May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PcsB-FtsX
Genes: A B A+B
Length: 365 352 653
Sequences: 253 1962 148
Seq/Len: 0.69 5.57 0.23
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.06
2 0.01 0.00 0.06
5 0.01 0.01 0.06
10 0.01 0.01 0.06
20 0.01 0.01 0.07
100 0.01 0.01 0.09
∞ 0.02 0.01 0.21
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
312_G 228_I 1.65 0.44 0.00
297_T 281_F 1.50 0.35 0.00
164_T 145_R 1.41 0.30 0.00
105_E 216_A 1.39 0.29 0.00
88_G 131_L 1.37 0.28 0.00
167_A 144_S 1.37 0.28 0.00
100_S 180_L 1.37 0.28 0.00
174_L 191_L 1.33 0.26 0.00
170_K 145_R 1.29 0.24 0.00
81_A 142_Y 1.28 0.24 0.00
101_K 328_L 1.25 0.23 0.00
173_E 291_S 1.25 0.22 0.00
135_S 111_I 1.23 0.21 0.00
65_E 336_V 1.23 0.21 0.00
9_A 335_W 1.21 0.21 0.00
100_S 340_L 1.21 0.21 0.00
31_I 255_I 1.20 0.20 0.00
197_A 347_R 1.18 0.19 0.00
138_Q 214_L 1.18 0.19 0.00
13_K 345_H 1.16 0.19 0.00
47_A 335_W 1.16 0.18 0.00
114_S 131_L 1.15 0.18 0.00
202_R 214_L 1.14 0.18 0.00
208_E 285_L 1.13 0.18 0.00
100_S 104_Q 1.13 0.18 0.00
70_I 242_N 1.13 0.17 0.00
173_E 342_T 1.12 0.17 0.00
134_I 238_L 1.12 0.17 0.00
176_L 76_L 1.12 0.17 0.00
97_I 341_A 1.12 0.17 0.00
112_A 145_R 1.11 0.17 0.00
106_A 147_D 1.11 0.17 0.00
328_R 142_Y 1.11 0.17 0.00
159_A 156_S 1.11 0.17 0.00
177_A 83_I 1.11 0.17 0.00
101_K 131_L 1.11 0.17 0.00
125_E 281_F 1.10 0.17 0.00
92_S 330_C 1.10 0.17 0.00
92_S 203_E 1.10 0.17 0.00
221_S 115_L 1.10 0.17 0.00
156_A 153_R 1.09 0.16 0.00
157_D 146_E 1.09 0.16 0.00
168_E 234_A 1.09 0.16 0.00
317_V 144_S 1.09 0.16 0.00
5_D 66_D 1.09 0.16 0.00
200_E 180_L 1.09 0.16 0.00
254_S 150_G 1.08 0.16 0.00
179_E 305_V 1.07 0.16 0.00
307_A 158_F 1.07 0.15 0.00
49_N 264_T 1.06 0.15 0.00
23_E 315_I 1.06 0.15 0.00
113_M 109_P 1.05 0.15 0.00
198_E 331_S 1.05 0.15 0.00
341_T 180_L 1.04 0.15 0.00
307_A 285_L 1.04 0.15 0.00
150_A 100_Q 1.04 0.14 0.00
102_S 113_V 1.04 0.14 0.00
54_A 75_F 1.03 0.14 0.00
172_A 137_V 1.03 0.14 0.00
342_I 145_R 1.03 0.14 0.00
9_A 299_S 1.03 0.14 0.00
265_C 268_I 1.03 0.14 0.00
193_Q 341_A 1.03 0.14 0.00
59_L 346_L 1.03 0.14 0.00
62_E 237_F 1.02 0.14 0.00
140_A 331_S 1.02 0.14 0.00
221_S 281_F 1.02 0.14 0.00
197_A 56_V 1.02 0.14 0.00
256_N 127_V 1.01 0.14 0.00
89_A 211_F 1.01 0.14 0.00
51_R 114_Y 1.01 0.14 0.00
282_N 144_S 1.01 0.14 0.00
114_S 158_F 1.01 0.14 0.00
283_G 157_G 1.01 0.14 0.00
221_S 286_L 1.00 0.14 0.00
85_Q 171_P 1.00 0.14 0.00
107_I 233_V 1.00 0.14 0.00
64_T 173_V 1.00 0.14 0.00
156_A 204_V 1.00 0.13 0.00
243_A 289_I 1.00 0.13 0.00
124_L 152_F 1.00 0.13 0.00
147_T 92_Y 1.00 0.13 0.00
44_N 210_W 0.99 0.13 0.00
189_S 146_E 0.99 0.13 0.00
307_A 212_A 0.98 0.13 0.00
187_K 145_R 0.98 0.13 0.00
34_Q 286_L 0.98 0.13 0.00
240_S 57_R 0.98 0.13 0.00
223_L 289_I 0.98 0.13 0.00
222_V 328_L 0.97 0.13 0.00
112_A 142_Y 0.97 0.12 0.00
215_R 115_L 0.97 0.12 0.00
208_E 107_P 0.97 0.12 0.00
144_A 128_V 0.96 0.12 0.00
232_A 221_V 0.96 0.12 0.00
112_A 147_D 0.96 0.12 0.00
260_Y 251_R 0.96 0.12 0.00
260_Y 262_G 0.96 0.12 0.00
260_Y 263_A 0.96 0.12 0.00
260_Y 271_P 0.96 0.12 0.00
316_H 251_R 0.96 0.12 0.00
316_H 262_G 0.96 0.12 0.00
316_H 263_A 0.96 0.12 0.00
316_H 271_P 0.96 0.12 0.00
161_A 316_N 0.96 0.12 0.00
144_A 269_L 0.96 0.12 0.00
138_Q 284_A 0.95 0.12 0.00
174_L 303_A 0.95 0.12 0.00
196_A 106_Y 0.95 0.12 0.00
87_N 214_L 0.95 0.12 0.00
40_A 135_Q 0.95 0.12 0.00
68_K 345_H 0.95 0.12 0.00
132_K 217_L 0.95 0.12 0.00
180_K 222_G 0.95 0.12 0.00
137_K 312_K 0.95 0.12 0.00
31_I 242_N 0.95 0.12 0.00
190_L 347_R 0.94 0.12 0.00
231_T 153_R 0.94 0.12 0.00
33_E 253_D 0.94 0.12 0.00
62_E 285_L 0.94 0.12 0.00
256_N 289_I 0.94 0.12 0.00
73_R 81_I 0.94 0.12 0.00
160_Q 173_V 0.94 0.12 0.00
256_N 145_R 0.94 0.12 0.00
127_Q 137_V 0.93 0.12 0.00
230_L 231_L 0.93 0.12 0.00
265_C 265_D 0.93 0.12 0.00
27_Q 128_V 0.93 0.11 0.00
270_K 242_N 0.93 0.11 0.00
304_G 251_R 0.93 0.11 0.00
304_G 262_G 0.93 0.11 0.00
304_G 263_A 0.93 0.11 0.00
304_G 271_P 0.93 0.11 0.00
6_K 339_W 0.92 0.11 0.00
31_I 231_L 0.92 0.11 0.00
114_S 75_F 0.92 0.11 0.00
174_L 328_L 0.92 0.11 0.00
20_Q 291_S 0.92 0.11 0.00
325_S 317_G 0.92 0.11 0.00
176_L 215_A 0.92 0.11 0.00
89_A 288_L 0.92 0.11 0.00
282_N 250_A 0.92 0.11 0.00
141_N 101_A 0.92 0.11 0.00
181_A 154_N 0.92 0.11 0.00
147_T 310_G 0.92 0.11 0.00
120_N 346_L 0.92 0.11 0.00
14_I 142_Y 0.91 0.11 0.00
92_S 238_L 0.91 0.11 0.00
163_T 332_M 0.91 0.11 0.00
78_E 82_A 0.91 0.11 0.00
243_A 244_V 0.91 0.11 0.00
98_V 284_A 0.91 0.11 0.00
160_Q 151_E 0.90 0.11 0.00
153_Q 217_L 0.90 0.11 0.00
60_E 278_L 0.90 0.11 0.00
243_A 305_V 0.90 0.11 0.00
89_A 332_M 0.90 0.11 0.00
77_L 65_Q 0.90 0.11 0.00
100_S 137_V 0.90 0.11 0.00
261_P 310_G 0.90 0.11 0.00
265_C 276_G 0.90 0.11 0.00
354_T 69_S 0.90 0.11 0.00
9_A 123_A 0.90 0.11 0.00
2_T 180_L 0.90 0.11 0.00
88_G 274_Y 0.89 0.11 0.00
85_Q 169_P 0.89 0.10 0.00
253_Y 345_H 0.89 0.10 0.00
306_I 326_L 0.89 0.10 0.00
303_V 348_H 0.89 0.10 0.00
23_E 341_A 0.89 0.10 0.00
18_T 186_E 0.89 0.10 0.00
95_N 127_V 0.89 0.10 0.00
132_K 337_A 0.89 0.10 0.00
127_Q 72_F 0.89 0.10 0.00
261_P 224_V 0.89 0.10 0.00
117_V 196_T 0.88 0.10 0.00
35_V 247_S 0.88 0.10 0.00
81_A 212_A 0.88 0.10 0.00
278_D 266_G 0.88 0.10 0.00
35_V 238_L 0.88 0.10 0.00
45_L 280_G 0.88 0.10 0.00
123_M 260_L 0.88 0.10 0.00
163_T 146_E 0.88 0.10 0.00
90_V 100_Q 0.88 0.10 0.00
346_R 287_S 0.88 0.10 0.00
147_T 186_E 0.88 0.10 0.00
74_N 55_Q 0.88 0.10 0.00
230_L 100_Q 0.88 0.10 0.00
297_T 189_N 0.88 0.10 0.00
82_R 100_Q 0.87 0.10 0.00
308_C 287_S 0.87 0.10 0.00
48_E 204_V 0.87 0.10 0.00
236_A 204_V 0.87 0.10 0.00
21_Q 85_L 0.87 0.10 0.00
163_T 123_A 0.87 0.10 0.00
345_H 199_N 0.87 0.10 0.00
313_G 328_L 0.87 0.10 0.00
166_Q 109_P 0.87 0.10 0.00
324_E 212_A 0.87 0.10 0.00
95_N 284_A 0.87 0.10 0.00
73_R 248_I 0.87 0.10 0.00
169_L 284_A 0.87 0.10 0.00
15_S 170_L 0.86 0.10 0.00
88_G 117_K 0.86 0.10 0.00
229_N 140_V 0.86 0.10 0.00
172_A 264_T 0.86 0.10 0.00
156_A 133_A 0.86 0.10 0.00
99_N 172_A 0.86 0.10 0.00
257_A 66_D 0.86 0.10 0.00
28_V 212_A 0.86 0.10 0.00
250_R 284_A 0.86 0.10 0.00
73_R 58_Y 0.86 0.10 0.00
281_G 57_R 0.86 0.10 0.00
46_Q 176_V 0.86 0.10 0.00
121_N 173_V 0.86 0.10 0.00
340_R 140_V 0.86 0.10 0.00
297_T 274_Y 0.86 0.10 0.00
29_D 227_M 0.86 0.10 0.00
87_N 209_S 0.86 0.10 0.00
324_E 129_A 0.85 0.10 0.00
48_E 106_Y 0.85 0.10 0.00
134_I 81_I 0.85 0.10 0.00
112_A 285_L 0.85 0.10 0.00
123_M 115_L 0.85 0.10 0.00
312_G 340_L 0.85 0.10 0.00
7_I 278_L 0.85 0.10 0.00
174_L 281_F 0.85 0.10 0.00
98_V 154_N 0.85 0.10 0.00
40_A 195_I 0.85 0.10 0.00
105_E 285_L 0.85 0.10 0.00
334_S 121_D 0.85 0.10 0.00
127_Q 76_L 0.85 0.10 0.00
85_Q 173_V 0.85 0.10 0.00
13_K 315_I 0.85 0.10 0.00
294_G 140_V 0.85 0.10 0.00
14_I 341_A 0.85 0.10 0.00
102_S 224_V 0.85 0.10 0.00
13_K 330_C 0.85 0.10 0.00
131_K 299_S 0.85 0.10 0.00
34_Q 131_L 0.85 0.10 0.00
70_I 267_F 0.84 0.10 0.00
296_R 336_V 0.84 0.09 0.00
297_T 233_V 0.84 0.09 0.00
283_G 137_V 0.84 0.09 0.00
103_I 88_P 0.84 0.09 0.00
15_S 159_G 0.84 0.09 0.00
88_G 254_S 0.84 0.09 0.00
68_K 340_L 0.84 0.09 0.00
256_N 212_A 0.84 0.09 0.00
93_Y 97_N 0.84 0.09 0.00
51_R 109_P 0.84 0.09 0.00
47_A 212_A 0.84 0.09 0.00
16_N 259_K 0.84 0.09 0.00
117_V 102_A 0.84 0.09 0.00
209_A 147_D 0.84 0.09 0.00
157_D 234_A 0.84 0.09 0.00
155_L 302_V 0.84 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.137 seconds.