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OPENSEQ.org
tssL_TssM
Genes: A B A+B
Length: 257 560 686
Sequences: 818 596 491
Seq/Len: 3.18 1.06 0.72
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.47
2 0.01 0.03 0.48
5 0.01 0.03 0.59
10 0.01 0.03 0.60
20 0.03 0.05 0.65
100 0.05 0.07 0.65
∞ 0.14 0.12 0.66
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
234_L 469_A 1.91 0.89 0.29
256_I 555_L 1.59 0.74 0.14
104_S 254_L 1.49 0.67 0.10
203_P 321_Q 1.42 0.61 0.08
201_T 294_E 1.42 0.61 0.08
238_Y 473_H 1.41 0.60 0.08
203_P 318_E 1.37 0.57 0.07
105_V 446_V 1.33 0.54 0.06
243_H 543_T 1.31 0.52 0.06
246_S 543_T 1.31 0.52 0.06
176_A 429_F 1.31 0.52 0.06
106_M 271_L 1.28 0.49 0.05
101_L 373_F 1.27 0.49 0.05
229_V 277_L 1.27 0.49 0.05
189_L 205_R 1.27 0.49 0.05
221_W 256_E 1.27 0.48 0.05
204_T 295_V 1.26 0.48 0.05
46_L 220_R 1.26 0.48 0.05
235_F 300_F 1.26 0.48 0.05
233_G 116_K 1.25 0.46 0.05
218_M 535_D 1.23 0.45 0.04
220_V 423_Y 1.22 0.44 0.04
122_L 556_L 1.20 0.43 0.04
200_L 294_E 1.19 0.42 0.04
121_M 270_A 1.19 0.42 0.04
37_N 436_E 1.18 0.41 0.04
189_L 235_L 1.18 0.41 0.04
228_I 377_A 1.17 0.40 0.04
113_S 230_L 1.17 0.40 0.04
249_V 544_I 1.17 0.40 0.04
78_I 227_V 1.16 0.40 0.04
182_I 142_T 1.16 0.39 0.04
40_I 148_S 1.15 0.39 0.03
253_L 283_F 1.14 0.38 0.03
97_L 326_V 1.13 0.37 0.03
52_R 108_L 1.13 0.37 0.03
109_E 420_S 1.12 0.36 0.03
221_W 173_W 1.12 0.36 0.03
125_F 541_G 1.10 0.35 0.03
140_S 384_F 1.09 0.34 0.03
91_M 147_R 1.09 0.34 0.03
164_F 216_R 1.09 0.34 0.03
153_L 433_I 1.09 0.34 0.03
227_F 461_C 1.09 0.34 0.03
181_V 267_V 1.08 0.33 0.03
100_F 311_W 1.08 0.33 0.03
135_V 134_L 1.08 0.33 0.03
91_M 539_Y 1.07 0.33 0.03
224_F 461_C 1.07 0.33 0.03
181_V 251_R 1.07 0.33 0.03
164_F 254_L 1.07 0.32 0.03
68_Q 557_E 1.06 0.32 0.02
189_L 111_V 1.06 0.32 0.02
63_E 463_V 1.05 0.31 0.02
117_A 429_F 1.05 0.31 0.02
189_L 465_T 1.05 0.31 0.02
234_L 325_R 1.04 0.30 0.02
181_V 291_Q 1.03 0.29 0.02
136_F 519_A 1.03 0.29 0.02
84_G 457_S 1.03 0.29 0.02
216_R 467_L 1.03 0.29 0.02
245_K 484_D 1.02 0.29 0.02
105_V 490_V 1.02 0.29 0.02
73_I 138_N 1.01 0.28 0.02
237_G 334_V 1.01 0.28 0.02
148_R 369_A 1.01 0.28 0.02
93_Y 203_E 1.01 0.28 0.02
101_L 371_D 1.00 0.28 0.02
43_A 222_P 1.00 0.28 0.02
161_I 145_I 1.00 0.28 0.02
159_C 319_Y 1.00 0.27 0.02
50_S 531_Q 1.00 0.27 0.02
197_P 326_V 0.99 0.27 0.02
103_E 443_N 0.99 0.27 0.02
234_L 227_V 0.99 0.27 0.02
117_A 154_F 0.99 0.27 0.02
99_A 277_L 0.99 0.27 0.02
105_V 400_A 0.99 0.27 0.02
151_A 348_S 0.99 0.27 0.02
120_S 352_Q 0.99 0.27 0.02
73_I 277_L 0.99 0.27 0.02
113_S 290_S 0.99 0.26 0.02
201_T 216_R 0.99 0.26 0.02
136_F 325_R 0.98 0.26 0.02
170_V 326_V 0.98 0.26 0.02
220_V 463_V 0.98 0.26 0.02
235_F 557_E 0.98 0.26 0.02
243_H 238_A 0.98 0.26 0.02
83_Q 495_E 0.98 0.26 0.02
136_F 486_V 0.98 0.26 0.02
77_E 222_P 0.98 0.26 0.02
138_I 221_R 0.98 0.26 0.02
151_A 116_K 0.97 0.26 0.02
177_E 271_L 0.97 0.26 0.02
31_L 180_V 0.97 0.26 0.02
90_L 358_E 0.97 0.26 0.02
43_A 191_Q 0.97 0.25 0.02
90_L 255_R 0.97 0.25 0.02
109_E 160_A 0.96 0.25 0.02
82_E 118_S 0.96 0.25 0.02
95_Y 279_G 0.96 0.25 0.02
256_I 132_L 0.95 0.24 0.02
256_I 347_Y 0.95 0.24 0.02
140_S 401_A 0.95 0.24 0.02
47_F 428_L 0.95 0.24 0.02
238_Y 461_C 0.95 0.24 0.02
47_F 334_V 0.94 0.24 0.01
42_A 180_V 0.94 0.24 0.01
237_G 451_R 0.94 0.23 0.01
246_S 423_Y 0.94 0.23 0.01
161_I 110_Q 0.94 0.23 0.01
231_W 227_V 0.94 0.23 0.01
135_V 414_A 0.93 0.23 0.01
101_L 359_I 0.93 0.23 0.01
155_F 145_I 0.93 0.23 0.01
103_E 236_A 0.93 0.23 0.01
111_G 436_E 0.93 0.23 0.01
130_W 472_W 0.93 0.23 0.01
219_P 368_L 0.93 0.23 0.01
69_T 357_K 0.93 0.23 0.01
127_N 514_N 0.93 0.23 0.01
47_F 468_L 0.92 0.23 0.01
255_Q 122_H 0.92 0.22 0.01
109_E 387_V 0.92 0.22 0.01
169_R 203_E 0.92 0.22 0.01
120_S 540_Q 0.92 0.22 0.01
73_I 498_P 0.92 0.22 0.01
221_W 181_L 0.92 0.22 0.01
207_V 436_E 0.91 0.22 0.01
132_G 381_G 0.91 0.22 0.01
90_L 229_A 0.91 0.21 0.01
120_S 206_L 0.91 0.21 0.01
170_V 296_L 0.91 0.21 0.01
69_T 108_L 0.90 0.21 0.01
219_P 168_P 0.90 0.21 0.01
164_F 431_H 0.90 0.21 0.01
197_P 459_V 0.90 0.21 0.01
256_I 551_T 0.90 0.21 0.01
244_S 324_S 0.90 0.21 0.01
245_K 223_L 0.90 0.21 0.01
159_C 219_S 0.90 0.21 0.01
181_V 215_D 0.90 0.21 0.01
49_L 400_A 0.90 0.21 0.01
148_R 223_L 0.90 0.21 0.01
73_I 359_I 0.90 0.21 0.01
165_E 339_T 0.90 0.21 0.01
103_E 353_I 0.90 0.21 0.01
158_H 349_F 0.90 0.21 0.01
206_H 178_E 0.90 0.21 0.01
189_L 477_L 0.90 0.21 0.01
53_V 298_F 0.90 0.21 0.01
176_A 134_L 0.90 0.21 0.01
202_R 175_I 0.89 0.21 0.01
113_S 559_R 0.89 0.21 0.01
63_E 403_R 0.89 0.21 0.01
39_L 554_N 0.89 0.21 0.01
231_W 472_W 0.89 0.21 0.01
201_T 425_T 0.89 0.21 0.01
204_T 175_I 0.89 0.20 0.01
63_E 377_A 0.89 0.20 0.01
146_P 552_Y 0.89 0.20 0.01
70_I 204_R 0.89 0.20 0.01
54_R 393_P 0.89 0.20 0.01
229_V 313_E 0.89 0.20 0.01
171_M 328_G 0.88 0.20 0.01
129_T 373_F 0.88 0.20 0.01
164_F 267_V 0.88 0.20 0.01
204_T 383_Y 0.88 0.20 0.01
235_F 423_Y 0.88 0.20 0.01
103_E 351_R 0.88 0.20 0.01
135_V 555_L 0.88 0.20 0.01
221_W 187_E 0.88 0.20 0.01
93_Y 150_Q 0.88 0.20 0.01
103_E 555_L 0.88 0.20 0.01
146_P 556_L 0.88 0.20 0.01
38_V 475_N 0.88 0.20 0.01
103_E 539_Y 0.87 0.20 0.01
155_F 436_E 0.87 0.20 0.01
49_L 418_K 0.87 0.19 0.01
240_Y 471_T 0.87 0.19 0.01
253_L 548_V 0.86 0.19 0.01
90_L 117_Q 0.86 0.19 0.01
227_F 421_T 0.86 0.19 0.01
57_T 429_F 0.86 0.19 0.01
96_I 482_H 0.86 0.19 0.01
153_L 247_A 0.86 0.19 0.01
224_F 429_F 0.86 0.19 0.01
103_E 541_G 0.86 0.19 0.01
218_M 219_S 0.86 0.19 0.01
221_W 184_P 0.86 0.19 0.01
253_L 534_S 0.86 0.19 0.01
188_L 182_I 0.86 0.19 0.01
127_N 254_L 0.86 0.19 0.01
82_E 408_S 0.86 0.19 0.01
195_S 289_K 0.86 0.19 0.01
73_I 531_Q 0.85 0.19 0.01
84_G 402_S 0.85 0.19 0.01
69_T 155_S 0.85 0.19 0.01
201_T 284_F 0.85 0.19 0.01
50_S 431_H 0.85 0.19 0.01
102_D 424_F 0.85 0.19 0.01
109_E 185_D 0.85 0.19 0.01
40_I 180_V 0.85 0.19 0.01
172_E 182_I 0.85 0.19 0.01
181_V 376_S 0.85 0.18 0.01
190_S 274_L 0.85 0.18 0.01
237_G 261_L 0.85 0.18 0.01
132_G 266_P 0.85 0.18 0.01
254_N 547_K 0.85 0.18 0.01
181_V 372_Q 0.85 0.18 0.01
133_E 126_Y 0.85 0.18 0.01
89_I 536_F 0.85 0.18 0.01
231_W 342_E 0.85 0.18 0.01
60_D 132_L 0.85 0.18 0.01
206_H 295_V 0.84 0.18 0.01
149_Y 343_R 0.84 0.18 0.01
50_S 192_G 0.84 0.18 0.01
122_L 443_N 0.84 0.18 0.01
41_D 526_F 0.84 0.18 0.01
77_E 295_V 0.84 0.18 0.01
73_I 372_Q 0.84 0.18 0.01
200_L 136_L 0.84 0.18 0.01
98_C 154_F 0.84 0.18 0.01
206_H 436_E 0.84 0.18 0.01
128_E 556_L 0.84 0.18 0.01
178_R 521_L 0.84 0.18 0.01
251_N 301_S 0.84 0.18 0.01
132_G 268_Y 0.83 0.18 0.01
235_F 471_T 0.83 0.18 0.01
253_L 523_F 0.83 0.18 0.01
90_L 245_A 0.83 0.18 0.01
250_L 543_T 0.83 0.18 0.01
110_W 556_L 0.83 0.17 0.01
190_S 421_T 0.83 0.17 0.01
109_E 179_S 0.83 0.17 0.01
156_I 274_L 0.83 0.17 0.01
98_C 472_W 0.83 0.17 0.01
121_M 182_I 0.82 0.17 0.01
224_F 470_G 0.82 0.17 0.01
114_S 232_V 0.82 0.17 0.01
136_F 132_L 0.82 0.17 0.01
62_I 353_I 0.82 0.17 0.01
69_T 535_D 0.82 0.17 0.01
139_L 228_L 0.82 0.17 0.01
71_E 459_V 0.82 0.17 0.01
66_Y 301_S 0.82 0.17 0.01
95_Y 538_L 0.82 0.17 0.01
189_L 498_P 0.82 0.17 0.01
96_I 519_A 0.82 0.17 0.01
150_Q 423_Y 0.82 0.17 0.01
141_R 343_R 0.82 0.17 0.01
184_R 271_L 0.81 0.17 0.01
170_V 330_L 0.81 0.17 0.01
187_Q 342_E 0.81 0.17 0.01
188_L 232_V 0.81 0.17 0.01
239_S 288_T 0.81 0.17 0.01
240_Y 467_L 0.81 0.17 0.01
166_G 424_F 0.81 0.17 0.01
83_Q 367_A 0.81 0.17 0.01
52_R 397_F 0.81 0.17 0.01
116_W 251_R 0.81 0.17 0.01
218_M 492_Q 0.81 0.17 0.01
184_R 364_F 0.81 0.17 0.01
92_A 397_F 0.81 0.17 0.01
156_I 202_L 0.81 0.17 0.01
202_R 295_V 0.81 0.17 0.01
158_H 433_I 0.81 0.16 0.01
170_V 121_K 0.81 0.16 0.01
63_E 460_A 0.81 0.16 0.01
188_L 384_F 0.81 0.16 0.01
173_G 274_L 0.80 0.16 0.01
131_G 436_E 0.80 0.16 0.01
184_R 277_L 0.80 0.16 0.01
242_L 279_G 0.80 0.16 0.01
55_T 549_E 0.80 0.16 0.01
72_E 108_L 0.80 0.16 0.01
170_V 291_Q 0.80 0.16 0.01
222_S 217_T 0.80 0.16 0.01
119_H 362_Q 0.80 0.16 0.01
46_L 334_V 0.80 0.16 0.01
69_T 372_Q 0.80 0.16 0.01
88_A 548_V 0.80 0.16 0.01
182_I 337_P 0.80 0.16 0.01
149_Y 335_A 0.80 0.16 0.01
50_S 549_E 0.80 0.16 0.01
215_S 467_L 0.80 0.16 0.01
80_L 182_I 0.80 0.16 0.01
143_E 124_Y 0.79 0.16 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12267 0.72 tssL_TssM Δgene:(1, 10) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.29 Done - Shared
12264 0.77 tssL_TssM Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.42 Done - Shared
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