_D 0.89 0.14 0.01
40_L 127_D 0.89 0.14 0.01
8_V 58_E 0.89 0.14 0.01
36_E 114_V 0.89 0.14 0.01
43_L 65_F 0.89 0.14 0.01
134_P 65_F 0.89 0.14 0.01
114_E 27_M 0.89 0.14 0.01
15_V 167_V 0.89 0.14 0.01
47_L 2_M 0.89 0.14 0.01
143_G 114_V 0.89 0.14 0.01
40_L 117_G 0.88 0.14 0.01
101_G 19_R 0.88 0.14 0.01
99_L 134_G 0.88 0.14 0.01
23_S 152_L 0.88 0.14 0.01
7_M 86_W 0.87 0.14 0.01
128_S 44_D 0.87 0.14 0.01
44_I 68_G 0.87 0.14 0.01
22_L 153_A 0.87 0.14 0.01
8_V 52_A 0.87 0.14 0.01
2_T 58_E 0.87 0.14 0.01
144_P 156_M 0.86 0.13 0.01
77_A 176_P 0.86 0.13 0.01
126_I 163_Y 0.86 0.13 0.01
25_G 86_W 0.86 0.13 0.01
38_E 53_F 0.86 0.13 0.01
62_L 169_V 0.86 0.13 0.01
17_I 126_L 0.86 0.13 0.01
6_L 10_D 0.85 0.13 0.01
76_K 120_A 0.85 0.13 0.01
130_G 132_W 0.85 0.13 0.01
79_W 164_G 0.85 0.13 0.01
19_L 85_R 0.85 0.13 0.01
33_L 132_W 0.85 0.13 0.01
67_Y 26_A 0.85 0.13 0.01
4_I 148_E 0.85 0.13 0.01
51_A 66_T 0.85 0.13 0.01
129_S 27_M 0.84 0.13 0.01
53_L 37_A 0.84 0.13 0.01
119_T 120_A 0.84 0.13 0.01
122_P 83_R 0.84 0.13 0.01
6_L 138_T 0.84 0.13 0.01
59_G 135_H 0.84 0.13 0.01
136_R 161_R 0.84 0.13 0.01
139_L 166_L 0.84 0.13 0.01
15_V 157_T 0.84 0.13 0.01
69_V 43_R 0.84 0.13 0.01
4_I 24_V 0.84 0.13 0.01
90_P 81_L 0.84 0.13 0.01
118_G 175_P 0.84 0.12 0.01
92_W 104_A 0.83 0.12 0.01
62_L 96_R 0.83 0.12 0.01
13_I 158_L 0.83 0.12 0.01
136_R 38_V 0.83 0.12 0.01
14_S 170_W 0.83 0.12 0.01
70_L 30_L 0.83 0.12 0.01
6_L 68_G 0.83 0.12 0.01
12_I 24_V 0.83 0.12 0.01
118_G 157_T 0.83 0.12 0.01
87_H 155_E 0.83 0.12 0.01
100_D 134_G 0.83 0.12 0.01
56_R 34_L 0.82 0.12 0.01
50_E 88_L 0.82 0.12 0.01
25_G 83_R 0.82 0.12 0.01
125_L 10_D 0.82 0.12 0.01
63_E 90_G 0.82 0.12 0.01
145_E 8_Q 0.82 0.12 0.01
116_K 162_H 0.82 0.12 0.01
42_G 89_S 0.82 0.12 0.01
6_L 79_S 0.82 0.12 0.01
124_L 172_L 0.82 0.12 0.01
16_L 87_S 0.82 0.12 0.01
83_A 152_L 0.81 0.12 0.01
140_A 25_R 0.81 0.12 0.01
96_T 96_R 0.81 0.12 0.01
3_L 40_R 0.81 0.12 0.01
81_P 154_V 0.81 0.12 0.01
50_E 22_E 0.81 0.12 0.01
125_L 55_S 0.81 0.12 0.01
126_I 108_K 0.81 0.12 0.01
55_N 162_H 0.81 0.12 0.01
23_S 3_F 0.81 0.12 0.01
52_V 63_V 0.81 0.12 0.01
149_L 76_Q 0.81 0.12 0.01
18_G 53_F 0.81 0.12 0.01
82_V 117_G 0.81 0.12 0.01
17_I 6_V 0.80 0.12 0.01
37_A 101_L 0.80 0.12 0.01
40_L 63_V 0.80 0.12 0.01
33_L 118_V 0.80 0.12 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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