May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
FtsWSaPBP1 (B, 1-400)
Genes: A B A+B
Length: 400 400 734
Sequences: 3382 5913 1644
Seq/Len: 8.46 14.78 2.24
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.06 0.38
2 0.01 0.06 0.42
5 0.01 0.06 1.93
10 0.01 0.07 2.02
20 0.01 0.08 2.06
100 0.04 0.10 2.31
∞ 0.13 0.23 2.78
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
302_V 30_V 2.62 1.00 1.00
298_F 34_S 2.06 0.99 0.98
298_F 38_I 1.95 0.99 0.97
301_S 33_I 1.93 0.99 0.97
263_I 36_I 1.72 0.97 0.93
352_L 28_I 1.71 0.97 0.93
346_I 29_L 1.67 0.96 0.92
268_L 38_I 1.47 0.92 0.84
289_F 33_I 1.33 0.85 0.75
305_I 30_V 1.30 0.83 0.72
343_L 29_L 1.28 0.82 0.71
368_S 385_M 1.18 0.74 0.60
258_E 54_K 1.16 0.73 0.59
343_L 25_L 1.16 0.72 0.58
119_I 141_K 1.16 0.72 0.58
350_I 319_Y 1.16 0.72 0.58
350_I 32_R 1.13 0.70 0.56
355_I 226_P 1.11 0.67 0.52
134_A 75_V 1.10 0.67 0.52
309_L 26_F 1.08 0.64 0.49
255_H 370_N 1.06 0.63 0.47
268_L 252_V 1.05 0.62 0.46
368_S 326_Q 1.04 0.60 0.45
334_F 254_E 1.04 0.60 0.45
91_I 280_I 1.03 0.59 0.44
381_L 315_T 1.03 0.59 0.43
359_P 217_I 1.02 0.58 0.42
85_L 199_V 1.01 0.57 0.41
352_L 29_L 1.00 0.56 0.40
211_A 204_D 0.97 0.52 0.36
177_G 395_G 0.97 0.52 0.36
283_N 378_D 0.96 0.51 0.35
368_S 348_I 0.96 0.51 0.35
281_P 245_D 0.96 0.51 0.35
88_L 280_I 0.95 0.51 0.35
350_I 29_L 0.95 0.50 0.34
343_L 199_V 0.95 0.50 0.34
59_L 210_S 0.94 0.49 0.33
180_L 236_R 0.94 0.49 0.33
89_L 120_K 0.93 0.48 0.32
235_Q 372_L 0.93 0.48 0.32
293_G 37_M 0.93 0.48 0.32
61_A 244_I 0.92 0.47 0.31
350_I 33_I 0.92 0.46 0.31
122_S 357_G 0.91 0.45 0.30
244_D 161_I 0.91 0.45 0.30
157_F 19_V 0.91 0.45 0.30
356_T 369_S 0.90 0.45 0.29
48_N 276_K 0.90 0.45 0.29
327_N 243_T 0.90 0.44 0.29
168_I 206_Y 0.90 0.44 0.28
299_I 387_S 0.90 0.44 0.28
234_Y 326_Q 0.89 0.43 0.28
122_S 212_G 0.89 0.43 0.28
285_T 294_G 0.88 0.42 0.27
245_P 287_P 0.88 0.42 0.27
76_K 394_F 0.88 0.42 0.27
164_L 36_I 0.88 0.42 0.27
311_L 181_I 0.88 0.42 0.26
66_I 325_I 0.87 0.41 0.26
131_L 357_G 0.87 0.41 0.25
196_T 63_P 0.86 0.40 0.25
168_I 32_R 0.86 0.40 0.25
85_L 116_V 0.86 0.40 0.24
368_S 181_I 0.86 0.39 0.24
341_H 320_G 0.85 0.39 0.24
77_H 390_E 0.85 0.39 0.24
358_I 51_A 0.85 0.39 0.24
74_K 199_V 0.85 0.38 0.23
153_L 76_L 0.84 0.38 0.23
344_Q 262_R 0.84 0.38 0.23
109_K 258_G 0.84 0.38 0.23
379_I 239_D 0.84 0.38 0.23
305_I 29_L 0.84 0.38 0.23
379_I 255_A 0.84 0.37 0.22
196_T 306_Y 0.84 0.37 0.22
375_T 24_L 0.83 0.37 0.22
338_L 319_Y 0.83 0.36 0.22
136_V 175_N 0.83 0.36 0.22
289_F 24_L 0.83 0.36 0.22
195_I 254_E 0.82 0.36 0.21
349_T 356_W 0.82 0.35 0.21
318_L 320_G 0.82 0.35 0.20
263_I 310_Y 0.82 0.35 0.20
274_N 369_S 0.81 0.35 0.20
114_F 141_K 0.81 0.35 0.20
118_S 120_K 0.81 0.34 0.20
334_F 274_D 0.81 0.34 0.20
378_G 380_V 0.80 0.34 0.20
298_F 44_G 0.80 0.34 0.19
309_L 306_Y 0.80 0.34 0.19
311_L 49_M 0.80 0.34 0.19
235_Q 311_E 0.80 0.33 0.19
239_I 22_F 0.80 0.33 0.19
355_I 55_Y 0.80 0.33 0.19
347_G 29_L 0.79 0.32 0.18
365_Y 394_F 0.79 0.32 0.18
264_G 47_L 0.79 0.32 0.18
164_L 93_A 0.79 0.32 0.18
380_V 170_F 0.79 0.32 0.18
166_P 119_M 0.79 0.32 0.18
276_G 36_I 0.79 0.32 0.18
122_S 234_P 0.79 0.32 0.18
190_M 321_L 0.78 0.32 0.18
128_I 221_W 0.78 0.32 0.18
386_H 365_F 0.78 0.32 0.18
194_G 37_M 0.78 0.32 0.18
54_I 241_H 0.78 0.31 0.17
52_R 122_E 0.78 0.31 0.17
53_Q 285_Q 0.78 0.31 0.17
126_K 68_I 0.78 0.31 0.17
358_I 385_M 0.77 0.31 0.17
309_L 23_G 0.77 0.30 0.17
35_L 322_A 0.77 0.30 0.17
274_N 370_N 0.77 0.30 0.17
26_A 276_K 0.77 0.30 0.17
261_K 47_L 0.77 0.30 0.17
255_H 166_E 0.77 0.30 0.17
331_I 32_R 0.77 0.30 0.17
25_I 277_T 0.77 0.30 0.17
117_I 306_Y 0.77 0.30 0.17
210_G 199_V 0.77 0.30 0.16
330_F 385_M 0.77 0.30 0.16
353_L 36_I 0.76 0.30 0.16
243_L 233_Q 0.76 0.30 0.16
182_L 391_R 0.76 0.30 0.16
72_P 303_N 0.76 0.29 0.16
360_L 392_F 0.76 0.29 0.16
288_I 363_L 0.76 0.29 0.16
155_L 87_A 0.76 0.29 0.16
293_G 36_I 0.76 0.29 0.16
319_A 178_S 0.75 0.29 0.15
26_A 331_D 0.75 0.29 0.15
362_F 81_E 0.75 0.28 0.15
71_S 350_D 0.75 0.28 0.15
18_D 281_L 0.75 0.28 0.15
52_R 27_F 0.75 0.28 0.15
65_G 27_F 0.75 0.28 0.15
191_L 111_K 0.75 0.28 0.15
208_I 387_S 0.75 0.28 0.15
198_R 145_L 0.74 0.28 0.15
53_Q 356_W 0.74 0.28 0.15
122_S 113_L 0.74 0.27 0.14
175_D 37_M 0.74 0.27 0.14
39_A 240_V 0.74 0.27 0.14
315_L 321_L 0.74 0.27 0.14
279_Y 306_Y 0.74 0.27 0.14
110_S 303_N 0.74 0.27 0.14
299_I 75_V 0.74 0.27 0.14
184_A 111_K 0.73 0.27 0.14
323_E 70_D 0.73 0.27 0.14
168_I 24_L 0.73 0.27 0.14
171_L 164_L 0.73 0.27 0.14
173_Q 379_L 0.73 0.27 0.14
71_S 82_R 0.73 0.27 0.14
344_Q 387_S 0.73 0.27 0.14
298_F 30_V 0.73 0.27 0.14
269_L 244_I 0.73 0.27 0.14
205_I 325_I 0.73 0.26 0.14
304_L 122_E 0.73 0.26 0.14
368_S 177_A 0.72 0.26 0.14
290_S 305_L 0.72 0.26 0.13
362_F 331_D 0.72 0.26 0.13
201_A 128_L 0.72 0.26 0.13
57_Y 240_V 0.72 0.26 0.13
153_L 132_K 0.72 0.26 0.13
271_K 217_I 0.72 0.26 0.13
288_I 386_K 0.72 0.26 0.13
327_N 399_K 0.72 0.26 0.13
83_Y 321_L 0.72 0.26 0.13
285_T 359_I 0.72 0.26 0.13
177_G 37_M 0.72 0.26 0.13
83_Y 379_L 0.72 0.26 0.13
304_L 107_K 0.72 0.26 0.13
164_L 210_S 0.72 0.25 0.13
285_T 281_L 0.71 0.25 0.13
313_F 23_G 0.71 0.25 0.13
17_V 181_I 0.71 0.25 0.13
179_T 252_V 0.71 0.25 0.13
363_I 33_I 0.71 0.25 0.13
41_G 350_D 0.71 0.25 0.13
305_I 33_I 0.71 0.25 0.13
359_P 267_D 0.71 0.25 0.12
112_Y 208_S 0.71 0.25 0.12
201_A 24_L 0.71 0.25 0.12
278_V 338_S 0.71 0.25 0.12
92_G 240_V 0.71 0.24 0.12
376_G 366_T 0.71 0.24 0.12
308_F 266_K 0.70 0.24 0.12
71_S 363_L 0.70 0.24 0.12
55_F 335_K 0.70 0.24 0.12
50_G 366_T 0.70 0.24 0.12
36_I 372_L 0.70 0.24 0.12
268_L 141_K 0.70 0.24 0.12
190_M 284_S 0.70 0.24 0.12
346_I 33_I 0.70 0.24 0.12
184_A 379_L 0.70 0.24 0.12
205_I 25_L 0.70 0.24 0.12
27_V 60_A 0.70 0.24 0.12
233_L 239_D 0.70 0.24 0.12
39_A 349_S 0.70 0.24 0.12
235_Q 364_G 0.70 0.24 0.12
29_A 168_E 0.70 0.24 0.12
130_I 56_L 0.70 0.24 0.12
387_E 394_F 0.70 0.24 0.12
239_I 201_K 0.70 0.24 0.12
278_V 36_I 0.70 0.24 0.12
244_D 281_L 0.70 0.24 0.12
326_F 52_N 0.70 0.24 0.12
55_F 235_K 0.69 0.24 0.12
105_I 290_N 0.69 0.24 0.12
59_L 243_T 0.69 0.23 0.12
350_I 147_Y 0.69 0.23 0.12
59_L 392_F 0.69 0.23 0.12
267_Q 204_D 0.69 0.23 0.11
173_Q 291_P 0.69 0.23 0.11
340_F 268_L 0.69 0.23 0.11
137_V 315_T 0.69 0.23 0.11
70_I 326_Q 0.69 0.23 0.11
24_T 320_G 0.69 0.23 0.11
54_I 305_L 0.69 0.23 0.11
21_L 324_A 0.69 0.23 0.11
26_A 24_L 0.69 0.23 0.11
314_H 81_E 0.69 0.23 0.11
377_I 330_F 0.69 0.23 0.11
279_Y 222_G 0.69 0.23 0.11
278_V 271_V 0.69 0.23 0.11
172_L 152_K 0.69 0.23 0.11
134_A 36_I 0.69 0.23 0.11
110_S 142_G 0.69 0.23 0.11
177_G 291_P 0.68 0.23 0.11
130_I 176_F 0.68 0.23 0.11
129_L 365_F 0.68 0.23 0.11
19_W 164_L 0.68 0.23 0.11
327_N 146_T 0.68 0.23 0.11
298_F 256_L 0.68 0.23 0.11
279_Y 239_D 0.68 0.22 0.11
383_I 31_L 0.68 0.22 0.11
337_L 381_G 0.68 0.22 0.11
182_L 77_A 0.68 0.22 0.11
303_I 153_I 0.68 0.22 0.10
178_T 267_D 0.68 0.22 0.10
380_V 371_T 0.68 0.22 0.10
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1943 seconds.