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OPENSEQ.org
Harry
Genes: A B A+B
Length: 437 206 604
Sequences: 2133 628 207
Seq/Len: 4.88 3.05 0.34
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.00
5 0.01 0.00 0.00
10 0.01 0.00 0.00
20 0.01 0.00 0.00
100 0.01 0.00 0.02
∞ 0.02 0.00 0.32
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
34_F 32_G 1.78 0.64 0.00
107_S 126_V 1.75 0.62 0.00
186_I 138_L 1.44 0.41 0.00
365_V 133_R 1.44 0.41 0.00
31_I 178_R 1.39 0.38 0.00
107_S 114_G 1.38 0.37 0.00
284_A 42_W 1.35 0.35 0.00
223_V 199_M 1.32 0.33 0.00
383_I 9_D 1.29 0.31 0.00
113_S 99_V 1.25 0.29 0.00
416_V 10_Q 1.24 0.28 0.00
420_M 54_S 1.22 0.27 0.00
165_M 20_E 1.22 0.27 0.00
365_V 32_G 1.21 0.27 0.00
29_F 31_L 1.21 0.27 0.00
37_I 84_N 1.21 0.27 0.00
212_H 159_I 1.19 0.26 0.00
349_V 119_S 1.19 0.26 0.00
375_L 10_Q 1.18 0.25 0.00
72_S 10_Q 1.17 0.25 0.00
254_Y 9_D 1.16 0.24 0.00
197_P 60_A 1.15 0.23 0.00
428_A 78_F 1.14 0.23 0.00
185_I 90_A 1.14 0.23 0.00
219_V 45_H 1.14 0.23 0.00
121_L 33_V 1.13 0.23 0.00
391_M 17_F 1.13 0.23 0.00
405_V 156_W 1.13 0.23 0.00
287_A 199_M 1.12 0.22 0.00
365_V 162_D 1.12 0.22 0.00
42_A 9_D 1.11 0.22 0.00
92_T 203_N 1.11 0.21 0.00
78_I 7_E 1.10 0.21 0.00
126_F 4_Y 1.09 0.21 0.00
113_S 78_F 1.08 0.20 0.00
186_I 105_E 1.08 0.20 0.00
29_F 149_D 1.08 0.20 0.00
27_I 52_S 1.07 0.20 0.00
92_T 169_L 1.07 0.20 0.00
74_F 52_S 1.07 0.20 0.00
48_L 203_N 1.06 0.20 0.00
71_A 8_N 1.06 0.20 0.00
159_S 171_K 1.06 0.19 0.00
35_I 97_Q 1.06 0.19 0.00
41_D 78_F 1.05 0.19 0.00
92_T 143_A 1.05 0.19 0.00
33_S 10_Q 1.05 0.19 0.00
218_L 197_M 1.04 0.19 0.00
359_A 146_K 1.04 0.19 0.00
241_V 78_F 1.04 0.18 0.00
57_I 53_A 1.04 0.18 0.00
365_V 16_R 1.04 0.18 0.00
214_L 26_A 1.03 0.18 0.00
293_G 168_L 1.03 0.18 0.00
418_T 78_F 1.02 0.18 0.00
391_M 178_R 1.02 0.17 0.00
144_L 203_N 1.01 0.17 0.00
286_I 196_M 1.01 0.17 0.00
31_I 42_W 1.01 0.17 0.00
55_T 8_N 1.01 0.17 0.00
69_S 38_G 1.00 0.17 0.00
186_I 196_M 1.00 0.17 0.00
141_M 78_F 1.00 0.17 0.00
72_S 44_S 1.00 0.17 0.00
114_Q 9_D 1.00 0.17 0.00
150_F 135_Q 1.00 0.17 0.00
426_E 30_I 1.00 0.17 0.00
78_I 45_H 1.00 0.17 0.00
85_S 83_K 0.99 0.17 0.00
259_T 112_Q 0.99 0.17 0.00
91_L 136_V 0.99 0.17 0.00
349_V 139_K 0.99 0.17 0.00
142_Q 162_D 0.99 0.16 0.00
365_V 99_V 0.99 0.16 0.00
165_M 4_Y 0.98 0.16 0.00
322_I 191_P 0.98 0.16 0.00
202_T 163_L 0.98 0.16 0.00
337_E 171_K 0.98 0.16 0.00
322_I 61_V 0.98 0.16 0.00
49_L 18_F 0.97 0.16 0.00
88_I 94_L 0.97 0.16 0.00
405_V 171_K 0.97 0.16 0.00
252_R 205_S 0.97 0.16 0.00
161_V 1_M 0.97 0.16 0.00
221_V 80_A 0.97 0.16 0.00
179_I 85_T 0.97 0.16 0.00
72_S 26_A 0.96 0.15 0.00
222_L 7_E 0.96 0.15 0.00
44_V 78_F 0.96 0.15 0.00
428_A 42_W 0.96 0.15 0.00
200_A 15_K 0.95 0.15 0.00
91_L 183_A 0.95 0.15 0.00
367_T 99_V 0.95 0.15 0.00
114_Q 75_A 0.95 0.15 0.00
212_H 80_A 0.95 0.15 0.00
414_A 66_E 0.94 0.15 0.00
69_S 162_D 0.94 0.15 0.00
167_L 181_W 0.94 0.15 0.00
255_A 6_N 0.94 0.15 0.00
26_L 195_E 0.94 0.15 0.00
37_I 2_E 0.94 0.15 0.00
284_A 32_G 0.94 0.15 0.00
233_V 127_I 0.94 0.15 0.00
94_V 1_M 0.94 0.14 0.00
337_E 200_K 0.93 0.14 0.00
246_K 164_R 0.93 0.14 0.00
259_T 84_N 0.93 0.14 0.00
310_Q 81_E 0.93 0.14 0.00
156_A 133_R 0.93 0.14 0.00
35_I 63_A 0.93 0.14 0.00
416_V 22_G 0.93 0.14 0.00
405_V 173_D 0.92 0.14 0.00
22_V 1_M 0.92 0.14 0.00
222_L 42_W 0.92 0.14 0.00
74_F 105_E 0.92 0.14 0.00
114_Q 2_E 0.92 0.14 0.00
235_R 86_Y 0.92 0.14 0.00
397_F 89_L 0.91 0.14 0.00
379_F 2_E 0.91 0.14 0.00
159_S 176_G 0.91 0.14 0.00
233_V 132_A 0.90 0.14 0.00
405_V 164_R 0.90 0.14 0.00
243_N 10_Q 0.90 0.13 0.00
242_V 180_A 0.90 0.13 0.00
100_E 78_F 0.90 0.13 0.00
100_E 21_N 0.90 0.13 0.00
120_T 165_G 0.90 0.13 0.00
227_T 170_S 0.90 0.13 0.00
128_S 154_E 0.90 0.13 0.00
59_M 121_E 0.90 0.13 0.00
78_I 115_L 0.90 0.13 0.00
387_M 18_F 0.90 0.13 0.00
107_S 26_A 0.90 0.13 0.00
383_I 146_K 0.89 0.13 0.00
331_L 200_K 0.89 0.13 0.00
299_L 7_E 0.89 0.13 0.00
359_A 164_R 0.89 0.13 0.00
421_M 173_D 0.89 0.13 0.00
222_L 120_D 0.89 0.13 0.00
41_D 37_I 0.89 0.13 0.00
146_I 204_L 0.89 0.13 0.00
74_F 117_D 0.89 0.13 0.00
29_F 160_V 0.89 0.13 0.00
193_A 168_L 0.89 0.13 0.00
150_F 31_L 0.88 0.13 0.00
92_T 82_N 0.88 0.13 0.00
202_T 203_N 0.88 0.13 0.00
26_L 54_S 0.88 0.13 0.00
114_Q 178_R 0.87 0.12 0.00
243_N 205_S 0.87 0.12 0.00
157_V 35_A 0.87 0.12 0.00
287_A 3_I 0.87 0.12 0.00
57_I 78_F 0.87 0.12 0.00
265_V 131_L 0.87 0.12 0.00
13_G 153_G 0.87 0.12 0.00
365_V 4_Y 0.87 0.12 0.00
199_I 164_R 0.87 0.12 0.00
340_D 33_V 0.87 0.12 0.00
255_A 133_R 0.87 0.12 0.00
242_V 164_R 0.87 0.12 0.00
259_T 23_K 0.87 0.12 0.00
423_S 137_Q 0.87 0.12 0.00
85_S 140_Q 0.86 0.12 0.00
19_L 158_A 0.86 0.12 0.00
150_F 142_D 0.86 0.12 0.00
76_L 158_A 0.86 0.12 0.00
221_V 26_A 0.86 0.12 0.00
128_S 17_F 0.85 0.12 0.00
12_L 54_S 0.85 0.12 0.00
211_L 178_R 0.85 0.12 0.00
227_T 27_V 0.85 0.12 0.00
141_M 9_D 0.85 0.12 0.00
22_V 142_D 0.84 0.12 0.00
428_A 81_E 0.84 0.12 0.00
128_S 59_N 0.84 0.12 0.00
73_I 140_Q 0.84 0.12 0.00
37_I 42_W 0.84 0.12 0.00
288_S 159_I 0.84 0.12 0.00
253_V 204_L 0.84 0.12 0.00
199_I 70_D 0.84 0.12 0.00
423_S 59_N 0.84 0.12 0.00
349_V 116_A 0.84 0.12 0.00
281_L 18_F 0.84 0.11 0.00
109_R 58_Q 0.83 0.11 0.00
371_L 7_E 0.83 0.11 0.00
407_V 29_V 0.83 0.11 0.00
144_L 93_E 0.83 0.11 0.00
102_K 19_A 0.83 0.11 0.00
219_V 85_T 0.83 0.11 0.00
421_M 167_A 0.83 0.11 0.00
221_V 84_N 0.82 0.11 0.00
27_I 26_A 0.82 0.11 0.00
253_V 136_V 0.82 0.11 0.00
322_I 23_K 0.82 0.11 0.00
100_E 163_L 0.82 0.11 0.00
29_F 137_Q 0.82 0.11 0.00
179_I 137_Q 0.82 0.11 0.00
27_I 151_I 0.82 0.11 0.00
344_K 92_L 0.82 0.11 0.00
379_F 48_D 0.82 0.11 0.00
99_A 78_F 0.82 0.11 0.00
40_I 175_Q 0.82 0.11 0.00
151_A 28_G 0.82 0.11 0.00
418_T 5_E 0.82 0.11 0.00
337_E 125_A 0.82 0.11 0.00
99_A 9_D 0.82 0.11 0.00
374_A 163_L 0.82 0.11 0.00
140_G 186_K 0.82 0.11 0.00
73_I 142_D 0.81 0.11 0.00
13_G 33_V 0.81 0.11 0.00
112_I 131_L 0.81 0.11 0.00
359_A 168_L 0.81 0.11 0.00
199_I 60_A 0.81 0.11 0.00
414_A 148_L 0.81 0.11 0.00
122_V 101_K 0.81 0.11 0.00
128_S 40_R 0.81 0.11 0.00
27_I 140_Q 0.81 0.11 0.00
121_L 174_K 0.81 0.11 0.00
319_S 34_G 0.81 0.11 0.00
185_I 123_L 0.81 0.11 0.00
359_A 10_Q 0.81 0.11 0.00
145_V 134_V 0.81 0.11 0.00
255_A 3_I 0.81 0.11 0.00
121_L 17_F 0.81 0.11 0.00
366_M 199_M 0.81 0.11 0.00
337_E 46_Q 0.81 0.11 0.00
59_M 26_A 0.80 0.10 0.00
344_K 137_Q 0.80 0.10 0.00
383_I 25_L 0.80 0.10 0.00
282_F 21_N 0.80 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
13271 0.34 Harry Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
13266 0 Sec Y - YfgM (E coli) Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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