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OPENSEQ.org
3EUH
Genes: A B A+B
Length: 440 234 649
Sequences: 73 68 71
Seq/Len: 0.17 0.29 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.02 0.10
2 0.07 0.02 0.10
5 0.07 0.02 0.11
10 0.07 0.02 0.11
20 0.07 0.02 0.11
100 0.07 0.02 0.11
∞ 0.07 0.02 0.11
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
373_Q 160_N 1.85 0.36 0.00
81_M 18_L 1.66 0.28 0.00
22_I 160_N 1.64 0.27 0.00
47_M 160_N 1.62 0.26 0.00
214_T 84_P 1.55 0.23 0.00
158_A 66_I 1.50 0.21 0.00
181_Q 120_L 1.49 0.21 0.00
1_M 160_N 1.47 0.21 0.00
165_A 67_R 1.42 0.19 0.00
188_D 32_S 1.42 0.19 0.00
155_N 199_E 1.39 0.18 0.00
81_M 98_I 1.38 0.18 0.00
198_R 158_S 1.34 0.17 0.00
8_V 121_Y 1.32 0.16 0.00
181_Q 111_N 1.30 0.15 0.00
196_D 62_N 1.30 0.15 0.00
185_V 120_L 1.29 0.15 0.00
247_H 223_T 1.28 0.15 0.00
249_V 204_L 1.27 0.15 0.00
38_L 92_D 1.25 0.14 0.00
338_V 111_N 1.25 0.14 0.00
104_T 223_T 1.24 0.14 0.00
12_V 87_V 1.23 0.14 0.00
107_G 40_E 1.23 0.14 0.00
262_R 124_L 1.22 0.13 0.00
214_T 39_D 1.22 0.13 0.00
16_R 204_L 1.20 0.13 0.00
88_N 81_T 1.20 0.13 0.00
132_V 206_R 1.20 0.13 0.00
22_I 174_D 1.20 0.13 0.00
298_A 94_M 1.19 0.13 0.00
110_I 78_R 1.19 0.13 0.00
145_E 183_S 1.18 0.13 0.00
312_P 124_L 1.18 0.12 0.00
214_T 126_T 1.17 0.12 0.00
305_V 98_I 1.16 0.12 0.00
158_A 59_A 1.16 0.12 0.00
153_H 59_A 1.15 0.12 0.00
128_Q 188_G 1.15 0.12 0.00
117_Q 101_Y 1.15 0.12 0.00
7_T 181_T 1.15 0.12 0.00
185_V 92_D 1.14 0.12 0.00
183_Q 122_D 1.14 0.12 0.00
236_I 127_L 1.14 0.12 0.00
12_V 118_Q 1.14 0.12 0.00
199_A 163_R 1.14 0.12 0.00
373_Q 94_M 1.14 0.12 0.00
170_S 81_T 1.12 0.11 0.00
357_Q 59_A 1.12 0.11 0.00
12_V 163_R 1.12 0.11 0.00
296_V 141_S 1.12 0.11 0.00
136_L 39_D 1.12 0.11 0.00
22_I 94_M 1.11 0.11 0.00
183_Q 39_D 1.11 0.11 0.00
107_G 160_N 1.10 0.11 0.00
73_R 127_L 1.10 0.11 0.00
113_Y 155_V 1.10 0.11 0.00
239_A 120_L 1.10 0.11 0.00
253_V 214_E 1.10 0.11 0.00
174_T 112_E 1.10 0.11 0.00
107_G 149_Q 1.09 0.11 0.00
191_Q 221_D 1.09 0.11 0.00
369_Y 138_N 1.09 0.11 0.00
296_V 160_N 1.09 0.11 0.00
103_L 64_E 1.09 0.11 0.00
38_L 158_S 1.09 0.10 0.00
16_R 94_M 1.09 0.10 0.00
216_R 140_R 1.09 0.10 0.00
45_G 63_V 1.08 0.10 0.00
385_Y 120_L 1.08 0.10 0.00
249_V 198_R 1.08 0.10 0.00
194_N 22_L 1.07 0.10 0.00
227_D 135_K 1.07 0.10 0.00
108_I 120_L 1.07 0.10 0.00
362_I 120_L 1.06 0.10 0.00
369_Y 101_Y 1.06 0.10 0.00
305_V 18_L 1.06 0.10 0.00
363_E 120_L 1.06 0.10 0.00
358_L 158_S 1.06 0.10 0.00
214_T 120_L 1.06 0.10 0.00
105_P 188_G 1.06 0.10 0.00
303_Q 194_G 1.05 0.10 0.00
330_E 81_T 1.05 0.10 0.00
17_K 158_S 1.04 0.10 0.00
369_Y 119_E 1.04 0.10 0.00
110_I 92_D 1.04 0.10 0.00
158_A 138_N 1.04 0.10 0.00
107_G 101_Y 1.03 0.10 0.00
159_P 81_T 1.03 0.10 0.00
1_M 149_Q 1.03 0.09 0.00
369_Y 149_Q 1.03 0.09 0.00
306_Q 142_T 1.03 0.09 0.00
181_Q 140_R 1.02 0.09 0.00
189_I 94_M 1.02 0.09 0.00
119_E 67_R 1.02 0.09 0.00
3_E 67_R 1.02 0.09 0.00
331_M 118_Q 1.02 0.09 0.00
17_K 92_D 1.02 0.09 0.00
87_L 116_T 1.02 0.09 0.00
363_E 37_G 1.02 0.09 0.00
369_Y 141_S 1.02 0.09 0.00
213_G 36_I 1.02 0.09 0.00
45_G 81_T 1.02 0.09 0.00
110_I 26_L 1.01 0.09 0.00
92_S 194_G 1.01 0.09 0.00
242_T 168_V 1.01 0.09 0.00
312_P 85_R 1.01 0.09 0.00
284_F 61_Y 1.01 0.09 0.00
185_V 158_S 1.00 0.09 0.00
8_V 179_R 1.00 0.09 0.00
48_S 138_N 1.00 0.09 0.00
346_L 101_Y 1.00 0.09 0.00
186_K 163_R 1.00 0.09 0.00
332_A 193_A 1.00 0.09 0.00
275_I 188_G 1.00 0.09 0.00
381_V 154_K 1.00 0.09 0.00
124_R 81_T 1.00 0.09 0.00
227_D 188_G 0.99 0.09 0.00
105_P 207_D 0.99 0.09 0.00
362_I 112_E 0.99 0.09 0.00
322_R 87_V 0.99 0.09 0.00
354_I 40_E 0.99 0.09 0.00
136_L 176_S 0.99 0.09 0.00
170_S 49_D 0.98 0.09 0.00
174_T 101_Y 0.98 0.09 0.00
111_T 215_N 0.98 0.09 0.00
117_Q 138_N 0.98 0.09 0.00
5_S 91_L 0.97 0.09 0.00
209_S 84_P 0.97 0.09 0.00
262_R 200_A 0.97 0.09 0.00
95_A 168_V 0.97 0.09 0.00
39_N 51_Q 0.97 0.08 0.00
37_T 152_Q 0.97 0.08 0.00
113_Y 45_A 0.97 0.08 0.00
12_V 158_S 0.97 0.08 0.00
376_L 204_L 0.97 0.08 0.00
136_L 126_T 0.96 0.08 0.00
252_L 29_A 0.96 0.08 0.00
369_Y 160_N 0.96 0.08 0.00
251_R 18_L 0.96 0.08 0.00
158_A 141_S 0.96 0.08 0.00
158_A 175_S 0.96 0.08 0.00
86_L 78_R 0.96 0.08 0.00
54_D 73_F 0.95 0.08 0.00
326_M 160_N 0.95 0.08 0.00
15_A 160_N 0.95 0.08 0.00
113_Y 85_R 0.95 0.08 0.00
339_T 111_N 0.95 0.08 0.00
11_L 206_R 0.95 0.08 0.00
159_P 51_Q 0.95 0.08 0.00
9_P 101_Y 0.95 0.08 0.00
262_R 85_R 0.95 0.08 0.00
264_I 67_R 0.95 0.08 0.00
296_V 49_D 0.95 0.08 0.00
338_V 126_T 0.95 0.08 0.00
153_H 181_T 0.95 0.08 0.00
187_D 179_R 0.95 0.08 0.00
249_V 29_A 0.95 0.08 0.00
181_Q 126_T 0.95 0.08 0.00
283_K 83_I 0.95 0.08 0.00
50_G 158_S 0.95 0.08 0.00
312_P 200_A 0.94 0.08 0.00
63_F 199_E 0.94 0.08 0.00
389_Y 138_N 0.94 0.08 0.00
115_I 160_N 0.94 0.08 0.00
186_K 87_V 0.94 0.08 0.00
322_R 163_R 0.94 0.08 0.00
239_A 174_D 0.94 0.08 0.00
167_I 42_D 0.94 0.08 0.00
5_S 37_G 0.94 0.08 0.00
365_Q 55_E 0.94 0.08 0.00
13_A 160_N 0.94 0.08 0.00
243_H 111_N 0.93 0.08 0.00
296_V 149_Q 0.93 0.08 0.00
158_A 46_F 0.93 0.08 0.00
37_T 92_D 0.93 0.08 0.00
351_F 59_A 0.93 0.08 0.00
117_Q 134_L 0.93 0.08 0.00
159_P 38_L 0.93 0.08 0.00
335_D 158_S 0.93 0.08 0.00
141_D 183_S 0.93 0.08 0.00
39_N 81_T 0.93 0.08 0.00
136_L 84_P 0.93 0.08 0.00
2_S 94_M 0.93 0.08 0.00
126_S 98_I 0.93 0.08 0.00
185_V 136_L 0.92 0.08 0.00
92_S 175_S 0.92 0.08 0.00
385_Y 78_R 0.92 0.08 0.00
235_R 81_T 0.92 0.08 0.00
122_T 55_E 0.92 0.08 0.00
61_D 168_V 0.92 0.08 0.00
284_F 21_P 0.92 0.08 0.00
228_K 49_D 0.92 0.08 0.00
39_N 138_N 0.92 0.08 0.00
51_E 79_S 0.92 0.08 0.00
314_A 18_L 0.92 0.08 0.00
252_L 153_E 0.92 0.08 0.00
319_N 211_M 0.92 0.08 0.00
360_A 156_R 0.92 0.08 0.00
214_T 181_T 0.91 0.08 0.00
262_R 82_L 0.91 0.08 0.00
58_H 134_L 0.91 0.08 0.00
1_M 193_A 0.91 0.07 0.00
202_S 136_L 0.91 0.07 0.00
38_L 78_R 0.91 0.07 0.00
252_L 138_N 0.91 0.07 0.00
370_K 111_N 0.91 0.07 0.00
185_V 78_R 0.91 0.07 0.00
307_T 171_M 0.91 0.07 0.00
48_S 16_Q 0.91 0.07 0.00
185_V 211_M 0.90 0.07 0.00
330_E 175_S 0.90 0.07 0.00
351_F 19_A 0.90 0.07 0.00
364_E 222_E 0.90 0.07 0.00
202_S 148_R 0.90 0.07 0.00
307_T 168_V 0.90 0.07 0.00
198_R 139_N 0.90 0.07 0.00
188_D 217_L 0.90 0.07 0.00
348_Y 32_S 0.90 0.07 0.00
15_A 211_M 0.90 0.07 0.00
88_N 112_E 0.90 0.07 0.00
81_M 94_M 0.90 0.07 0.00
194_N 66_I 0.89 0.07 0.00
104_T 138_N 0.89 0.07 0.00
116_R 188_G 0.89 0.07 0.00
367_A 55_E 0.89 0.07 0.00
320_A 85_R 0.89 0.07 0.00
4_F 170_F 0.89 0.07 0.00
53_V 59_A 0.89 0.07 0.00
369_Y 134_L 0.89 0.07 0.00
265_S 156_R 0.89 0.07 0.00
385_Y 92_D 0.89 0.07 0.00
221_T 163_R 0.89 0.07 0.00
1_M 37_G 0.89 0.07 0.00
188_D 199_E 0.89 0.07 0.00
104_T 222_E 0.88 0.07 0.00
389_Y 134_L 0.88 0.07 0.00
33_L 67_R 0.88 0.07 0.00
47_M 62_N 0.88 0.07 0.00
11_L 128_A 0.88 0.07 0.00
119_E 144_S 0.88 0.07 0.00
195_K 55_E 0.88 0.07 0.00
363_E 174_D 0.88 0.07 0.00
330_E 51_Q 0.88 0.07 0.00
344_E 221_D 0.88 0.07 0.00
186_K 118_Q 0.88 0.07 0.00
105_P 45_A 0.88 0.07 0.00
70_I 59_A 0.88 0.07 0.00
22_I 173_H 0.88 0.07 0.00
116_R 180_I 0.88 0.07 0.00
247_H 19_A 0.88 0.07 0.00
376_L 181_T 0.88 0.07 0.00
252_L 66_I 0.88 0.07 0.00
26_V 26_L 0.88 0.07 0.00
27_D 42_D 0.88 0.07 0.00
12_V 92_D 0.87 0.07 0.00
71_G 122_D 0.87 0.07 0.00
371_T 183_S 0.87 0.07 0.00
342_L 81_T 0.87 0.07 0.00
276_G 82_L 0.87 0.07 0.00
201_I 98_I 0.87 0.07 0.00
254_F 118_Q 0.87 0.07 0.00
68_E 152_Q 0.87 0.07 0.00
22_I 18_L 0.87 0.07 0.00
2_S 160_N 0.87 0.07 0.00
373_Q 149_Q 0.86 0.07 0.00
136_L 181_T 0.86 0.07 0.00
16_R 18_L 0.86 0.07 0.00
149_E 223_T 0.86 0.07 0.00
180_E 119_E 0.86 0.07 0.00
229_L 182_E 0.86 0.07 0.00
251_R 66_I 0.86 0.07 0.00
316_T 118_Q 0.86 0.07 0.00
336_E 117_Q 0.86 0.07 0.00
298_A 88_L 0.86 0.07 0.00
67_S 218_Q 0.86 0.07 0.00
284_F 184_V 0.86 0.07 0.00
356_E 141_S 0.86 0.07 0.00
55_A 112_E 0.86 0.07 0.00
228_K 134_L 0.86 0.07 0.00
252_L 101_Y 0.86 0.07 0.00
384_E 198_R 0.86 0.07 0.00
128_Q 135_K 0.86 0.07 0.00
13_A 46_F 0.86 0.07 0.00
181_Q 168_V 0.86 0.07 0.00
187_D 148_R 0.86 0.07 0.00
153_H 217_L 0.85 0.07 0.00
137_K 84_P 0.85 0.07 0.00
385_Y 126_T 0.85 0.07 0.00
8_V 136_L 0.85 0.07 0.00
5_S 169_W 0.85 0.07 0.00
251_R 111_N 0.85 0.07 0.00
369_Y 117_Q 0.85 0.07 0.00
189_I 95_V 0.85 0.07 0.00
12_V 157_S 0.85 0.07 0.00
116_R 155_V 0.85 0.07 0.00
368_V 223_T 0.85 0.07 0.00
37_T 158_S 0.85 0.07 0.00
83_R 204_L 0.84 0.07 0.00
370_K 66_I 0.84 0.07 0.00
254_F 158_S 0.84 0.07 0.00
9_P 138_N 0.84 0.07 0.00
126_S 90_E 0.84 0.07 0.00
174_T 138_N 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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