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OPENSEQ.org
Zmobilis_ispG_H
Genes: A B A+B
Length: 377 340 627
Sequences: 1550 2261 137
Seq/Len: 4.11 6.65 0.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.07 0.02
2 0.07 0.07 0.05
5 0.07 0.07 0.08
10 0.07 0.07 0.14
20 0.07 0.07 0.19
100 0.07 0.07 0.38
∞ 0.07 0.08 1.47
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
64_S 276_V 1.52 0.35 0.00
339_D 158_P 1.47 0.32 0.00
223_A 253_W 1.45 0.31 0.00
26_G 59_E 1.39 0.28 0.00
220_V 174_S 1.39 0.28 0.00
156_P 170_D 1.34 0.26 0.00
240_V 148_V 1.34 0.26 0.00
229_L 50_L 1.33 0.25 0.00
198_A 186_V 1.33 0.25 0.00
203_C 254_F 1.30 0.24 0.00
256_I 224_S 1.29 0.24 0.00
145_K 277_I 1.26 0.22 0.00
282_V 262_L 1.25 0.22 0.00
337_V 4_I 1.25 0.22 0.00
353_S 260_V 1.23 0.21 0.00
59_D 221_P 1.23 0.21 0.00
192_A 22_I 1.22 0.21 0.00
125_R 115_R 1.22 0.21 0.00
303_S 240_S 1.22 0.20 0.00
14_S 260_V 1.19 0.20 0.00
223_A 212_S 1.18 0.19 0.00
219_T 69_V 1.18 0.19 0.00
262_L 74_A 1.17 0.18 0.00
157_D 158_P 1.16 0.18 0.00
218_G 54_G 1.15 0.18 0.00
321_G 104_H 1.14 0.18 0.00
300_I 232_I 1.14 0.17 0.00
242_L 54_G 1.14 0.17 0.00
61_I 218_V 1.13 0.17 0.00
66_P 228_R 1.12 0.17 0.00
101_D 149_D 1.12 0.17 0.00
191_V 35_Y 1.11 0.17 0.00
271_S 131_T 1.11 0.17 0.00
321_G 54_G 1.10 0.16 0.00
127_A 124_G 1.10 0.16 0.00
256_I 119_L 1.09 0.16 0.00
357_A 245_D 1.09 0.16 0.00
150_K 260_V 1.09 0.16 0.00
185_S 107_G 1.09 0.16 0.00
243_S 214_L 1.09 0.16 0.00
198_A 243_I 1.08 0.15 0.00
170_L 2_I 1.08 0.15 0.00
204_P 50_L 1.07 0.15 0.00
59_D 59_E 1.07 0.15 0.00
335_S 253_W 1.07 0.15 0.00
13_K 68_E 1.07 0.15 0.00
122_E 262_L 1.07 0.15 0.00
127_A 228_R 1.07 0.15 0.00
287_K 117_L 1.07 0.15 0.00
256_I 103_V 1.07 0.15 0.00
219_T 104_H 1.06 0.15 0.00
288_A 277_I 1.06 0.15 0.00
282_V 117_L 1.06 0.15 0.00
32_V 228_R 1.06 0.15 0.00
22_V 131_T 1.06 0.15 0.00
59_D 143_G 1.06 0.15 0.00
270_V 2_I 1.06 0.15 0.00
266_G 264_A 1.06 0.15 0.00
357_A 52_A 1.05 0.15 0.00
191_V 148_V 1.05 0.14 0.00
193_S 70_T 1.04 0.14 0.00
45_A 58_V 1.04 0.14 0.00
59_D 112_S 1.04 0.14 0.00
148_L 40_I 1.04 0.14 0.00
158_A 119_L 1.04 0.14 0.00
29_P 7_A 1.03 0.14 0.00
353_S 142_V 1.03 0.14 0.00
17_I 89_G 1.03 0.14 0.00
60_L 171_D 1.02 0.14 0.00
14_S 268_A 1.02 0.14 0.00
94_K 213_D 1.01 0.14 0.00
187_V 263_T 1.01 0.13 0.00
86_I 20_I 1.01 0.13 0.00
24_V 249_I 1.01 0.13 0.00
285_T 179_L 1.00 0.13 0.00
232_D 221_P 1.00 0.13 0.00
220_V 274_Q 1.00 0.13 0.00
28_A 280_I 0.99 0.13 0.00
299_P 253_W 0.99 0.13 0.00
119_R 147_Q 0.99 0.13 0.00
341_T 23_V 0.99 0.13 0.00
287_K 260_V 0.98 0.13 0.00
17_I 69_V 0.98 0.13 0.00
247_E 87_E 0.98 0.13 0.00
304_I 272_L 0.98 0.13 0.00
45_A 175_V 0.98 0.13 0.00
32_V 222_N 0.98 0.13 0.00
250_V 102_K 0.98 0.12 0.00
116_S 232_I 0.98 0.12 0.00
256_I 12_F 0.98 0.12 0.00
345_A 258_N 0.98 0.12 0.00
335_S 206_R 0.98 0.12 0.00
101_D 177_A 0.98 0.12 0.00
256_I 130_G 0.97 0.12 0.00
270_V 104_H 0.97 0.12 0.00
282_V 130_G 0.97 0.12 0.00
236_D 170_D 0.97 0.12 0.00
220_V 145_A 0.97 0.12 0.00
274_S 117_L 0.97 0.12 0.00
32_V 7_A 0.97 0.12 0.00
127_A 128_I 0.97 0.12 0.00
30_I 59_E 0.97 0.12 0.00
116_S 260_V 0.96 0.12 0.00
320_I 176_I 0.96 0.12 0.00
345_A 149_D 0.96 0.12 0.00
244_A 77_V 0.96 0.12 0.00
343_E 72_F 0.96 0.12 0.00
297_A 149_D 0.96 0.12 0.00
132_C 227_N 0.96 0.12 0.00
225_G 54_G 0.96 0.12 0.00
33_Q 213_D 0.95 0.12 0.00
218_G 104_H 0.95 0.12 0.00
270_V 57_F 0.95 0.12 0.00
17_I 25_Q 0.95 0.12 0.00
262_L 254_F 0.95 0.12 0.00
31_S 277_I 0.95 0.12 0.00
256_I 6_L 0.95 0.12 0.00
37_N 79_R 0.94 0.12 0.00
250_V 133_G 0.94 0.11 0.00
292_R 118_I 0.94 0.11 0.00
156_P 60_E 0.94 0.11 0.00
243_S 7_A 0.93 0.11 0.00
29_P 128_I 0.93 0.11 0.00
281_D 79_R 0.93 0.11 0.00
238_L 180_R 0.93 0.11 0.00
238_L 40_I 0.93 0.11 0.00
79_R 174_S 0.93 0.11 0.00
26_G 213_D 0.93 0.11 0.00
127_A 26_A 0.93 0.11 0.00
32_V 128_I 0.92 0.11 0.00
93_Y 126_P 0.92 0.11 0.00
270_V 249_I 0.92 0.11 0.00
263_R 261_G 0.92 0.11 0.00
64_S 117_L 0.91 0.11 0.00
132_C 259_T 0.91 0.11 0.00
104_A 280_I 0.91 0.11 0.00
293_L 101_N 0.91 0.11 0.00
182_V 268_A 0.91 0.11 0.00
297_A 243_I 0.91 0.11 0.00
270_V 146_E 0.91 0.11 0.00
24_V 147_Q 0.91 0.11 0.00
282_V 268_A 0.91 0.11 0.00
38_T 266_A 0.90 0.10 0.00
106_C 230_R 0.90 0.10 0.00
43_A 249_I 0.90 0.10 0.00
58_V 79_R 0.90 0.10 0.00
180_V 262_L 0.89 0.10 0.00
21_N 89_G 0.89 0.10 0.00
61_I 173_R 0.89 0.10 0.00
225_G 242_L 0.89 0.10 0.00
203_C 280_I 0.89 0.10 0.00
75_K 221_P 0.89 0.10 0.00
276_A 280_I 0.89 0.10 0.00
243_S 41_V 0.89 0.10 0.00
21_N 71_V 0.89 0.10 0.00
339_D 243_I 0.89 0.10 0.00
334_L 135_I 0.89 0.10 0.00
353_S 34_V 0.88 0.10 0.00
24_V 198_T 0.88 0.10 0.00
278_Q 117_L 0.88 0.10 0.00
71_T 162_I 0.88 0.10 0.00
65_C 252_V 0.88 0.10 0.00
150_K 262_L 0.88 0.10 0.00
157_D 146_E 0.88 0.10 0.00
159_L 34_V 0.88 0.10 0.00
286_V 107_G 0.87 0.10 0.00
227_G 154_P 0.87 0.10 0.00
36_T 23_V 0.87 0.10 0.00
140_A 14_A 0.87 0.10 0.00
147_L 188_G 0.87 0.10 0.00
220_V 132_L 0.87 0.10 0.00
328_G 275_S 0.87 0.10 0.00
223_A 215_I 0.87 0.10 0.00
61_I 135_I 0.87 0.10 0.00
270_V 47_V 0.87 0.10 0.00
107_L 263_T 0.87 0.10 0.00
223_A 207_D 0.87 0.10 0.00
190_A 101_N 0.86 0.10 0.00
32_V 220_S 0.86 0.10 0.00
52_R 18_R 0.86 0.10 0.00
178_F 59_E 0.86 0.10 0.00
36_T 78_A 0.86 0.10 0.00
216_I 259_T 0.86 0.10 0.00
79_R 177_A 0.86 0.10 0.00
245_D 217_V 0.86 0.10 0.00
96_A 126_P 0.86 0.10 0.00
21_N 187_I 0.86 0.10 0.00
236_D 284_G 0.86 0.10 0.00
192_A 239_P 0.86 0.10 0.00
338_T 282_A 0.86 0.10 0.00
66_P 217_V 0.86 0.10 0.00
240_V 130_G 0.86 0.10 0.00
44_Q 207_D 0.86 0.10 0.00
258_K 2_I 0.86 0.10 0.00
148_L 177_A 0.86 0.10 0.00
342_V 54_G 0.86 0.10 0.00
214_G 71_V 0.85 0.09 0.00
36_T 133_G 0.85 0.09 0.00
119_R 5_I 0.85 0.09 0.00
140_A 33_P 0.85 0.09 0.00
246_P 165_T 0.85 0.09 0.00
339_D 29_R 0.85 0.09 0.00
123_V 198_T 0.85 0.09 0.00
119_R 176_I 0.85 0.09 0.00
220_V 282_A 0.85 0.09 0.00
247_E 117_L 0.85 0.09 0.00
44_Q 34_V 0.84 0.09 0.00
18_M 21_E 0.84 0.09 0.00
209_I 275_S 0.84 0.09 0.00
288_A 70_T 0.84 0.09 0.00
256_I 141_L 0.84 0.09 0.00
116_S 262_L 0.84 0.09 0.00
225_G 30_V 0.84 0.09 0.00
199_K 142_V 0.84 0.09 0.00
286_V 89_G 0.84 0.09 0.00
261_D 251_P 0.84 0.09 0.00
80_A 250_D 0.84 0.09 0.00
238_L 260_V 0.84 0.09 0.00
38_T 228_R 0.84 0.09 0.00
212_A 50_L 0.84 0.09 0.00
289_L 249_I 0.84 0.09 0.00
61_I 6_L 0.83 0.09 0.00
178_F 3_K 0.83 0.09 0.00
43_A 186_V 0.83 0.09 0.00
346_K 123_A 0.83 0.09 0.00
276_A 70_T 0.83 0.09 0.00
138_V 130_G 0.83 0.09 0.00
215_L 55_A 0.83 0.09 0.00
276_A 186_V 0.83 0.09 0.00
147_L 90_L 0.83 0.09 0.00
122_E 230_R 0.83 0.09 0.00
352_V 224_S 0.83 0.09 0.00
186_D 161_F 0.83 0.09 0.00
268_R 107_G 0.83 0.09 0.00
222_S 74_A 0.83 0.09 0.00
79_R 158_P 0.82 0.09 0.00
159_L 167_L 0.82 0.09 0.00
30_I 67_G 0.82 0.09 0.00
49_Q 50_L 0.82 0.09 0.00
98_E 192_S 0.82 0.09 0.00
229_L 208_L 0.82 0.09 0.00
271_S 40_I 0.82 0.09 0.00
249_E 175_V 0.82 0.09 0.00
116_S 248_E 0.82 0.09 0.00
347_M 140_H 0.82 0.09 0.00
287_K 86_E 0.82 0.09 0.00
53_C 175_V 0.82 0.09 0.00
36_T 108_R 0.82 0.09 0.00
79_R 59_E 0.82 0.09 0.00
278_Q 162_I 0.82 0.09 0.00
61_I 279_A 0.82 0.09 0.00
240_V 72_F 0.82 0.09 0.00
129_A 109_R 0.82 0.09 0.00
187_V 159_V 0.82 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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