May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
HK
Genes: A B A+B
Length: 170 326 478
Sequences: 472 874 445
Seq/Len: 2.78 2.68 0.93
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.01
2 0.01 0.00 0.04
5 0.01 0.00 0.87
10 0.01 0.00 0.90
20 0.01 0.00 0.90
100 0.01 0.00 0.90
∞ 0.03 0.04 0.92
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
54_R 36_Q 2.14 0.97 0.87
15_L 284_R 1.62 0.82 0.53
19_G 127_F 1.61 0.81 0.52
55_G 131_L 1.56 0.79 0.47
147_T 97_I 1.49 0.74 0.41
104_I 238_T 1.38 0.66 0.32
57_Q 27_M 1.34 0.62 0.28
9_L 101_Q 1.30 0.59 0.25
9_L 22_V 1.29 0.58 0.24
43_R 30_R 1.27 0.56 0.23
12_M 304_L 1.27 0.56 0.23
143_P 30_R 1.27 0.56 0.23
66_V 127_F 1.26 0.56 0.22
139_G 107_N 1.25 0.55 0.22
25_V 125_Q 1.25 0.54 0.21
111_A 256_S 1.25 0.54 0.21
17_L 108_A 1.25 0.54 0.21
73_F 163_A 1.20 0.50 0.18
11_M 37_Q 1.20 0.49 0.18
22_A 284_R 1.19 0.49 0.17
30_P 291_V 1.18 0.48 0.17
55_G 14_L 1.18 0.48 0.17
41_L 268_K 1.17 0.47 0.16
4_R 3_T 1.17 0.47 0.16
56_L 33_R 1.17 0.47 0.16
24_M 15_L 1.16 0.47 0.16
137_P 86_F 1.14 0.45 0.15
41_L 186_S 1.14 0.44 0.14
147_T 240_A 1.13 0.43 0.14
19_G 248_A 1.12 0.43 0.14
131_P 55_E 1.12 0.43 0.14
41_L 124_A 1.12 0.42 0.13
17_L 135_G 1.11 0.42 0.13
48_L 202_L 1.11 0.42 0.13
40_A 51_A 1.11 0.41 0.13
15_L 235_A 1.11 0.41 0.13
20_V 106_L 1.10 0.41 0.13
25_V 35_Y 1.10 0.41 0.13
48_L 182_L 1.10 0.41 0.12
20_V 262_S 1.08 0.39 0.12
119_F 40_T 1.08 0.39 0.12
9_L 125_Q 1.07 0.39 0.11
9_L 228_L 1.07 0.38 0.11
136_F 144_L 1.07 0.38 0.11
145_R 4_R 1.07 0.38 0.11
111_A 268_K 1.06 0.38 0.11
105_A 27_M 1.06 0.38 0.11
27_L 195_D 1.06 0.38 0.11
139_G 153_D 1.06 0.37 0.11
44_F 212_E 1.06 0.37 0.11
98_P 104_F 1.05 0.36 0.10
23_G 22_V 1.05 0.36 0.10
15_L 27_M 1.05 0.36 0.10
29_F 301_R 1.05 0.36 0.10
45_E 185_V 1.05 0.36 0.10
100_R 97_I 1.03 0.35 0.10
139_G 187_E 1.03 0.35 0.10
4_R 4_R 1.03 0.35 0.10
48_L 23_L 1.02 0.34 0.09
117_L 302_S 1.02 0.34 0.09
139_G 150_D 1.02 0.34 0.09
24_M 242_A 1.01 0.34 0.09
43_R 135_G 1.01 0.34 0.09
12_M 103_C 1.01 0.34 0.09
112_G 148_L 1.01 0.33 0.09
65_S 93_I 1.01 0.33 0.09
105_A 228_L 1.00 0.32 0.08
66_V 42_L 1.00 0.32 0.08
70_R 266_L 1.00 0.32 0.08
25_V 191_L 1.00 0.32 0.08
63_G 187_E 0.99 0.32 0.08
65_S 297_R 0.99 0.32 0.08
24_M 133_N 0.99 0.32 0.08
12_M 110_N 0.98 0.31 0.08
37_A 36_Q 0.98 0.31 0.08
103_R 304_L 0.98 0.30 0.08
162_S 8_V 0.97 0.30 0.07
154_I 135_G 0.97 0.30 0.07
44_F 288_T 0.97 0.30 0.07
16_L 223_P 0.96 0.30 0.07
139_G 10_L 0.96 0.29 0.07
19_G 11_L 0.96 0.29 0.07
16_L 312_S 0.96 0.29 0.07
25_V 256_S 0.96 0.29 0.07
54_R 40_T 0.95 0.29 0.07
43_R 22_V 0.95 0.28 0.07
140_E 304_L 0.95 0.28 0.07
30_P 16_I 0.94 0.28 0.07
143_P 52_L 0.94 0.28 0.07
9_L 172_S 0.94 0.28 0.07
57_Q 89_N 0.94 0.28 0.07
4_R 152_V 0.93 0.27 0.06
64_A 158_A 0.93 0.27 0.06
69_D 182_L 0.93 0.27 0.06
113_N 18_A 0.93 0.27 0.06
62_F 173_P 0.93 0.27 0.06
135_I 58_A 0.93 0.27 0.06
110_V 302_S 0.92 0.27 0.06
115_L 181_P 0.92 0.27 0.06
11_M 16_I 0.92 0.26 0.06
24_M 48_K 0.92 0.26 0.06
143_P 314_V 0.92 0.26 0.06
139_G 164_E 0.91 0.26 0.06
64_A 38_T 0.91 0.26 0.06
7_T 219_N 0.91 0.26 0.06
18_I 299_Q 0.91 0.26 0.06
69_D 125_Q 0.91 0.26 0.06
17_L 83_G 0.91 0.26 0.06
69_D 52_L 0.91 0.25 0.06
139_G 151_W 0.90 0.25 0.06
13_L 221_L 0.90 0.25 0.06
62_F 216_V 0.90 0.25 0.06
26_M 233_F 0.90 0.25 0.06
11_M 293_M 0.90 0.25 0.06
7_T 209_L 0.90 0.25 0.05
49_R 54_A 0.90 0.25 0.05
139_G 179_N 0.90 0.25 0.05
105_A 20_M 0.90 0.25 0.05
4_R 138_P 0.90 0.25 0.05
9_L 319_G 0.89 0.24 0.05
71_W 298_Y 0.89 0.24 0.05
20_V 97_I 0.89 0.24 0.05
19_G 61_L 0.89 0.24 0.05
158_A 42_L 0.89 0.24 0.05
21_S 21_M 0.88 0.24 0.05
141_M 223_P 0.88 0.23 0.05
155_A 284_R 0.88 0.23 0.05
9_L 110_N 0.88 0.23 0.05
70_R 258_A 0.87 0.23 0.05
136_F 152_V 0.87 0.23 0.05
2_R 306_K 0.87 0.23 0.05
161_E 317_R 0.87 0.23 0.05
13_L 103_C 0.87 0.23 0.05
44_F 75_L 0.87 0.23 0.05
153_G 294_G 0.87 0.23 0.05
49_R 218_V 0.86 0.23 0.05
157_N 65_D 0.86 0.23 0.05
27_L 15_L 0.86 0.22 0.04
16_L 300_Q 0.86 0.22 0.04
140_E 55_E 0.86 0.22 0.04
49_R 306_K 0.86 0.22 0.04
17_L 50_Y 0.85 0.22 0.04
117_L 264_P 0.85 0.22 0.04
48_L 125_Q 0.85 0.22 0.04
51_V 150_D 0.85 0.22 0.04
17_L 231_A 0.85 0.22 0.04
139_G 162_G 0.85 0.22 0.04
139_G 168_Y 0.85 0.22 0.04
44_F 322_W 0.85 0.22 0.04
17_L 282_S 0.84 0.21 0.04
66_V 262_S 0.84 0.21 0.04
112_G 283_E 0.84 0.21 0.04
71_W 311_F 0.84 0.21 0.04
70_R 240_A 0.84 0.21 0.04
59_G 101_Q 0.84 0.21 0.04
50_F 45_L 0.84 0.21 0.04
61_F 268_K 0.84 0.21 0.04
103_R 208_A 0.84 0.21 0.04
115_L 283_E 0.84 0.21 0.04
41_L 155_D 0.84 0.21 0.04
55_G 31_S 0.84 0.21 0.04
160_G 167_V 0.83 0.21 0.04
53_Q 5_Q 0.83 0.21 0.04
3_Q 245_L 0.83 0.21 0.04
148_V 17_L 0.83 0.21 0.04
80_E 152_V 0.83 0.21 0.04
40_A 300_Q 0.83 0.20 0.04
13_L 77_Q 0.83 0.20 0.04
14_I 105_N 0.83 0.20 0.04
44_F 257_V 0.83 0.20 0.04
28_A 16_I 0.83 0.20 0.04
147_T 3_T 0.82 0.20 0.04
126_T 226_A 0.82 0.20 0.04
147_T 216_V 0.82 0.20 0.04
133_V 10_L 0.82 0.20 0.04
19_G 193_G 0.81 0.20 0.04
9_L 180_Q 0.81 0.20 0.04
80_E 121_P 0.81 0.20 0.04
166_P 264_P 0.81 0.20 0.04
142_T 43_D 0.81 0.19 0.04
116_H 177_T 0.81 0.19 0.04
33_R 12_M 0.81 0.19 0.04
9_L 284_R 0.81 0.19 0.04
25_V 182_L 0.80 0.19 0.03
57_Q 78_N 0.80 0.19 0.03
146_L 286_I 0.80 0.19 0.03
138_G 175_Y 0.80 0.19 0.03
20_V 265_L 0.80 0.19 0.03
111_A 91_G 0.80 0.19 0.03
78_P 97_I 0.80 0.19 0.03
135_I 237_L 0.80 0.19 0.03
157_N 306_K 0.80 0.19 0.03
14_I 99_D 0.80 0.19 0.03
111_A 262_S 0.80 0.19 0.03
47_Q 228_L 0.80 0.19 0.03
38_A 97_I 0.80 0.19 0.03
35_D 53_G 0.80 0.18 0.03
42_A 61_L 0.79 0.18 0.03
43_R 44_N 0.79 0.18 0.03
42_A 245_L 0.79 0.18 0.03
48_L 121_P 0.79 0.18 0.03
98_P 243_R 0.79 0.18 0.03
55_G 249_R 0.79 0.18 0.03
96_W 107_N 0.79 0.18 0.03
28_A 245_L 0.79 0.18 0.03
134_L 134_L 0.79 0.18 0.03
36_S 238_T 0.79 0.18 0.03
44_F 173_P 0.79 0.18 0.03
12_M 147_A 0.79 0.18 0.03
139_G 155_D 0.79 0.18 0.03
26_M 284_R 0.79 0.18 0.03
20_V 152_V 0.78 0.18 0.03
58_T 299_Q 0.78 0.18 0.03
150_E 196_A 0.78 0.18 0.03
44_F 169_M 0.78 0.18 0.03
19_G 76_A 0.78 0.18 0.03
101_A 191_L 0.78 0.18 0.03
13_L 207_C 0.78 0.18 0.03
15_L 211_D 0.78 0.18 0.03
64_A 208_A 0.78 0.17 0.03
32_S 304_L 0.78 0.17 0.03
108_G 191_L 0.77 0.17 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1077 seconds.