May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
EscV-EscN
Genes: A B A+B
Length: 675 446 1068
Sequences: 1454 4960 908
Seq/Len: 2.15 11.12 0.85
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.14 0.05
2 0.01 0.43 0.12
5 0.01 0.44 0.15
10 0.01 0.45 0.29
20 0.01 0.46 0.81
100 0.02 0.47 0.98
∞ 0.08 0.51 1.16
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
297_A 227_V 1.49 0.72 0.01
280_S 331_I 1.45 0.69 0.01
517_I 394_E 1.29 0.55 0.00
237_V 412_K 1.28 0.54 0.00
533_D 166_T 1.27 0.53 0.00
206_V 220_Q 1.27 0.53 0.00
293_M 353_N 1.27 0.53 0.00
23_F 89_M 1.26 0.52 0.00
212_G 236_P 1.21 0.48 0.00
211_F 71_I 1.20 0.47 0.00
658_V 37_K 1.15 0.43 0.00
22_F 316_A 1.14 0.42 0.00
507_E 281_A 1.13 0.41 0.00
127_Q 162_D 1.13 0.41 0.00
355_L 292_P 1.13 0.41 0.00
226_S 259_K 1.11 0.39 0.00
31_I 423_F 1.10 0.39 0.00
167_D 226_C 1.10 0.39 0.00
593_S 253_Y 1.10 0.39 0.00
533_D 238_L 1.09 0.38 0.00
179_Q 287_V 1.09 0.38 0.00
237_V 187_L 1.09 0.37 0.00
21_L 229_V 1.08 0.37 0.00
312_V 61_I 1.08 0.37 0.00
353_L 167_C 1.08 0.37 0.00
118_V 187_L 1.08 0.37 0.00
670_V 229_V 1.08 0.37 0.00
498_E 162_D 1.07 0.36 0.00
163_A 306_A 1.07 0.36 0.00
250_I 329_D 1.07 0.36 0.00
49_T 137_L 1.07 0.36 0.00
305_L 436_K 1.05 0.35 0.00
478_L 289_G 1.05 0.35 0.00
632_A 355_F 1.05 0.34 0.00
226_S 220_Q 1.05 0.34 0.00
203_I 287_V 1.05 0.34 0.00
111_G 297_S 1.04 0.34 0.00
637_R 53_A 1.03 0.33 0.00
142_S 292_P 1.03 0.33 0.00
400_I 326_N 1.03 0.33 0.00
507_E 198_I 1.02 0.32 0.00
370_I 188_G 1.01 0.32 0.00
218_M 220_Q 1.01 0.32 0.00
529_V 92_G 1.01 0.32 0.00
49_T 173_I 1.01 0.31 0.00
212_G 198_I 1.00 0.31 0.00
404_L 55_I 1.00 0.31 0.00
206_V 337_S 1.00 0.31 0.00
577_L 202_A 1.00 0.30 0.00
655_F 239_E 0.99 0.30 0.00
294_L 358_I 0.99 0.30 0.00
15_H 316_A 0.99 0.30 0.00
38_V 355_F 0.99 0.30 0.00
53_L 177_A 0.99 0.30 0.00
495_D 114_L 0.99 0.30 0.00
473_L 117_G 0.99 0.29 0.00
472_L 326_N 0.98 0.29 0.00
216_I 412_K 0.98 0.29 0.00
58_I 89_M 0.98 0.29 0.00
187_S 322_L 0.98 0.29 0.00
294_L 253_Y 0.98 0.29 0.00
343_S 331_I 0.98 0.29 0.00
55_M 349_L 0.97 0.29 0.00
423_A 317_I 0.97 0.29 0.00
196_K 193_G 0.97 0.29 0.00
556_E 175_I 0.97 0.28 0.00
129_M 159_R 0.97 0.28 0.00
58_I 264_M 0.97 0.28 0.00
540_T 116_D 0.97 0.28 0.00
615_G 122_M 0.97 0.28 0.00
61_K 384_K 0.96 0.28 0.00
117_L 230_V 0.96 0.28 0.00
484_F 360_I 0.96 0.28 0.00
635_I 71_I 0.96 0.28 0.00
237_V 308_P 0.96 0.28 0.00
163_A 94_W 0.96 0.27 0.00
355_L 227_V 0.95 0.27 0.00
75_I 249_T 0.95 0.27 0.00
511_Q 227_V 0.95 0.27 0.00
631_T 38_I 0.95 0.27 0.00
391_N 117_G 0.95 0.27 0.00
284_R 117_G 0.95 0.27 0.00
289_S 111_L 0.95 0.27 0.00
119_I 434_Y 0.94 0.27 0.00
203_I 238_L 0.94 0.26 0.00
541_L 409_E 0.94 0.26 0.00
360_N 225_K 0.94 0.26 0.00
355_L 88_G 0.93 0.26 0.00
617_L 434_Y 0.93 0.26 0.00
635_I 354_H 0.93 0.26 0.00
114_V 259_K 0.93 0.25 0.00
121_T 297_S 0.93 0.25 0.00
216_I 296_F 0.93 0.25 0.00
640_K 394_E 0.93 0.25 0.00
23_F 242_K 0.93 0.25 0.00
320_K 408_P 0.92 0.25 0.00
125_I 236_P 0.92 0.25 0.00
404_L 407_D 0.92 0.25 0.00
237_V 271_Y 0.92 0.24 0.00
113_I 387_I 0.91 0.24 0.00
303_P 88_G 0.91 0.24 0.00
249_I 97_Y 0.91 0.24 0.00
390_V 317_I 0.91 0.24 0.00
41_I 374_S 0.91 0.24 0.00
513_G 278_V 0.91 0.24 0.00
208_V 297_S 0.91 0.24 0.00
441_S 237_A 0.91 0.24 0.00
529_V 433_S 0.91 0.24 0.00
653_L 46_I 0.91 0.24 0.00
419_V 407_D 0.91 0.24 0.00
561_A 173_I 0.91 0.24 0.00
321_L 194_A 0.91 0.24 0.00
50_A 439_E 0.91 0.24 0.00
284_R 100_D 0.91 0.24 0.00
50_A 176_F 0.90 0.24 0.00
170_E 387_I 0.90 0.24 0.00
223_M 249_T 0.90 0.24 0.00
469_I 71_I 0.90 0.24 0.00
231_L 134_E 0.90 0.23 0.00
351_E 44_T 0.90 0.23 0.00
402_F 154_F 0.90 0.23 0.00
361_I 155_I 0.90 0.23 0.00
210_L 388_A 0.89 0.23 0.00
22_F 38_I 0.89 0.23 0.00
222_D 61_I 0.89 0.23 0.00
236_S 55_I 0.89 0.23 0.00
658_V 107_G 0.89 0.23 0.00
632_A 116_D 0.89 0.23 0.00
297_A 187_L 0.89 0.23 0.00
125_I 306_A 0.89 0.23 0.00
105_G 166_T 0.89 0.23 0.00
658_V 237_A 0.89 0.23 0.00
509_Q 331_I 0.89 0.23 0.00
118_V 163_G 0.89 0.23 0.00
139_A 420_I 0.89 0.23 0.00
539_E 373_T 0.89 0.23 0.00
312_V 154_F 0.88 0.23 0.00
630_L 38_I 0.88 0.23 0.00
176_S 104_I 0.88 0.22 0.00
76_T 362_L 0.88 0.22 0.00
114_V 382_E 0.88 0.22 0.00
445_K 414_I 0.88 0.22 0.00
245_I 438_I 0.88 0.22 0.00
17_L 353_N 0.88 0.22 0.00
185_Y 383_C 0.88 0.22 0.00
629_I 436_K 0.88 0.22 0.00
293_M 381_A 0.88 0.22 0.00
196_K 162_D 0.88 0.22 0.00
288_I 371_V 0.88 0.22 0.00
326_T 355_F 0.87 0.22 0.00
613_I 383_C 0.87 0.22 0.00
311_A 257_Q 0.87 0.22 0.00
441_S 141_P 0.87 0.22 0.00
551_V 39_I 0.87 0.22 0.00
200_I 223_L 0.87 0.22 0.00
62_N 420_I 0.87 0.22 0.00
565_H 122_M 0.87 0.22 0.00
606_S 153_P 0.87 0.22 0.00
135_A 332_G 0.87 0.22 0.00
23_F 364_A 0.87 0.21 0.00
307_F 88_G 0.87 0.21 0.00
72_I 408_P 0.86 0.21 0.00
308_L 435_E 0.86 0.21 0.00
167_D 109_A 0.86 0.21 0.00
639_V 227_V 0.86 0.21 0.00
301_G 113_R 0.86 0.21 0.00
658_V 361_G 0.86 0.21 0.00
218_M 388_A 0.86 0.21 0.00
309_F 382_E 0.86 0.21 0.00
450_N 227_V 0.86 0.21 0.00
357_L 144_P 0.86 0.21 0.00
283_S 71_I 0.86 0.21 0.00
161_M 201_L 0.86 0.21 0.00
131_I 141_P 0.85 0.21 0.00
578_N 213_E 0.85 0.21 0.00
172_K 434_Y 0.85 0.21 0.00
530_S 414_I 0.85 0.21 0.00
160_D 337_S 0.85 0.21 0.00
287_L 158_V 0.85 0.21 0.00
292_L 192_N 0.85 0.21 0.00
635_I 435_E 0.85 0.20 0.00
391_N 326_N 0.85 0.20 0.00
419_V 237_A 0.85 0.20 0.00
73_L 399_I 0.85 0.20 0.00
200_I 299_L 0.85 0.20 0.00
260_R 168_G 0.85 0.20 0.00
366_I 255_R 0.85 0.20 0.00
87_T 53_A 0.85 0.20 0.00
656_Q 236_P 0.85 0.20 0.00
321_L 360_I 0.85 0.20 0.00
108_V 295_V 0.84 0.20 0.00
614_I 245_F 0.84 0.20 0.00
187_S 115_V 0.84 0.20 0.00
291_A 187_L 0.84 0.20 0.00
323_K 111_L 0.84 0.20 0.00
473_L 211_V 0.84 0.20 0.00
296_M 55_I 0.84 0.20 0.00
561_A 156_L 0.84 0.20 0.00
412_D 286_D 0.84 0.20 0.00
428_I 292_P 0.84 0.20 0.00
163_A 314_I 0.84 0.20 0.00
291_A 443_K 0.84 0.20 0.00
653_L 38_I 0.84 0.20 0.00
207_L 41_I 0.84 0.20 0.00
319_W 383_C 0.84 0.20 0.00
504_L 281_A 0.84 0.20 0.00
311_A 331_I 0.83 0.20 0.00
482_K 376_H 0.83 0.20 0.00
55_M 176_F 0.83 0.20 0.00
48_S 281_A 0.83 0.20 0.00
482_K 337_S 0.83 0.20 0.00
517_I 403_T 0.83 0.20 0.00
208_V 47_K 0.83 0.19 0.00
254_A 236_P 0.83 0.19 0.00
448_K 204_I 0.83 0.19 0.00
513_G 47_K 0.83 0.19 0.00
114_V 122_M 0.83 0.19 0.00
579_V 382_E 0.82 0.19 0.00
318_A 435_E 0.82 0.19 0.00
297_A 113_R 0.82 0.19 0.00
606_S 352_E 0.82 0.19 0.00
91_I 394_E 0.82 0.19 0.00
452_Q 202_A 0.82 0.19 0.00
271_L 236_P 0.82 0.19 0.00
351_E 190_I 0.82 0.19 0.00
480_N 125_N 0.82 0.19 0.00
196_K 246_T 0.82 0.19 0.00
251_S 230_V 0.82 0.19 0.00
478_L 268_V 0.82 0.19 0.00
49_T 271_Y 0.82 0.19 0.00
215_L 204_I 0.82 0.19 0.00
509_Q 384_K 0.82 0.19 0.00
26_A 228_L 0.82 0.19 0.00
214_V 388_A 0.82 0.19 0.00
586_I 160_A 0.82 0.19 0.00
361_I 334_E 0.82 0.19 0.00
507_E 173_I 0.82 0.19 0.00
553_I 360_I 0.82 0.19 0.00
50_A 355_F 0.82 0.19 0.00
608_E 78_V 0.82 0.19 0.00
223_M 136_S 0.82 0.19 0.00
172_K 438_I 0.82 0.19 0.00
658_V 101_E 0.82 0.19 0.00
585_D 383_C 0.82 0.19 0.00
224_P 436_K 0.82 0.19 0.00
54_L 225_K 0.82 0.19 0.00
485_I 224_S 0.81 0.19 0.00
308_L 381_A 0.81 0.18 0.00
211_F 422_N 0.81 0.18 0.00
126_V 190_I 0.81 0.18 0.00
567_L 156_L 0.81 0.18 0.00
288_I 114_L 0.81 0.18 0.00
163_A 105_R 0.81 0.18 0.00
339_D 375_E 0.81 0.18 0.00
204_I 230_V 0.81 0.18 0.00
65_E 160_A 0.81 0.18 0.00
251_S 69_E 0.81 0.18 0.00
17_L 53_A 0.81 0.18 0.00
27_V 384_K 0.81 0.18 0.00
598_S 156_L 0.81 0.18 0.00
112_N 434_Y 0.81 0.18 0.00
223_M 423_F 0.81 0.18 0.00
66_L 143_D 0.81 0.18 0.00
428_I 369_H 0.81 0.18 0.00
16_D 268_V 0.81 0.18 0.00
330_G 204_I 0.81 0.18 0.00
251_S 33_R 0.81 0.18 0.00
469_I 131_L 0.81 0.18 0.00
216_I 220_Q 0.81 0.18 0.00
27_V 443_K 0.81 0.18 0.00
366_I 241_M 0.80 0.18 0.00
590_L 278_V 0.80 0.18 0.00
530_S 204_I 0.80 0.18 0.00
577_L 374_S 0.80 0.18 0.00
85_V 155_I 0.80 0.18 0.00
76_T 271_Y 0.80 0.18 0.00
360_N 38_I 0.80 0.18 0.00
311_A 83_F 0.80 0.18 0.00
486_G 367_V 0.80 0.18 0.00
163_A 153_P 0.80 0.18 0.00
256_V 166_T 0.80 0.18 0.00
279_V 315_T 0.80 0.18 0.00
308_L 158_V 0.80 0.18 0.00
481_A 420_I 0.80 0.18 0.00
87_T 148_Q 0.80 0.18 0.00
292_L 225_K 0.80 0.18 0.00
407_E 40_N 0.80 0.18 0.00
514_L 216_A 0.80 0.18 0.00
13_S 355_F 0.80 0.18 0.00
57_S 190_I 0.80 0.18 0.00
547_K 397_I 0.80 0.17 0.00
580_W 115_V 0.79 0.17 0.00
564_R 368_M 0.79 0.17 0.00
484_F 281_A 0.79 0.17 0.00
79_M 68_A 0.79 0.17 0.00
538_F 237_A 0.79 0.17 0.00
645_G 287_V 0.79 0.17 0.00
272_A 288_R 0.79 0.17 0.00
672_D 292_P 0.79 0.17 0.00
138_V 248_T 0.79 0.17 0.00
446_T 204_I 0.79 0.17 0.00
131_I 142_P 0.79 0.17 0.00
119_I 244_A 0.79 0.17 0.00
212_G 388_A 0.79 0.17 0.00
530_S 359_D 0.79 0.17 0.00
172_K 53_A 0.79 0.17 0.00
108_V 185_T 0.79 0.17 0.00
643_I 427_S 0.79 0.17 0.00
208_V 373_T 0.79 0.17 0.00
443_V 349_L 0.79 0.17 0.00
34_L 152_Q 0.78 0.17 0.00
162_R 334_E 0.78 0.17 0.00
414_L 292_P 0.78 0.17 0.00
370_I 38_I 0.78 0.17 0.00
34_L 151_D 0.78 0.17 0.00
322_Q 37_K 0.78 0.17 0.00
628_V 237_A 0.78 0.17 0.00
613_I 432_S 0.78 0.17 0.00
294_L 369_H 0.78 0.17 0.00
187_S 374_S 0.78 0.17 0.00
440_N 401_E 0.78 0.17 0.00
156_S 126_I 0.78 0.17 0.00
211_F 64_S 0.78 0.17 0.00
641_K 355_F 0.78 0.17 0.00
172_K 384_K 0.78 0.17 0.00
664_L 83_F 0.78 0.17 0.00
156_S 241_M 0.78 0.17 0.00
50_A 399_I 0.78 0.17 0.00
75_I 64_S 0.78 0.17 0.00
593_S 257_Q 0.78 0.17 0.00
21_L 60_K 0.78 0.17 0.00
307_F 142_P 0.78 0.17 0.00
409_I 150_I 0.78 0.17 0.00
203_I 281_A 0.78 0.17 0.00
296_M 126_I 0.78 0.17 0.00
397_D 375_E 0.78 0.17 0.00
172_K 352_E 0.78 0.17 0.00
268_E 249_T 0.78 0.17 0.00
218_M 433_S 0.78 0.17 0.00
513_G 327_V 0.78 0.17 0.00
50_A 420_I 0.78 0.17 0.00
41_I 443_K 0.78 0.17 0.00
480_N 236_P 0.78 0.17 0.00
583_G 289_G 0.78 0.17 0.00
571_S 364_A 0.78 0.17 0.00
548_E 288_R 0.78 0.17 0.00
367_T 110_L 0.77 0.17 0.00
65_E 115_V 0.77 0.17 0.00
446_T 383_C 0.77 0.17 0.00
204_I 89_M 0.77 0.16 0.00
590_L 371_V 0.77 0.16 0.00
83_L 58_F 0.77 0.16 0.00
232_F 268_V 0.77 0.16 0.00
67_T 190_I 0.77 0.16 0.00
663_E 116_D 0.77 0.16 0.00
555_C 227_V 0.77 0.16 0.00
24_F 164_L 0.77 0.16 0.00
384_P 289_G 0.77 0.16 0.00
247_A 89_M 0.77 0.16 0.00
123_I 346_T 0.77 0.16 0.00
347_S 281_A 0.77 0.16 0.00
306_V 96_S 0.77 0.16 0.00
653_L 223_L 0.77 0.16 0.00
504_L 278_V 0.77 0.16 0.00
111_G 137_L 0.77 0.16 0.00
204_I 435_E 0.77 0.16 0.00
30_M 34_Y 0.77 0.16 0.00
43_I 408_P 0.77 0.16 0.00
171_A 330_P 0.77 0.16 0.00
467_D 303_L 0.77 0.16 0.00
399_A 259_K 0.77 0.16 0.00
311_A 216_A 0.77 0.16 0.00
46_N 438_I 0.77 0.16 0.00
133_K 292_P 0.77 0.16 0.00
611_E 191_C 0.77 0.16 0.00
88_T 317_I 0.77 0.16 0.00
210_L 278_V 0.77 0.16 0.00
554_L 111_L 0.77 0.16 0.00
251_S 423_F 0.77 0.16 0.00
202_G 202_A 0.77 0.16 0.00
306_V 55_I 0.76 0.16 0.00
86_S 123_E 0.76 0.16 0.00
561_A 228_L 0.76 0.16 0.00
28_M 141_P 0.76 0.16 0.00
452_Q 331_I 0.76 0.16 0.00
402_F 163_G 0.76 0.16 0.00
227_E 442_F 0.76 0.16 0.00
658_V 228_L 0.76 0.16 0.00
529_V 250_I 0.76 0.16 0.00
85_V 156_L 0.76 0.16 0.00
51_L 225_K 0.76 0.16 0.00
131_I 213_E 0.76 0.16 0.00
243_A 102_F 0.76 0.16 0.00
71_T 420_I 0.76 0.16 0.00
580_W 409_E 0.76 0.16 0.00
31_I 224_S 0.76 0.16 0.00
297_A 403_T 0.76 0.16 0.00
460_D 236_P 0.76 0.16 0.00
484_F 393_V 0.76 0.16 0.00
528_N 316_A 0.76 0.16 0.00
324_K 160_A 0.76 0.16 0.00
373_M 399_I 0.76 0.16 0.00
65_E 349_L 0.76 0.16 0.00
454_A 181_V 0.76 0.16 0.00
300_P 88_G 0.76 0.16 0.00
561_A 198_I 0.76 0.16 0.00
504_L 239_E 0.76 0.16 0.00
193_K 177_A 0.76 0.16 0.00
514_L 397_I 0.76 0.16 0.00
396_N 364_A 0.76 0.16 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • For sequence B, there is a high ratio (0.46 > 0.4) of paralogs.
Page generated in 0.6326 seconds.