May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
vgrg_tssf
Genes: A B A+B
Length: 630 589 1180
Sequences: 1704 896 668
Seq/Len: 2.7 1.52 0.57
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.03
2 0.02 0.00 0.07
5 0.03 0.00 0.28
10 0.05 0.00 0.45
20 0.07 0.01 0.55
100 0.10 0.03 0.57
∞ 0.20 0.13 0.64
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
50_S 578_S 1.40 0.52 0.00
435_V 328_V 1.35 0.49 0.00
490_L 171_L 1.32 0.46 0.00
99_S 87_V 1.30 0.44 0.00
124_P 133_C 1.27 0.42 0.00
175_Y 169_F 1.20 0.37 0.00
444_L 269_F 1.18 0.35 0.00
63_Q 87_V 1.17 0.34 0.00
262_E 503_L 1.13 0.32 0.00
130_L 149_I 1.12 0.31 0.00
280_S 208_F 1.11 0.30 0.00
493_E 265_L 1.11 0.30 0.00
490_L 87_V 1.11 0.30 0.00
102_L 450_R 1.10 0.29 0.00
168_A 469_Y 1.08 0.29 0.00
131_L 413_T 1.08 0.29 0.00
48_L 327_S 1.08 0.28 0.00
365_R 133_C 1.06 0.27 0.00
314_H 120_F 1.05 0.27 0.00
529_V 134_Q 1.05 0.26 0.00
106_L 239_F 1.05 0.26 0.00
169_A 66_L 1.04 0.26 0.00
217_V 386_D 1.04 0.26 0.00
305_A 14_L 1.02 0.25 0.00
325_V 265_L 1.02 0.25 0.00
55_L 440_K 1.02 0.25 0.00
516_D 289_T 1.02 0.25 0.00
385_G 84_S 1.02 0.24 0.00
50_S 553_F 1.01 0.24 0.00
90_D 464_N 1.00 0.23 0.00
18_L 443_T 0.99 0.23 0.00
280_S 133_C 0.99 0.23 0.00
149_Q 133_C 0.99 0.23 0.00
325_V 557_Y 0.99 0.23 0.00
462_N 151_L 0.98 0.23 0.00
20_V 65_E 0.98 0.22 0.00
106_L 371_Y 0.98 0.22 0.00
118_F 149_I 0.98 0.22 0.00
415_W 563_F 0.97 0.22 0.00
28_S 133_C 0.97 0.22 0.00
416_V 214_S 0.96 0.21 0.00
305_A 134_Q 0.96 0.21 0.00
156_Y 14_L 0.95 0.21 0.00
233_L 292_I 0.95 0.21 0.00
220_L 174_D 0.95 0.21 0.00
521_I 304_L 0.94 0.20 0.00
399_H 466_S 0.94 0.20 0.00
20_V 248_V 0.94 0.20 0.00
301_P 27_Q 0.94 0.20 0.00
154_V 320_P 0.94 0.20 0.00
490_L 530_L 0.93 0.20 0.00
79_I 288_C 0.93 0.20 0.00
444_L 391_F 0.93 0.20 0.00
303_L 135_G 0.93 0.20 0.00
162_Q 66_L 0.92 0.19 0.00
335_P 149_I 0.92 0.19 0.00
86_F 553_F 0.92 0.19 0.00
522_R 248_V 0.92 0.19 0.00
169_A 129_Y 0.92 0.19 0.00
310_D 296_E 0.92 0.19 0.00
162_Q 133_C 0.91 0.19 0.00
150_R 564_H 0.91 0.19 0.00
447_D 221_P 0.91 0.18 0.00
77_Q 51_L 0.91 0.18 0.00
330_H 90_F 0.91 0.18 0.00
466_Y 526_L 0.90 0.18 0.00
26_Q 87_V 0.90 0.18 0.00
160_D 286_L 0.90 0.18 0.00
165_H 108_L 0.90 0.18 0.00
127_I 282_D 0.90 0.18 0.00
61_V 178_S 0.90 0.18 0.00
490_L 194_I 0.90 0.18 0.00
63_Q 131_M 0.90 0.18 0.00
493_E 100_Q 0.90 0.18 0.00
181_A 578_S 0.89 0.18 0.00
228_V 565_E 0.89 0.18 0.00
507_K 457_L 0.89 0.18 0.00
284_L 67_T 0.89 0.18 0.00
66_H 125_D 0.88 0.17 0.00
264_F 302_I 0.88 0.17 0.00
131_L 207_A 0.88 0.17 0.00
296_A 413_T 0.88 0.17 0.00
20_V 328_V 0.88 0.17 0.00
624_A 328_V 0.88 0.17 0.00
441_V 325_I 0.88 0.17 0.00
294_A 410_L 0.88 0.17 0.00
220_L 275_A 0.88 0.17 0.00
490_L 181_L 0.88 0.17 0.00
29_L 128_L 0.88 0.17 0.00
122_S 514_V 0.88 0.17 0.00
369_K 55_L 0.88 0.17 0.00
506_Q 556_L 0.87 0.17 0.00
368_A 204_P 0.87 0.17 0.00
237_S 186_H 0.87 0.17 0.00
345_G 289_T 0.87 0.17 0.00
453_I 347_E 0.86 0.17 0.00
330_H 421_L 0.86 0.17 0.00
109_L 389_I 0.86 0.17 0.00
484_G 41_V 0.86 0.17 0.00
355_L 191_K 0.86 0.17 0.00
296_A 247_D 0.86 0.17 0.00
100_L 327_S 0.86 0.16 0.00
131_L 288_C 0.86 0.16 0.00
435_V 92_P 0.86 0.16 0.00
298_S 116_T 0.86 0.16 0.00
164_L 45_L 0.86 0.16 0.00
55_L 284_F 0.85 0.16 0.00
296_A 223_P 0.85 0.16 0.00
237_S 411_T 0.85 0.16 0.00
133_E 298_D 0.85 0.16 0.00
325_V 390_S 0.85 0.16 0.00
479_T 321_A 0.85 0.16 0.00
296_A 389_I 0.85 0.16 0.00
503_L 149_I 0.85 0.16 0.00
493_E 410_L 0.85 0.16 0.00
19_V 558_A 0.85 0.16 0.00
138_D 292_I 0.85 0.16 0.00
462_N 442_I 0.85 0.16 0.00
358_A 49_A 0.85 0.16 0.00
357_P 446_S 0.85 0.16 0.00
450_Q 326_F 0.85 0.16 0.00
624_A 313_I 0.85 0.16 0.00
447_D 485_Y 0.84 0.16 0.00
305_A 194_I 0.84 0.16 0.00
299_D 269_F 0.84 0.16 0.00
236_Y 28_L 0.84 0.16 0.00
194_S 386_D 0.84 0.16 0.00
46_V 134_Q 0.84 0.15 0.00
107_E 86_S 0.84 0.15 0.00
238_F 477_A 0.84 0.15 0.00
349_Y 421_L 0.84 0.15 0.00
159_T 203_L 0.84 0.15 0.00
248_R 292_I 0.84 0.15 0.00
159_T 246_F 0.84 0.15 0.00
265_D 542_D 0.84 0.15 0.00
364_A 181_L 0.84 0.15 0.00
397_K 122_T 0.83 0.15 0.00
118_F 151_L 0.83 0.15 0.00
507_K 125_D 0.83 0.15 0.00
393_F 386_D 0.83 0.15 0.00
498_S 152_R 0.83 0.15 0.00
538_Q 250_G 0.83 0.15 0.00
94_R 59_V 0.83 0.15 0.00
419_A 185_L 0.83 0.15 0.00
369_K 509_I 0.83 0.15 0.00
83_V 41_V 0.83 0.15 0.00
80_N 473_L 0.83 0.15 0.00
236_Y 461_L 0.83 0.15 0.00
168_A 570_N 0.83 0.15 0.00
78_Q 133_C 0.83 0.15 0.00
69_I 18_G 0.82 0.15 0.00
130_L 315_P 0.82 0.15 0.00
380_V 302_I 0.82 0.15 0.00
401_P 154_L 0.82 0.15 0.00
133_E 281_Q 0.82 0.15 0.00
412_S 413_T 0.82 0.15 0.00
296_A 560_I 0.82 0.15 0.00
119_Q 371_Y 0.82 0.15 0.00
266_A 529_T 0.82 0.15 0.00
50_S 106_T 0.82 0.15 0.00
161_L 84_S 0.82 0.15 0.00
420_Q 182_Y 0.82 0.15 0.00
441_V 265_L 0.82 0.15 0.00
78_Q 446_S 0.81 0.14 0.00
325_V 575_E 0.81 0.14 0.00
349_Y 532_V 0.81 0.14 0.00
296_A 15_K 0.81 0.14 0.00
329_N 530_L 0.81 0.14 0.00
351_N 490_L 0.81 0.14 0.00
150_R 434_P 0.81 0.14 0.00
443_F 284_F 0.81 0.14 0.00
159_T 252_A 0.81 0.14 0.00
393_F 415_R 0.81 0.14 0.00
118_F 407_S 0.81 0.14 0.00
57_A 372_Y 0.81 0.14 0.00
69_I 299_A 0.81 0.14 0.00
492_F 18_G 0.81 0.14 0.00
453_I 262_D 0.81 0.14 0.00
516_D 307_R 0.81 0.14 0.00
103_V 299_A 0.81 0.14 0.00
612_G 255_L 0.81 0.14 0.00
450_Q 546_F 0.81 0.14 0.00
529_V 514_V 0.81 0.14 0.00
147_C 292_I 0.81 0.14 0.00
426_Q 171_L 0.81 0.14 0.00
120_Q 162_A 0.80 0.14 0.00
159_T 302_I 0.80 0.14 0.00
170_E 528_S 0.80 0.14 0.00
66_H 215_S 0.80 0.14 0.00
130_L 128_L 0.80 0.14 0.00
477_L 526_L 0.80 0.14 0.00
416_V 107_Q 0.80 0.14 0.00
133_E 554_F 0.80 0.14 0.00
204_Y 203_L 0.80 0.14 0.00
222_F 270_S 0.80 0.14 0.00
349_Y 446_S 0.80 0.14 0.00
479_T 488_R 0.80 0.14 0.00
187_L 104_R 0.80 0.14 0.00
479_T 367_R 0.80 0.14 0.00
61_V 89_A 0.80 0.14 0.00
276_G 429_A 0.80 0.14 0.00
267_P 315_P 0.80 0.14 0.00
101_T 131_M 0.79 0.14 0.00
228_V 552_H 0.79 0.14 0.00
509_W 331_V 0.79 0.14 0.00
506_Q 410_L 0.79 0.14 0.00
69_I 248_V 0.79 0.14 0.00
331_Q 282_D 0.79 0.14 0.00
160_D 414_N 0.79 0.14 0.00
425_S 330_Q 0.79 0.14 0.00
500_Q 153_M 0.79 0.14 0.00
353_L 15_K 0.79 0.14 0.00
204_Y 546_F 0.79 0.14 0.00
422_W 18_G 0.79 0.14 0.00
83_V 313_I 0.79 0.14 0.00
147_C 388_F 0.79 0.14 0.00
406_S 390_S 0.79 0.13 0.00
367_C 446_S 0.78 0.13 0.00
318_A 291_V 0.78 0.13 0.00
445_N 519_R 0.78 0.13 0.00
128_S 25_H 0.78 0.13 0.00
131_L 159_V 0.78 0.13 0.00
283_R 284_F 0.78 0.13 0.00
356_I 326_F 0.78 0.13 0.00
426_Q 560_I 0.78 0.13 0.00
462_N 506_I 0.78 0.13 0.00
121_Q 167_V 0.78 0.13 0.00
159_T 554_F 0.78 0.13 0.00
236_Y 86_S 0.78 0.13 0.00
409_N 102_I 0.78 0.13 0.00
359_H 208_F 0.78 0.13 0.00
400_F 551_S 0.78 0.13 0.00
30_S 119_H 0.78 0.13 0.00
143_L 47_G 0.78 0.13 0.00
441_V 145_T 0.78 0.13 0.00
55_L 169_F 0.78 0.13 0.00
436_G 76_P 0.78 0.13 0.00
479_T 326_F 0.78 0.13 0.00
399_H 125_D 0.78 0.13 0.00
220_L 485_Y 0.78 0.13 0.00
58_E 208_F 0.78 0.13 0.00
42_F 241_E 0.78 0.13 0.00
364_A 195_E 0.78 0.13 0.00
398_V 470_L 0.77 0.13 0.00
440_I 310_E 0.77 0.13 0.00
479_T 67_T 0.77 0.13 0.00
299_D 303_D 0.77 0.13 0.00
80_N 121_N 0.77 0.13 0.00
286_Y 530_L 0.77 0.13 0.00
296_A 562_S 0.77 0.13 0.00
97_F 90_F 0.77 0.13 0.00
466_Y 145_T 0.77 0.13 0.00
55_L 389_I 0.77 0.13 0.00
175_Y 586_Q 0.77 0.13 0.00
74_Q 125_D 0.77 0.13 0.00
85_Q 474_S 0.77 0.13 0.00
85_Q 249_K 0.76 0.13 0.00
44_Y 581_T 0.76 0.13 0.00
276_G 551_S 0.76 0.13 0.00
213_N 269_F 0.76 0.12 0.00
83_V 249_K 0.76 0.12 0.00
431_A 589_I 0.76 0.12 0.00
290_D 263_F 0.76 0.12 0.00
445_N 102_I 0.76 0.12 0.00
150_R 309_S 0.76 0.12 0.00
116_R 526_L 0.76 0.12 0.00
102_L 305_T 0.76 0.12 0.00
604_S 67_T 0.76 0.12 0.00
470_D 552_H 0.76 0.12 0.00
146_E 489_A 0.76 0.12 0.00
371_Q 96_V 0.76 0.12 0.00
328_A 508_K 0.76 0.12 0.00
135_G 506_I 0.76 0.12 0.00
83_V 328_V 0.76 0.12 0.00
61_V 45_L 0.76 0.12 0.00
60_F 567_V 0.76 0.12 0.00
447_D 439_F 0.76 0.12 0.00
24_E 216_D 0.76 0.12 0.00
131_L 14_L 0.75 0.12 0.00
225_T 504_D 0.75 0.12 0.00
235_D 326_F 0.75 0.12 0.00
300_E 287_Y 0.75 0.12 0.00
299_D 48_F 0.75 0.12 0.00
389_Y 390_S 0.75 0.12 0.00
521_I 247_D 0.75 0.12 0.00
419_A 131_M 0.75 0.12 0.00
46_V 270_S 0.75 0.12 0.00
131_L 522_P 0.75 0.12 0.00
352_Q 267_I 0.75 0.12 0.00
119_Q 246_F 0.75 0.12 0.00
151_E 239_F 0.75 0.12 0.00
303_L 541_G 0.75 0.12 0.00
421_E 30_R 0.75 0.12 0.00
365_R 74_L 0.75 0.12 0.00
429_S 371_Y 0.75 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.141 seconds.