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OPENSEQ.org
MecASPoVE
Genes: A B A+B
Length: 692 379 883
Sequences: 994 4587 380
Seq/Len: 1.44 12.1 0.43
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.35
2 0.00 0.01 0.35
5 0.00 0.01 0.35
10 0.00 0.02 0.35
20 0.00 0.02 0.35
100 0.00 0.05 0.39
∞ 0.06 0.18 0.62
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
639_S 179_V 1.78 0.71 0.01
498_A 282_L 1.47 0.49 0.01
207_L 33_G 1.43 0.47 0.00
264_I 270_Q 1.39 0.44 0.00
312_L 138_L 1.38 0.43 0.00
187_G 275_F 1.38 0.43 0.00
393_S 219_L 1.38 0.43 0.00
255_S 190_A 1.37 0.42 0.00
328_I 338_S 1.35 0.40 0.00
379_N 187_I 1.34 0.40 0.00
162_L 176_A 1.31 0.38 0.00
185_M 225_F 1.31 0.38 0.00
200_L 161_G 1.30 0.37 0.00
352_V 84_N 1.30 0.37 0.00
188_L 288_I 1.29 0.37 0.00
472_T 363_V 1.29 0.37 0.00
259_I 275_F 1.28 0.36 0.00
251_E 356_L 1.28 0.36 0.00
666_A 285_I 1.28 0.36 0.00
544_A 133_I 1.27 0.35 0.00
560_M 129_F 1.27 0.35 0.00
482_N 76_I 1.26 0.35 0.00
367_Q 360_M 1.26 0.35 0.00
690_F 279_G 1.25 0.34 0.00
338_K 115_G 1.24 0.33 0.00
637_K 179_V 1.24 0.33 0.00
356_I 294_F 1.23 0.32 0.00
332_D 108_N 1.23 0.32 0.00
187_G 244_Y 1.22 0.32 0.00
293_L 167_I 1.21 0.32 0.00
502_I 225_F 1.21 0.31 0.00
327_E 297_L 1.20 0.31 0.00
228_M 154_V 1.19 0.30 0.00
184_S 33_G 1.19 0.30 0.00
478_G 111_K 1.19 0.30 0.00
492_N 257_G 1.17 0.29 0.00
666_A 36_M 1.16 0.28 0.00
641_D 179_V 1.14 0.27 0.00
331_A 57_K 1.14 0.27 0.00
356_I 199_A 1.14 0.27 0.00
627_I 37_V 1.14 0.27 0.00
323_I 89_G 1.14 0.27 0.00
690_F 127_A 1.14 0.27 0.00
433_F 135_T 1.13 0.27 0.00
355_T 278_I 1.13 0.26 0.00
499_A 296_V 1.13 0.26 0.00
463_D 237_Y 1.12 0.26 0.00
282_T 95_L 1.12 0.26 0.00
651_F 37_V 1.12 0.26 0.00
222_W 89_G 1.11 0.25 0.00
252_L 275_F 1.11 0.25 0.00
579_E 192_M 1.11 0.25 0.00
228_M 257_G 1.11 0.25 0.00
338_K 316_V 1.10 0.25 0.00
282_T 184_F 1.09 0.24 0.00
524_F 61_I 1.09 0.24 0.00
266_N 358_I 1.09 0.24 0.00
534_D 304_I 1.08 0.24 0.00
289_N 17_E 1.08 0.24 0.00
460_W 319_G 1.08 0.24 0.00
352_V 319_G 1.08 0.24 0.00
666_A 369_I 1.08 0.24 0.00
274_F 182_V 1.08 0.24 0.00
492_N 216_P 1.08 0.24 0.00
238_K 126_I 1.07 0.23 0.00
326_Y 372_H 1.07 0.23 0.00
230_P 33_G 1.06 0.23 0.00
602_I 66_G 1.06 0.23 0.00
455_H 312_F 1.06 0.23 0.00
341_L 369_I 1.06 0.22 0.00
428_C 77_D 1.05 0.22 0.00
507_L 77_D 1.05 0.22 0.00
363_K 360_M 1.05 0.22 0.00
327_E 167_I 1.05 0.22 0.00
429_P 239_V 1.04 0.22 0.00
522_F 40_A 1.04 0.22 0.00
631_T 262_K 1.04 0.22 0.00
210_S 285_I 1.04 0.21 0.00
347_V 198_F 1.04 0.21 0.00
356_I 189_V 1.04 0.21 0.00
638_A 182_V 1.04 0.21 0.00
672_D 197_V 1.04 0.21 0.00
555_V 214_A 1.04 0.21 0.00
631_T 137_K 1.03 0.21 0.00
591_K 279_G 1.03 0.21 0.00
527_S 244_Y 1.03 0.21 0.00
485_N 77_D 1.03 0.21 0.00
254_E 158_V 1.03 0.21 0.00
227_S 238_Q 1.03 0.21 0.00
494_Y 195_K 1.03 0.21 0.00
197_I 93_V 1.03 0.21 0.00
672_D 329_A 1.02 0.21 0.00
331_A 356_L 1.02 0.21 0.00
332_D 237_Y 1.02 0.20 0.00
228_M 106_E 1.02 0.20 0.00
252_L 244_Y 1.02 0.20 0.00
472_T 266_I 1.01 0.20 0.00
670_I 76_I 1.00 0.20 0.00
340_T 167_I 1.00 0.20 0.00
430_G 81_W 1.00 0.19 0.00
190_P 275_F 0.99 0.19 0.00
551_G 314_C 0.99 0.19 0.00
391_S 176_A 0.99 0.19 0.00
560_M 59_N 0.99 0.19 0.00
670_I 135_T 0.99 0.19 0.00
531_F 126_I 0.99 0.19 0.00
688_S 138_L 0.99 0.19 0.00
253_Q 84_N 0.99 0.19 0.00
650_W 314_C 0.99 0.19 0.00
172_R 364_G 0.99 0.19 0.00
654_F 262_K 0.98 0.19 0.00
227_S 244_Y 0.98 0.19 0.00
410_E 180_I 0.98 0.19 0.00
234_I 33_G 0.98 0.19 0.00
289_N 371_K 0.98 0.19 0.00
318_D 222_V 0.98 0.19 0.00
319_R 76_I 0.98 0.19 0.00
151_L 348_F 0.98 0.19 0.00
577_H 31_F 0.98 0.19 0.00
565_S 366_V 0.98 0.19 0.00
193_M 168_I 0.98 0.18 0.00
345_P 158_V 0.98 0.18 0.00
290_A 235_K 0.98 0.18 0.00
408_W 146_I 0.98 0.18 0.00
432_S 368_N 0.97 0.18 0.00
557_P 188_F 0.97 0.18 0.00
543_L 244_Y 0.97 0.18 0.00
251_E 244_Y 0.97 0.18 0.00
199_D 297_L 0.97 0.18 0.00
427_L 109_G 0.97 0.18 0.00
373_G 167_I 0.97 0.18 0.00
685_I 320_I 0.97 0.18 0.00
505_D 219_L 0.97 0.18 0.00
239_E 18_F 0.97 0.18 0.00
394_Y 158_V 0.97 0.18 0.00
394_Y 318_I 0.97 0.18 0.00
376_V 276_A 0.96 0.18 0.00
253_Q 182_V 0.96 0.18 0.00
366_D 338_S 0.96 0.18 0.00
547_G 356_L 0.96 0.18 0.00
227_S 275_F 0.95 0.18 0.00
577_H 297_L 0.95 0.17 0.00
542_Q 357_T 0.95 0.17 0.00
252_L 238_Q 0.95 0.17 0.00
304_N 222_V 0.95 0.17 0.00
653_A 279_G 0.95 0.17 0.00
469_Y 266_I 0.94 0.17 0.00
514_L 329_A 0.94 0.17 0.00
209_V 186_M 0.94 0.17 0.00
663_Q 181_L 0.94 0.17 0.00
367_Q 374_K 0.94 0.17 0.00
689_V 374_K 0.94 0.17 0.00
382_T 187_I 0.94 0.17 0.00
401_L 238_Q 0.94 0.17 0.00
506_V 307_K 0.94 0.17 0.00
184_S 106_E 0.94 0.17 0.00
300_R 356_L 0.94 0.17 0.00
230_P 190_A 0.94 0.17 0.00
542_Q 81_W 0.94 0.17 0.00
264_I 78_Y 0.94 0.17 0.00
438_A 65_L 0.94 0.17 0.00
293_L 225_F 0.93 0.17 0.00
414_N 235_K 0.93 0.16 0.00
521_P 244_Y 0.93 0.16 0.00
211_V 106_E 0.93 0.16 0.00
494_Y 31_F 0.93 0.16 0.00
564_Y 89_G 0.93 0.16 0.00
502_I 164_F 0.92 0.16 0.00
547_G 362_A 0.92 0.16 0.00
492_N 237_Y 0.92 0.16 0.00
408_W 361_G 0.92 0.16 0.00
184_S 38_F 0.92 0.16 0.00
393_S 320_I 0.92 0.16 0.00
602_I 89_G 0.92 0.16 0.00
159_V 26_T 0.92 0.16 0.00
646_T 284_L 0.92 0.16 0.00
654_F 43_I 0.92 0.16 0.00
158_M 244_Y 0.92 0.16 0.00
353_K 33_G 0.92 0.16 0.00
535_N 129_F 0.92 0.16 0.00
381_K 154_V 0.92 0.16 0.00
332_D 42_F 0.92 0.16 0.00
590_K 292_M 0.91 0.16 0.00
332_D 278_I 0.91 0.16 0.00
222_W 320_I 0.91 0.16 0.00
356_I 369_I 0.91 0.16 0.00
495_F 93_V 0.91 0.16 0.00
514_L 121_F 0.91 0.16 0.00
253_Q 293_L 0.91 0.16 0.00
409_N 33_G 0.91 0.16 0.00
286_Q 262_K 0.91 0.15 0.00
329_I 185_V 0.90 0.15 0.00
629_G 224_S 0.90 0.15 0.00
491_D 111_K 0.90 0.15 0.00
475_K 190_A 0.90 0.15 0.00
555_V 355_S 0.90 0.15 0.00
286_Q 311_V 0.90 0.15 0.00
251_E 275_F 0.90 0.15 0.00
446_K 373_V 0.90 0.15 0.00
286_Q 81_W 0.90 0.15 0.00
414_N 177_G 0.90 0.15 0.00
306_I 176_A 0.90 0.15 0.00
368_M 127_A 0.90 0.15 0.00
430_G 165_A 0.90 0.15 0.00
410_E 71_I 0.90 0.15 0.00
521_P 275_F 0.90 0.15 0.00
639_S 187_I 0.90 0.15 0.00
547_G 168_I 0.90 0.15 0.00
230_P 374_K 0.90 0.15 0.00
637_K 33_G 0.89 0.15 0.00
312_L 243_L 0.89 0.15 0.00
340_T 251_L 0.89 0.15 0.00
670_I 190_A 0.89 0.15 0.00
198_E 161_G 0.89 0.15 0.00
652_N 316_V 0.89 0.15 0.00
436_V 338_S 0.89 0.15 0.00
321_R 308_T 0.89 0.15 0.00
545_D 121_F 0.89 0.15 0.00
557_P 239_V 0.89 0.15 0.00
326_Y 188_F 0.89 0.15 0.00
629_G 358_I 0.89 0.15 0.00
305_S 89_G 0.89 0.15 0.00
239_E 28_L 0.89 0.15 0.00
439_S 59_N 0.88 0.15 0.00
638_A 179_V 0.88 0.15 0.00
558_V 373_V 0.88 0.15 0.00
408_W 121_F 0.88 0.15 0.00
599_V 266_I 0.88 0.15 0.00
196_N 292_M 0.88 0.15 0.00
388_L 26_T 0.88 0.15 0.00
332_D 360_M 0.88 0.15 0.00
558_V 365_I 0.88 0.15 0.00
331_A 179_V 0.88 0.15 0.00
486_A 252_F 0.88 0.15 0.00
469_Y 311_V 0.88 0.14 0.00
304_N 192_M 0.88 0.14 0.00
494_Y 82_K 0.88 0.14 0.00
374_C 158_V 0.88 0.14 0.00
394_Y 296_V 0.88 0.14 0.00
227_S 115_G 0.88 0.14 0.00
670_I 369_I 0.87 0.14 0.00
544_A 225_F 0.87 0.14 0.00
511_L 67_F 0.87 0.14 0.00
605_D 199_A 0.87 0.14 0.00
334_Y 270_Q 0.87 0.14 0.00
436_V 186_M 0.87 0.14 0.00
625_I 254_L 0.87 0.14 0.00
427_L 112_R 0.87 0.14 0.00
263_K 276_A 0.87 0.14 0.00
384_E 111_K 0.87 0.14 0.00
385_V 138_L 0.87 0.14 0.00
187_G 238_Q 0.87 0.14 0.00
557_P 360_M 0.87 0.14 0.00
605_D 137_K 0.87 0.14 0.00
259_I 244_Y 0.87 0.14 0.00
213_Q 262_K 0.87 0.14 0.00
414_N 371_K 0.87 0.14 0.00
165_K 139_I 0.87 0.14 0.00
230_P 368_N 0.87 0.14 0.00
631_T 81_W 0.87 0.14 0.00
347_V 27_M 0.86 0.14 0.00
220_A 298_V 0.86 0.14 0.00
355_T 63_A 0.86 0.14 0.00
619_S 60_V 0.86 0.14 0.00
375_A 184_F 0.86 0.14 0.00
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165_K 179_V 0.81 0.12 0.00
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582_K 369_I 0.81 0.12 0.00
184_S 36_M 0.81 0.12 0.00
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507_L 370_S 0.81 0.12 0.00
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151_L 37_V 0.80 0.12 0.00
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456_S 332_I 0.80 0.12 0.00
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370_N 63_A 0.79 0.12 0.00
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303_A 179_V 0.79 0.12 0.00
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159_V 356_L 0.79 0.12 0.00
368_M 309_S 0.79 0.12 0.00
472_T 17_E 0.79 0.12 0.00
672_D 92_A 0.79 0.12 0.00
376_V 66_G 0.79 0.12 0.00
385_V 349_I 0.79 0.12 0.00
188_L 138_L 0.79 0.12 0.00
581_K 338_S 0.79 0.12 0.00
182_L 167_I 0.79 0.12 0.00
214_I 135_T 0.79 0.12 0.00
151_L 216_P 0.79 0.12 0.00
388_L 270_Q 0.79 0.12 0.00
454_G 18_F 0.79 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
12046 0.43 MecA SpoVE 2 Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.04 Done
12030 0.43 MecASPoVE Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
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