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OPENSEQ.org
BT_3984vsBT_3987
Genes: A B A+B
Length: 537 452 890
Sequences: 1480 79 71
Seq/Len: 2.76 0.17 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.61
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.04 0.00 0.01
5 0.08 0.01 0.07
10 0.10 0.08 0.07
20 0.11 0.08 0.07
100 0.15 0.09 0.07
∞ 0.20 0.10 0.07
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
135_A 112_M 1.84 0.29 0.00
183_N 271_R 1.70 0.24 0.00
167_P 188_F 1.65 0.22 0.00
157_Q 349_I 1.53 0.18 0.00
237_Q 103_A 1.51 0.18 0.00
230_A 152_L 1.49 0.17 0.00
236_Q 110_V 1.35 0.14 0.00
214_R 395_I 1.33 0.14 0.00
392_I 175_F 1.31 0.13 0.00
463_G 261_L 1.29 0.13 0.00
253_S 101_V 1.28 0.12 0.00
90_S 222_P 1.28 0.12 0.00
170_S 383_G 1.27 0.12 0.00
392_I 423_G 1.25 0.12 0.00
389_N 54_S 1.24 0.12 0.00
369_R 324_K 1.22 0.11 0.00
223_L 321_M 1.21 0.11 0.00
71_G 261_L 1.19 0.11 0.00
224_A 280_Y 1.19 0.11 0.00
223_L 317_T 1.18 0.10 0.00
357_L 222_P 1.18 0.10 0.00
259_T 42_G 1.17 0.10 0.00
457_I 404_G 1.17 0.10 0.00
128_D 263_E 1.17 0.10 0.00
15_V 331_W 1.17 0.10 0.00
13_L 42_G 1.17 0.10 0.00
402_D 424_E 1.16 0.10 0.00
194_N 112_M 1.16 0.10 0.00
67_D 239_R 1.15 0.10 0.00
172_E 103_A 1.15 0.10 0.00
211_K 332_G 1.15 0.10 0.00
402_D 54_S 1.14 0.10 0.00
94_P 257_G 1.13 0.10 0.00
172_E 232_E 1.13 0.10 0.00
449_E 289_D 1.12 0.09 0.00
21_I 336_G 1.11 0.09 0.00
230_A 85_L 1.11 0.09 0.00
94_P 259_A 1.11 0.09 0.00
389_N 103_A 1.11 0.09 0.00
19_S 85_L 1.10 0.09 0.00
150_F 79_H 1.10 0.09 0.00
208_D 347_E 1.09 0.09 0.00
327_Y 130_V 1.09 0.09 0.00
236_Q 95_N 1.09 0.09 0.00
410_D 277_C 1.08 0.09 0.00
436_I 109_E 1.08 0.09 0.00
311_N 243_V 1.07 0.09 0.00
224_A 228_L 1.07 0.09 0.00
392_I 57_P 1.07 0.09 0.00
208_D 275_Q 1.07 0.09 0.00
208_D 214_G 1.06 0.09 0.00
318_T 209_Y 1.06 0.09 0.00
404_V 214_G 1.06 0.09 0.00
327_Y 383_G 1.06 0.09 0.00
82_N 7_V 1.06 0.09 0.00
236_Q 98_I 1.06 0.09 0.00
137_V 130_V 1.06 0.09 0.00
42_Y 202_L 1.05 0.08 0.00
195_E 214_G 1.05 0.08 0.00
85_F 101_V 1.05 0.08 0.00
113_Y 362_P 1.05 0.08 0.00
92_F 191_E 1.05 0.08 0.00
19_S 424_E 1.05 0.08 0.00
453_V 329_F 1.04 0.08 0.00
223_L 318_K 1.04 0.08 0.00
302_I 101_V 1.04 0.08 0.00
150_F 237_P 1.04 0.08 0.00
446_E 102_N 1.04 0.08 0.00
215_F 183_L 1.03 0.08 0.00
379_S 110_V 1.03 0.08 0.00
217_N 75_Y 1.03 0.08 0.00
137_V 339_T 1.03 0.08 0.00
392_I 188_F 1.03 0.08 0.00
389_N 419_L 1.02 0.08 0.00
157_Q 96_E 1.02 0.08 0.00
24_Y 51_M 1.02 0.08 0.00
119_V 119_G 1.02 0.08 0.00
269_P 288_D 1.02 0.08 0.00
48_M 48_T 1.01 0.08 0.00
436_I 281_N 1.01 0.08 0.00
19_S 89_D 1.01 0.08 0.00
392_I 209_Y 1.01 0.08 0.00
172_E 60_A 1.00 0.08 0.00
23_N 230_N 1.00 0.08 0.00
402_D 273_V 1.00 0.08 0.00
92_F 138_D 1.00 0.08 0.00
350_N 406_A 1.00 0.08 0.00
230_A 241_R 1.00 0.08 0.00
214_R 347_E 1.00 0.08 0.00
418_Y 289_D 1.00 0.08 0.00
183_N 153_V 1.00 0.08 0.00
320_S 72_L 0.99 0.08 0.00
137_V 108_A 0.99 0.08 0.00
239_A 291_Y 0.99 0.08 0.00
92_F 263_E 0.99 0.08 0.00
184_A 294_S 0.99 0.08 0.00
217_N 87_P 0.99 0.08 0.00
293_G 245_V 0.99 0.07 0.00
184_A 285_V 0.99 0.07 0.00
50_N 222_P 0.99 0.07 0.00
180_D 130_V 0.98 0.07 0.00
357_L 26_L 0.98 0.07 0.00
11_G 281_N 0.98 0.07 0.00
173_V 103_A 0.98 0.07 0.00
295_T 355_N 0.98 0.07 0.00
74_L 38_V 0.98 0.07 0.00
108_I 153_V 0.97 0.07 0.00
393_R 326_V 0.97 0.07 0.00
155_Y 244_K 0.97 0.07 0.00
218_S 244_K 0.97 0.07 0.00
258_A 244_K 0.97 0.07 0.00
436_I 380_L 0.96 0.07 0.00
314_E 177_V 0.96 0.07 0.00
409_K 88_Q 0.96 0.07 0.00
389_N 351_I 0.96 0.07 0.00
46_S 279_A 0.96 0.07 0.00
225_I 114_I 0.96 0.07 0.00
26_N 93_F 0.96 0.07 0.00
3_N 179_D 0.96 0.07 0.00
85_F 153_V 0.96 0.07 0.00
402_D 29_G 0.95 0.07 0.00
461_Q 160_G 0.95 0.07 0.00
408_L 210_D 0.95 0.07 0.00
170_S 150_I 0.95 0.07 0.00
119_V 421_G 0.95 0.07 0.00
327_Y 95_N 0.95 0.07 0.00
389_N 273_V 0.95 0.07 0.00
315_K 172_Y 0.94 0.07 0.00
223_L 24_A 0.94 0.07 0.00
42_Y 254_D 0.94 0.07 0.00
227_I 67_I 0.94 0.07 0.00
462_L 301_S 0.94 0.07 0.00
449_E 228_L 0.94 0.07 0.00
179_F 280_Y 0.94 0.07 0.00
92_F 324_K 0.94 0.07 0.00
225_I 77_K 0.94 0.07 0.00
202_D 75_Y 0.94 0.07 0.00
92_F 5_L 0.94 0.07 0.00
210_K 5_L 0.93 0.07 0.00
179_F 68_D 0.93 0.07 0.00
442_A 3_D 0.93 0.07 0.00
223_L 287_Y 0.93 0.07 0.00
216_A 75_Y 0.93 0.07 0.00
355_S 278_K 0.93 0.07 0.00
158_I 326_V 0.93 0.07 0.00
53_G 330_D 0.93 0.07 0.00
410_D 369_K 0.93 0.07 0.00
48_M 321_M 0.93 0.07 0.00
216_A 87_P 0.93 0.07 0.00
144_H 209_Y 0.93 0.07 0.00
274_T 128_I 0.93 0.07 0.00
236_Q 337_V 0.93 0.07 0.00
216_A 221_N 0.93 0.07 0.00
392_I 59_T 0.93 0.07 0.00
67_D 276_Y 0.93 0.07 0.00
48_M 28_D 0.92 0.07 0.00
268_N 288_D 0.92 0.07 0.00
239_A 234_L 0.92 0.07 0.00
359_W 245_V 0.92 0.07 0.00
194_N 50_K 0.92 0.07 0.00
97_D 83_F 0.92 0.07 0.00
409_K 417_S 0.92 0.07 0.00
397_E 95_N 0.92 0.07 0.00
449_E 280_Y 0.92 0.07 0.00
170_S 34_V 0.92 0.07 0.00
272_V 325_L 0.92 0.07 0.00
77_Y 238_L 0.92 0.07 0.00
74_L 420_Q 0.91 0.07 0.00
457_I 184_N 0.91 0.07 0.00
46_S 135_Q 0.91 0.07 0.00
204_I 8_G 0.91 0.07 0.00
21_I 232_E 0.91 0.07 0.00
387_F 306_S 0.91 0.07 0.00
299_A 244_K 0.91 0.07 0.00
217_N 238_L 0.91 0.07 0.00
223_L 323_D 0.91 0.07 0.00
400_G 273_V 0.91 0.07 0.00
85_F 7_V 0.91 0.07 0.00
183_N 65_V 0.91 0.07 0.00
410_D 17_S 0.90 0.07 0.00
433_N 119_G 0.90 0.07 0.00
437_K 70_A 0.90 0.07 0.00
217_N 356_Y 0.90 0.07 0.00
440_D 118_E 0.90 0.07 0.00
37_L 24_A 0.90 0.07 0.00
69_L 292_S 0.90 0.07 0.00
192_N 435_T 0.90 0.07 0.00
153_I 261_L 0.90 0.07 0.00
51_L 271_R 0.90 0.06 0.00
230_A 303_T 0.90 0.06 0.00
228_A 211_A 0.90 0.06 0.00
377_N 271_R 0.90 0.06 0.00
32_Y 100_T 0.90 0.06 0.00
61_N 250_L 0.90 0.06 0.00
325_Q 52_G 0.90 0.06 0.00
236_Q 113_T 0.90 0.06 0.00
398_Q 200_V 0.89 0.06 0.00
71_G 181_N 0.89 0.06 0.00
92_F 152_L 0.89 0.06 0.00
466_A 131_A 0.89 0.06 0.00
298_A 432_A 0.89 0.06 0.00
103_L 348_W 0.89 0.06 0.00
308_Y 227_L 0.89 0.06 0.00
216_A 203_F 0.89 0.06 0.00
227_I 321_M 0.89 0.06 0.00
244_N 396_D 0.89 0.06 0.00
130_V 107_S 0.89 0.06 0.00
220_K 181_N 0.89 0.06 0.00
316_F 170_Q 0.89 0.06 0.00
150_F 98_I 0.89 0.06 0.00
34_A 54_S 0.88 0.06 0.00
133_A 309_A 0.88 0.06 0.00
394_L 200_V 0.88 0.06 0.00
82_N 203_F 0.88 0.06 0.00
389_N 397_G 0.88 0.06 0.00
84_G 128_I 0.88 0.06 0.00
4_I 43_E 0.88 0.06 0.00
186_I 125_T 0.88 0.06 0.00
327_Y 76_N 0.88 0.06 0.00
48_M 195_L 0.88 0.06 0.00
315_K 2_A 0.88 0.06 0.00
390_Q 406_A 0.88 0.06 0.00
41_G 255_I 0.88 0.06 0.00
372_G 171_G 0.87 0.06 0.00
51_L 111_E 0.87 0.06 0.00
156_S 225_Q 0.87 0.06 0.00
403_G 214_G 0.87 0.06 0.00
379_S 37_V 0.87 0.06 0.00
156_S 359_A 0.86 0.06 0.00
408_L 423_G 0.86 0.06 0.00
194_N 212_E 0.86 0.06 0.00
109_I 79_H 0.86 0.06 0.00
169_D 244_K 0.86 0.06 0.00
440_D 439_K 0.86 0.06 0.00
153_I 183_L 0.86 0.06 0.00
438_W 244_K 0.86 0.06 0.00
153_I 289_D 0.86 0.06 0.00
436_I 344_D 0.86 0.06 0.00
446_E 379_N 0.86 0.06 0.00
373_Q 322_P 0.86 0.06 0.00
183_N 156_M 0.86 0.06 0.00
38_S 8_G 0.86 0.06 0.00
367_F 290_E 0.86 0.06 0.00
219_L 164_K 0.86 0.06 0.00
369_R 55_K 0.86 0.06 0.00
47_A 178_N 0.85 0.06 0.00
319_K 12_D 0.85 0.06 0.00
372_G 322_P 0.85 0.06 0.00
53_G 166_E 0.85 0.06 0.00
168_Y 228_L 0.85 0.06 0.00
202_D 76_N 0.85 0.06 0.00
424_T 210_D 0.85 0.06 0.00
232_P 191_E 0.85 0.06 0.00
215_F 14_S 0.85 0.06 0.00
23_N 222_P 0.85 0.06 0.00
51_L 49_V 0.85 0.06 0.00
385_E 130_V 0.85 0.06 0.00
423_G 79_H 0.85 0.06 0.00
404_V 38_V 0.85 0.06 0.00
84_G 345_A 0.85 0.06 0.00
428_Q 153_V 0.85 0.06 0.00
61_N 291_Y 0.85 0.06 0.00
25_E 173_L 0.85 0.06 0.00
141_A 419_L 0.85 0.06 0.00
219_L 87_P 0.85 0.06 0.00
391_G 217_R 0.85 0.06 0.00
187_A 397_G 0.85 0.06 0.00
463_G 129_P 0.84 0.06 0.00
462_L 55_K 0.84 0.06 0.00
217_N 176_E 0.84 0.06 0.00
385_E 339_T 0.84 0.06 0.00
306_N 75_Y 0.84 0.06 0.00
144_H 374_I 0.84 0.06 0.00
246_A 102_N 0.84 0.06 0.00
301_I 105_T 0.84 0.06 0.00
369_R 322_P 0.84 0.06 0.00
317_F 269_F 0.84 0.06 0.00
412_V 287_Y 0.84 0.06 0.00
244_N 278_K 0.84 0.06 0.00
124_Q 55_K 0.84 0.06 0.00
230_A 308_A 0.84 0.06 0.00
354_T 98_I 0.84 0.06 0.00
93_N 205_A 0.84 0.06 0.00
257_N 253_H 0.84 0.06 0.00
4_I 106_K 0.84 0.06 0.00
213_I 5_L 0.84 0.06 0.00
392_I 164_K 0.84 0.06 0.00
225_I 169_M 0.84 0.06 0.00
185_A 11_I 0.83 0.06 0.00
314_E 224_V 0.83 0.06 0.00
101_V 193_G 0.83 0.06 0.00
462_L 261_L 0.83 0.06 0.00
164_I 387_S 0.83 0.06 0.00
237_Q 179_D 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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